View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1846_high_1 (Length: 630)
Name: NF1846_high_1
Description: NF1846
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1846_high_1 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 523; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 523; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 45767682 - 45767090
Alignment:
| Q |
24 |
taaaattattgtttttcactttatatggaaatatattattcatgatggaccaaagtaataatttgttgtttgagatccatgcttgtatgcttg-atagat |
122 |
Q |
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| T |
45767682 |
taaaattatttcttttcactttatatgtaaatatattattcatgatggaccaaagtaataatttgttgtttgagatccatgcttgtatgcttggatagat |
45767583 |
T |
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| Q |
123 |
atagttggataataattagaattaattcaatattgtttatgattgctaagttagttatgatcagtgagaagttatatatagtggattctacaatcattgt |
222 |
Q |
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| T |
45767582 |
atagttggataataattagaattaatacaatattgttaatgattgctaagttagttatgatcagtgagaagttatatatagtgtattctacaatcattgt |
45767483 |
T |
|
| Q |
223 |
atatatcaacttcttcattctattaattctgaaatatgaaatgtgtacacattagtcctgagtcctaactcgactaatagagtaactaacactaccagga |
322 |
Q |
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| T |
45767482 |
at----caacttcttcattctattaattctgaaatatgaaatgtgtacacattagtcctgagtcctaactcgactaatagagtaactaacactaccagga |
45767387 |
T |
|
| Q |
323 |
ttataactattaatcataaacagaacatttgtttaaagtcagtgtactatt----actcactatttggagatgtccaagagtcatttcgtgtgactcaac |
418 |
Q |
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| T |
45767386 |
ttataactattaatcataaacagaacatttgtttaaagtcagtgtactatttattactcactatttggagatgtccaagagtcattttgtgtgactcaac |
45767287 |
T |
|
| Q |
419 |
atttcgtactaaatagtaccctgtcatgttgtcgtatatattgatgatgtccaagaatcattttcactgacaataacatctccattctgtagtactattt |
518 |
Q |
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| T |
45767286 |
atttcgtactaaatagtaccctgtcatgttgtcgtatatattgatgatgtccaagaatcattttcactgacaaaaacatctccattctgtagtactattt |
45767187 |
T |
|
| Q |
519 |
tatttttatttctttaacagaaacccttatgttatgttcatctatcaatgtcatagctattttaagaaaacctgtttgaaatagactattcaatctg |
615 |
Q |
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| T |
45767186 |
tatttttatttctttaacagaaacccttatgttatgttcatctatcaatgtcatagctattttaagaaaacctgtttgaaatagactattcaatctg |
45767090 |
T |
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