View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18494_high_9 (Length: 451)

Name: NF18494_high_9
Description: NF18494
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18494_high_9
NF18494_high_9
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (19-441)||(47267375-47267797)
chr7 (19-435)||(47299064-47299480)
chr7 (19-435)||(47292457-47292873)
chr7 (37-435)||(47283355-47283756)
chr7 (19-435)||(47242464-47242887)
chr7 (37-435)||(47278762-47279163)
chr7 (19-435)||(47256592-47257014)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-435)||(32731135-32731554)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 407; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 441
Target Start/End: Original strand, 47267375 - 47267797
Alignment:
Q  19 caacctgtatggaatagggagattctaatggcaagagacccaccacacattacatgcaaccatcatgaatacgaacaaattttttcgtcaaatacaatca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47267375 caacctgtatggaatagggagattctaatggcaagagacccaccacacattacatgcaaccatcatgaatacgaacaaattttttcgtcaaatacaatca 47267474  T
Q  119 aggaagaagataccaccaccctagttcatcaatctttcttctttaggacttcagacatagttgtgcttcgtctcttggttccatttcaccttcgccattg 218  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47267475 aggaagaagataccacaaccctagttcatcaatctttcttctttaggacttcagacattgttgtgcttcgtctcttggttccatttcaccttcgccattg 47267574  T
Q  219 taccacattcgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgacgagatacgaatgatgtgtatcgtcaat 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  47267575 taccacattcgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgacgagatacgaatgatgtgtattgtcaat 47267674  T
Q  319 gcacgttcgaggtttaatgctaacaattcgccacttgttggatactacggtaattgttttgcttacccggcggccgtcaccactgcagggaagctttgtg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47267675 gcacgttcgaggtttaatgctaacaattcgccacttgttggatactacggtaattgttttgcttacccggcggccgtcaccactgcagggaagctttgtg 47267774  T
Q  419 gaaactcattaggttattctgtg 441  Q
    ||||||||||||||||| |||||    
T  47267775 gaaactcattaggttatgctgtg 47267797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 19 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 47299480 - 47299064
Alignment:
Q  19 caacctgtatggaatagggagattctaatggcaagagacccaccacacattacatgcaaccatcatgaatacgaacaaattttttcgtcaaatacaatca 118  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||| |    
T  47299480 caacctgtgtggaatagggagattctaatggcaagagaccctccacgcattacatgcaaccattttgaatacgaacaaattctttcgccaaatacaatta 47299381  T
Q  119 aggaagaagataccaccaccctagttcatcaatctttcttctttaggacttcagacatagttgtgcttcgtctcttggttccatttcaccttcgccattg 218  Q
    ||||| |||||||  |  | ||||| ||||||||||||||||||||  |||| |||||||     ||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  47299380 aggaaaaagatactgcttctctagtccatcaatctttcttctttagagcttctgacatagccacacttcgtctcttggttccatttcaccttcgtcaatg 47299281  T
Q  219 taccacattcgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgacgagatacgaatgatgtgtatcgtcaat 318  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| ||||    
T  47299280 caccacattcgatcttatcgcttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgccaat 47299181  T
Q  319 gcacgttcgaggtttaatgctaacaattcgccacttgttggatactacggtaattgttttgcttacccggcggccgtcaccactgcagggaagctttgtg 418  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47299180 gcacgctcgaggtttaatgttaacaattcgccacttgttggatactacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaagctttgtg 47299081  T
Q  419 gaaactcattaggttat 435  Q
    ||||| |||| ||||||    
T  47299080 gaaacccatttggttat 47299064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 19 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 47292873 - 47292457
Alignment:
Q  19 caacctgtatggaatagggagattctaatggcaagagacccaccacacattacatgcaaccatcatgaatacgaacaaattttttcgtcaaatacaatca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| || |    
T  47292873 caacctgtatggaatagggagattctaatggcaagagaccctccacgcattacatgcaaccatcttgaatacaaacaaattttttcgccaaataccatta 47292774  T
Q  119 aggaagaagataccaccaccctagttcatcaatctttcttctttaggacttcagacatagttgtgcttcgtctcttggttccatttcaccttcgccattg 218  Q
    |||||||||||||  |  | |||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  47292773 aggaagaagatactgcttctctagttcatcgatctttcttctttagagcttctgacatagctgcgcttcgtctcttggttccatttcaccttcgtcaatg 47292674  T
