View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18489_low_9 (Length: 491)

Name: NF18489_low_9
Description: NF18489
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18489_low_9
NF18489_low_9
[»] chr7 (21 HSPs)
chr7 (11-471)||(26154587-26155044)
chr7 (11-254)||(26178681-26178924)
chr7 (29-245)||(19103871-19104087)
chr7 (11-234)||(26301429-26301652)
chr7 (11-245)||(26082337-26082571)
chr7 (11-245)||(26106124-26106358)
chr7 (11-248)||(26190869-26191106)
chr7 (11-215)||(26203531-26203735)
chr7 (38-254)||(26297043-26297259)
chr7 (17-292)||(26241957-26242232)
chr7 (11-249)||(26128164-26128408)
chr7 (38-298)||(26250390-26250659)
chr7 (11-209)||(26223175-26223373)
chr7 (116-248)||(26184876-26185008)
chr7 (107-209)||(26207078-26207180)
chr7 (95-184)||(26259567-26259656)
chr7 (310-413)||(26154528-26154631)
chr7 (107-209)||(26226613-26226715)
chr7 (349-413)||(26239354-26239418)
chr7 (38-99)||(26240040-26240101)
chr7 (264-297)||(26178619-26178652)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (14-244)||(44902849-44903079)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 26155044 - 26154587
Alignment:
Q  11 tgagatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 110  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26155044 tgagctgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 26154945  T
Q  111 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatg 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26154944 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtctagctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatg 26154845  T
Q  211 aagtttgttatgggattgttgagactccattgttgcttggttctattactgctagagttgatatttaattgtaggtaccaatgaagtgtttaatggtatg 310  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26154844 aagttggttatgggattgttgagactccattgttgcttggttctattactgctagagttgatatttagttgtaggtaccaatgaagtgtttaatggtatg 26154745  T
Q  311 taccaaaagtaatttttccttcatgtgtttaacagattcacatgaatgaagcacgaatttcaaaacacttccatgtgtaaggaagaatatacgctttaat 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26154744 taccaaaagtaatttttccttcatgtgtttaacagatccacatgaatgaaccacgaatttcataacactttcatgtgtagggaagaatatacgctttaat 26154645  T
Q  411 ttaatggtagtagtaggtaccaaaaggaatttttccttcatttgtttaacagatccacatg 471  Q
    |||||||||   ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26154644 ttaatggta---gtaggtaccgaaagtaatttttccttcatttgtttaacagatccacatg 26154587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 11 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 26178924 - 26178681
Alignment:
Q  11 tgagatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 110  Q
    |||| |||||||||||  |||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  26178924 tgagctgaagggaactgtataagatgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatagatttttggaatgttgaagcattggcatgtgtag 26178825  T
Q  111 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatg 210  Q
     ||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| |||||  ||||||||||   |||||    
T  26178824 cgatgatggtaacattaacaccatgcatggcgaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatgaccaggagttggaaatggaagaaaaacaacatg 26178725  T
Q  211 aagtttgttatgggattgttgagactccattgttgcttggttct 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26178724 aagtttgttatgggattgttgagactccattgttgcttggttct 26178681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 29 - 245
Target Start/End: Original strand, 19103871 - 19104087
Alignment:
Q  29 ataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtagtgatgatggtcacattaa 128  Q
    ||||| || |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||  ||||| || |||||||    
T  19103871 ataagttgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgtggaagcattggcatgagtagcaatgattgtaacattaa 19103970  T
Q  129 caccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatgaagtttgttatgggattg 228  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19103971 caccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatggcctggagttggatatggaagaaaagttacatgaagttggttatgggattg 19104070  T
Q  229 ttgagactccattgttg 245  Q
    |||||| ||||||||||    
T  19104071 ttgagattccattgttg 19104087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 11 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 26301652 - 26301429
Alignment:
Q  11 tgagatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 110  Q
    |||| |||||||||||  ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  26301652 tgagctgaagggaactgaataagttgagttttaatagggtatcctgaattgaagtcatcgtctatagatttttggaatgttgaagcattggcatgtgtag 26301553  T
Q  111 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatg 210  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||  |||||||||| |||||||    
T  26301552 tgatgatggtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggattcatatgaccaggagttggaaatggaagaaaaattacatg 26301453  T
Q  211 aagtttgttatgggattgttgaga 234  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||    
T  26301452 aagttggttattggattgttgaga 26301429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 11 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 26082571 - 26082337
Alignment:
Q  11 tgagatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 110  Q
    |||||||| |||||||  ||||| || |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  26082571 tgagatgacgggaactgaataagctgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtcaatggctttttgaaatgttgaagcattggcatgtgtag 26082472  T
Q  111 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatg 210  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |||  ||    
T  26082471 tgatgatggtaacattaacaccatgcatggcaaatagtcttgctgtggctatcattggattcatatggccaggagttggatatggaacaaaaattatctg 26082372  T
