View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18462_low_5 (Length: 455)

Name: NF18462_low_5
Description: NF18462
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18462_low_5
NF18462_low_5
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (18-441)||(4335019-4335434)
chr4 (94-440)||(4344388-4344734)
chr4 (53-441)||(4123931-4124319)
chr4 (104-440)||(4360829-4361165)
chr4 (64-440)||(4320612-4320987)
chr4 (94-441)||(4133417-4133762)
chr4 (118-441)||(6728172-6728495)
chr4 (118-440)||(6621500-6621822)
chr4 (241-441)||(7885383-7885583)
chr4 (118-398)||(6675469-6675749)
chr4 (118-401)||(6815236-6815519)
chr4 (118-440)||(6498519-6498841)
chr4 (118-399)||(6837040-6837321)
chr4 (118-398)||(6796553-6796833)
chr4 (157-398)||(6650872-6651113)
chr4 (118-398)||(6752726-6753006)
chr4 (116-212)||(6758488-6758584)
chr4 (120-274)||(6532391-6532545)
chr4 (118-203)||(6772870-6772955)
chr4 (118-212)||(6588417-6588511)
chr4 (253-398)||(6758625-6758770)
[»] chr6 (26 HSPs)
chr6 (94-436)||(5690156-5690498)
chr6 (94-420)||(5447329-5447655)
chr6 (94-427)||(5128423-5128756)
chr6 (80-441)||(5181919-5182279)
chr6 (94-436)||(5354611-5354953)
chr6 (94-441)||(5176481-5176828)
chr6 (94-441)||(5278308-5278655)
chr6 (94-433)||(5096450-5096789)
chr6 (94-440)||(5344603-5344949)
chr6 (94-427)||(5433777-5434110)
chr6 (97-417)||(5425655-5425975)
chr6 (100-425)||(5073916-5074241)
chr6 (94-410)||(5102637-5102953)
chr6 (81-413)||(5284409-5284740)
chr6 (94-417)||(5066710-5067033)
chr6 (81-441)||(5257326-5257685)
chr6 (80-436)||(5383055-5383410)
chr6 (94-427)||(5157634-5157967)
chr6 (94-426)||(5446899-5447231)
chr6 (94-427)||(5370313-5370646)
chr6 (116-417)||(5350160-5350459)
chr6 (80-427)||(5396679-5397025)
chr6 (118-390)||(5243910-5244182)
chr6 (94-283)||(5147046-5147235)
chr6 (332-436)||(5281280-5281384)
chr6 (332-427)||(5179521-5179616)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (80-441)||(36213821-36214181)
chr7 (122-416)||(18935156-18935450)
chr7 (116-393)||(34724626-34724903)
[»] scaffold0294 (1 HSPs)
scaffold0294 (95-427)||(8906-9238)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (94-427)||(8877351-8877684)
chr5 (238-374)||(15802797-15802933)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (94-441)||(47986844-47987191)
chr3 (94-441)||(47996131-47996478)
chr3 (94-441)||(48005418-48005765)
chr3 (94-441)||(48014703-48015050)
chr3 (246-368)||(6905991-6906113)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (265-441)||(22584206-22584382)
chr2 (238-377)||(14767123-14767262)
[»] scaffold0552 (1 HSPs)
scaffold0552 (118-401)||(8317-8600)
[»] scaffold0373 (1 HSPs)
scaffold0373 (118-399)||(9456-9737)
[»] scaffold0813 (1 HSPs)
scaffold0813 (157-398)||(4861-5102)
[»] scaffold0286 (1 HSPs)
scaffold0286 (157-398)||(6464-6705)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (320-420)||(3286648-3286748)
chr8 (319-419)||(3262760-3262860)
chr8 (238-377)||(7164828-7164968)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 18 - 441
Target Start/End: Original strand, 4335019 - 4335434
Alignment:
Q  18 catggttggtgacacgttgcaattgcttctgtttttctttttatgcttatctgtaagttttctataatatttctgtttcttgcagaggatggagcagttg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4335019 catggttggtgacacgttgcaattgcttctgtttttctttttatgcttatat--------tctataatatttctgtttcttgcagaggatggagcagttg 4335110  T
Q  118 aaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||||||||||    
T  4335111 aaaattctcaatcttagtcattctcattatctaacacagacccctgatttttcatacttgcctaatcttgaaaacctagtactcaaagattgtccgaggc 4335210  T
Q  218 tgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatac 317  Q
    |||||||||| ||||| |  ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4335211 tgtctgaggtatcccatacaattggacatcttaagaaagttcttttgataaatttgaaagattgcattagcctttgtaaccttccaagaaacatctatac 4335310  T
Q  318 gttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgca 417  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  4335311 gttgaagtctctgaaaactctcattctatcaggatgtttaaagattgacaagttggaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctcatggca 4335410  T
Q  418 aatgacactggtataacaaaagtg 441  Q
     || ||||||||||||||||||||    
T  4335411 gataacactggtataacaaaagtg 4335434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 94 - 440
Target Start/End: Original strand, 4344388 - 4344734
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4344388 ttcttgcagaggatggatcagctgaaaattctcaatctcagtcattctcattgtctgacacagacgcctgacttttcatacttgcctaatcttgaaaagc 4344487  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    | || |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||    
T  4344488 tagtactcaaagattgtccaaggctgtctgagatttcccaaagtattggacatctcaacaaaattcttttgataaatttgaaaaattgtattagcctttg 4344587  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4344588 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaatgattgacaagttggaagaggacttggaacaaatg 4344687  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataacaaaagt 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  4344688 gaatctttaaccactctgattgcaaataacactgctataacaaaagt 4344734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 53 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 4124319 - 4123931
Alignment:
Q  53 tctttttatgctt-atctgtaagttttctataatatttctgtttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctga 151  Q
    ||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4124319 tctttttatgctttatccgcaagttctctataatatttctgtt-cttgcagagaatggagcagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctga 4124221  T
Q  152 cacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaa 251  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |  ||||||||||| ||    
T  4124220 cacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtactcaaagattgtccaaggctgtctgaggtatcccatacaattggacatcttaa 4124121  T
Q  252 gaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctgga 351  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4124120 gaaagttcttttgataaatttgaaagattgtactagcctttctaaccttccaagaaacatttattcgttgaaatctctgaaaactctcattctatcggga 4124021  T
Q  352 tgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataacaaaagtg 441  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||    
T  4124020 tgtttaatgattgacaagttggaagaggagttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgcaaataatactgctataacaaaagtg 4123931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 104 - 440
Target Start/End: Original strand, 4360829 - 4361165
Alignment:
Q  104 ggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaa 203  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||    
T  4360829 ggatggagcagctgaaaattctcaatcttagtcattctcaatatctgacacagacgcctgacttttcatacttgcctaatcttgaaaagctagtacttaa 4360928  T
Q  204 agactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttcca 303  Q
    ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||    
T  4360929 agattgtccaaggctgtctgagatttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgcattagcctttgtaaccttcca 4361028  T
Q  304 agaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatctttaa 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4361029 agaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgttcaatgattgacacgttggaagaggacttggaacaaatggaatctttaa 4361128  T
Q  404 ccactctgattgcaaatgacactggtataacaaaagt 440  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4361129 ccactctgattgcaaataacactggtataacaaaagt 4361165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 64 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 4320987 - 4320612
Alignment:
Q  64 ttatctgtaagttttctataatatttctgtttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctg 163  Q
    ||||| |||| || |||||||||||| | ||| |||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  4320987 ttatccgtaacttctctataatatttttattt-ttgcagaggatggagcagctgaagattctaaatcttagtcattctcatcatttgacacagacccctg 4320889  T
Q  164 acttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattctttt 263  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||| || || ||||||||| |||||||||| || |||||||||||||| ||| || ||||    
T  4320888 acttttcatacttgcctaatcttgaaaagctagtgctcgaagattgcccaaggctgtctcaggtttcccatagcattggacatctcaaaaaagttgtttt 4320789  T
Q  264 gataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagatt 363  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  4320788 gataaatttgaaagattgtattagcctttgtagccttccaagaaacatctatacgttgaaaactctgaatactctcattctatcgggatgtttaatgatt 4320689  T
Q  364 gacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataacaaaagt 440  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  4320688 gacaagttggaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccaccctgattgcaaataatactggtataacaaaagt 4320612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 94 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 4133762 - 4133417
