View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18486_high_3 (Length: 686)

Name: NF18486_high_3
Description: NF18486
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18486_high_3
NF18486_high_3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-678)||(30617507-30618167)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 645; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 645; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 678
Target Start/End: Original strand, 30617507 - 30618167
Alignment:
Q  18 ctattcatgcaacaaagtgaaaggaggacaaagagagacattggtagtccttggagcaagtgttggaatagcagttggaacccaatttgatccttgatca 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30617507 ctattcatgcaacaaagtgaaaggaggacatagagagacattggtagtccttggagcaagtgttggaatagcagttggaacccaatttgatccttgatca 30617606  T
Q  118 acagataattgttgtggctgatagtacaagttccttgctgcctgtgcatgataaggatcagtagtagtcccaaaaacattttcataaccaaatcctttaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30617607 acagataattgttgtggctgatagtacaagttccttgctgcctgtgcatgataaggatcagtagtagtcccaaaaacattttcataaccaaatcctttaa 30617706  T
Q  218 tctcactctcaccaaaattgttgttgcttcttggattttggttaccatcatttgcaatagccattggaatcatatatccaccatttcctccataaccacc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30617707 tctcactctcaccaaaattgttgttgcttcttggattttggttaccatcatttgcaatagccattggaatcatatatccaccatttcctccataaccacc 30617806  T
Q  318 atgatctccacccccataaacaacagaattagatccagaactattatccatggaagcagaatccatactcatgatattttgtaaaccaaagaaattgtga 417  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30617807 atgatctccaccaccataaacaacagaattagatccagaactattatccatggaagcagaatccatactcatgatattttgtaaaccaaagaaattgtga 30617906  T
Q  418 gtattgttattattattccctaactgtagttgatgaatatcagtagcagtagtataagtactatgatcatcagaatcttgttcttgtttgcaccaaagct 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30617907 gtattgttattattattccctaactgtagttgatgaatatcagtagcagtagtataagtactatgatcatcagaatcttgttcttgtttgcaccaaagct 30618006  T
Q  518 tttgagtttgagttccataaggataattctgtaactgcatgttgttggcattgtaatgatgatgtggttgttgatgttggaatgaaagtgcatgccaatt 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30618007 tttgagtttgagttccataaggataattctgtaactgcatgttgttggcattgtaatgatgatgtggttgttgatgttggaatgaaagtgcatgccaatt 30618106  T
Q  618 agatgcattcgttgctgcataaatggcttgttctgttaaatgggaagtgttgttgatgatg 678  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30618107 agatgcatttgttgctgcatagatggcttgttctgttaaatgggaagtgttgttgatgatg 30618167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University