View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18482_high_1 (Length: 1085)

Name: NF18482_high_1
Description: NF18482
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18482_high_1
NF18482_high_1
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (16-1067)||(37640225-37641276)
chr5 (16-1067)||(37711977-37713022)
chr5 (48-1067)||(37697172-37698191)
chr5 (16-1067)||(37824248-37825293)
chr5 (16-1067)||(37594677-37595728)
chr5 (16-1067)||(37533453-37534504)
chr5 (16-1067)||(37399583-37400619)
chr5 (16-1067)||(37703021-37704066)
chr5 (42-1067)||(37436086-37437099)
chr5 (296-1064)||(37391720-37392485)
chr5 (124-1067)||(37381091-37382034)
chr5 (408-1057)||(37429486-37430145)
chr5 (633-1067)||(37412071-37412504)
chr5 (352-586)||(37412513-37412747)
chr5 (16-231)||(37392484-37392699)
chr5 (50-242)||(37429119-37429311)
chr5 (54-111)||(37343272-37343329)
chr5 (154-272)||(37412827-37412945)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (48-1067)||(16841632-16842651)
chr4 (41-1064)||(24216502-24217522)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (393-1067)||(14553768-14554430)
chr3 (16-317)||(14553463-14553764)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (63-103)||(23496081-23496121)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 860; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 860; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1067
Target Start/End: Original strand, 37640225 - 37641276
Alignment:
16 cctgtgagattgttgttgctgaggaccaaccctaacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaaaaca 115  Q
    ||||||||||||||||  ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
37640225 cctgtgagattgttgtcactgaggtacaactctaacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaaccca 37640324  T
116 cataactcaatttggaacgttttgtgatttcaattggaattgggccaactagtttgttatctcctaaatataaatgagaaagttgaggtagatgaaaaag 215  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
37640325 catatctcaatttggaacgttttgcgatttcaattggaattgggccaactagtttgttatatgctaaatataaatgagaaagatgaggtagatgaaaaag 37640424  T
216 tgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctaccgctaaagtta 315  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
37640425 tgatgatggaacttggcctgttaggttgttaaagtaaagtgataaatattccaatttgattaaatttccataaacaattgggatgctaccgctaaagtta 37640524  T
316 ttatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaaatatgttagtt 415  Q
    ||| || |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
37640525 ttaaatccaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccattaagtttattaaatgaaaggtccaaatatgttagtt 37640624  T
416 gagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaat 515  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37640625 gggtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaatctgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaat 37640724  T
516 ttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcattaaatgacaaa 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
37640725 ttcacctgagaaagcagataaacggaggttcaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttttgattaaatgacaaa 37640824  T
616 tccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaat 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
37640825 tccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactcagtttttcgtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaat 37640924  T
716 tctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaagacatattcactctatccaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttcca 815  Q
    ||||||||||  |||||||||||||  | || |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37640925 tctttagcattgacaaagagctctccgtaatggaagacatatccacactattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttcca 37641024  T
816 aatgaatgaattgagtttcaatcccacttgttcggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatatta 915  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37641025 aatgaatgaattgagtttcaatcccacttgttcggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatatta 37641124  T
916 ccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagt 1015  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
37641125 ccattgaggtaacattttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaattattaaaagccaagt 37641224  T
1016 tgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattc 1067  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37641225 tgagttggtgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattc 37641276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 789; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1067
Target Start/End: Original strand, 37711977 - 37713022
Alignment:
16 cctgtgagattgttgttgctgaggaccaaccctaacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaaaaca 115  Q
    |||||||| | ||||| ||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37711977 cctgtgaggtggttgtcgctgaggcccaactctaacaatgaaggcaaagaataacaccactgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaaaaca 37712076  T
116 cataactcaatttggaacgttttgtgatttcaattggaattgggccaactagtttgttatctcctaaatataaatgagaaagttgaggtagatgaaaaag 215  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
37712077 catagctcaattttgaacgttttgtgatttcaattggaattgggccaactagtttgttatctgctaaatataaatgagaaagatgaggtagatgaaaaag 37712176  T
216 tgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctaccgctaaagtta 315  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
37712177 tgatgatggaacttggcctgttaggttgttagaggaaagtgctaaatatttcaatttgattaaatttccataaacatttgggatgctaccgctaaagtta 37712276  T
316 ttatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaaatatgttagtt 415  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||    
37712277 ttatatgcaagataacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattcaatgaaaggtccaaatgtgttagtt 37712376  T
416 gagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaat 515  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37712377 gggtgagattccacaaagatagaggaaccatcccatcaaaattgcaatgtgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaat 37712476  T
516 ttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcattaaatgacaaa 615  Q
    ||||||||| ||||||||  ||  ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
37712477 ttcacctgaaaaagcagaggaagagaggaccaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttttgattaaatgacaaa 37712576  T
616 tccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaat 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
37712577 tccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtctcgtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaat 37712676  T
716 tctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaagacatattcactctatccaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttcca 815  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37712677 tctttagcattgacaaagagctctctctgatggaagacatgttcacattatccaaataaagttcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttcca 37712776  T