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    |||||||||||| ||||| |  | ||| |||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||| || |||||| || ||||||| || ||||| |    
T  4133762 ttcttgcagaggctggagaatctaaaatttctcaatcttagtcattctcattgtctagtacagaccccagatttttcacacatgcctaatctagaaaaac 4133663  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    |  | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |  ||||| |||||| | ||| ||||  | |||||||||||||| ||||  || ||| |    
T  4133662 taatactcaaagattgtccaaggctgtctgaggtttcccataccattggtcatctccataaagttctcattataaatttgaaagactgtactagccttcg 4133563  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||  |||||||| || ||  |||||||||||||||||    
T  4133562 taaccttccaagaaccatctattcgttgaaatctctgaaaactcttattctttctggctgtttaattattgacaaattgga--aggacttggaacaaatg 4133465  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataacaaaagtg 441  Q
    || |||||||||||||||||||   || ||||||  ||||||||||||    
T  4133464 gagtctttaaccactctgattgtggataacactgcaataacaaaagtg 4133417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 118 - 441
Target Start/End: Original strand, 6728172 - 6728495
Alignment:
Q  118 aaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggc 217  Q
    |||||||| ||||||||||||||||   || ||||  | ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||      
T  6728172 aaaattcttaatcttagtcattctctggatttgactgaaaccccagacttttcctacttacctaatcttgaaaagctcgtgctcaaaaactgtccaagtt 6728271  T
Q  218 tgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatac 317  Q
    |||||  ||| |||||||| ||||||  |||  | ||||||||| |||||||||||| ||| ||     ||||| | || ||||||||||||||||| |     
T  6728272 tgtctacggtctcccaaagcattggatctctacaaaaaattcttctgataaatttgagagactgcgcaggtcttcggaaacttccaagaaacatctacaa 6728371  T
Q  318 gttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgca 417  Q
    ||| ||||||||  ||||| | ||||| || |||||||  | ||||||||| || || |||||| ||||||| |||||||| || || ||  |||||||     
T  6728372 gttaaaatctctagaaactttgattctttcaggatgttccatgattgacaaattggaggaggacgtggaacagatggaatcattgacaaccttgattgcg 6728471  T
Q  418 aatgacactggtataacaaaagtg 441  Q
     || | |||| |||||||||||||    
T  6728472 gataagactgctataacaaaagtg 6728495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 118 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 6621822 - 6621500
Alignment:
Q  118 aaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggc 217  Q
    |||||||| |||||||||||||||    || ||||  | ||||| || ||||||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||      
T  6621822 aaaattcttaatcttagtcattctttggatttgactgaaaccccagatttttcatacatgcctaatctcgaaaagctagtgctcaaagactgtccaagtt 6621723  T
Q  218 tgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatac 317  Q
    |||||   || ||||| || ||||||  |||| | ||| ||||  | |||||||||| ||| || ||  ||||| |||| |||||||||| ||||||||     
T  6621722 tgtctacagtctcccatagcattggatctctccataaacttctccttataaatttgacagactgcatacgtcttcgtaaacttccaagaagcatctataa 6621623  T
Q  318 gttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgca 417  Q
     || ||||||||  ||||| | ||||| || |||||||  | ||||||||| || || |||||||||||||| |||||||| || || ||  |||||||     
T  6621622 attaaaatctctagaaactttaattctttcaggatgttccatgattgacaaattggaggaggacttggaacagatggaatcattgacaaccttgattgcg 6621523  T
Q  418 aatgacactggtataacaaaagt 440  Q
     || | |||| ||||||||||||    
T  6621522 gataagactgctataacaaaagt 6621500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 241 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 7885583 - 7885383
Alignment:
Q  241 ggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctca 340  Q
    ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||   | ||| |  | |||||||| | ||| |||| |||  | || |||||||| ||||    
T  7885583 ggacatctcaaaaagattcttttaataaatttgaaagattgtacaggccttcgagaacttccaaggagcatatataagttagactcgctgaaaacactca 7885484  T
Q  341 ttctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataacaaaagt 440  Q
    |||| |||||||||  ||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||  || ||||  ||||||||| ||| |||| |||    
T  7885483 ttctgtctggatgtacaaaaattgacaagttagaagaggatatagaacaaatgaaatctttaaccaccttggttgcggatgacactgctatcacaagagt 7885384  T
Q  441 g 441  Q
    |    
T  7885383 g 7885383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 118 - 398
Target Start/End: Original strand, 6675469 - 6675749
Alignment:
Q  118 aaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggc 217  Q
    |||||||| |||||||||||||||||  || || |  | ||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||      
T  6675469 aaaattcttaatcttagtcattctcaaaatttggctgaaaccccagacttttcatacttgcccaatattgaaaagctggtgctcaaagactgtccaagtt 6675568  T
Q  218 tgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatac 317  Q
    |||||  ||| ||||| || ||||||  |||| | ||  ||||| ||||||||||||  || || |   |||||   || ||||| |||| ||| |  |     
T  6675569 tgtctacggtctcccatagcattggatctctccataagcttcttatgataaatttgacggactgcactggtcttcaaaaacttccgagaagcatttgcaa 6675668  T
Q  318 gttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatc 398  Q
     || ||||||||  ||||| | ||||| ||||||||||  ||||||||||| || || |||||| ||||||| ||||||||    
T  6675669 attaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttccaagattgacaaattggaggaggacgtggaacagatggaatc 6675749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 118 - 401
Target Start/End: Original strand, 6815236 - 6815519
Alignment:
Q  118 aaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggc 217  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||   || ||||  | ||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||| || |||||| | ||||| ||      
T  6815236 aaaattcttaatctaagtcattctccagatttgactgaaaccccagactttacatacttgccaaatcttgaaaagctagtactcaaaaattgtccaagtt 6815335  T
Q  218 tgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatac 317  Q
    |||||   || ||||| |||||||||  |||  | ||||||||| | |||||||||| ||| || |   ||||| | || |||||||||| || |||||     
T  6815336 tgtctacagtctcccatagtattggatctctacataaaattcttctcataaatttgacagactgcacaggtcttcggaaacttccaagaagcaactataa 6815435  T
Q  318 gttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatcttt 401  Q
     || ||||||||  ||||| | ||||| ||||||||||  | |||||| || || || |||||||||||||| |||||||||||    
T  6815436 attaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttccatgattgaaaaattggaggaggacttggaacagatggaatcttt 6815519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 118 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 6498841 - 6498519
Alignment:
Q  118 aaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggc 217  Q
    |||||||| |||||||||||||||||  || |||   | ||||| |||||| | |||||||||||  |||||||||| || |||||||||||||| ||      
T  6498841 aaaattcttaatcttagtcattctcagaatttgattgaaaccccagactttacgtacttgcctaatattgaaaagctagtactcaaagactgtccaagtt 6498742  T
Q  218 tgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatac 317  Q
    |||||  ||| ||||| || ||||||  ||||   ||| ||||  |||| |||||||  || || |   |||||   |||||||| |||| ||||||||     
T  6498741 tgtctacggtctcccatagcattggatctctctgtaaacttctaatgattaatttgacggactgcactggtcttcaaaaccttccgagaagcatctataa 6498642  T
Q  318 gttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgca 417  Q
     || ||||||||  ||||| | ||||| ||||||||||  ||||||||||| || || |||||| ||||||| |||||||| || || ||  |||||||     
T  6498641 attaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttccaagattgacaaattggaggaggacgtggaacagatggaatcattgacaaccttgattgcg 6498542  T
Q  418 aatgacactggtataacaaaagt 440  Q
     || | |||| ||||||||||||    
T  6498541 gataagactgctataacaaaagt 6498519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 118 - 399
Target Start/End: Original strand, 6837040 - 6837321
Alignment:
Q  118 aaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggc 217  Q
    |||||||| |||||||||||||||||  || ||||  | || || ||||| |||||  |||| || ||||||||||| || |||||||||||||| ||      
T  6837040 aaaattcttaatcttagtcattctcaggatttgactgaaactccagacttctcatatatgccgaatcttgaaaagctagtactcaaagactgtccaagtt 6837139  T
Q  218 tgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatac 317  Q
    |||||| ||| ||||| || ||||||  |||| | ||| ||||| |||||||||| |   | || |   ||||| | || ||||| |||| |||||||||    
T  6837140 tgtctgcggtctcccatagcattggatctctccataaacttcttctgataaatttaacgaactgcacaggtcttcggaaacttccgagaagcatctatac 6837239  T
Q  318 gttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatct 399  Q
     || ||||||||  ||||| | ||||| ||||||||||  | ||||||||| || || ||||| |||| ||| |||||||||    
T  6837240 attaaaatctctacaaactttgattctttctggatgttccatgattgacaaattggaggaggatttggtacagatggaatct 6837321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 118 - 398
Target Start/End: Original strand, 6796553 - 6796833
Alignment:
Q  118 aaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggc 217  Q
    |||||||| |||||||||||||| |   || ||||  | ||||| |||||| ||||||| || || ||||||||||| || || ||| | ||||| ||      
