View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18467_low_1 (Length: 850)
Name: NF18467_low_1
Description: NF18467
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18467_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 776; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 776; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 36264362 - 36263547
Alignment:
| Q |
18 |
tgtctagcaaacgtgcttgacgggttgggagaagaaacnnnnnnnnggtacacaaacgtaatgaaaggggcacttctcagtattaaagcacataccaacc |
117 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
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| T |
36264362 |
tgtctagcaaacgtgcttgacgggttgggagaagaaacaaaaaaaaggtacacaaacgtaatgaaaggggcacttctcagtatcaaagcacataccaacc |
36264263 |
T |
|
| Q |
118 |
atagttttacctcaacttcaatgagaatcatggttacattattcagtgctaccatagttactctaatcttattgcttaatttccacatcccacaaacaaa |
217 |
Q |
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| T |
36264262 |
atagttttacctcaacttcaatgagaatcatggttacattattcagtgctaccatacttactctaatcttattgcttaatttccacatcccacaaacaaa |
36264163 |
T |
|
| Q |
218 |
atctcagcaagaatatctagacaaccatcaactagattgtgatgacccttccaaatctacatatggtaatatctgcaacagcatcaactcctgtcaatct |
317 |
Q |
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|
| T |
36264162 |
atctcagcaagaatatctagacaaccatcaactagattgtgatgacccttccaaatctacatatggtaatatctgcaacagcatcaactcctgtcaatct |
36264063 |
T |
|
| Q |
318 |
tacctcaccttcaaatcaagccctcctcattacaacactccagccaccatagcttatctcttgaactcatcagtccctctaatagccaatgccaacaaca |
417 |
Q |
| |
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|
| T |
36264062 |
tacctcaccttcaaatcaagccctcctcattacaacactccagccaccatagcttatctcttgaactcaacagtccctctaattgccaatgccaacaaca |
36263963 |
T |
|
| Q |
418 |
tctcatatgttgatcctattccgacggacaccatgattactgtaccagttaactgttattgctccggtcactactaccagcataattcctcatacacatt |
517 |
Q |
| |
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|
| T |
36263962 |
tctcatatgttgatcctattccgacggacaccatgattactgtaccagttaactgttattgctccggtcactactaccagcataattcctcatacacatt |
36263863 |
T |
|
| Q |
518 |
gaagactgaggatgaaaactacttcactcttgccaataacacctatgagtcactcacaacatgtcaggctcttgatgctcagaatatatatggactcaca |
617 |
Q |
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| T |
36263862 |
gaagactgaggatgaaaactacttcactcttgccaataacacctatgagtcactcacaacatgtcaggctcttgatgctcagaatatatatggactcaca |
36263763 |
T |
|
| Q |
618 |
aacctcactgcagggctcaatatgcatgttccactcaggtgtgcttgtcctacctccaagcaaattgaaaatggattcaagtatattcttacatacctgg |
717 |
Q |
| |
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|
| T |
36263762 |
aacctcactgcagggctcaatatgcatgttccactcaggtgtgcttgtcctacctccaagcaaattgaaaatggattcaagtatattcttacatacctgg |
36263663 |
T |
|
| Q |
718 |
tctccgaaggagaatatcctgaacttattgctgagatttttggggttgattcacagagcgtcttggatgcaaacaagcttattgaggatcaagttatctt |
817 |
Q |
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|
| T |
36263662 |
tctccgaaggagaatatcctgaacttattgctgagatttttggggttgattcacagagcgtcttggatgcaaacaagcttattgaggatcaagttatctt |
36263563 |
T |
|
| Q |
818 |
ctacttcactccattg |
833 |
Q |
| |
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| T |
36263562 |
ctacttcactccattg |
36263547 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 134 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 36256469 - 36256049
Alignment:
| Q |
134 |
ttcaatgagaatcatggttacattattcagtgctaccatagttactctaatcttattgcttaatttccacatcccacaaacaaaatctcagcaagaatat |
233 |
Q |
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|
| T |
36256469 |
ttcaatgataatcatgggttcattattctgtgctaccacagttactctaattttaattcttgatttccacataccacaaacaaaatctcagcaagactat |
36256370 |
T |
|
| Q |
234 |
ctagacaaccatcaactagattgtgatgacccttccaaatctacatatggtaatatctgcaacagcatcaactcctgtcaatcttacctcaccttcaaat |
333 |
Q |
| |
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||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| |
|
|
| T |
36256369 |
ctagacaactttcaactagattgtgatgtcccctccaattatacatatggtaatatttgcaacag-------------------tacctcacattcaaat |
36256289 |
T |
|
| Q |
334 |
caagccctcctcattacaacactccagccacca-----tagcttatctcttgaactcatcagtccctctaatagccaatgccaacaacatctcatatgtt |
428 |
Q |
| |
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|
| T |
36256288 |
caaaccctcctcaatacaacactccaaccaccacagcttatcttatctctcgaactccacagtccctctcatagccaatgccaacattatctcagatgga |
36256189 |
T |
|
| Q |
429 |
gatcctattccgacggacaccatgattactgtaccagttaactgttattgctccggtcactactaccagcataattcctcatacacattgaagactgagg |
528 |
Q |
| |
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|| ||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||| |||| | ||| || |||||| ||| | |||| ||||||| ||||| ||||| ||||||| |
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| T |
36256188 |
gaccctattccgactgacaccgtgatcactgtcccagtaaactatgtttgttcaggtcaccacttctagcacaattcctgatacatcttgaaaactgagg |
36256089 |
T |
|
| Q |
529 |
atgaaaac--tacttcactcttgccaataacacctatgag |
566 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36256088 |
atgaaaactatacttcactcttgccaataacacctatgag |
36256049 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 631 - 757
Target Start/End: Complemental strand, 36256041 - 36255909
Alignment:
| Q |
631 |
ggctcaatatgcatgttccactcagg--tgtgcttgtcctacctccaagcaaattgaaaatggattcaagtatattcttacatacctggtctccgaagga |
728 |
Q |
| |
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|||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | | |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||| |
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|
| T |
36256041 |
ggctcaatttgcatgttccactcaggggtgtgcttggtccatctccaagcaaatggaaaatggattcaagtatcttcttgcatacttggtctctgaagga |
36255942 |
T |
|
| Q |
729 |
----gaatatcctgaacttattgctgagatttt |
757 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||| |||| |
|
|
| T |
36255941 |
gaatgaatatcctgaacttattgatgagctttt |
36255909 |
T |
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