Q  219 taccacattcgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgacgagatacgaatgatgtgtatcgtcaat 318  Q
     |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||  ||||||||    
T  47292673 caccacatttgatcttatcgcttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcggataaagaggtacgaatgatgtgcgtcgtcaat 47292574  T
Q  319 gcacgttcgaggtttaatgctaacaattcgccacttgttggatactacggtaattgttttgcttacccggcggccgtcaccactgcagggaagctttgtg 418  Q
    ||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47292573 gcacgctcgaggtttaacattaacaattcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcagggaagctttgtg 47292474  T
Q  419 gaaactcattaggttat 435  Q
    ||||  |||| ||||||    
T  47292473 gaaatccatttggttat 47292457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 37 - 435
Target Start/End: Original strand, 47283355 - 47283756
Alignment:
Q  37 gagattctaatggcaagagacccaccacacattacatgcaaccatcatgaatacgaacaaattttttcgtcaaatacaatcaaggaagaagatacc---a 133  Q
    ||||| |||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||| |||||| ||||||||  || |||||||||  | ||||||||||||| |    |    
T  47283355 gagatcctaatggctagagaccctccacgcattacttgcaaccatcgtgaatatgaacaaatacttacgtcaaatatcaacaaggaagaagatgctgcta 47283454  T
Q  134 ccaccctagttcatcaatctttcttctttaggacttcagacatagttgtgcttcgtctcttggttccatttcaccttcgccattgtaccacattcgatct 233  Q
    | ||| |||| |||||||||||||||||||    |||  |||||| ||   | |||| |||| |||||||||||||||| || || |  ||||| |||||    
T  47283455 ctaccatagtccatcaatctttcttctttacactttctcacatagctgcaatccgtcacttgattccatttcaccttcgtcaatgcagtacatttgatct 47283554  T
Q  234 tatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgacgagatacgaatgatgtgtatcgtcaatgcacgttcgaggttt 333  Q
    ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  47283555 tatcaccgcatgtttttggtgttgccgcacaaaagcattgcagttagagccagatgaagaagtacgaatgatgtgcatcgttaatgcacgttcaaggttt 47283654  T
Q  334 aatgctaacaattcgccacttgttggatactacggtaattgttttgcttacccggcggccgtcaccactgcagggaagctttgtggaaactcattaggtt 433  Q
    |  ||| || ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  47283655 agggctgaccattcgccacttgttggatattatggtaactgttttgctttcccggctgctgtcaccaccgcagggaagctttgtggaaaccctttaggtt 47283754  T
Q  434 at 435  Q
    ||    
T  47283755 at 47283756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 435
Target Start/End: Original strand, 47242464 - 47242887
Alignment:
Q  19 caacctgtatggaatagggagattctaatggcaagagacccaccacacattacatgcaaccatcatgaatacgaacaaattttttcgtcaaatac---aa 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||    |    
T  47242464 caacctgtatggaatagggagattctaatggcaagagaccctccatacattacatgcaaccatcgtgaatacgaacaaatactttcgccaaatacctaca 47242563  T
Q  116 tcaaggaagaagataccaccaccctagttcatcaatctttcttctttaggacttcagacatagttgtgcttcgtctcttggttccatttcaccttcgcca 215  Q
    |||| ||||||||||| || | | |||| ||||||||||||||||| |   || |  |||||| |||| |||||  |||||||||| |||||||||  ||    
T  47242564 tcaaagaagaagatactactatcgtagtccatcaatctttcttcttcacacctgctcacatagctgtgattcgttgcttggttccaattcaccttcatca 47242663  T
Q  216 ttgtaccac----attcgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgacgagatacgaatgatgtgtat 311  Q
    ||| || ||    ||| |||||||||||| ||| || |||||| || |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||    
T  47242664 ttgcactacattaatttgatcttatcactgcatattattggtgctgccgcacaaaagcattgcagatagagccagatgaagaggtacgaatgatgtgcat 47242763  T
Q  312 cgtcaatgcacgttcgaggtttaatgctaacaattcgccacttgttggatactacggtaattgttttgcttacccggcggccgtcaccactgcagggaag 411  Q
    ||| ||||||||||| ||||||| |||||||  |||     |||||||||| |||||||||||  |||||| | ||||||| |||||||| |||  | ||    
T  47242764 cgttaatgcacgttccaggtttagtgctaacccttctttgtttgttggatattacggtaattgcattgctttctcggcggctgtcaccaccgcaaaggag 47242863  T
Q  412 ctttgtggaaactcattaggttat 435  Q
    ||||||||||||  ||||||||||    
T  47242864 ctttgtggaaaccaattaggttat 47242887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 37 - 435
Target Start/End: Original strand, 47278762 - 47279163
Alignment:
Q  37 gagattctaatggcaagagacccaccacacattacatgcaaccatcatgaatacgaacaaattttttcgtcaaatacaatcaaggaagaagata---cca 133  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  | |||||||||||||    |      
T  47278762 gagatcctaatggcaagagaccctccacgtgttacttgcaaccatcatgaatacgaacaaatactttcgtcaaatatcaacaaggaagaagatgttgctg 47278861  T
Q  134 ccaccctagttcatcaatctttcttctttaggacttcagacatagttgtgcttcgtctcttggttccatttcaccttcgccattgtaccacattcgatct 233  Q