T  6796553 aaaattcttaatcttagtcattccctggatttgactgaaaccccagactttacatacttaccaaatcttgaaaagctagtactaaaaaattgtccaagtt 6796652  T
Q  218 tgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatac 317  Q
    |||||  ||| ||||| || ||||||  |||  | ||||||||| | |||||||||| ||| || ||  ||||| | || |||||||||| |||||||||    
T  6796653 tgtctacggtctcccatagcattggatctctacataaaattcttctcataaatttgacagactgcataggtcttcggaaacttccaagaagcatctatac 6796752  T
Q  318 gttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatc 398  Q
     || ||||||||  ||||| | ||||| |||||||||   | |||||| || || || |||||||||||||| ||||||||    
T  6796753 attaaaatctctagaaactttgattctttctggatgtaccatgattgaaaaattggaggaggacttggaacagatggaatc 6796833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 157 - 398
Target Start/End: Original strand, 6650872 - 6651113
Alignment:
Q  157 acccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaa 256  Q
    ||||| |||||||||| | ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||  |  ||| ||| ||||  || ||||||  |||  | |||     
T  6650872 accccagacttttcattcatgcctaatcttgaaaagctagtactcaaagactgtccaagattaactgcggtctcccgtagcattggatctctgcataaac 6650971  T
Q  257 ttcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgttt 356  Q
    ||||| | |||||||||| ||| || |  ||||||   || ||||| |||| ||| ||||  || ||||||||  ||||| | ||||| ||||||||||     
T  6650972 ttcttctaataaatttgacagactgcacaagtcttcagaaacttcctagaagcatatataaattaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttc 6651071  T
Q  357 aaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatc 398  Q
     ||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||    
T  6651072 caagattgacaaattggaggaggacttggaacagatggaatc 6651113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 118 - 398
Target Start/End: Original strand, 6752726 - 6753006
Alignment:
Q  118 aaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggc 217  Q
    |||||||| |||||||||||||||||  || ||||  | || || |||||||||||  ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||      
T  6752726 aaaattcttaatcttagtcattctcaggatttgaccgaaactccagacttttcatatatgcctaatcttgaaaagcttgtactcaaagactgtccaagtt 6752825  T
Q  218 tgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatac 317  Q
    |||||   || ||||| || ||||||  |||  | ||  ||||| ||||| |||||| ||| || |  ||||||   || ||||| |||  ||| ||||     
T  6752826 tgtctacagtctcccatagcattggatctctacataatcttcttctgatagatttgacagactgcacgagtcttcagaaacttcctagatgcatatataa 6752925  T
Q  318 gttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatc 398  Q
     || ||||||||  ||||| | ||||| ||||||||||  | ||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||    
T  6752926 attaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttccatgattgacaaattggaggaggacttggaacagatggaatc 6753006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 116 - 212
Target Start/End: Original strand, 6758488 - 6758584
Alignment:
Q  116 tgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtcc 212  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||   || ||||  | | ||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6758488 tgaaaattcttaatcttagtcattctctggatttgactaaaagcccagacttttcctactttcctaatcttgaaaagctggtgctcaaaaactgtcc 6758584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 120 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 6532545 - 6532391
Alignment:
Q  120 aattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggctg 219  Q
    |||||| ||||||||||||||||   || ||||  | |||||  ||||||||||  ||||||| ||||||||| | || |||||||||||||| ||  ||    
T  6532545 aattcttaatcttagtcattctctacatttgactgaaaccccaaacttttcatatatgcctaatcttgaaaagttagtactcaaagactgtccaagtttg 6532446  T
Q  220 tctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttga 274  Q
    |||| ||| ||||| || ||||||  |||| | ||| ||||| ||||||||||||    
T  6532445 tctgcggtctcccatagcattggatctctccaaaaacttcttctgataaatttga 6532391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 118 - 203
Target Start/End: Original strand, 6772870 - 6772955
Alignment:
Q  118 aaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaa 203  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||| || ||||  | ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||    
T  6772870 aaaattcttaatcttagtcattcccatgatttgaccgaaaccccagacttttcatacttgccgaatcttgaaaagctagtactcaa 6772955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 118 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 6588511 - 6588417
Alignment:
Q  118 aaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtcc 212  Q
    |||||||| ||||||||||||||||   || ||||  | ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  6588511 aaaattcttaatcttagtcattctctagatttgactgaaaccccagacttttcctacttacctaatcttgaaaagcttgtgctaaaaaactgtcc 6588417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 253 - 398
Target Start/End: Original strand, 6758625 - 6758770
Alignment:
Q  253 aaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggat 352  Q
    ||| ||||| |||||||||||| ||| || ||  ||||| | || ||||| |||| |||||| || || ||||||||  ||||| | ||||| || ||||    
T  6758625 aaacttcttctgataaatttgacagactgcataggtcttaggaaacttccgagaagcatctaaacattaaaatctctagaaactttgattctctcaggat 6758724  T
Q  353 gtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatc 398  Q
    |  | ||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||    
T  6758725 gcatcaagattgacaaattggaggaggacttggaacagatggaatc 6758770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 26)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 94 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 5690498 - 5690156
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    |||||| ||| ||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  | ||||||| ||||||||||    
T  5690498 ttcttgtagatgatggagaagcttaaaattctcaatcttagtcactctcattatctgacacagaccccagacttttcaatcatgcctaatcttgaaaagc 5690399  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    |  | |||||||| ||||| ||| ||  |||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||     
T  5690398 taatactcaaagattgtccaaggttgcgtgaggtttcccatagcattggacatctcgacaaaattcttctgataaatttggaagattgtattagcctttc 5690299  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || |||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5690298 taaccttccaagaagcatctataagttgaaatctctgaaaactctcattctttccgggtgttcaatgattaacaagttggaagaggacttggaacaaatg 5690199  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataacaa 436  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  5690198 gaatctttaaccactctgcttgcaaatgacactggaataacaa 5690156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 94 - 420
Target Start/End: Original strand, 5447329 - 5447655
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    |||||||||||||||||  |  |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| | | ||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  5447329 ttcttgcagaggatggaaaatctgaaaaatctcaatcttagtcattctcatcgtctgacaaacatcccggacttttcatgcttgcctaatcttgaaaagc 5447428  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    | || |||||||| ||||| | | ||||||||||||| |  || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||  | ||  |    
T  5447429 tagtactcaaagattgtccaatgttgtctgaggtttctcctagcattggacatctcaataaaattcttctgataaatttggaagattgtattggcctagg 5447528  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
    |||||| ||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||    
T  5447529 taacctcccaagaagcatctataagttgaaatctttgaaaactctcattctttctggttgtttaaagattgacaagctggaagaggacttggaacagatg 5447628  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgcaaat 420  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  5447629 gaatctttaaccactctgcttgcaaat 5447655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 94 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 5128756 - 5128423
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    |||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  5128756 ttcttgcagatgatggagaagctgaaaattctcaatcatagtcattctcattgtctgacacacaccccagacttttcatatttacctaatcttgaaaagc 5128657  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    | || |||||||| ||| | | | |||||||||||||    || || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| || || || ||    
T  5128656 tagtactcaaagattgttcaatgttgtctgaggtttctactagcatcggacatctcaataaaattcttctgataaatttggaagattgcattagcctatg 5128557  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
    || ||| ||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5128556 tagcctcccaagaagcatctataagttgaaatctttgaaaactctcattctttctggttgtataatgattgacaagttggaagaggacttggaacaaatg 5128457  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgcaaatgacactg 427  Q
    ||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||    
T  5128456 gaatcattaacaactctgcttgcaaataacactg 5128423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 80 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 5182279 - 5181919
Alignment:
