View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1847_low_4 (Length: 382)
Name: NF1847_low_4
Description: NF1847
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1847_low_4 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 28 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 1530383 - 1530050
Alignment:
| Q |
28 |
aattaggccaaattgaaatgaacataaatataagaatagtgcatattattctgcaaatccatcctaactaattcataattaatcaaacaatctattcctc |
127 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1530383 |
aattaggccaaattgaaatgaacataaatataagaatagtgcatattattctgcaaatccatcctaactaattcataattaatcaaacaatctattcctc |
1530284 |
T |
|
| Q |
128 |
caacaaaaaacactacttttcaaaccagtacatatcaatcaaataccaaattccaaaaaacacaaattatatacagctaaaaataactaacatctcaata |
227 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1530283 |
caacaaaaaacactacttttcaaaccagtacatatcaatcaaataccaaattccaaaaaacacaaattatatacagctaaaaataactaacatctcaata |
1530184 |
T |
|
| Q |
228 |
atcaatcaccatttcaccactcaatagaatccagcaaattatcatcaagcatacccagaaccaaggatcactctgataaattnnnnnnncaacaatcatt |
327 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
1530183 |
atcaatcaccatttcaccactcaatagaatccagcaaattatcatcaagcatactcagaaccaaggatcactctgataaattaaaaaaacaacaatcatt |
1530084 |
T |
|
| Q |
328 |
aaacatgtttaaatagcaatatttatcaaattca |
361 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
1530083 |
aaacatgtttaaatagcaatatttatcaaattca |
1530050 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 28 - 361
Target Start/End: Original strand, 22476331 - 22476666
Alignment:
| Q |
28 |
aattaggccaaattgaaatgaacataaatataagaatagtgcatattattctgcaaatccatcctaactaattcataattaatcaaacaatctattcctc |
127 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22476331 |
aattaggccaaattgaaatgaacataaatataagaatagtgcatattattctgcaaatccatcctaactaattcataattaatcaaacaatctattcctc |
22476430 |
T |
|
| Q |
128 |
caacaaaaaacactacttttcaaaccagtacatatcaatcaaataccaaattcc-aaaaaacacaaattatatacagctaaaaataactaacatctcaat |
226 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22476431 |
caacaaaaaacactacttttcaaaccagtacatatcaatcaaataccaaattccaaaaaaacaaaaattatatacaactaaaaataactaacatctcaat |
22476530 |
T |
|
| Q |
227 |
aatcaatcaccatttcaccactcaat-agaatccagcaaattatcatcaagcatacccagaaccaaggatcactctgataaattnnnnnnncaacaatca |
325 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
22476531 |
aaccaatcaccatttcaccactcaataagaatccagcaaattatcatcaagcatacccagaaccaaggatcactctgataaattaaaaaaacaacaatca |
22476630 |
T |
|
| Q |
326 |
ttaaacatgtttaaatagcaatatttatcaaattca |
361 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22476631 |
ttaaacatgtttaaatagcaatatttatcaaattca |
22476666 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 28 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 26842161 - 26841824
Alignment:
| Q |
28 |
aattaggccaaattgaaatgaacataaatataagaa---tagtgcatattattctgcaaatccatcctaactaattcataattaatcaaacaatctattc |
124 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26842161 |
aattaggccaaattgaaatgaacataaatataagaagaatagtgcatattattctgcaaatccatcctaactaattcacaattaatcaaacaatctattc |
26842062 |
T |
|
| Q |
125 |
ctccaacaaaaaacactacttttcaaaccagtacatatcaatcaaataccaaattccaaaaaacacaaattatatacagctaaaaataactaacatctca |
224 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26842061 |
ctccaacaaaaaacactacttttcaaaccagtacatatcaatcaaataccaatttccaaaaaacacagattatatacaactaaaaataactaacatctca |
26841962 |
T |
|
| Q |
225 |
ataatcaatcaccatttcaccactcaat-agaatccagcaaattatcatcaagcatacccagaaccaaggatcactctgataaattnnnnnnncaacaat |
323 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
26841961 |
ataatcaatcaccatttcaccactcaataagaatctagcaaattatcatcaagcatacccagaaccaaggatcactctgataaattaaaaaaacaacaat |
26841862 |
T |
|
| Q |
324 |
cattaaacatgtttaaatagcaatatttatcaaattca |
361 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26841861 |
catcaaacatgtttaaatagcaatatttatcaaattca |
26841824 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 67 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 29099432 - 29099185
Alignment:
| Q |
67 |
tgcatattattctgcaaatccatcctaactaattcataattaatcaaacaatctattcctccaacaaaaaacactacttttcaaaccagtacatatcaat |
166 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29099432 |
tgcatattattctgcaaatccatcctaactaattcctaattaatcaagcaatctcttccacagacaaaaaacactacttttcaaaccagtacatatcaat |
29099333 |
T |
|
| Q |
167 |
caaataccaaattccaaaaaacac-----aaattatatacagctaaaaataactaacatctcaataatcaatcaccatttcaccactcaata-gaatcca |
260 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
29099332 |
caaataccaaattccaaaaaacacagattatattatatacagctaaaagtaactaacatctcaataatcaatcaccatttcaccactcaatatgaatcca |
29099233 |
T |
|
| Q |
261 |
gcaaattatcatcaagcatacccagaaccaaggatcactctgataaat |
308 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
29099232 |
gcaaaccatcatcaagcataaccagaagcaagaatcactctgataaat |
29099185 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 318 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 29099167 - 29099124
Alignment:
| Q |
318 |
aacaatcattaaacatgtttaaatagcaatatttatcaaattca |
361 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
29099167 |
aacaatcattaaacatatttaaatagcaatctttatcaaattca |
29099124 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 118; Significance: 4e-60; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 193 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 21923182 - 21923016
Alignment:
| Q |
193 |
attatatacagctaaaaataactaacatctcaataatcaatcaccatttcaccactcaat-agaatccagcaaattatcatcaagcatacccagaaccaa |
291 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
21923182 |
attatatacagctaaaaataactaacatctcaataattaatcaccatttcaccactcaataagaatccaacaaattatcatcaagcataaccagaaccaa |
21923083 |
T |
|
| Q |
292 |
ggatcactctgataaattnnnnnnncaacaatcattaaacatgtttaaatagcaatatttatcaaat |
358 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
21923082 |
ggatcactctgataaataaaaaaaacaacaatcattaaacatgtttaaatagcagtatttatcaaat |
21923016 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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