816 aatgaatgaattgagtttcaatcccacttgttcggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatatta 915  Q
      | |||| ||| ||||||||| |||| |       ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37712777 tgtcaatggatttagtttcaattccacat------ccccaaaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatatta 37712870  T
916 ccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagt 1015  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
37712871 ccattgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagaccaagaaaaatgattaaaagccaagt 37712970  T
1016 tgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattc 1067  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37712971 tgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattc 37713022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 772; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 48 - 1067
Target Start/End: Original strand, 37697172 - 37698191
Alignment:
48 taacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaaaacacataactcaatttggaacgttttgtgatttca 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37697172 taacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaaaacacataactcaatttggaacgttttgtgatttca 37697271  T
148 attggaattgggccaactagtttgttatctcctaaatataaatgagaaagttgaggtagatgaaaaagtgatgatggaacttggcccgttaggttgttag 247  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  |  ||||  |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
37697272 attggaattggcccaactagtttgttaaatgataaacctaaatgagaaaggtggggtagatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttaggttgttag 37697371  T
248 aggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctaccgctaaagttattatatgcaagattacaatgaatgaggggttt 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||    
37697372 aggaaagtgctaaatattccaatttgattaaatttccataaacaattgggatgctaccgctaaagttattatttgcaagattacaatcaatgaggtgttt 37697471  T
348 gaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaaatatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
37697472 gaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattatttgaaagatccaaatatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatc 37697571  T
448 ccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggtaca 547  Q
    ||||| ||||||||   |||||   ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||  |||||  |    
37697572 ccatcaaaattgcaccatgaaaaatctaatcgagtaagatacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagtgtaagagaggtcta 37697671  T
548 agtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggat 647  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37697672 agtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttttgattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggat 37697771  T
648 gtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctctctgatt 747  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||| ||||    
37697772 gtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttcgtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcattgacaatgagctctctccgatt 37697871  T
748 gaagacatattcactctatccaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccaaatgaatgaattgagtttcaatcccacttgtt 847  Q
    |||||||| ||||||| ||  | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37697872 gaagacatgttcactccattaagatgaagatcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccaaatgaatgaattgagtttcaatcccacttgtt 37697971  T
848 cggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatg 947  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
37697972 cgtaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccattgaggtaacaatttgatagatttagatg 37698071  T
948 tgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatg 1047  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| || ||||||| |||||     
37698072 tgtgagtttcactaaatctccgacaccaataggtattgaagaccaagaaaaattattaaaagccaaattaagttgttgaaggcgtctaagctggaagata 37698171  T
1048 gtgctattgggatgtaattc 1067  Q
    ||||||||||||||||||||    
37698172 gtgctattgggatgtaattc 37698191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 765; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1067
Target Start/End: Original strand, 37824248 - 37825293
Alignment:
16 cctgtgagattgttgttgctgaggaccaaccctaacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaaaaca 115  Q
    |||||||| | ||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||  ||    
37824248 cctgtgaggtggttgtcgctgaggcccaactctaacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttaaagcttaaatcca 37824347  T
116 cataactcaatttggaacgttttgtgatttcaattggaattgggccaactagtttgttatctcctaaatataaatgagaaagttgaggtagatgaaaaag 215  Q
    ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
37824348 caatactcaattttgaacgttttgtgatttcaattggaattgggccaactagtttgttagatgataaatataaataagaaagatgaggtagatgaaaaag 37824447  T
216 tgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctaccgctaaagtta 315  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
37824448 tgatgatggaacttggcctgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaatttccataaacatttgggatgctaccgctaaagtta 37824547  T
316 ttatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaaatatgttagtt 415  Q
    || | |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||| ||||||||||||||    
37824548 ttctctgcaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagcttattttgtgaaaggtccaaatatgttagtt 37824647  T
416 gagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaat 515  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37824648 gggtgaggttccacaaagatagaggaacaatcccatcaaaattgcaatatgaaaggtctaattgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaat 37824747  T
516 ttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcattaaatgacaaa 615  Q
    ||||||||| ||||||||  ||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
37824748 ttcacctgaaaaagcagaggaagagaggtccaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatgattaaatgacaaa 37824847  T
616 tccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaat 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
37824848 tccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttcgtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaat 37824947  T
716 tctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaagacatattcactctatccaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttcca 815  Q
    ||||||||||  |||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||  | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37824948 tctttagcattgacaatgagctctctccgattgaagacatgttcactccattaagatgaagatcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttcca 37825047  T
816 aatgaatgaattgagtttcaatcccacttgttcggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatatta 915  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||      |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37825048 aatgaatgaattgagtttcaatcccacgtg------ccagtttctgctgagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatatta 37825141  T