Q  80 tataatatttctgtttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcc 179  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| || ||||||||| |||||||    
T  5182279 tataacatttctgtt-cttgcagaggctggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattttctgtcaaagactccagacttttcaaacttgcc 5182181  T
Q  180 taaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagat 279  Q
    |||||||||| || | || |||| ||| ||||||| | ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||    
T  5182180 taaccttgaacagttagtactcacagattgtccgaagttgtctgaagtttcccaaagtattggagatctcaataaaatacttttgataaatttggaagat 5182081  T
Q  280 tgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagagg 379  Q
    || || || |||   | ||||||||||| ||||||||  ||||||||  | || ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| |||||||    
T  5182080 tgcattagccttcaaagccttccaagaagcatctataatttgaaatcattaaacactctcattctttctgggtgtttaatgattgacaagttggaagagg 5181981  T
Q  380 acttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataacaaaagtg 441  Q
    | |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||||  ||||||| ||||    
T  5181980 atttggaacaaatgaaatctttaaccacattgattgcaaataacactgcaataacaagagtg 5181919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 94 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 5354953 - 5354611
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||    
T  5354953 ttcttgcagagaatggagcatctgaaaattctcaatcttagtcattcacattgtctgacacatacccctgacttttcttacatgcctaatcttgaaaagc 5354854  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    | || |||||||| ||||| | | | ||||| ||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| || || |  ||||     
T  5354853 ttgtactcaaagattgtccaatgttatctgaagtttctccaagcattggacatctcaataaaattcttctgataaatttcaaagactgcattaacctttc 5354754  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
    || ||| ||||||| |||||| | |||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||  |||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  5354753 tagcctcccaagaagcatctacaagttgaaatctttgaaaactctcattctttctggttgtaaaaagttagacaagttggaagaggacttggaacaattg 5354654  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataacaa 436  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||  |||||||    
T  5354653 gaatctttaaccaccctgcttgcaaatgacactgcaataacaa 5354611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 94 - 441
Target Start/End: Original strand, 5176481 - 5176828
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||| ||||||||||    
T  5176481 ttcttgcagaggatggagaagctgaaaattcttaatcttagtcattctcattatctgacagagaccccagacttttcaaacatgcctaatcttgaaaagc 5176580  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    |  | |||| ||| || || ||| ||  |||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||| ||||||| ||| |||||||||| || |||      
T  5176581 ttatactcatagattgcccaaggttgcgtgaggtttcccatagcattggacatctcgataaaattcttctgataaacttggaagattgtattagccttca 5176680  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
     |  ||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5176681 gagtcttccaagaagtatctataagttgaaatctttgaaaacactcattctttctgggtgttcgatgattgacaagttggaagaggacttggaacaaatg 5176780  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataacaaaagtg 441  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||  ||||||| ||||    
T  5176781 gaatctttaactactctgcttgcaaataacactgcaataacaagagtg 5176828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 94 - 441
Target Start/End: Original strand, 5278308 - 5278655
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||| ||||||||||    
T  5278308 ttcttgcagaggatggagaagctgaaaattcttaatcttagtcattctcattatctgacagagaccccagacttttcaaacatgcctaatcttgaaaagc 5278407  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    |  | |||| ||| || || ||| ||| ||||||||| || || |||||| ||||| | ||||||||| ||||||| ||| |||||||||| || |||      
T  5278408 ttatactcatagattgcccaaggttgtgtgaggtttctcatagcattggatatctcgataaaattcttctgataaacttggaagattgtattagccttca 5278507  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
     |  ||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5278508 gagtcttccaagaagtatctataagttgaaatctttgaaaacactcattctttctgggtgttcgatgattgacaagttggaagaggacttggaacaaatg 5278607  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataacaaaagtg 441  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||  ||||||| ||||    
T  5278608 gaatctttaactactctgcttgcaaataacactgcaataacaagagtg 5278655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 94 - 433
Target Start/End: Original strand, 5096450 - 5096789
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    |||||||||||||||||  |  |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  5096450 ttcttgcagaggatggaaaaactgaaaattctaaatcttagtcattctcattgtctgacacacaccccagacttttcatacatgcctaatcttgagaagc 5096549  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    |||| || ||||| ||||| | | ||||||||||||| |  || |||||| ||||||   |||||||| | ||| ||||| |||||||| | || ||| |    
T  5096550 tggtacttaaagattgtccaatgttgtctgaggtttctcctagcattggaaatctcagtgaaattcttctaatagatttggaagattgtgttagccttcg 5096649  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
    || ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||| |||| ||||||||| | |||||||||    
T  5096650 tagccttccaggaagcatctataagttgaaatctctgaaaactctcattctttctgggtgtataatgattgacgagttggaagaggacatagaacaaatg 5096749  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataa 433  Q
    ||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||    
T  5096750 gaatcattaaccattctgcttgcaaataacactggaataa 5096789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 94 - 440
Target Start/End: Original strand, 5344603 - 5344949
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    ||||| |||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||     
T  5344603 ttcttacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagt 5344702  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    | || |||   || ||||| ||  ||| |||| |||| || || |||||| ||||||||||||||||| | || |||||| |||| ||||| || || ||    
T  5344703 tagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatg 5344802  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
    || ||| ||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  5344803 tagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatg 5344902  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataacaaaagt 440  Q
     |||||||||||| |||||| |||||| ||||||  |||||||||||    
T  5344903 aaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagt 5344949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 94 - 427
Target Start/End: Original strand, 5433777 - 5434110
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    ||||||||||| |||||| || |||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||| | |||||||| |||||||||     
T  5433777 ttcttgcagagaatggagaagctgaaaattcttaaccttagtcattgtcattatctgacacaaacaccagacttttcaaatttgcctaatcttgaaaagt 5433876  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    | || |||| ||| ||||| || || |||||| |||| |  || ||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||  | || ||    
T  5433877 tagtactcacagattgtccaagtctttctgagatttctcctagcattggccatctcaatgaaattcttctgataaatttggaagattgtattggcctatg 5433976  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
    |||||| ||||||| ||| |||| |||||||||| ||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||    
T  5433977 taacctcccaagaagcatatataagttgaaatctttgaaaactctcatccttactggctgtttaaagattgacaatttggaagatgacttggaacatatg 5434076  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgcaaatgacactg 427  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  5434077 gaatctttaaccactctgcttgcaaataacactg 5434110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 97 - 417
Target Start/End: Original strand, 5425655 - 5425975
Alignment:
Q  97 ttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctgg 196  Q
    |||||| |||||||  || |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||    
T  5425655 ttgcagtggatggaaaagctgaaaattctaaatcttagtcattctcattgtctgacgcgcacccctgactttacattcatgcctaatcttgaaaagctgg 5425754  T
Q  197 tgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaa 296  Q
    |||||||||| ||||| | | |||||||| |||| |  || |||||| ||||||   |||||||| | ||||||||  |||||||| |  | |||   |     
T  5425755 tgctcaaagattgtccaatgttgtctgagatttctcctagcattggaaatctcagagaaattcttctaataaatttagaagattgtgttcgccttcaaag 5425854  T
Q  297 ccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaa 396  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| |||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||    
T  5425855 ccttccaagaaacatctataagttgaaatctctgaaaactctcattctttctgggtgtgtaatgattgacaagttggaagaggacatagaacaaatggaa 5425954  T
Q  397 tctttaaccactctgattgca 417  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  5425955 tctttaaccactctgattgca 5425975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 100 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 5074241 - 5073916