Q  211 aagtttgttatgggattgttgagactccattgttg 245  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26082371 aagttggttatgagattgttgagactccattgttg 26082337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 11 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 26106358 - 26106124
Alignment:
Q  11 tgagatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 110  Q
    |||||||| |||||||  ||||| || |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  26106358 tgagatgacgggaactgaataagctgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtcaatggctttttgaaatgttgaagcattggcatgtgtag 26106259  T
Q  111 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatg 210  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |||  ||    
T  26106258 tgatgatggtaacattaacaccatgcatggcaaatagtcttgctgtggctatcattggattcatatggccaggagttggatatggaacaaaaattatctg 26106159  T
Q  211 aagtttgttatgggattgttgagactccattgttg 245  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26106158 aagttggttatgagattgttgagactccattgttg 26106124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 11 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 26191106 - 26190869
Alignment:
Q  11 tgagatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 110  Q
    |||| ||||||||| |  |||||||| |||||||| | ||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  26191106 tgagctgaagggaattcaataagatgagttttgatggagtatcctaaactgaagtcactgtctatggttttttggaatgttgaagcattggcatgtgtag 26191007  T
Q  111 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatg 210  Q
    | |||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||    
T  26191006 taatgatggttacattaacaccatgtttggctaatagtcttgcagtgtcaatcataggaatcatatggccaggagatggaaatggaagaaaagttacatg 26190907  T
Q  211 aagtttgttatgggattgttgagactccattgttgctt 248  Q
    ||||  |||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  26190906 aagtgggttatgggattgttgagatttcattattgctt 26190869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 11 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 26203735 - 26203531
Alignment:
Q  11 tgagatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 110  Q
    |||| |||||||||||  |||||||| || ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  26203735 tgagctgaagggaactgaataagatgagtcttgatggagtatcctgaattgaagtcactgtctatcgctttttggaaggttgaagcattagcatgtgtag 26203636  T
Q  111 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatg 210  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  26203635 tgatgatggtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtctatcataggaatcatatggccaggagttggaaatggaagaaaagttacatg 26203536  T
Q  211 aagtt 215  Q
     ||||    
T  26203535 cagtt 26203531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 38 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 26297259 - 26297043
Alignment:
Q  38 gttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtagtgatgatggtcacattaacaccatgct 137  Q
    |||||||| | ||||||| || ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  26297259 gttttgatggagtatcctaaactgatgtcactatctatggatttttggaaccttgaagcattggcatgtgtagtgatgatggttacatcaacaccatgct 26297160  T
Q  138 ttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatgaagtttgttatgggattgttgagactc 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |  ||||| |||||||||    |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26297159 ttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcatagggttcatatgaccagcagatggatatggaagaaagacaacatgaagtttgttattggattgttgagactc 26297060  T
Q  238 cattgttgcttggttct 254  Q
    |||||||||||||||||    
T  26297059 cattgttgcttggttct 26297043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 26242232 - 26241957
Alignment:
Q  17 gaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtagtgatga 116  Q
    ||||||||||  | ||| || |||||||| | ||||||| || |||  ||||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||   ||||    
T  26242232 gaagggaactgaagaagttgagttttgatggagtatcctaaactgacatcactatctatggatttttggaaccttgaagcattggcatgtgtaagtatga 26242133  T
Q  117 tggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatgaagttt 216  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||  |  ||||| ||||||||||   |||||||||||    
T  26242132 tggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgcagtgtcaatcatagggttcatatggccaatagctggatatggaagaaaaacaacatgaagttt 26242033  T
Q  217 gttatgggattgttgagactccattgttgcttggttctattactgctagagttgatatttaattgtaggtaccaat 292  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||  |||||| |||||    
T  26242032 gttatgggattgttgagattccattgttgcttggttctattactaggagaattgatatttaagggtaggttccaat 26241957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 11 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 26128408 - 26128164
Alignment:
Q  11 tgagatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 110  Q
    |||| |||||||||||  ||||| || ||||| || | ||||||| || ||  |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  26128408 tgagctgaagggaactgaataagttgagttttaatggagtatcctaaactggtgtcactgtctatggctttttggaatgttgaggcattagcatgtgtag 26128309  T
Q  111 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatg 210  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||   |||||    
T  26128308 tgatgatggtaacattaacaccatgcatggcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatatgaaagaaaaacaacatg 26128209  T
Q  211 aagtttgttatgggattg------ttgagactccattgttgcttg 249  Q
    ||||| ||||||| ||||      |||||||||||||||||||||    
T  26128208 aagttggttatggaattgcagagattgagactccattgttgcttg 26128164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 38 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 26250659 - 26250390
Alignment:
Q  38 gttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtagtgatgatggtcacattaacaccatgct 137  Q
    |||||||| | ||||||| || ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  26250659 gttttgatggagtatcctaaactgatgtcactatctatggatttttggaaccttgaagcattagcatgtgtagtgatgatggtaacattaacaccatgtt 26250560  T