916 ccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagt 1015  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37825142 ccattgaggtaacattttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagt 37825241  T
1016 tgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattc 1067  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37825242 tgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattc 37825293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 764; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1067
Target Start/End: Original strand, 37594677 - 37595728
Alignment:
16 cctgtgagattgttgttgctgaggaccaaccctaacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaaaaca 115  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||  ||    
37594677 cctgtaagattgttgttgctgaggtacaattctaacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatccctcaaaccca 37594776  T
116 cataactcaatttggaacgttttgtgatttcaattggaattgggccaactagtttgttatctcctaaatataaatgagaaagttgaggtagatgaaaaag 215  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  ||||  ||||  |||||| |||||||||||||||||    
37594777 catagctcaattttgaacgttttgtgatttcaattggaattggcccaactagtttgttatatgataaacctaaaatagaaaggtgaggtagatgaaaaag 37594876  T
216 tgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctaccgctaaagtta 315  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
37594877 tgatgatggaacttggcctgttaggttgttaaaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaatttccataaacaattgggatgctaccgctaaagtta 37594976  T
316 ttatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaaatatgttagtt 415  Q
    |||| || ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||  |||||||||||||||    
37594977 ttatctgtaagatcataatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgtcaagcttattatatgaaagactcaaatatgttagtt 37595076  T
416 gagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaat 515  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||   |||||   ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
37595077 gggtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaatggcaccatgaaaaatctaatcgagtaagatacttcaattgacctatggaataaggaat 37595176  T
516 ttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcattaaatgacaaa 615  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37595177 ttcacctgaaaaagcagataaacggaggttcaagtaccttagaggagtgctcaagttggactttggaagttgaccactaaggttatcattaaatgacaaa 37595276  T
616 tccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaat 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||| ||||    
37595277 tccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaacccagtgtttcgtagaagaagagaaaccaaagaggatgaaaaat 37595376  T
716 tctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaagacatattcactctatccaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttcca 815  Q
    ||||||||||  |||||||||||||  | || |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37595377 tctttagcatggacaaagagctctccgtaatggaagacatatccacactattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttcca 37595476  T
816 aatgaatgaattgagtttcaatcccacttgttcggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatatta 915  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37595477 aatgaatgacttgagtttcaatcccacttcttcggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatatta 37595576  T
916 ccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagt 1015  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||    
37595577 ccactgaggtaacaatatgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagactcagaaaaattattaaaagccaagt 37595676  T
1016 tgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattc 1067  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37595677 tgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattc 37595728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 756; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1067
Target Start/End: Original strand, 37533453 - 37534504
Alignment:
16 cctgtgagattgttgttgctgaggaccaaccctaacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaaaaca 115  Q
    |||||||| | |||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||    
37533453 cctgtgaggtggttgttgctgaggtgtaactctaacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcactcaaaccca 37533552  T
116 cataactcaatttggaacgttttgtgatttcaattggaattgggccaactagtttgttatctcctaaatataaatgagaaagttgaggtagatgaaaaag 215  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  ||||  ||||  |||||| |||||||||||||||||    
37533553 catagctcaattttgaacgttttgtgatttcaattggaattggcccaactagtttgttatatgataaacctaaaatagaaaggtgaggtagatgaaaaag 37533652  T
216 tgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctaccgctaaagtta 315  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||    
37533653 tgatgatggaacttggcctgttaggttgttagaggaaagtgataaatattccaatttgattaaatttccataaacatttgggatgctagcactaaagtta 37533752  T
316 ttatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaaatatgttagtt 415  Q
    ||  || |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | ||||||||||||||    
37533753 ttcaatccaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattatgtgaaagatccaaatatgttagtt 37533852  T
416 gagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaat 515  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37533853 gggtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatcaaaattgcagaatgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaat 37533952  T
516 ttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcattaaatgacaaa 615  Q
    ||||||||| |||||||| |||  ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
37533953 ttcacctgaaaaagcagagaaagagaggaccaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcattagatgacaaa 37534052  T
616 tccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaat 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
37534053 tccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactcagtttctgatagactaagagaaaccaaagaggatgacaaat 37534152  T
716 tctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaagacatattcactctatccaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttcca 815  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37534153 tctttagcattgacaaagagctctctctgatggaagacatgttcacattatccaaataaagttcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttcca 37534252  T
816 aatgaatgaattgagtttcaatcccacttgttcggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatatta 915  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37534253 aatgaacgaattgagtttcaatcccacttctgcggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatatta 37534352  T
916 ccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagt 1015  Q
    |||||||||| | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
37534353 ccactgaggtcagagtatgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggtattgaagaccaagaaaaatgattaaaagccaagt 37534452  T
1016 tgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattc 1067  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37534453 tgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattc 37534504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 681; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1067
