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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF18494_low_1 (Length: 1956)
Name: NF18494_low_1
Description: NF18494
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18494_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 746; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 746; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1157 - 1938
Target Start/End: Original strand, 38625769 - 38626549
Alignment:
| Q |
1157 |
atgtttcagttatttatatgagcattaacatgtattaattttgtaaacctttcagaatattcttgttgtatcaaaatactacgcaaggattactttgaag |
1256 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38625769 |
atgtttcagttatttatgtgagcattaacatgtattaattttgtaaacctttcagaatattcttgttgtatcaaaatactacgcaaggattactttgaag |
38625868 |
T |
|
| Q |
1257 |
aaacttgcacagcttttgtgtctcagcctagaggtgtgtaatgctagttatgtttttgttctgttagtcttactttagtaactttttcttatggtgttgg |
1356 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38625869 |
aaacttgcacagcttttgtgtctcagcctagaggtgtgtaatgctagttatgtttttgttctgttagtcttactttagtaactttttcttatggtgttgg |
38625968 |
T |
|
| Q |
1357 |
aattcgtgtttcaaagaaaaaactatatccttggaaagtgaaggtagcaggggaattgtggtttaatttgtttttcattgttgacctggatgtgaaaata |
1456 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38625969 |
aattcgtgtttcaaagaaaaaactatatccttggaaagtgaaggtagcaggggacttgtggtttaatttgtttttcattgttgacctggatgtgaaaata |
38626068 |
T |
|
| Q |
1457 |
gatgttgtaaacctgtaactacctattggccttcaatcttattttatttgttttttaaagggttgttcctaattaattactcatgccataattcaggaag |
1556 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
38626069 |
gatgttgtaaacctgtaactatctattggccttccatcttattttatttgttttttaaagggttgttcctaattaattactcatgc-ataattcaggaag |
38626167 |
T |
|
| Q |
1557 |
ctgagaagcatctgtccgatatggttgttaccaaggctctggttgcaaagattgacaggccaatgggaatagtctgtttccaaacagcaaaggatagcaa |
1656 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38626168 |
ctgagaagcatctgtccgatatggttgttaccaaggctctggttgcaaagattgacaggccaatgggaatagtctgtttccaaacagcaaaggatagcaa |
38626267 |
T |
|
| Q |
1657 |
tgatgtacttaactcatgggcagcaaacttggagaagctgcttgatcttgtggagaagaactgtcatcaaatacacaaggaaaccatggtccataaagca |
1756 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38626268 |
tgatgtacttaactcatgggcagcaaacttggagaagctgcttgatcttgtggagaagagctgtcatcaaatacacaaggaaaccatggtccataaagca |
38626367 |
T |
|
| Q |
1757 |
gctttgaaggtttaagaaggtaggtccatatattggttcctttctcaaattttctcactgttgtgtttagagagattttctcaatggaagtatgtgattt |
1856 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38626368 |
gctttgaaggtttaagaaggtaggtccatatattggctcctttctcaaattttctcactgttgtgtttagagagattttctcaatggaagtatgtgattt |
38626467 |
T |
|
| Q |
1857 |
atgaagaatggtagattcataatgcttatttctggtcatttcagggggctcctcaatatgtgatatggactgaagttgtctt |
1938 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38626468 |
atgaagaatggttgattcataatgcttatttctggtcatttcagggggctcctcaatatgtgatatggactgaagttgtctt |
38626549 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 667; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 531 - 1476
Target Start/End: Original strand, 38650188 - 38651133
Alignment:
| Q |
531 |
aggtattattcccacaacaatgattatcttgaaatttgccgctgctataaggcaatatatgagattccgtccatcaaagaaaaccctgctgattttattc |
630 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38650188 |
aggtattattcccacaacaatgattatcttgaaatttgccgctgctataaggcaatatatgagattccgtccatcaaagaaaaccctgctgattttattc |
