View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18492_low_1 (Length: 1075)
Name: NF18492_low_1
Description: NF18492
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18492_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 945; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 945; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1068
Target Start/End: Original strand, 34554488 - 34555538
Alignment:
| Q |
18 |
tggacaatttgaaagaagcacatattggtatccattttgattatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatagcaaatcttttcaatggggttcgtaaaac |
117 |
Q |
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| T |
34554488 |
tggacaatttgaaagaagcacatattggtatccattttgattatgaaaataaaaaagtaaaagaaaatatagcaaatattttcaatggggttcgtaaaac |
34554587 |
T |
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| Q |
118 |
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217 |
Q |
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| T |
34554588 |
cagatttctttgcttagatttgtataccacagaggtatgattctttgctaaacttaccttctcttatcacgtgcacactgaattcatatgttttctacgt |
34554687 |
T |
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| Q |
218 |
tttttctccttccatttttgtaaacagttggtcagaaaagtatattatatataaggactaaaagttctatttaccccatgtttttagtataggaattgta |
317 |
Q |
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| T |
34554688 |
ttttttcccttccacttttgtaaacagttggttagaaaagtatattatatataaggactaaaagttctatttaccccatgtttttagtataggaattgta |
34554787 |
T |
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| Q |
318 |
tgttatttctcataattctttgttatttttatccacttgcaggtgcttacttatgcttgtctagaatttccaacatttgatcatttgggtcatctacaat |
417 |
Q |
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| T |
34554788 |
tgttatttctcataattctttgttatttttatccacttgcaggtgcttacttatgcttgtctagaatttccaacatttgatcatttgggtcatctacaat |
34554887 |
T |
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| Q |
418 |
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517 |
Q |
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| T |
34554888 |
tatatttaaaaatccttgattcatattttctagttgagttgttgctagaaaaatgccccaatctagaatttctagagattatcaaggttagttaactctt |
34554987 |
T |
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| Q |
518 |
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617 |
Q |
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| T |
34554988 |
gagatttagctaattatttcttgaatttttatttttactttgtttcattggatacaattatagttgtgttgtgacctcacttgacaggttgatgaactat |
34555087 |
T |
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| Q |
618 |
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717 |
Q |
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| T |
34555088 |
gtgataatgaaattgaatggagacaaccaacaatagttcctagctgtctttcatcacaccttactacttttatattcagagattatgaaggcacggatga |
34555187 |
T |
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| Q |
718 |
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817 |
Q |
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| T |
34555188 |
agagtttgaacttataagttacattttaaatagtggaaaagtgcttaagagaaccacaatttattttgagagtagctgctggaatccaagcgagacaagt |
34555287 |
T |
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| Q |
818 |
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917 |
Q |
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| T |
34555288 |
gatgctgtgttggaattatcttccttgccaagagcctcaaaagataacaggactaactatgtgcttcaaagtcgttcttgatggtatggattataaatag |
34555387 |
T |
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| Q |
918 |
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1017 |
Q |
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| T |
34555388 |
agcttttgtattcttttttgtaggttgcagcatgttttcatgcaagttatcatgtaattttagtcccttgaagaagaagcaaccttgtatccttattctg |
34555487 |
T |
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| Q |
1018 |
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1068 |
Q |
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| T |
34555488 |
aatataaatgatgttttataaatgatgaatatgattggcatctgatgatgt |
34555538 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 298 - 869
Target Start/End: Original strand, 36283902 - 36284472
Alignment:
| Q |
298 |
tttttagtataggaattgtatgttatttctcataattcttt-gttatttttatccac-ttgcaggtgcttacttatgcttgtctagaatttccaacattt |
395 |
Q |
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| T |
36283902 |
tttttaatataggaattgtgtcttatttttcataactcttttgttatttttatccatgttgcaggtgcttacttatgcttgtctagaatttccaacattt |
36284001 |
T |
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| Q |
396 |
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495 |
Q |
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| T |
36284002 |
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36284101 |
T |
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| Q |
496 |
ttatcaaggttagttaactcttgagatttagctaattatttcttgaatttttatttttactttgtttcattggatacaattatagttgtgttgtgacctc |
595 |
Q |
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| T |
36284102 |
ttattaaggttggtttactcttgagatttggttaattatcggttaacttttttaatttactttctttttctcatgacaattatagatgttttgtgatctc |
36284201 |
T |
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| Q |
596 |
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695 |
Q |
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| T |
36284202 |
ttttgacaggttgatgacctatgcgataatgaaattaaatgggcagaaccaacaatagttcctagctgtctttcatcacaccttactactttcatattca |
36284301 |
T |
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| Q |
696 |
gaaattatgaaggcacggatgaagagtttgaacttataagttacattttaaatagtggaaaagtgcttaagagaaccacaatttattttgagagtagctg |
795 |
Q |
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| T |
36284302 |
gagattatgaaggcacggatgaagagtttgaacttataaggtacattttgaagagtggaaaagtgcttgagaggaccacaatttatttcggaagtagctg |
36284401 |
T |
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| Q |
796 |
ctggaatccaagcgagacaagtgatgctgtgttggaattatcttccttgccaagagcctcaaaagataacagga |
869 |
Q |
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| T |
36284402 |
--ggaa-ccaagcgaggcaagagatgctgtgtcggaattatgttccttgccaaaagcctcaaaagataacagga |
36284472 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 1001 - 1068
Target Start/End: Complemental strand, 31809488 - 31809421
Alignment:
| Q |
1001 |
cttgtatccttattctgaatataaattatgttttataaatgatgaatatgattggcatctgatgatgt |
1068 |
Q |
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| T |
31809488 |
cttgtatctttattctgaatgtaaattatattttgtaaatgatgaatatgattggcatctgataatgt |
31809421 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 85 - 154
Target Start/End: Original strand, 36283813 - 36283882
Alignment:
| Q |
85 |
tatagcaaatcttttcaatggggttcgtaaaaccaggtttctttgcttagatttgtataccacagaggta |
154 |
Q |
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| T |
36283813 |
tatatcaaatctcctcaatggcattcataaaaccaggtttctttgcttagatatggattccacagaggta |
36283882 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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