Target Start/End: Complemental strand, 37400619 - 37399583
Alignment:
16 cctgtgagattgttgttgctgaggaccaaccctaacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaaaaca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
37400619 cctgtgagattgttgttgctgaggtacaactctaacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcacccaaaaaca 37400520  T
116 cataactcaatttggaacgttttgtgatttcaattggaattgggccaactagtttgttatctcctaaatataaatgagaaagttgaggtagatgaaaaag 215  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
37400519 catagctcaattttgaacgttttgtgatttcaattggaattgggccaactagtttgttagatgataaatataaatgagaaagatgaggtagatgaaaaag 37400420  T
216 tgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctaccgctaaagtta 315  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||    
37400419 tgatgatggaacttggcctgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaatttccataaacaattgggatgctactactaaagtta 37400320  T
316 ttatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaaatatgttagtt 415  Q
    ||| || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
37400319 ttaaatccaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaaatatgttagtt 37400220  T
416 gagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaat 515  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||   ||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||    
37400219 gggtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaccgtgaaaaatctaatcgagtaagatacttcaattggcctatggaatagggaat 37400120  T
516 ttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcattaaatgacaaa 615  Q
    ||||||||| ||||||||  ||  ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
37400119 ttcacctgaaaaagcagaggaagagaggaccaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttttgattaaatgacaaa 37400020  T
616 tccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaat 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
37400019 tccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactcagtttctgatagactaagagaaaccaaagaggatgacaaat 37399920  T
716 tctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaagacatattcactctatccaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttcca 815  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||  |||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37399919 tctttagcattgacaaagagctctctctgagggaagacatgttcacaatattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttcca 37399820  T
816 aatgaatgaattgagtttcaatcccacttgttcggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatatta 915  Q
      | ||||||       ||||        |||||    ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37399819 tgtcaatgaa-------tcaa--------gttcgacaaagttaaagctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatatta 37399735  T
916 ccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagt 1015  Q
    ||| |||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |    
37399734 ccattgaggttacaatatgatgtatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacccagaaaaattattaaaagccaaat 37399635  T
1016 tgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattc 1067  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
37399634 taagttgttgaaggtgtctaagctgaaagatgatgctattgggatgtaattc 37399583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 614; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1067
Target Start/End: Original strand, 37703021 - 37704066
Alignment:
16 cctgtgagattgttgttgctgaggaccaaccctaacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaaaaca 115  Q
    |||||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||  ||    
37703021 cctgtgaggtggttgtcgccgaggaccaaccctaacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatccctcaaaccca 37703120  T
116 cataactcaatttggaacgttttgtgatttcaattggaattgggccaactagtttgttatctcctaaatataaatgagaaagttgaggtagatgaaaaag 215  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |  ||||  ||||  | |||| |||||||||||||||||    
37703121 catagctcaattttgaacgttttgtgatttcaattggaattggcccaactagtttgttaaatgataaacctaaaataaaaaggtgaggtagatgaaaaag 37703220  T
216 tgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctaccgctaaagtta 315  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
37703221 tgatgatggaacttggcctgttagcttgttagaggaaagtgataaatattccaatttgtttaaatttccataaacaattgggatgcctccgctaaagtta 37703320  T
316 ttatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaaatatgttagtt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
37703321 ttatatgcaagattacaatgaatgaggtgtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggtccaaatatgttagtt 37703420  T
416 gagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaat 515  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37703421 gggtgagattccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaatgtgaaaggtctaattgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaat 37703520  T
516 ttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcattaaatgacaaa 615  Q
    ||||||||| ||||||||  ||  ||||| |||||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
37703521 ttcacctgaaaaagcagaggaagagaggttcaagtatcttagaggagagctccagttggattttggaagttgaccactaaggttataattgaatgacaaa 37703620  T
616 tccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaat 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
37703621 tccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactcagtttctgatagactaagagaaaccaaagaggatgacaaat 37703720  T
716 tctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaagacatattcactctatccaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttcca 815  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||  | || |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37703721 tctttagcattgacaatgagctctccgtaatggaagacatatccacactattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttcca 37703820  T
816 aatgaatgaattgagtttcaatcccacttgttc--ggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatat 913  Q
      | || | ||| | || ||        |||||  | | |  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
37703821 tgtcaacggattaatttcca--------tgttcgagtaactataactgctaagatcaagtgatattaattttgacaaatgagagattgtggagggagtat 37703912  T
914 taccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaa 1013  Q
    ||||  |||||| ||||  ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||    
37703913 tacccttgaggtgacaaaatgataaatttagatgtgtgagattcactaaatcgccaataccaataggcattgaagatccagaaaaatgattaaaagccaa 37704012  T
1014 gttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattc 1067  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||   |||| |||||||| || ||||||||    
37704013 gttgagttgttgaaggtgtctaagcttgtagattgtgctattaggttgtaattc 37704066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 604; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 42 - 1067
Target Start/End: Original strand, 37436086 - 37437099
Alignment:
42 caaccctaacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaaaacacataactcaatttggaacgttttgtg 141  Q
    |||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  || | |  |||||| ||||||||  ||||||||||     
37436086 caactctaacaatgaaggcaaataataacaccactgtggaattgttccatttaacatgttatattctagacccacatagctcaattttaaacgttttgta 37436185  T
142 atttcaattggaattgggccaactagtttgttatctcctaaatataaatgagaaagttgaggtagatgaaaaagtgatgatggaacttggcccgttaggt 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
37436186 atttcaattggaattgggccaactagtttgttaaatgataaatctaaatgagaaaggtggggtagatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttaggc 37436285  T
242 tgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctaccgctaaagttattatatgcaagattacaatgaatgag 341  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||    
37436286 tgttggaggaaagtgataaatattccaatttggttaaattttgataaacatttggaatgctaccgctaaagttattatatccaaggtcacaataaatgag 37436385  T
342 gggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaaatatgttagttgagtgaggttccacaaagatagagga 441  Q
    | ||  | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37436386 gtgtgaggggtttgaaagtaatggtgaaatctcactgttaagtttatttcttgaaaggtccaaatatgttagttgagtgaggttccacaaagatagagga 37436485  T
442 accattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacgga 541  Q
    ||||| ||||| ||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37436486 accatcccatcaaaattgcaacctaaaaggtctaattgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacgga 37436585  T
542 ggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaaga 641  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37436586 ggttcaagtaccttagaggagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttttgattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaaga 37436685  T
642 gaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctct 741  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||  || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || | ||||||||||||||    
37436686 gaggatgtcacttgacaaatttccttgcaactgagtggatgctagactaagagaaaccaaagaagatgacaaattcgttaacaacgacaaagagctctct 37436785  T
742 ctgattgaagacatattcactctatccaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccaaatgaatgaattgagtttcaatccca 841  Q
    |  ||||||||||| ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||| |||         
37436786 ccaattgaagacattttcactccattcagatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgcgaatggattgagttccaa----- 37436880  T
842 cttgttcggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatt 941  Q
           | | || ||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||    
37436881 ------agaatca-taattgttaagatcaagggatactaattttgacaaatgagagattttggaaggaatattaccactgaggtcacagtatgataggtt 37436973  T
942 tagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctga 1041  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| |||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37436974 tagatgtgtgagtttcactaaatcactaataccaataggtattgaagactcagaaaaatgattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctga 37437073  T
1042 aagatggtgctattgggatgtaattc 1067  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
37437074 aagatggtgctattgggatgtaattc 37437099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 296 - 1064
Target Start/End: Complemental strand, 37392485 - 37391720
Alignment:
296 ggatgctaccgctaaagttattatatgcaagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatga 395  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |||    
37392485 ggatgttaccgctaaagtaattatatccaagatcacaatgaatgaggtgtttgaggttcaaaaataatggtgagatctcaccgttaagtttattttgtga 37392386  T
396 aaggttcaaatatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaat 495  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||     
37392385 aaggtccaaatgtgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaatatgaaaggactaattgagtaagatacttcaaa 37392286  T
496 tgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacgg-aggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccacta 594  Q
    || ||||| || |  |||||||||||||||||||  |||    |  |||| |||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||| ||| |||    
37392285 tggcctatagatttgggaatttcacctgagaaagt-gatgccagataggtccaagtaccttagaggagtgctccagtttgattttggaagtttaccgcta 37392187  T
595 aggttatcattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagag 694  Q
    || | || |||   ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| || | | |  ||| |||||||    
37392186 agttcattatt---tgacaaatctagtctttgaagattaggtaaagagaggatggcacttgacaaatttccttgcaacccaatttctcctagcctaagag 37392090  T
695 aaaccaaagaggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaagacatattcactctatccaaatgaagctcccttaaattagtagc 794  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| || ||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
37392089 aaaccaaagaggatgacacattctttagcatagacaaagagctctctctaatggaatacatatccactctattcaaatgaagctcccttaaattagtagc 37391990  T
795 attatgaatgagtttcttccaaatgaatgaattgagtttcaatcccacttgttc---ggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaa 891  Q
    |||||||||||||||||||||  | |||| ||  ||||| | |     ||||||   |  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
37391989 attatgaatgagtttcttccatgtcaatgtatcaagtttgagt---tgttgttccaagtgccggtaattgctaagatcaagtgatactaattttgacaaa 37391893  T
892 tgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagaca 991  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||| | ||| |||||||     
37391892 tgagagattgtggagggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatatgtgagattcactaaatcaccaataccaacatgcaatgaagacc 37391793  T
992 aagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaa 1064  Q
     | |||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
37391792 caaaaaaaaaatttaaagacaagttgagttgttgaaggtgtctaagctgaaagatagtgctattgggatgtaa 37391720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 124 - 1067
Target Start/End: Complemental strand, 37382034 - 37381091
Alignment:
124 aatttggaacgttttgtgatttcaattggaattgggccaactagtttgttatctcctaaatataaatgagaaagttgaggtagatgaaaaagtgatgatg 223  Q
    ||||| ||| |||| ||||||||| ||||||| || || |||| ||| |||| |  ||||| || ||||||||| | ||  |||| ||| ||||||||||    
37382034 aattttgaatgtttagtgatttcagttggaataggacctactaatttattatttgttaaatctagatgagaaagctcagtcagattaaacagtgatgatg 37381935  T
224 gaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctaccgctaaagttattatatgc 323  Q
    ||||| ||||  |||| || |||  ||| | | |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||       
37381934 gaactaggccacttagattattaccggagaatcctaaatattctaatttgattaaattttcaaaaacatttgggatgctaccgctaaagttattatactg 37381835  T
324 aagattacaatgaatgaggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaaatatgttagttgagtgagg 423  Q
    ||||| | | | | ||||| || | || ||||||||| ||| || ||||||||| ||||| || ||   |  || |  |||  |||| ||||||||||||    
37381834 aagatcaaagtaagtgaggtgtgtaagttttgaaagtgatgatgggatctcacctttaagattgttgctttgaaagaacaaggatgtgagttgagtgagg 37381735  T
424 ttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctg 523  Q