Q  138 ttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatgaagtttgttatgggattgtt------- 230  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| |  ||||| ||||||||||   |||||||||| ||||| ||||||||           
T  26250559 tagcaaatagtcttgcagtgtcaatcatagggttcatatgaccagcagatggatatggaagaaaaacaacatgaagttggttattggattgttgagattg 26250460  T
Q  231 --gagactccattgttgcttggttctattactgctagagttgatatttaattgtaggtaccaatgaagtg 298  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  26250459 aggagaatccattgttgcttggttctattactaagagagttgatatttaagggtaggtaccaatgaagtg 26250390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 11 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 26223373 - 26223175
Alignment:
Q  11 tgagatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtag 110  Q
    |||| |||||||||||  |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  26223373 tgagctgaagggaactgtataagatgagttttgatggagtatcctgaattgaagtcacagtctacagatttttggaatgtggaagcattggcatgtgtag 26223274  T
Q  111 tgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacat 209  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | | ||||||| |||||| |||||  |||||||||||| ||||    
T  26223273 tgatgatggtaacattaacaccatgtttggcaaatagtcttgctgtgtcaatcattgaaatcatatgaccaggagttggaaatggaagaaaagtgacat 26223175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 116 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 26185008 - 26184876
Alignment:
Q  116 atggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatgaagtt 215  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  26185008 atggtgacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgatgtggctatcatgggattcatatggccaggagttggatatggaacaaaaattacatgaagtt 26184909  T
Q  216 tgttatgggattgttgagactccattgttgctt 248  Q
    |||||||||||| ||| || |||||||||||||    
T  26184908 tgttatgggattattgggagtccattgttgctt 26184876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 107 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 26207180 - 26207078
Alignment:
Q  107 gtagtgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagtta 206  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| |    
T  26207180 gtagtgatgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcatagggttcatatggccaggagttggatatggtagaaaagtaa 26207081  T
Q  207 cat 209  Q
    |||    
T  26207080 cat 26207078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 95 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 26259656 - 26259567
Alignment:
Q  95 gcattagcatgcgtagtgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccagga 184  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26259656 gcattggcatgtgtagtgataatggtaacattaataccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcatagggttcatatggccagga 26259567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 310 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 26154631 - 26154528
Alignment:
Q  310 gtaccaaaagtaatttttccttcatgtgtttaacagattcacatgaatgaagcacgaatttcaaaacacttccatgtgtaaggaagaatatacgctttaa 409  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||| | | ||||||||||||||||     
T  26154631 gtaccgaaagtaatttttccttcatttgtttaacagatccacatgaatgaaccacgaatttcaaaacactttcacgtgcaggaaagaatatacgctttac 26154532  T
Q  410 ttta 413  Q
    ||||    
T  26154531 ttta 26154528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 107 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 26226715 - 26226613
Alignment:
Q  107 gtagtgatgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagtta 206  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||  |||||| |||||||| |    
T  26226715 gtagtgatgatggtaacatcaacaccatgctttgcaaatagccttgctgtgtcaatcatagggttcatatgaccaggagttacatgtggtagaaaagtaa 26226616  T
Q  207 cat 209  Q
    |||    
T  26226615 cat 26226613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 349 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 26239418 - 26239354
Alignment:
Q  349 cacatgaatgaagcacgaatttcaaaacacttccatgtgtaaggaagaatatacgctttaattta 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  26239418 cacatgaatgaagcacgaatttcaaaacactttaatgtgtagtgaagaatatacgctttaattta 26239354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 38 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 26240101 - 26240040
Alignment:
Q  38 gttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcatt 99  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26240101 gttttaatagggtatgctgaattgaagtcactctctatggctttttggaatgttgaagcatt 26240040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 264 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 26178652 - 26178619
Alignment:
Q  264 agagttgatatttaattgtaggtaccaatgaagt 297  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26178652 agagttgatatttaatggtaggtaccaatgaagt 26178619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 143; Significance: 6e-75; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 14 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 44903079 - 44902849
Alignment:
Q  14 gatgaagggaacttgataagatgtgttttgatagggtatcctgaattgaagtcactgtctatggatttttggaatgttgaagcattagcatgcgtagtga 113  Q
    |||||||||||||  ||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||||| |||||||    
T  44903079 gatgaagggaactgaataagctgagttttgatagagtatcctgaattgaagtcactgtctatggattcttggaaagttgaagcgttggcatgtgtagtga 44902980  T
Q  114 tgatggtcacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtcaatcataggattcatatggccaggacttggatgtggaagaaaagttacatgaag 213  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||||||    
T  44902979 tgatggtaacattaacaccatgctttgcaaatagtcttgctgtgtctaccatgggaatcatatggccaggagttggatatggaagaaaaactacatgaag 44902880  T
Q  214 tttgttatgggattgttgagactccattgtt 244  Q
    || ||||| |||||||||||| |||||||||    
T  44902879 ttggttattggattgttgagaatccattgtt 44902849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University