Alignment:
Q  100 cagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgc 199  Q
    |||||| ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || || || |||||| |||||||||| |||||| | || || |    
T  5074241 cagaggttggagaagctgaaaatactcaatcttagtcattctcattatctgacgcaaactccagatttttcaaacttgcctaatcttgaacaactagtac 5074142  T
Q  200 tcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaacct 299  Q
    ||| ||| ||||| ||| |||| |||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||   | |||    
T  5074141 tcacagattgtccaaggttgtcagaggtttctcatagtattgaacatctcaataaaattcttctgataaatttggaagattgtattggtcttcagagcct 5074042  T
Q  300 tccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatct 399  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || || |||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||| |||  ||||    
T  5074041 tccaagaagtatctataagttgaaatctctaaaaactctcattctttccgggtgttcaatgattgacaagttggaagaggacttagaacagatgacatct 5073942  T
Q  400 ttaaccactctgattgcaaatgacac 425  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||    
T  5073941 ttaaccactctgatagcaaataacac 5073916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 94 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 5102953 - 5102637
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    |||||||||||| ||||  || |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  5102953 ttcttgcagaggttggaaaagctgaaaattctaaatcttagtcattctcattgtctgacgcacacccctgacttttcatacttgcctaatcttgagaagc 5102854  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    |||| |||||||| ||||| | | ||||||||||||  |  |  |||||| ||||||   |||| ||| | ||| ||||| |||||||| | || ||| |    
T  5102853 tggtactcaaagattgtccaatgttgtctgaggtttgtcctaccattggagatctcactgaaatacttctaatagatttggaagattgtgttagccttcg 5102754  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
    || ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||  |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  5102753 tagccttccaagaagcatctataagttgaaatctttgaaaatactcattctttctgggtgtttaatgattgacaagttggaagacgacttggaacaaatg 5102654  T
Q  394 gaatctttaaccactct 410  Q
    ||||| |||||||||||    
T  5102653 gaatcattaaccactct 5102637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 81 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 5284740 - 5284409
Alignment:
Q  81 ataatatttctgtttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcct 180  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  | ||||||||||||  || |||||    
T  5284740 ataatatttatgtt-cttgcagaggatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattcccattatctcacacgaagccctgacttttcgaacatgcct 5284642  T
Q  181 aaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagatt 280  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |  || |||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||  ||| ||    
T  5284641 aatcttgaaaagctagtgctcaaagattgtccaaggctatctgaggtttcacctagcattggaaatctcaataaaattgctttgataaattttgaaggtt 5284542  T
Q  281 gtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagagga 380  Q
    |||| ||  | |||| ||| ||| ||| |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| | ||| |||| || |||||||||||| ||||||||    
T  5284541 gtattagcttatgtagcctcccacgaagcatctataagttgaaatctctaaaaactttcattctttttgggtgttcaatgattgacaagttggaagagga 5284442  T
Q  381 cttggaacaaatggaatctttaaccactctgat 413  Q
    ||| ||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  5284441 cttagaacagatgacatctttaaccactctgat 5284409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 94 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 5067033 - 5066710
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    |||||||||||||||||  || |||||||||| |||||||| |||||||||| |||||  || |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  5067033 ttcttgcagaggatggaaaagctgaaaattctaaatcttagccattctcattgtctgatgcacacccctgacttttcatatatgcctaatcttgaaaagc 5066934  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    | || |||||||| ||||| |   |||| |||||||| |  |  || ||| | ||||   |||||||| | ||| ||||| |||||||| | || ||| |    
T  5066933 tagtactcaaagattgtccaatattgtccgaggtttctcctacaataggaaaactcagtgaaattcttctaatagatttggaagattgtgttagccttcg 5066834  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  5066833 taaccttccaagaagcatctataagttgaaatctcttaaaactctcattctttctgggtgtataatgattgacaagttagaagaggacatagaacaaatg 5066734  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgca 417  Q
    |||||||||||||||||| |||||    
T  5066733 gaatctttaaccactctgcttgca 5066710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 81 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 5257685 - 5257326
Alignment:
Q  81 ataatatttctgtttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcct 180  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | || ||| |||   | ||||||||||||  || |||||    
T  5257685 ataatatttatgtt-cttgcagaggatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattcccgttgtctcacaagaagccctgacttttccaacatgcct 5257587  T
Q  181 aaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagatt 280  Q
    || ||||||||| | || |||||||| ||||| | ||| |||  ||||||   ||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  5257586 aatcttgaaaagttagtactcaaagattgtccaatgctatctagggtttcttcaagcattggaaatctcaagaaaattgttttgataaatttggaagatt 5257487  T
Q  281 gtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagagga 380  Q
    |||| ||  | ||  | || ||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||| || |||||||||||| ||||||||    
T  5257486 gtattagcttatgcgaactcccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaactttcattctttctgggtgttcaatgattgacaagttggaagagga 5257387  T
Q  381 cttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataacaaaagtg 441  Q
    ||| ||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||  ||||||| ||||    
T  5257386 cttagaacagatgacatctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtg 5257326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 80 - 436
Target Start/End: Original strand, 5383055 - 5383410
Alignment:
Q  80 tataatatttctgtttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcc 179  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||    ||||||| || || ||||||||||||||||| |||   |||||||| ||||| ||| | |||||    
T  5383055 tataatatttatgtt-cttgcagaggatggagatactgaaaatcctaaaccttagtcattctcattacctggtgcagaccccagacttctcaaatttgcc 5383153  T
Q  180 taaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagat 279  Q
    ||| ||||||||||| || |||  ||| ||||||||| |||| |||||||| |  || |||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| ||||     
T  5383154 taatcttgaaaagctagtactcgcagattgtccgaggttgtccgaggtttctcctagcattggagatctcaagaaaattcttctgattaatttggaagac 5383253  T
Q  280 tgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagagg 379  Q
    ||| | || || |||| ||| ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||| |||||||    
T  5383254 tgtgttagcctatgtagcctcccaagaagcatttataagttgaaatctctgaaaactctcattctttctggttgtttaaagattaccaagttggaagagg 5383353  T
Q  380 acttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataacaa 436  Q
    || | |||||||||||||||||||| ||| || ||||| || ||||||  |||||||    
T  5383354 acatagaacaaatggaatctttaactactttgcttgcagataacactgcaataacaa 5383410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 94 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 5157967 - 5157634
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    |||||||||| ||||||  || | |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  5157967 ttcttgcagatgatggaaaagctaaaaattctaaatcttagtcattctcattgtctgacgcacaccccagacttttcatacatgcctaatcttgagaagc 5157868  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    |||| |||||||| ||||| | | ||||||||||||| |  || |||||| ||||||   |||||||| | ||| ||||| |||||||| | || ||| |    
T  5157867 tggtactcaaagattgtccaatgttgtctgaggtttctcctagcattggaaatctcagtgaaattcttctaatagatttggaagattgtgttagccttcg 5157768  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
     | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | | ||||| || || ||| ||| |||||||||||| ||||||||| | ||||| |||    
T  5157767 aagccttccaagaagcatctataagttgaaatctctgaaaattttaattctttcagggtgtataatgattgacaagttggaagaggacatagaacagatg 5157668  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgcaaatgacactg 427  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  5157667 gaatctttaaccactctgcttgcacacgacactg 5157634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 94 - 426
Target Start/End: Original strand, 5446899 - 5447231
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    |||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| | ||||||||||||| ||  |||||| ||| |||| |    
T  5446899 ttcttgcagaggatggagaagctaaaaattctcaatcttagccattcgcactatctcacacaaagccctgacttttcaaacacgcctaatcttcaaaaac 5446998  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    | || |||||||| || ||   | ||||||||||||| |  || ||  |||||||||| ||||||||| ||||||| ||| |||| || || || || ||    