    |||| ||||||| |||||| ||  || || ||||||||   |  |||| |||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
37381734 ttccccaaagatggaggaatcaacccgtcaaaattgcacatttcaaggtctaattgagttagagacttcaactggcctatggaataaggaatttcacctg 37381635  T
524 agaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcattaaatgacaaatccaatct 623  Q
    ||||||  |    |  ||||| ||||||||| | || ||||||||||||||| || ||||||||||  || || |  | |||| |||| ||||| | | |    
37381634 agaaaggggtgcgagagaggtccaagtacctcaaaggagtgctccagttggatttcggaagttgactgctcagatatttattagatgataaatctagtgt 37381535  T
624 ttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagc 723  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| | |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37381534 ttggagattaggtaaagagaggatgtcacttgacaaatttccttgcaacccagtttctcctagaccaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagc 37381435  T
724 atcaacaaagagctctctctgattgaagacatattcactctatccaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccaaatgaatg 823  Q
    ||  | ||||||||| |||| || || ||||| ||||| | | | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||    
37381434 atagataaagagctcgctctaatagaggacatgttcacacaacctaaagaaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtcaatg 37381335  T
824 aattgagtttcaatcccacttgttcggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgag 923  Q
     |||||||||||||||||  ||        | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
37381334 gattgagtttcaatcccatatgccaatcataataactgctgagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggagggaatattaccaccgag 37381235  T
924 gtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgt 1023  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||| || || | ||| | |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||    
37381234 ggaacagtgtgatagatttagatgtgtgagattcactaaatcatcaatactaacatgcaataaagacccagaaaaattattaaaagccaagttgagttgt 37381135  T
1024 tgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattc 1067  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
37381134 tgaaggtgtctaagctggaagattgtgctattgggatgtaattc 37381091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 408 - 1057
Target Start/End: Original strand, 37429486 - 37430145
Alignment:
408 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatggaa 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |   |||  ||||| || | ||||||| ||||||| |||||| ||||||| |  |||||||||    
37429486 tgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaagaacagcatagaaattacagtttgaaaggcctaaatgtgtaagatacttcaaattgcctatggaa 37429585  T
508 taaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcattaa 607  Q
    || ||||||||| | ||||| || |   |   ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||  |||||||    
37429586 tagggaatttcatccgagaaggcggtgtatgagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacagtggaagtttcccactaaggtcctcattaa 37429685  T
608 atgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgat----atatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaag 703  Q
    | |||||||| | |  ||||||||| |||||||||||||||||||| | |    | |||| |||||||  ||||| ||| ||||  |||||  |||||||    
37429686 aagacaaatctagttcttgaagatttggtaaagagaggatgtcactagcttggaaaattttcttgcaagccagtgattgatagatcaagagcgaccaaag 37429785  T
704 aggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaagacatattcactctatccaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaat 803  Q
    |||| || |||||| |||||| | ||||||| |||||||||||| |||| |||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
37429786 aggacgataaattccttagcagcgacaaagatctctctctgattaaagatatatccacagtattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattaagaat 37429885  T
804 gagtttcttccaaatgaatgaa------ttgagtttcaatcccacttgttc--ggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgag 895  Q
    ||||||||||||  ||| || |      | |||||||  | |||  |||||  | | |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37429886 gagtttcttccatgtgagtggaccaagttcgagtttctgttcca--tgttccagtaactataactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgag 37429983  T
896 agattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaaga 995  Q
    |||||||||| | |||||||||||| | |      ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||  | |||  ||||||    |    
37429984 agattgtggaggaaatattaccactaatgccggtgtttgatagatttagatgtgtgagcttcactagatcaccaataccagcatgcaccgaagacccgaa 37430083  T
996 aaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgg 1057  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
37430084 aaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagttgaaagatggtgctattgg 37430145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 110; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 633 - 1067
Target Start/End: Complemental strand, 37412504 - 37412071
Alignment:
633 aggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcatcaacaaa 732  Q
    |||||||||| | |||||||||| || ||||||||||||   ||||||   |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| | |||||    
37412504 aggtaaagagggaatgtcacttgctaaatttccttgcaaactagtgttccctagactaagagagaccagagaggatgacaaattctttagcagcgacaaa 37412405  T
733 gagctctctctgattgaagacatattcactctatccaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccaaatgaatgaattgagtt 832  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||  || |||| || ||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||  |||| | ||  ||||    
37412404 gaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacattatgaatgagttccttccatgtgaagggatcaagtt 37412305  T
833 tcaatcccacttgttc---ggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaaca 929  Q
    | | |     ||| ||   | | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||    |      
37412304 tgagt---ttttgatccatgtatcagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaatattacaaatgattccagt 37412208  T
930 atttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaagg 1029  Q
     ||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| | || | ||  | |||  ||||||    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
37412207 gtttgataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacctgaaaaaatcattaaaagcc-agttgagtcgttgaagg 37412109  T
1030 tgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattc 1067  Q
    |||||||| |  ||||| ||||||||| ||||||||||    
37412108 tgtttaagtttgaagatagtgctattgagatgtaattc 37412071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 91; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 352 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 37412747 - 37412513
Alignment:
352 tttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaaatatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccat 451  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || |||||    
37412747 tttgaaagtaatgatgggatttcaccgttaagtttgttaaatgaaaggtccaaatgtgttagttgagtgaggttccataaagattgaggaatcaatccat 37412648  T
452 ctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagta 551  Q
      ||||  ||  ||  |||   ||| ||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||  ||| | ||||||    
