View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18471_high_15 (Length: 342)

Name: NF18471_high_15
Description: NF18471
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18471_high_15
NF18471_high_15
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (51-332)||(2794790-2795072)
chr8 (51-332)||(2876644-2876927)
chr8 (132-333)||(3500348-3500549)
chr8 (51-332)||(2891092-2891381)
chr8 (217-332)||(3495198-3495313)
chr8 (51-332)||(3143882-3144171)
chr8 (217-332)||(14388792-14388907)
chr8 (234-332)||(3158623-3158721)
chr8 (51-176)||(8627631-8627754)
chr8 (251-332)||(1790896-1790977)
chr8 (53-159)||(3495381-3495484)
chr8 (235-332)||(34975472-34975569)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (234-332)||(18847731-18847829)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 51 - 332
Target Start/End: Original strand, 2794790 - 2795072
Alignment:
Q  51 gtagtgaaactaattggtatgctccatgatggcactatatttttgaagaagggccacgatgatgatgatgatgctgagctgtttgaatttaaaactgacg 150  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || ||||||||| ||||||| ||||||||| |   ||||| |||||| |  |||||||||||||||||||| || |    
T  2794790 gtagtgaaactaattggtaagctgcaagatggcactgtattttttaagaagggctatagtgatggtgatgaagtggagctgtttgaatttaaaacagatg 2794889  T
Q  151 agggtaattggaattttccaatgttttggcctctcacattaatttgnnnnnnnatcaaccaaattga-tgtttgttgtgtcttgcagagcaagtgattga 249  Q
    |||||||||  |||||| | ||||||   ||||||||  |||||||       |||||| ||| ||| || || |||| |   |||||||||||||||||    
T  2794890 agggtaattttaatttttccatgtttcaccctctcaccataatttgtttttatatcaactaaagtgaatgctttttgtattgagcagagcaagtgattga 2794989  T
Q  250 tgggcttgatagagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagcattgttgactattccacctcaatatgcatttggttcat 332  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||    
T  2794990 tgggcttgataaagctgtactgaccatgaagaagggtgaggtagctttgttgactattacacctgaatatgcttttggttcat 2795072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 51 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 2876927 - 2876644
Alignment:
Q  51 gtagtgaaactaattggtatgctccatgatggcactatatttttgaagaagggccacgatgatgatgatgatgctgagctgtttgaatttaaaactgacg 150  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || ||||||||| ||||||| ||||||||  |   ||||| |||||| |  |||||||||||||||||||| ||||    
T  2876927 gtagtgaaactaattggtaagctgcaagatggcactgtattttttaagaagggatatagtgatggtgatgaagtggagctgtttgaatttaaaacagacg 2876828  T
Q  151 agggtaattggaattttcca-atgttttggcctctcacattaatttgnnnnnnnatcaaccaaattga-tgtttgttgtgtcttgcagagcaagtgattg 248  Q
    |||||||||  ||||||||  ||||||   ||||||||  |||||||       |||||| ||| ||| || || |||| |   ||||||||||||||||    
T  2876827 agggtaattttaattttccccatgtttcaccctctcaccataatttgtttttatatcaactaaagtgaatgctttttgtattgagcagagcaagtgattg 2876728  T
Q  249 atgggcttgatagagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagcattgttgactattccacctcaatatgcatttggttcat 332  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||    
T  2876727 atgggcttgatagagctgtactgaccatgaagaaggatgaggtagctttgttgactattgcgcctgaatatgcttttggttcat 2876644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 132 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 3500549 - 3500348
Alignment:
Q  132 tttgaatttaaaactgacgagggtaattggaattttccaatgttttggcctctcaca-ttaatttgnnnnnnnatcaaccaaattgatgtttgttgtgtc 230  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||       | |||| ||| |  |||||||||| |     
T  3500549 tttgaatttaaaacagacgagggtaatttgaattttccaatgttt-ggcctctcacaattaatttgtttttgtaccaactaaagtattgtttgttgtatt 3500451  T
Q  231 ttgcagagcaagtgattgatgggcttgatagagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagcattgttgactattccacctcaatatgcatttggttc 330  Q
      |||||  || | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  || |||||| ||||||||    
T  3500450 gagcagataaaataattgaagggcttgatagagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagcgttgttgactattccatatcgatatgcttttggttc 3500351  T
Q  331 att 333  Q
    |||    
T  3500350 att 3500348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 51 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 2891381 - 2891092
Alignment:
Q  51 gtagtgaaactaattggtatgctccatgatggcactatatttttgaagaagggccacgatgatgatgatgatgctgag------ctgtttgaatttaaaa 144  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||| |||||||||| |||||  |  |||||| |||||||| |||       ||||||||||||||||    
T  2891381 gtagtaaaactaattggtaagctgcaagatggcactgtatttttgaacaagggatataatgatggtgatgatgatgaagcggatctgtttgaatttaaaa 2891282  T
Q  145 ctgacgagggtaattggaattttcc-aatgttttggcctctcacattaatttgnnnnnnnatcaaccaaattga-tgtttgttgtgtcttgcagagcaag 242  Q
    | |||||||||||||  |||||||| |||||||   ||||||||  | |||||       |||||  ||| ||| || || |||| |   ||||||||||    
T  2891281 cagacgagggtaattttaattttcccaatgtttcaccctctcaccatcatttgtttttaaatcaaataaagtgaatgctttttgtattgagcagagcaag 2891182  T
Q  243 tgattgatgggcttgatagagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagcattgttgactattccacctcaatatgcatttggttcat 332  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||    
T  2891181 tgattgatgggcttgataaagctgtactgaccatgaagaagggtgaggtagctttgttgactattacgcctgaatatgcttttggttcat 2891092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 217 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 3495313 - 3495198
Alignment:
Q  217 atgtttgttgtgtcttgcagagcaagtgattgatgggcttgatagagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagcattgttgactattccacctcaa 316  Q
    ||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |     
T  3495313 atgtttgttgtattgagcagagcaagtgattgatgggctcgatagagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagcattgttgactattgcacccgag 3495214  T
Q  317 tatgcatttggttcat 332  Q
    ||||| ||||||||||    
T  3495213 tatgcttttggttcat 3495198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 51 - 332
Target Start/End: Original strand, 3143882 - 3144171
Alignment:
Q  51 gtagtgaaactaattggtatgctccatgatggcactatatttttgaagaagggccacgatgatgatgatgatgctgag------ctgtttgaatttaaaa 144  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||| |||||||||| |||||  |  |||||| |||||||| |||       ||||||||||||||||    
T  3143882 gtagtaaaactaattggtaagctgcaagatggcactgtatttttgaacaagggatataatgatggtgatgatgatgaagcggatctgtttgaatttaaaa 3143981  T
Q  145 ctgacgagggtaattggaattttcc-aatgttttggcctctcacattaatttgnnnnnnnatcaaccaaattga-tgtttgttgtgtcttgcagagcaag 242  Q
    | |||||||||||||  |||||||| |||||||   ||||||||  | |||||       |||||  ||| ||| || || |||| |   ||||||||||    
T  3143982 cagacgagggtaattttaattttcccaatgtttcaccctctcaccatcatttgtttttaaatcaaataaagtgaatgctttttgtattgagcagagcaag 3144081  T
Q  243 tgattgatgggcttgatagagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagcattgttgactattccacctcaatatgcatttggttcat 332  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||    
T  3144082 tgattgatgggcttgataaagctgtactgaccatgaagaaaggtgaggtagctttgttgactattacgcctgaatatgcttttggttcat 3144171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 217 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 14388907 - 14388792
Alignment:
Q  217 atgtttgttgtgtcttgcagagcaagtgattgatgggcttgatagagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagcattgttgactattccacctcaa 316  Q
    ||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |     
T  14388907 atgtttgttgtattgagcagagcaagtgattgatgggctcgataaagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagcattgttgactattgcacccgag 14388808  T
Q  317 tatgcatttggttcat 332  Q
    ||||| ||||||||||    
T  14388807 tatgcttttggttcat 14388792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 234 - 332
Target Start/End: Original strand, 3158623 - 3158721
Alignment:
Q  234 cagagcaagtgattgatgggcttgatagagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagcattgttgactattccacctcaatatgcatttggttcat 332  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||| ||||||||||    
T  3158623 cagagcaagtgattgatgtgcttaatatagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagctttgttgactattgcgccacaatatgcttttggttcat 3158721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 51 - 176
Target Start/End: Original strand, 8627631 - 8627754
Alignment:
Q  51 gtagtgaaactaattggtatgctccatgatggcactatatttttgaagaagggccacgatgatgatgatgatgctgagctgtttgaatttaaaactgacg 150  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || ||||||||| ||||||| ||||||||| || |||||| |||  || | |||||||||||||||||||| ||||    
T  8627631 gtagtgaaactaattggtaagctgcaagatggcactgtattttttaagaagggctacaatgatggtga--at-cagagctgtttgaatttaaaacagacg 8627727  T
Q  151 agggtaattggaa-ttttccaatgttt 176  Q
    | ||||||| ||| |||||||||||||    
T  8627728 acggtaatttgaatttttccaatgttt 8627754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 251 - 332
Target Start/End: Original strand, 1790896 - 1790977
Alignment:
Q  251 gggcttgatagagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagcattgttgactattccacctcaatatgcatttggttcat 332  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | ||||  ||||||||||    
T  1790896 gggcttgatagagctgtaatgagtatgaagaagggtgaggtagcatcgttgactattgcacctaagtatggttttggttcat 1790977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 53 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 3495484 - 3495381
Alignment:
Q  53 agtgaaactaattggtatgctccatgatggcactatatttttgaagaagggccacgatgatgatgatgatgctgagctgtttgaatttaaaactgacgag 152  Q
    ||||||||||||||||| | | || ||||||||| | ||||||||||||||||   |||  |||||||| || |||||||||||||| | ||| ||||||    
T  3495484 agtgaaactaattggtaagttgcaagatggcactgtctttttgaagaagggcc---atggcgatgatgaagcagagctgtttgaattcacaacagacgag 3495388  T
Q  153 ggtaatt 159  Q
    |||||||    
T  3495387 ggtaatt 3495381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 235 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 34975569 - 34975472
Alignment:
Q  235 agagcaagtgattgatgggcttgatagagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagcattgttgactattccacctcaatatgcatttggttcat 332  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| || | || ||||||||| || ||  | |||||| ||| ||||| |||| | ||||| ||||||||||    
T  34975569 agagcaagtaattgatgggcttgatagagccgttaagaacatgaagaaaggggaaattgcattggtgattattcaacctgagtatgcttttggttcat 34975472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 47; Significance: 8e-18; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 234 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 18847829 - 18847731
Alignment:
Q  234 cagagcaagtgattgatgggcttgatagagctgtaatgaccatgaagaagggtgaggtagcattgttgactattccacctcaatatgcatttggttcat 332  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| | ||  | |||||||||| |||||    
T  18847829 cagaacaagtcattgatgggcttgataaagctgtattgactatgaagaagggtgaggtagcattattgattattgctcccgagtatgcatttgattcat 18847731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University