T  5446999 tagtactcaaagattgcccactgttgtctgaggtttcacctagcatcagacatctcaataaaattcttctgataaacttggaagactgcattagcctatg 5447098  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
    || ||| |||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||  |||||    
T  5447099 tagcctcccaaaaagcatctataagttgaaatctttgaaaactctcgttctttctggttgtttaaagattgacaaggtggaagaggacttcgagaaaatg 5447198  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgcaaatgacact 426  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| |||||    
T  5447199 gaatctttaaccactcttcttgcaaataacact 5447231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 94 - 427
Target Start/End: Original strand, 5370313 - 5370646
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    |||||||||| ||||||  || | |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||     
T  5370313 ttcttgcagatgatggaaaagctaaaaattctaaatcttagtcattctcattgtctgacgcacaccccagacttttcatacttgcctaagcttgaaaagt 5370412  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    | || |||||||| ||| | | ||||||||||||||| |  || |||||  |||||    |||||||| | ||| ||||  |||||||| | || ||| |    
T  5370413 tagtactcaaagattgttcaatgctgtctgaggtttctcctagcattgggaatctcggcgaaattcttctaatagattttgaagattgtgttagccttcg 5370512  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
    |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| || ||||| ||||| || || ||| ||| |||||| ||||| ||||||||  | ||||| |||    
T  5370513 taaccttccaagaagcatttataagttgaaatctctaaagactcttattctttcagggtgtgtaatgattgagaagttggaagaggatatagaacagatg 5370612  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgcaaatgacactg 427  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||    
T  5370613 gaatcattaaccactctgcttgcaaataacactg 5370646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 116 - 417
Target Start/End: Original strand, 5350160 - 5350459
Alignment:
Q  116 tgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgag 215  Q
    |||||||||| |||||||||||||||  || ||||||||| ||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |     
T  5350160 tgaaaattctaaatcttagtcattcttgttgtctgacacacaccc--gacttttcatacatgcctaatcttgaaaagctagtactcaaagattgtccaat 5350257  T
Q  216 gctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctat 315  Q
    | |||| |||||||| |  || |||||| ||||||   |||||||| | ||| ||||| | |||||| | || |||   | ||||||||||| ||||| |    
T  5350258 gttgtccgaggtttctcctagcattggagatctcagtgaaattcttctaatagatttggaggattgtgttagccttcaaagccttccaagaagcatcttt 5350357  T
Q  316 acgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctgattg 415  Q
    | |||||||||||| |||||||||||||| || || ||| ||| |||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5350358 aagttgaaatctctcaaaactctcattctttcagggtgtataatgattgacaagttggaagaggacatagaacaaatggaatctttaaccactctgcttg 5350457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 80 - 427
Target Start/End: Original strand, 5396679 - 5397025
Alignment:
Q  80 tataatatttctgtttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcc 179  Q
    |||||||||| |||| |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||    
T  5396679 tataatatttatgtt-cttgcagaggctggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattatttgacacagaccccagacttttcaaacatgcc 5396777  T
Q  180 taaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagat 279  Q
    ||| |||||| | || ||  |||  || ||||| | | |||| || |||||||| | ||||||| |||| || ||||| ||| | ||||||||| |  ||    
T  5396778 taatcttgaacaactagtagtcactgattgtccaaagttgtcagaagtttcccataatattggagatctgaaaaaaatacttctaataaatttggagaat 5396877  T
Q  280 tgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagagg 379  Q
    ||||| |  |||   | |||||||||||  || |||| ||||||||| ||  |||||||  |||| ||||| ||||||  ||||||||| || ||||| |    
T  5396878 tgtattaagcttcaaagccttccaagaagtatttataagttgaaatcactacaaactcttcttctttctgggtgtttactgattgacaaattggaagaag 5396977  T
Q  380 acttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgcaaatgacactg 427  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||  || |||||||| ||||||    
T  5396978 atttggaacagatggaatctttaaccaccttggttgcaaataacactg 5397025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 118 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 5244182 - 5243910
Alignment:
Q  118 aaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggc 217  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||| || | || ||||||||||| || |||||||| ||| |   |     
T  5244182 aaaattctaaatcttagtcattctcattgtctgacgcacaccccagacttttcatacatgtcaaatcttgaaaagctagtactcaaagattgttcagtgt 5244083  T
Q  218 tgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatac 317  Q
    |||| ||| |||| |  || |||||  ||||||   |||||||| | ||| ||||| |||||||| | || ||| | | ||||||||||| ||||||||     
T  5244082 tgtccgagatttctcctagcattgggaatctcagtgaaattcttctaatagatttggaagattgtgttagccttcgaagccttccaagaagcatctataa 5243983  T
Q  318 gttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaa 390  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| || || ||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  5243982 gttgaaatctctgaaaactttcattctctcagggtgtataatgattgagaagttggaagaggacttggaacaa 5243910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 94 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 5147235 - 5147046
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    |||||||||||||||||| || | ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||||| | |||||||||| |||||| | |    
T  5147235 ttcttgcagaggatggagaagctaaaaattctcaagcttagtcactctcattatttgacacagaccccaaactttttaaacttgcctaatcttgaacaac 5147136  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgta 283  Q
    | || |||   || ||||| | | ||||||| ||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  5147135 tagtactctctgattgtccaatgttgtctgaagtttctcatagtattggatatctcaataaaattcttctgataaatttggaagattgta 5147046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 332 - 436
Target Start/End: Original strand, 5281280 - 5281384
Alignment:
Q  332 aaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtat 431  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||  ||    
T  5281280 aaactctgattctttctgggtgttcaatgattaacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatccttaacgaccctgattgctaatgacactgcaat 5281379  T
Q  432 aacaa 436  Q
    |||||    
T  5281380 aacaa 5281384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 332 - 427
Target Start/End: Original strand, 5179521 - 5179616
Alignment:
Q  332 aaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgcaaatgacactg 427  Q
    ||||||| ||||| ||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||    
T  5179521 aaactctgattctttctgggtgttcaaagattaacaagttggaagaggacttggaagaaatggaatccttaacgaccctgattgctaatgacactg 5179616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 80 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 36214181 - 36213821
Alignment:
Q  80 tataatatttctgtttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcc 179  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || |||||| || ||||    
T  36214181 tataacatttctgtt-cttgcagaggctggaaaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacaaagactccagatttttcaaacatgcc 36214083  T
Q  180 taaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagat 279  Q
    |||||||||||| || || |||| ||| ||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||| |||||    
T  36214082 taaccttgaaaaactagtactcacagattgtccaagattgtctgaggtttcccacagtattggacatctcaataaagttcttctaataaatttggaagat 36213983  T
Q  280 tgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagagg 379  Q
    ||||| || |||   | |||||| | |   ||||||| ||| ||||  || |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  36213982 tgtattagccttcaaagccttcctaaaggtatctataagttaaaattacttaaaactctcattctttctggatgttcaaagattgacaaattggaagagg 36213883  T
Q  380 acttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataacaaaagtg 441  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||  ||||||| ||||    
T  36213882 acatggaacagatggaatctttaaccaccttgattgcaaataacactgcaataacaagagtg 36213821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 122 - 416
Target Start/End: Original strand, 18935156 - 18935450
Alignment:
Q  122 ttctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggctgtc 221  Q
    |||| |||||||||||||||||| | |||| ||| |||||  |||||||| ||||||| || ||||||||| |  | |||||||| || || ||  ||||    
T  18935156 ttcttaatcttagtcattctcataacctgagacaaaccccgaacttttcaaacttgccgaatcttgaaaagttaatactcaaagattgcccaagtttgtc 18935255  T
Q  222 tgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatacgttg 321  Q
       |||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||   | |||||| | |||||||||| ||||||||  ||     
T  18935256 ctcggtttctcatagtataggacttctcaagaaaattcttttaataaatttgaaagactgtacaggcctttgtgaacttccaagaagcatctataaatta 18935355  T
Q  322 aaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgc 416  Q
