View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18491_low_1 (Length: 988)
Name: NF18491_low_1
Description: NF18491
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18491_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 838; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 838; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 978
Target Start/End: Original strand, 27216425 - 27217380
Alignment:
| Q |
45 |
gaatgaggattactctatcgtgaactattcttagggtgtgacgatagctatatttttaaccctatgtaagaagatatacaccaagctttttacaaatgta |
144 |
Q |
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| T |
27216425 |
gaatgaggattactctatcgtgaactattcttagggtgtgacgatagctatatttttaaccctctgtaagaagatatacaccaagctttttacaaatgta |
27216524 |
T |
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| Q |
145 |
gcttatatgaagactaataaaagatgcaatgaaaatatttgtaaactaatcatttgaactaacaaagctagcaaaaatgtgtccaaaaacaatattctct |
244 |
Q |
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| T |
27216525 |
gcttatatgaagactaataaaagatgcaatgaaaatatttgtaaactaatcatttgaactaacaaagctagcaaaaatgtgtccaaaaacaatattctct |
27216624 |
T |
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| Q |
245 |
ctagtctaaaccacattctatttataattgtctaatcttccgccgttgtgatgttttctttctcgattattttgatatatcataacttttgattgcttct |
344 |
Q |
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| T |
27216625 |
ctagtctaaaccacattctatttataattgtctaatcttctgccgttgtgatgttttttttctcgattattttgatatatcataacttttgattgcttct |
27216724 |
T |
|
| Q |
345 |
agtgtaagacttcatacatctaccctccacaaactctaccttatgggagcctcgtgcactgagccaccctttataatttctgattgcttatacacaccta |
444 |
Q |
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| T |
27216725 |
agtgtaagactgcatacatctaccctccacaaactctaccttatgggagcctcgtacactgagccaccctttataatttctgattgcttatacacaccta |
27216824 |
T |
|
| Q |
445 |
tttaagaattgcccattcttcaatatgcatggtattagtatagagtatgtagactatgagaaaacacaacaaacaacaaacatgggttgcagac------ |
538 |
Q |
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| T |
27216825 |
tttaagaattgcccattcttcaatatgcatggtattagtatagagtatgtagactatgagaaaacacaacaaacaacaaacatgggttgcagacacaagc |
27216924 |
T |
|
| Q |
539 |
----------------acttaa-atattaattgttgtaactgttaatcagacattgtaaaactgttttacgcatacattcaaccaaattataccacaagg |
621 |
Q |
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| T |
27216925 |
acaatttgacaattacacttaagatattaattgttgtaactgttaatcagacattgtaaaactgttttacgcatacattcaaccaaattataccacaagg |
27217024 |
T |
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| Q |
622 |
ccactttattatgttcctaaatatctccacaaatatttacatgatgagatattattcaatgtacattgtaaatacagttttacactgatcgagtatgtac |
721 |
Q |
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| T |
27217025 |
ccactttattatgttcctaaatatctccacaaatatttacatgatgagatattattcaatgtacattgtaaatacagttttacactgatcgagtatgtac |
27217124 |
T |
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| Q |
722 |
aaattaaatccttacactaaattcaattcagtaaaccttggttactacctatgaagcactcatacggacaccagacatgaagctaaaagtaataaccaca |
821 |
Q |
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| T |
27217125 |
aaattaaatccttacactaaattcaattc-gtaaaccttggttactacctatgaagcactcatacggacaccagacatgaagctaaaagtaataaccaca |
27217223 |
T |
|
| Q |
822 |
cgcataagcgtcatgtatagaaacatgtcagatactagacacacctttactacaactattatcatatgatatataatattgaattcataccataggcttt |
921 |
Q |
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| T |
27217224 |
cgcataagcgtcatgtctagaaacatgtcagatactagacacgcctttactacaactattatcatatgatatataatattgaattcataccacaggcttt |
27217323 |
T |
|
| Q |
922 |
gctcttttggtcgcttgtgcgttctcttgctgagatttcttcgactccatctgatga |
978 |
Q |
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| T |
27217324 |
gctcttttggtcgcttgtgcgttctcttgctgagatttcttcgactccatctgatga |
27217380 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 59 - 490
Target Start/End: Original strand, 27218836 - 27219273
Alignment:
| Q |
59 |
ctatcgtgaactattcttagggtgtgacgatagctatatttttaaccctatgtaagaagatatacaccaagctttttacaaatgtagcttatatgaagac |
158 |
Q |
| |
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|
| T |
27218836 |
ctattgtgaattattcttagggtgtgaataaagctacatttttaacactccgtgagaagatatacaccatgcttgttacaaatgtagattatacgaagac |
27218935 |
T |
|
| Q |
159 |
taataaaagatgcaatgaaaatatttgtaaactaatcatttgaactaacaaagctagcaaaaatgtgtccaaaaacaatattctctctagtctaaa---- |
254 |
Q |
| |
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| || ||||||| | |||||| |||||| || || |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |
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|
| T |
27218936 |