37412647 gcaaatcacatgctttaagcgataactggttgagagacttcaactgacctatggaataaggaatttcacctgagaaaaaagttaaagagagatccaagta 37412548  T
552 ccttagagaagtgctccagttggactttggaagtt 586  Q
    |||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
37412547 ccttagaggagtgctccagttgaacattggaagtt 37412513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 16 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 37392699 - 37392484
Alignment:
16 cctgtgagattgttgttgctgaggaccaaccctaacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaaaaca 115  Q
    |||||||||| |||||   ||||| ||||| |||  || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||  | | |||  ||    
37392699 cctgtgagatggttgtcattgaggtccaactctattaatgaaggcaaagaataacaccactgcggaattgtaccattaaacatgttagaacctaaattca 37392600  T
116 cataactcaatttggaacgttttgtgatttcaattggaattgggccaactagtttgttatctcctaaatataaatgagaaagttgaggtagatgaaaaag 215  Q
    ||   |||||||| || ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||  |  ||||| ||||  |||||| |  ||||||||||||||    
37392599 caatgctcaattttgagcgttttgtgatttgaactggaattgggccaactagtttgttagatgataaatctaaaaaagaaaggttgggtagatgaaaaag 37392500  T
216 tgatgatggaacttgg 231  Q
    ||||||||||||||||    
37392499 tgatgatggaacttgg 37392484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 242
Target Start/End: Original strand, 37429119 - 37429311
Alignment:
50 acaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaaaacacataactcaatttggaacgttttgtgatttcaat 149  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||  |||||   |  ||||  ||| || | || ||||||  ||| ||||||| |||    
37429119 acaacgaaggcaaggaataacaccagtgtggaattgttccgtttaagttgttagattgtaaaagaacaaaatttaacttggaaaatttggtgatttgaat 37429218  T
150 tggaattgggccaactagtttgttatctcctaaatataaatgagaaagttgaggtagatgaaaaagtgatgatggaacttggcccgttaggtt 242  Q
     |||||||||||| ||| ||| |||     ||||| |||   |||||| |||| ||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||    
37429219 cggaattgggccatctaatttattaaacgataaatctaacatagaaagctgagttagatgaaacaatgatgatggaacttggcctgttaggtt 37429311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 111
Target Start/End: Original strand, 37343272 - 37343329
Alignment:
54 cgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaa 111  Q
    ||||||||||| | ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
37343272 cgaaggcaaagtaaaacaccaatttagaatttttccatttaacatgttatcgtccaaa 37343329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 37412945 - 37412827
Alignment:
154 attgggccaactagtttgttatctcctaaatataaatgagaaagttgaggtagatgaaaaagtgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaa 253  Q
    ||||||||||||| ||| |||  |  ||||| ||||| ||||||||||| |||||| || | |||||| |||| ||| || || | ||||||||||||||    
37412945 attgggccaactaatttattaaatgataaatctaaataagaaagttgagctagatggaacaatgatgagggaatttgacctgtaatgttgttagaggaaa 37412846  T
254 gtgctaaatattccaattt 272  Q
       |||||||||| |||||    
37412845 tatctaaatattctaattt 37412827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 572; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 572; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 48 - 1067
Target Start/End: Complemental strand, 16842651 - 16841632
Alignment:
48 taacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaaaacacataactcaatttggaacgttttgtgatttca 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||||  |||||| |||||||| |||  |||||||||||||    
16842651 taacaacgaaggcaaagaataacaccaatttggaattgttccatttaacatgttctcactcaaacccacatagctcaattttgaagtttttgtgatttca 16842552  T
148 attggaattgggccaactagtttgttatctcctaaatataaatgagaaagttgaggtagatgaaaaagtgatgatggaacttggcccgttaggttgttag 247  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||  |  ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||    
16842551 attggaattgggccaaccagtttgttaaatgataaatataaattagaaagataaggtagatgaaaaagtgatgatggaacttggcctgttagactgttag 16842452  T
248 aggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctaccgctaaagttattatatgcaagattacaatgaatgaggggttt 347  Q
    ||||||||| || |||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||| ||||    
16842451 aggaaagtgatagatattctaatttgcttaaatttccataaacaattgggatgctaccgctaaagttattaaatacaagatcacaatgaatgaggtgttt 16842352  T
348 gaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaaatatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatt 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
16842351 gaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattatttgaaagatccaaatatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatc 16842252  T
448 ccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggtaca 547  Q
    ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||    |  ||||||||    
16842251 ccatcaaaattgcaaaatgaaaggactaaatgagtaagagactttaattgacctatggaataggagatttctcctgagaaagcagtatgagagaggtaca 16842152  T
548 agtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggat 647  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | ||||  ||||||||| | |||||||||||| |  |||||||| ||    
16842151 agtaccttagaggagtgctccagttggattttggaagttgaccactaaggtcttgattatgtgacaaatctagtctttgaagatttgacaaagagagtat 16842052  T
648 gtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctctctgatt 747  Q
    ||||||| | | ||||||||||||  ||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||  |||    
16842051 gtcacttaacaaatttccttgcaaaccagtgtttgctagatgaagagaaaccaaagaggatgacaaattgtttagcattgacaaagagctctctccaatt 16841952  T
748 gaagacatattcactctatccaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccaaatgaatgaattgagtttcaatcccacttgtt 847  Q
    |||||||| ||||||| ||  | || ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||    
16841951 gaagacatgttcactccatttagataaagatcccttaatttagtagcattatgaatgagtttcttccaagtgaacgaattgagtttcaatcccacttttt 16841852  T
848 cggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatg 947  Q
    || || |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | |||| |||||| ||| | |||||||||||||||    
16841851 cgtacgagtaaccgctaagatcaagagatactaattttgacaaatgagagattgtggagtgaatgtcaccattgaggtcacagtatgatagatttagatg 16841752  T
948 tgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatg 1047  Q
    |||||  ||||||||||| | || |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| | |||     
16841751 tgtgatattcactaaatcgctaataccaataggcattgaagacccagaaaaattattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtcttaactggaggata 16841652  T
1048 gtgctattgggatgtaattc 1067  Q
    ||||||||||||||||||||    
16841651 gtgctattgggatgtaattc 16841632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 41 - 1064
Target Start/End: Complemental strand, 24217522 - 24216502
Alignment:
41 ccaaccctaacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaaaacacataactcaatttggaacgttttgt 140  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | |||||   | | |  ||||||| ||| |||| ||    
24217522 ccaactctaacaacgaaggcaaggaataacaccattgcggaattgttccatttaacatgttattacccaaatttagaaacttcaattttgaatgtttagt 24217423  T