     | ||  | ||| |||||||| |||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||||| | ||||| |||  |||||| ||||| ||| ||||    
T  18935356 gagtcggtcaaagctctcattttatctggatgtacaaaaattgacaagttggaagaggacatagaacagatgacatctttgaccaccctggttgc 18935450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 116 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 34724903 - 34724626
Alignment:
Q  116 tgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgag 215  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||| |  ||| ||| || || ||||||||||||||||| || ||||||||| |  | |||||||| ||||| |     
T  34724903 tgaaatttcttaatcttagtcattctcataacttgaaacaaacaccagacttttcatacttgccaaatcttgaaaagttaatactcaaagattgtccaaa 34724804  T
Q  216 gctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctat 315  Q
      ||||    ||||| |  | ||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||   | |||||| | |||||||||| |||||||    
T  34724803 tttgtcctcagtttctcctaatataggaaatctcaagaaaattctattgataaatttgaaagactgtacaggcctttgtgagcttccaagaagcatctat 34724704  T
Q  316 acgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
    |  ||||| ||  | |||||||||||| | |||||||||  ||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||||    
T  34724703 aaattgaagtcagtaaaaactctcattgtgtctggatgtacaaaaattgacaagttggaagaggacatagaacaaatg 34724626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0294 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0294
Description:

Target: scaffold0294; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 95 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 9238 - 8906
Alignment:
Q  95 tcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagct 194  Q
    ||||||||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  9238 tcttgcagaggctggcgaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattatttgatgcataccccagacttttcatatttgcctaatcttgaaaagct 9139  T
Q  195 ggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgt 294  Q
     || |||||||| ||||| | | || | |||||||| || |  |||||| |||||    |||| ||| | ||| ||||| |||||||| | || ||| ||    
T  9138 agtactcaaagattgtccaatgttgaccgaggtttctcataccattggagatctcggtgaaatacttctaatagatttggaagattgtgttagccttcgt 9039  T
Q  295 aaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatgg 394  Q
    | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| |||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||    
T  9038 agccttccaagaagcatctataagttgaaatctctgaaaactctcattctttctgggtgtataatgattgacaagttggaagaggacatagaacagatgg 8939  T
Q  395 aatctttaaccactctgattgcaaatgacactg 427  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||||||    
T  8938 aatctttaaccactctgcttgcagataacactg 8906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 126; Significance: 8e-65; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 94 - 427
Target Start/End: Original strand, 8877351 - 8877684
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    |||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| || || ||||||| | |||||||||| ||||||||||    
T  8877351 ttcttgcagaggatggagaagctaaaaattctcaatcttagccactctcatcatctgacacaaactccagactttttaaacttgcctaatcttgaaaagc 8877450  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    | || |||||||| ||||||||| ||   ||| |||| || | ||| |||| ||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||||| || ||| |    
T  8877451 tagtactcaaagattgtccgaggttgatagagatttcgcatactataggacttctgaataaagttcttttgataaatttggaagattgtattagccttcg 8877550  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
     | |||||||||||  || || | |||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||| || |||||||||||| || |||||||| ||||| |||    
T  8877551 gagccttccaagaagtatatacaagttgaaatctctaaaatctctcattctttctgggtgttcaatgattgacaagttggaggaggacttagaacagatg 8877650  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgcaaatgacactg 427  Q
     ||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  8877651 aaatctttaaccactctgcttgcaaataacactg 8877684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 238 - 374
Target Start/End: Original strand, 15802797 - 15802933
Alignment:
Q  238 attggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactc 337  Q
    |||||| ||||||| ||  ||||| ||||||||||||| || ||||  |||||| | || || |||||| | ||||||   |||| | |  |||||||||    
T  15802797 attggagatctcaacaatcttcttctgataaatttgaaggactgtacgagtcttagcaatctcccaagagagatctatcaattgagaacagtgaaaactc 15802896  T
Q  338 tcattctatctggatgtttaaagattgacaagttaga 374  Q
    |||| || ||||| |||| |||||||||||| |||||    
T  15802897 tcatcctttctggttgttcaaagattgacaaattaga 15802933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 94 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 47987191 - 47986844
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    |||||||||| ||||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | || |||||||||| || ||||||| || |||||||    
T  47987191 ttcttgcagaagatggaaaagctaaaaattctcaatcttagtcattctcattatctcacacgaagccttgacttttcaaacatgcctaatctcgaaaagc 47987092  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    | || |||||||| || || | | | |||||| |||| |  || |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||| ||||| || || ||    
T  47987091 tagtactcaaagattgcccaatgttatctgagatttctcctagcattggacatctcgacaaaattcttctgataaatttggaagactgtattagcctatg 47986992  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
    || ||| ||||||| ||  || |  || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  47986991 tagcctcccaagaagcacatacaaattaaaatctctaaaaactctcattctttctggctgtttaaagattaacaagttggaagaggacatggaataaatg 47986892  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataacaaaagtg 441  Q
     |||||||||| ||| || |||||||| ||||||  ||||||| ||||    
T  47986891 aaatctttaactactttggttgcaaataacactgcgataacaagagtg 47986844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 94 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 47996478 - 47996131
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    |||||||||| ||||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | || |||||||||| || ||||||| || |||||||    
T  47996478 ttcttgcagaagatggaaaagctaaaaattctcaatcttagtcattctcattatctcacacgaagccttgacttttcaaacatgcctaatctcgaaaagc 47996379  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    | || |||||||| || || | | | |||||| |||| |  || |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||| ||||| || || ||    
T  47996378 tagtactcaaagattgcccaatgttatctgagatttctcctagcattggacatctcgacaaaattcttctgataaatttggaagactgtattagcctatg 47996279  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
    || ||| ||||||| ||  || |  || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  47996278 tagcctcccaagaagcacatacaaattaaaatctctaaaaactctcattctttctggctgtttaaagattaacaagttggaagaggacatggaataaatg 47996179  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataacaaaagtg 441  Q
     |||||||||| ||| || |||||||| ||||||  ||||||| ||||    
T  47996178 aaatctttaactactttggttgcaaataacactgcgataacaagagtg 47996131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 94 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 48005765 - 48005418
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    |||||||||| ||||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | || |||||||||| || ||||||| || |||||||    
T  48005765 ttcttgcagaagatggaaaagctaaaaattctcaatcttagtcattctcattatctcacacgaagccttgacttttcaaacatgcctaatctcgaaaagc 48005666  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    | || |||||||| || || | | | |||||| |||| |  || |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||| ||||| || || ||    
T  48005665 tagtactcaaagattgcccaatgttatctgagatttctcctagcattggacatctcgacaaaattcttctgataaatttggaagactgtattagcctatg 48005566  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
    || ||| ||||||| ||  || |  || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  48005565 tagcctcccaagaagcacatacaaattaaaatctctaaaaactctcattctttctggctgtttaaagattaacaagttggaagaggacatggaataaatg 48005466  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataacaaaagtg 441  Q
     |||||||||| ||| || |||||||| ||||||  ||||||| ||||    
T  48005465 aaatctttaactactttggttgcaaataacactgcgataacaagagtg 48005418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 94 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 48015050 - 48014703
Alignment:
Q  94 ttcttgcagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagc 193  Q
    |||||||||| ||||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | || |||||||||| || ||||||| || |||||||    
T  48015050 ttcttgcagaagatggaaaagctaaaaattctcaatcttagtcattctcattatctcacacgaagccttgacttttcaaacatgcctaatctcgaaaagc 48014951  T
Q  194 tggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttg 293  Q
    | || |||||||| || || | | | |||||| |||| |  || |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||| ||||| || || ||    
T  48014950 tagtactcaaagattgcccaatgttatctgagatttctcctagcattggacatctcgacaaaattcttctgataaatttggaagactgtattagcctatg 48014851  T
