View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18469_high_1 (Length: 752)

Name: NF18469_high_1
Description: NF18469
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18469_high_1
NF18469_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-752)||(36270228-36270979)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 720; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 720; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 752
Target Start/End: Original strand, 36270228 - 36270979
Alignment:
Q  1 tttcttaaagcccaaattaaaggcccattatcctaacaaaataacaaatggatcaagggcaaggcatgtgaacaatgtgttacatcacacgtttccatcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36270228 tttcttaaagcccaaattaaaggcccattatcctaacaaaataacaaatggatcaagggcaaggcatgtgaacaatgtgttacatcacacgtttccatcc 36270327  T
Q  101 actatcaatcagatagaataatcattggtaaataaggaaaatagtgttactccaagtaaccaaaatgtgctctagcagttttacaatggtccaactgatt 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36270328 actatcaatcagatagaatagtcattggtaagtaaggaaaatagtgttactccaagtaaccaaaatgtgctctagcagttttacaatggtccaactgatt 36270427  T
Q  201 tattgcaaaccctgaagaaaacacaagtgtattttcccttaatgtggggtacacatcatagtaatagcttgcctcatgatgagttgaagggttgagagtt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36270428 tattgcaaaccctgaagaaaacacaagtgtattttcccttaatgtggggtacacatcatagtaatagcttgcctcatgatgagttgaagggttgagagtt 36270527  T
Q  301 gagccatactatatctatcagataagcaaccagtggcatccattattaccattttgacagtcaatgcttgtgaaatctatacatgcatgctgagtattta 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36270528 gagccatactatatctatcagataagcaaccagtggcatccattattaccattttgacagtcaatgcttgtgaaatctatacatgcatgctgagtattta 36270627  T
Q  401 taaaatagatacaatcaaattaaaaatttaagataataatttcaattaagattttgttgtttcttaatttgatattagctatggtctattcttatggagg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36270628 taaaatagatacaatcaaattaaaaatttaagatgataatttcaattaagattttgttgtttcttaatttgatattagctatagtctattcttatggagg 36270727  T
Q  501 cattgttgcaaccattgaaatttcaacatttggcacaaccatatagctagaccactttaattgaactgtgatagactgtatcaattgcacatgcaaatgt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36270728 cattgttgcaaccattgaaatttcaacatttggcacaaccatatagctagaccactttaattgaactgtgatagactgtatcaattgcacatgcaaatgt 36270827  T
Q  601 tcttgagtatacttttcaaaattttcaactcctattaacaatatcccttagatattgctccatcaaatcaaatcaaatgataaataacttttgaaactaa 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36270828 tcttgagtatacttttcaaaattttcaactcctattaacaatatcccttagatattgctccatcaaatcaaatcaaatgataaataacttttgaaactaa 36270927  T
Q  701 agtaaaagtaacaaaacaaattaagtcttaagcccatcattttatttttgac 752  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  36270928 agtaaaaggaacaaaccaaattaagtctcaaacccatcattttatttttgac 36270979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University