141 gatttcaattggaattgggccaactagtttgttatctcctaaatataaatgagaaagttgaggtagatgaaaaagtgatgatggaacttggcccgttagg 240  Q
    | |||||  |||||| ||||| ||||  |  ||      ||  | || |  ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||||||  ||||     
24217422 gttttcagatggaatggggcctactaaataattcaaagatagttctagagaagaaagttgagttagattaaacaatgatgatggaatttggccacttaga 24217323  T
241 ttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctaccgctaaagttattatatgcaagattacaatgaa-tg 339  Q
     | ||| | |||||||||||| | |  |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||  |||||||||||  |  |||||   || ||| ||    
24217322 ctattaaaagaaagtgctaaaaagtttaatttgattaaattttcaaaaacatttgggatgttaccattaaagttattaatttgaagatct-aaggaagtg 24217224  T
340 aggggtttgaggtttgaaagtaatggtgagatctcaccgttaagtttattaaatgaaaggttcaaatatgttagttgagtgaggttccacaaagatagag 439  Q
    ||| || |||||||||||||||||| || |||||| || ||||| || ||   ||||||| | ||  |||| ||||||||||| ||||||||||||  ||    
24217223 aggtgtgtgaggtttgaaagtaatgatgggatctcgcctttaagattgttgtttgaaaggcttaagaatgtgagttgagtgagcttccacaaagatgaag 24217124  T
440 gaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacg 539  Q
    |||| | |||||| || |||||  | | ||||  ||| |||| |||| ||||||| ||||| || || || | |||||||||||||||| |||| |||      
24217123 gaacaaatccatcaaatttgcaccccgtaagggataagtgagcaagaaacttcaactgaccaatagagtatgaaatttcacctgagaaaccagagaaaga 24217024  T
540 gaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaa 639  Q
    ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||  | |||  |||||||||| | | |||||||||| ||||||    
24217023 gaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacgttggaaatttaccacgaaggtcttgattcgatgacaaatctagtttttgaagatttggtaaa 24216924  T
640 gagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctct 739  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||    
24216923 gagaggatgtcacttgacatatttccttgcaatccagtggatgctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttag------caaagagctct 24216830  T
740 ctctgattgaagacatattcactctatccaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccaaatgaatgaattgagtttcaatcc 839  Q
    ||||||||||||| || | ||||| || ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||   ||||||||| | |      
24216829 ctctgattgaagatatgtccactccattcaggtaaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtgaagatattgagtttgagttt 24216730  T
840 cacttgttcggaccag---taactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgat 936  Q
       ||   | | ||||   |||||  ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||  |||||    
24216729 ttgttccaccggccagtaataacttttaagatcaagtgacactagttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccagtaaggtaacagcttgat 24216630  T
937 agatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaa 1036  Q
    | |||||||| |||||| ||||||| ||| ||||  |||| | ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
24216629 aaatttagatatgtgagattcactagatcaccaatcccaacatgcattgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggtgtctaa 24216530  T
1037 gctgaaagatggtgctattgggatgtaa 1064  Q
    |||  ||||| |||| ||| ||||||||    
24216529 gcttgaagatagtgcaatttggatgtaa 24216502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 374; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 393 - 1067
Target Start/End: Original strand, 14553768 - 14554430
Alignment:
393 tgaaaggttcaaatatgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccattccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttc 492  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14553768 tgaaaggtccaaatgtgttagttgagtgaggttccacaaagatagaggaaccatcccatctaaattgcaatctgaaaggactaaatgagtaagagacttc 14553867  T
493 aattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggtacaagtaccttagagaagtgctccagttggactttggaagttgaccac 592  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
14553868 aattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagagtaatggaggtacaagtaccttagaggagtactccagttggattttggaagttgaccac 14553967  T
593 taaggttatcattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcacttgatatatttccttgcaacacagtgtttggtagactaag 692  Q
    ||||   |||||||  |  |||||| | | |||||||||| || |||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| | ||||||| |||||||||    
14553968 taagaccatcattacctaccaaatctagtttttgaagatttggcaaagagagtatgtcacttgacaaatttccttgcaacccggtgtttgctagactaag 14554067  T
693 agaaaccaaagaggatgacaaattctttagcatcaacaaagagctctctctgattgaagacatattcactctatccaaatgaagctcccttaaattagta 792  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| || || || ||| |||||||||||||||    
14554068 agaaaccaaagaggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctctctgatggaagacatgttcactccattcagataaagatcccttaaattagta 14554167  T
793 gcattatgaatgagtttcttccaaatgaatgaattgagtttcaatcccacttgttcggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaat 892  Q
    ||||||||||||||||| |||||  | |||| ||| | || |||            | |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
14554168 gcattatgaatgagtttattccatgtaaatggattaatttccaa------------gaaccagttaatgctaagatcaagtgatactaattttgacaaat 14554255  T
893 gagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaa 992  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||      
14554256 gagagattgtggaaggaatattaccactaaggtaacaattggatatatttagatgcatgagtttcactaaatcgccaataccaagaggcattgaagaccc 14554355  T
993 agaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattc 1067  Q
    | ||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||    
14554356 aaaaatatcattaaaagctaggttgagttgttgaaggtgtctaagctggaagatagtgctattaggatgtaattc 14554430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 16 - 317
Target Start/End: Original strand, 14553463 - 14553764
Alignment:
16 cctgtgagattgttgttgctgaggaccaaccctaacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttatcatccaaaaaca 115  Q
    |||||||| | ||||| |||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||  ||    
14553463 cctgtgaggtggttgtcgctgagggataactctaacaacgaaggcaaagaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttataacttaaatcca 14553562  T
116 cataactcaatttggaacgttttgtgatttcaattggaattgggccaactagtttgttatctcctaaatataaatgagaaagttgaggtagatgaaaaag 215  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||  |  |||| |||||  |||||| |||||||||| ||||||    
14553563 catagctcaattttgaacgttttgtgatttcaattgcaatcggcccaactagtttgttagatgataaacataaaaaagaaagctgaggtagattaaaaag 14553662  T
216 tgatgatggaacttggcccgttaggttgttagaggaaagtgctaaatattccaatttgattaaattttcataaacaattgggatgctaccgctaaagtta 315  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||| | ||| ||||||    
14553663 tgatgatggaacttggcctgctaggttgttagagaaaaggtataaatattccaatttgattaaatttccacaaacatctgggatgctccagcttaagtta 14553762  T
316 tt 317  Q
    ||    
14553763 tt 14553764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 63 - 103
Target Start/End: Original strand, 23496081 - 23496121
Alignment:
63 agaataacaccaatgtggaattgttccatttaacatgttat 103  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
23496081 agaaaaacaccaacgtggaattgttccatttaacatgttat 23496121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University