Q  294 taaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatg 393  Q
    || ||| ||||||| ||  || |  || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  48014850 tagcctcccaagaagcacatacaaattaaaatctctaaaaactctcattctttctggctgtttaaagattaacaagttggaagaggacatggaataaatg 48014751  T
Q  394 gaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataacaaaagtg 441  Q
     |||||||||| ||| || |||||||| ||||||  ||||||| ||||    
T  48014750 aaatctttaactactttggttgcaaataacactgcgataacaagagtg 48014703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 246 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 6906113 - 6905991
Alignment:
Q  246 tctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattcta 345  Q
    |||||||||  ||||| ||||||||||||| || ||||  |||||| | || || |||||  | ||||||  | ||| |||| ||||||||||||||||     
T  6906113 tctcaagaagcttcttctgataaatttgaaggactgtacaagtcttggcaatctaccaagggagatctatcagctgatatctgtgaaaactctcattctt 6906014  T
Q  346 tctggatgtttaaagattgacaa 368  Q
    | ||| |||| ||||||||||||    
T  6906013 tttggttgttcaaagattgacaa 6905991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 265 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 22584382 - 22584206
Alignment:
Q  265 ataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattg 364  Q
    ||||||||| |||| ||| | || ||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||| |||  ||     
T  22584382 ataaatttgcaagactgtttaagcctttgtagcctcccaagaaacatctacaagttgaaatctttgaaaactctcattctttctggctgttaaaaacttt 22584283  T
Q  365 acaagttagaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgcaaatgacactggtataacaaaagtg 441  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||| |||||||    
T  22584282 ataagttggaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctgcttgcaaatgaaactgcaataaaaaaagtg 22584206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 238 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 14767262 - 14767123
Alignment:
Q  238 attggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactc 337  Q
    |||||| ||||||||||  ||||| | ||||||||||| || ||||  ||||||   || || |||||| | ||||||   ||||||||| |||||||||    
T  14767262 attggagatctcaagaatgttcttctcataaatttgaaggactgtacaagtcttgaaaatctcccaagagagatctatcaattgaaatctttgaaaactc 14767163  T
Q  338 tcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaaga 377  Q
    |||| || || || |||| |||||||||||| || |||||    
T  14767162 tcatcctttccggctgttcaaagattgacaaattggaaga 14767123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0552 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0552
Description:

Target: scaffold0552; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 118 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 8600 - 8317
Alignment:
Q  118 aaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggc 217  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||   || ||||  | ||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||| || |||||| | ||||| ||      
T  8600 aaaattcttaatctaagtcattctccagatttgactgaaaccccagactttacatacttgccaaatcttgaaaagctagtactcaaaaattgtccaagtt 8501  T
Q  218 tgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatac 317  Q
    |||||   || ||||| |||||||||  |||  | ||||||||| | |||||||||| ||| || |   ||||| | || |||||||||| || |||||     
T  8500 tgtctacagtctcccatagtattggatctctacataaaattcttctcataaatttgacagactgcacaggtcttcggaaacttccaagaagcaactataa 8401  T
Q  318 gttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatcttt 401  Q
     || ||||||||  ||||| | ||||| ||||||||||  | |||||| || || || |||||||||||||| |||||||||||    
T  8400 attaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttccatgattgaaaaattggaggaggacttggaacagatggaatcttt 8317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0373 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0373
Description:

Target: scaffold0373; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 118 - 399
Target Start/End: Original strand, 9456 - 9737
Alignment:
Q  118 aaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggc 217  Q
    |||||||| |||||||||||||||||  || ||||  | || || ||||| |||||  |||| || ||||||||||| || |||||||||||||| ||      
T  9456 aaaattcttaatcttagtcattctcaggatttgactgaaactccagacttctcatatatgccgaatcttgaaaagctagtactcaaagactgtccaagtt 9555  T
Q  218 tgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatac 317  Q
    |||||| ||| ||||| || ||||||  |||| | ||| ||||| |||||||||| |   | || |   ||||| | || ||||| |||| |||||||||    
T  9556 tgtctgcggtctcccatagcattggatctctccataaacttcttctgataaatttaacgaactgcacaggtcttcggaaacttccgagaagcatctatac 9655  T
Q  318 gttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatct 399  Q
     || ||||||||  ||||| | ||||| ||||||||||  | ||||||||| || || ||||| |||| ||| |||||||||    
T  9656 attaaaatctctacaaactttgattctttctggatgttccatgattgacaaattggaggaggatttggtacagatggaatct 9737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0813 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0813
Description:

Target: scaffold0813; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 157 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 5102 - 4861
Alignment:
Q  157 acccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaa 256  Q
    ||||| |||||||||| | ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||  |  ||| ||| ||||  || ||||||  |||  | |||     
T  5102 accccagacttttcattcatgcctaatcttgaaaagctagtactcaaagactgtccaagattaactgcggtctcccgtagcattggatctctgcataaac 5003  T
Q  257 ttcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgttt 356  Q
    ||||| | |||||||||| ||| || |  ||||||   || ||||| |||| ||| ||||  || ||||||||  ||||| | ||||| ||||||||||     
T  5002 ttcttctaataaatttgacagactgcacaagtcttcagaaacttcctagaagcatatataaattaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttc 4903  T
Q  357 aaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatc 398  Q
     ||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||    
T  4902 caagattgacaaattggaggaggacttggaacagatggaatc 4861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0286 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0286
Description:

Target: scaffold0286; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 157 - 398
Target Start/End: Original strand, 6464 - 6705
Alignment:
Q  157 acccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtgctcaaagactgtccgaggctgtctgaggtttcccaaagtattggacatctcaagaaaa 256  Q
    ||||| |||||||||| | ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||  |  ||| ||| ||||  || ||||||  |||  | |||     
T  6464 accccagacttttcattcatgcctaatcttgaaaagctagtactcaaagactgtccaagattaactgcggtctcccgtagcattggatctctgcataaac 6563  T
Q  257 ttcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgttt 356  Q
    ||||| | |||||||||| ||| || |  ||||||   || ||||| |||| ||| ||||  || ||||||||  ||||| | ||||| ||||||||||     
T  6564 ttcttctaataaatttgacagactgcacaagtcttcagaaacttcctagaagcatatataaattaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttc 6663  T
Q  357 aaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatc 398  Q
     ||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||    
T  6664 caagattgacaaattggaggaggacttggaacagatggaatc 6705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 320 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 3286748 - 3286648
Alignment:
Q  320 tgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgcaaa 419  Q
    |||||||| |||| |||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||| | |  || |||||||| || || || |||||||||||    
T  3286748 tgaaatctttgaacactctcatcctttctggttgttcaaagattgacaagttggaagaagacatagtgcagatggaatccttgacaacactgattgcaaa 3286649  T
Q  420 t 420  Q
    |    
T  3286648 t 3286648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 319 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 3262860 - 3262760
Alignment:
Q  319 ttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctgattgcaa 418  Q
    ||||||||| ||||||||||||| || ||||| || | |||||||||||| || ||||| ||| | |  || |||||||| || || || ||||||||||    
T  3262860 ttgaaatctttgaaaactctcatactttctggttgctcaaagattgacaaattggaagaagacatagtgcagatggaatccttgacaacactgattgcaa 3262761  T
Q  419 a 419  Q
    |    
T  3262760 a 3262760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 238 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 7164968 - 7164828
Alignment:
Q  238 attggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgtatcagtctttgtaaccttccaagaaacatctat-acgttgaaatctctgaaaact 336  Q
    |||||| ||||||||||  ||||  | ||||||||||| || ||||  |||||| | || || ||||| || |||||| | |||||||||  ||||||||    
T  7164968 attggagatctcaagaatgttctactaataaatttgaaggactgtacaagtcttagcaatctcccaaggaatatctatcaagttgaaatcattgaaaact 7164869  T
Q  337 ctcattctatctggatgtttaaagattgacaagttagaaga 377  Q
    ||||| || ||||| |||| |||||||| | |||| |||||    
T  7164868 ctcatcctttctggttgttcaaagattgcctagttggaaga 7164828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University