tgatcaaagatgtagtgaaaacatttgttaatccattatttaaaccaacaaagctagcaaaaatgtgttcaaaaacaatattctctctagtttaaagtct |
27219035 |
T |
|
| Q |
255 |
---ccacattctatttataattgtctaatcttccgccgttgtgatgttttctttct-cgattattttgatatatcataacttttgattgcttctagtgta |
350 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||| |||| | || ||| ||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |
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| T |
27219036 |
agaccacaatctatttataatcgtctgtgcatctgccattgtgattttttttttcttccattattttgatatatcataacttttgattgcttttagggta |
27219135 |
T |
|
| Q |
351 |
agacttcatacatctaccctccacaaactctaccttatgggagcctcgtgcactgagccaccctttataatttctgattgcttatacacacctatttaag |
450 |
Q |
| |
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| T |
27219136 |
agaatacatatatctaccctccccaaactcaaccttacgggagccacgcgcactgggtcaccctatataatttctgattgct--tagacacgtatttaag |
27219233 |
T |
|
| Q |
451 |
aattgcccattcttcaatatgcatggtattagtatagagt |
490 |
Q |
| |
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||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
27219234 |
aattgtgcattcttcaatgtgcatggtatttgtatagagt |
27219273 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 612 - 753
Target Start/End: Original strand, 27219664 - 27219804
Alignment:
| Q |
612 |
taccacaaggccactttattatgttcctaaatatctccacaaatatttacatgatgagatattattcaatgtacattgtaaatacagttttacactgatc |
711 |
Q |
| |
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|
| T |
27219664 |
taccacaaggccacattaatatgtacctaaatatctttacaaatatttacatgatgagatattattcaatgtacatatttaatagagttttacactg-tt |
27219762 |
T |
|
| Q |
712 |
gagtatgtacaaattaaatccttacactaaattcaattcagt |
753 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27219763 |
gagtatgtacaaattaaatccttacactaaattcaattcagt |
27219804 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 42 - 132
Target Start/End: Original strand, 27211895 - 27211985
Alignment:
| Q |
42 |
caggaatgaggattactctatcgtgaactattcttagggtgtgacgatagctatatttttaaccctatgtaagaagatatacaccaagctt |
132 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27211895 |
caggaatgaggattactctatcgtgaattattcttagggtgtgaatatagctacatttttaacagttcgtaagaagatatacaccaagctt |
27211985 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 714 - 807
Target Start/End: Original strand, 24047796 - 24047889
Alignment:
| Q |
714 |
gtatgtacaaattaaatccttacactaaattcaattcagtaaaccttggttactacctatgaagcactcatacggacaccagacatgaagctaa |
807 |
Q |
| |
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| T |
24047796 |
gtatatacaaattaaatccttacactaaattcaattaagtaaacatcagttactacctatgaaacatacatacggacaccaaacatgacgctaa |
24047889 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 567 - 625
Target Start/End: Original strand, 27219471 - 27219529
Alignment:
| Q |
567 |
atcagacattgtaaaactgttttacgcatacattcaaccaaattataccacaaggccac |
625 |
Q |
| |
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||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |
|
|
| T |
27219471 |
atcaggcaatgtaaaactgttttacgcatacattcaaccaaatcataccacaagtccac |
27219529 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 695 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 34261848 - 34261782
Alignment:
| Q |
695 |
acagttttacactgatcgagtatgtacaaattaaat-ccttacactaaattcaattcagtaaacctt |
760 |
Q |
| |
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|||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
34261848 |
acagttatacactgattgagtatatacaaattaaatcccctacactaaattcaatcaagtaaacctt |
34261782 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 75; Significance: 5e-34; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 592 - 773
Target Start/End: Original strand, 37580435 - 37580617
Alignment:
| Q |
592 |
gcatacattcaaccaaattataccacaaggccactttattatgttcctaaatatctccacaaatatttacatgatgagatattattcaatgtacattgta |
691 |
Q |
| |
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|||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| || ||||| | |
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| T |
37580435 |
gcatacattcaatcaaatcataaggtaaggccactttattatgctcctttatatctctacaaatatttacacgatgagatatgatttgatatacatataa |
37580534 |
T |
|
| Q |
692 |
aatacagttttacactgatcgagtatgtacaaattaaat-ccttacactaaattcaattcagtaaaccttggttactacctat |
773 |
Q |
| |
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|| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
37580535 |
aagacagttttacactgattgagtatatacaaattaaatcccctacactaaattcaatcgagtaaaccttagttactacctat |
37580617 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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