    | ||| |||| ||||| ||||||||||||| |  | |   ||||| || | ||||||  ||| |||||||||||||||| || || |  ||||| |||||    
T  47278862 ctaccatagtccatcactctttcttctttacgcttactcgcatagctgagattcgtcgtttgattccatttcaccttcgtcaatgcagtacatttgatct 47278961  T
Q  234 tatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgacgagatacgaatgatgtgtatcgtcaatgcacgttcgaggttt 333  Q
    ||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  47278962 tatcaccgcatgtttttggtgttgccgtacaaaagcattgcagttagagccagatgaagaagtacgaatgatgtgcatcgttaatgcacgttcaaggttt 47279061  T
Q  334 aatgctaacaattcgccacttgttggatactacggtaattgttttgcttacccggcggccgtcaccactgcagggaagctttgtggaaactcattaggtt 433  Q
    |  ||| || ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||    
T  47279062 agggctgaccattcgccacttgttggatattatggtaactgttttgctttcccggctgctgtcaccaccgcagggaagctttgtggaaatcctttaggtt 47279161  T
Q  434 at 435  Q
    ||    
T  47279162 at 47279163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 19 - 435
Target Start/End: Original strand, 47256592 - 47257014
Alignment:
Q  19 caacctgtatggaatagggagattctaatggcaagagacccaccacacattacatgcaaccatcatgaatacgaacaaattttttcgtcaaatac---aa 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||| ||||||||  || || |||||||    |    
T  47256592 caacctgtatggaatagggagattctaatggcaagagaccctccatacattacttgcaaccatcgtgaatatgaacaaatacttccgccaaatacgtaca 47256691  T
Q  116 tcaaggaagaagataccaccaccctagttcatcaatctttcttctttaggacttcagacatagttgtgcttcgtctcttggttccatttcaccttcgcca 215  Q
    |||||||||||||||| || |   |||| ||||||||||||||||| |   |  |  |||||| || | |||||| |||||||||| ||||||||   |     
T  47256692 tcaaggaagaagatactactattgtagtccatcaatctttcttcttcacatccgctcacatagctgcgattcgtcgcttggttccacttcacctttctcg 47256791  T
Q  216 ttgtaccacattcgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgacgagatacgaatgatgtgtatcgtc 315  Q
     || ||  ||| ||||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||  | ||||||||||| |||||     
T  47256792 gtgcactgcatacgatcttatcactgcatgttattggtgctgccgcacaaaagcattgcaggtagaaccagatgaagatgtgcgaatgatgtgcatcgtt 47256891  T
Q  316 aatgcacgttcgaggtttaatgctaacaa---ttcgccacttgttggatactacggtaattgttttgcttacccggcggccgtcaccactgcagggaagc 412  Q
    |||||||| |||||||||| |||||| ||   |||| | ||  ||||||| || || || ||| |||||| | ||||||| |||||||| |||  | |||    
T  47256892 aatgcacgctcgaggtttagtgctaataaccgttcgtcgctcattggatattatggcaactgtattgctttctcggcggcagtcaccaccgcaaaggagc 47256991  T
Q  413 tttgtggaaactcattaggttat 435  Q
    |||||||||||  ||||||||||    
T  47256992 tttgtggaaaccaattaggttat 47257014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 146; Significance: 9e-77; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 435
Target Start/End: Original strand, 32731135 - 32731554
Alignment:
Q  19 caacctgtatggaatagggagattctaatggcaagagacccaccacacattacatgcaaccatcatgaatacgaacaaattttttcgtcaaataca---a 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||    |    
T  32731135 caacctgtatggaatagggagattctaatggcaagagaccctccatgtattacatgcaaccatcgtgaatacgaacaaatactttcgccaaatacctaca 32731234  T
Q  116 tcaaggaagaagataccaccaccctagttcatcaatctttcttctttaggacttcagacatagttgtgcttcgtctcttggttccatttcaccttcgcca 215  Q
    |||| ||||||||||| || | | |||| ||||||||||||||||| |   || |  |||||| || | |||||  |||||||||| |||||||||  ||    
T  32731235 tcaaagaagaagatactactatcgtagtccatcaatctttcttcttcacacctgctcacatagctgcgattcgttgcttggttccaattcaccttcatca 32731334  T
Q  216 ttgtaccacattcgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgacgagatacgaatgatgtgtatcgtc 315  Q
    ||| || ||||| |||||||||| | |||||| |||||| || |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||||     
T  32731335 ttgcactacatttgatcttatcagtgcatgttattggtgctgccgcacaaaagcattgcagatagagccagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgtt 32731434  T
Q  316 aatgcacgttcgaggtttaatgctaacaattcgccacttgttggatactacggtaattgttttgcttacccggcggccgtcaccactgcagggaagcttt 415  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||  |||     || ||||||| |||||||||||| |||||| | ||||||| |||||||| |||  | ||||||    
T  32731435 aatgcacgttccaggtttagtgctaacccttctttgtttattggatattacggtaattgtattgctttctcggcggctgtcaccaccgcaaaggagcttt 32731534  T
Q  416 gtggaaactcattaggttat 435  Q
    ||||||||  ||||||||||    
T  32731535 gtggaaaccaattaggttat 32731554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University