View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18462_high_4 (Length: 720)

Name: NF18462_high_4
Description: NF18462
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18462_high_4
NF18462_high_4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (20-708)||(40226028-40226725)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 581; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 581; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 708
Target Start/End: Original strand, 40226028 - 40226725
Alignment:
Q  20 gaattggcacttcgatcaaggttttatccccattcaaacc-----gtttaagacggttgaaatatgatccagaggtcttgccggtttgatgttcaattgg 114  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  40226028 gaattggcactttgatcaaagttttatccccattcaaaccaaaccgtttaagacggttgaaatatgatccagaagtcttgccggtttgatgttcaatttg 40226127  T
Q  115 gttcaatatttaaaacattgcttacaaattgaataacttt--tagcataatattcaaataactcctagtaaaagtaatattataccttattatttatgct 212  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40226128 gttcaatttttaaaacattgcttacaaattgaataactttgttagcataatattcaaataactcctagcataagtaatattataccttattatttatgct 40226227  T
Q  213 tttaatgcgccctttgtatactctcccaaagccgccttcaccaatcatattgttgatatgaaaattcttagttgcaacacatagctcatggtaagaaaat 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40226228 tttaatgcgccctttgtatactctcccaaagcctccttcaccaatcatattgttgatatgaaaattcttagttgcaacacatagctcatggtaagaaaat 40226327  T
Q  313 atcttagaggtaatatttccttttccatttcttgtgttttcttcctctgctatgtacttccgtttgccaccatctacaatataaatttttacaattaaag 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40226328 atcttagaggtaatatttccttttccatttcttgtgttttcttcctctgctatgtacttccgtttgccaccatctacaatataaatttttacaattaaag 40226427  T
Q  413 aaaacaacattgatgtgctaacatttcataaagaaaacaacaataatctctagacatgagacattaaattgaacctctttaacatgaaaatcaataccct 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40226428 aaaacaacattgatgtgctaacatttcataaagaaaacaacaataatatctagacatgagacattaaattgaacctctttaacatgaaaatcaataccct 40226527  T
Q  513 ttgcnnnnnnnnnt--gaaaatgaatacaatatttgatgtgaaaccagaaattcagaaccttgcaattgaaaaaagtaattaaataattgggacaatgtg 610  Q
    ||||         |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40226528 ttgcaaaaaaaaataaaaaaatgaatacaatatttgatgtgaaaccagaaattcagaaccttgcaattgaaaaaagtaattaaataattgggacaatgtg 40226627  T
Q  611 gaagattaacattgaagggtaaaaaatttaccagatttagaacaaatgttatgatagtccttaatgcttttcttcaatgtgttcttggtgttcatctc 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40226628 gaagattaacattgaagggtaaaaaacttaccagatttagaacaaatgttatgatagtccttaatgcttttcttcaatgtgttcttggtgttcttctc 40226725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University