38650287 |
T |
|
| Q |
631 |
ctgtaagctttctattctctttctttatttgctatctctgttactataagattctattatacgatatttatacgatatttatgatataaattcataactt |
730 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||| ||||| ||| ||||| || |||||||||| |
|
|
| T |
38650288 |
ctgtcagctttctattctctttctttatttgctatctttgttactattagattctactatgcgatactta----------atgattaaacttcataactt |
38650377 |
T |
|
| Q |
731 |
ttttccgaatattgtctttacatacagatcctgaggaaaatatgttggtgcttggttctagcaccacattcaccgatgcagtccagtcttttaaattcca |
830 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38650378 |
ttttccgaatattgtctttacatacagatcctgaggaaaatatgctggtgcttggttctagcaccacattcaccgatgcagtccagtcttttaaattcca |
38650477 |
T |
|
| Q |
831 |
ccttggaggatagaaatctatctgagattccaaacctccagtatgttatcctatttttcatctttcatactttctaatcatgttaaaatattgtgtttag |
930 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
38650478 |
ccttggaggatagaaatctatctgagattccaaacttccagtatgttatcctgtctttcatctcacatcctttctaatcatgttaaaatattttgtttag |
38650577 |
T |
|
| Q |
931 |
aattccttgtcattgggtgtgcctgttatatgttgtgtctaggctacttttgaagcagctggtcaccatggaagtcatccaatggacagctctttgggag |
1030 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38650578 |
aattccttgtcattgga----cctgttacatgttgtgtctaggctacttttgaagcagctggtcaccatggaagtcatccaatggacagctctttgggag |
38650673 |
T |
|
| Q |
1031 |
acatataagaatgagttttgacaatgagatggtctctggaaagtttttgagtgaaaaagcagctgaagatctgaaacagagaattattgaacatgtgatt |
1130 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38650674 |
acatataagaacgagttt-gacaatgagatggtctctggaaagtttttgagtgaaaaagcagctgaagatctgaaacaaagaattattgaacatgtgatt |
38650772 |
T |
|
| Q |
1131 |
cactgaattccttacacnnnnnnnnn-------------atgtttcagttatttatatgagcattaacatgtattaattttgtaaacctttcagaatatt |
1217 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
38650773 |
caccgaattccttacacttttttatttttttttatttttatgtttcagttatttatgtgagtattaacatgtattaattttgtaaacctttcagaacatt |
38650872 |
T |
|
| Q |
1218 |
cttgttgtatcaaaatactacgcaaggattactttgaagaaacttgcacagcttttgtgtctcagcctagaggtgtgtaatgctagttatgtttttgttc |
1317 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |
|
|
| T |
38650873 |
cttgttgtatcgaaatactacgcaaggattactttgaagagacttgcacagcttttgtgtctcagcctagaggtgtgtaatgctagtaatggttttgttc |
38650972 |
T |
|
| Q |
1318 |
tgttagtcttactttagtaactttttcttatg--gtgttggaattcgtgtttcaaagaaaaaactatatccttggaaagtgaaggtagcaggggaattgt |
1415 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || ||||||| |
|
|
| T |
38650973 |
tgttagtcttactatagtaactttttcttatggtgtgtgggaatttgtgtttcaaagaaaaaactatatccttggaaagtggaggtggtagtagaattgt |
38651072 |
T |
|
| Q |
1416 |
ggtttaatttgtttttcattgttgacctggatgtgaaaatagatgttgtaaacctgtaact |
1476 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38651073 |
ggtttaatttgtttttcattgttgacctgcatgtgaaaatagatgttgtaaacctgtaact |
38651133 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 579; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 519 - 1147
Target Start/End: Original strand, 38625127 - 38625743
Alignment:
| Q |
519 |
gtctgtcatgtaaggtattattcccacaacaatgattatcttgaaatttgccgctgctataaggcaatatatgagattccgtccatcaaagaaaaccctg |
618 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38625127 |
gtctgtgatgtaaggtattattcccacaacaatgattatcttgaaatttgccgctgctataaggcaatatatgagattccgtccatcaaagaaaaccctg |
38625226 |
T |
|
| Q |
619 |
ctgattttattcctgtaagctttctattctctttctttatttgctatctctgttactataagattctattatacgatatttatacgatatttatgatata |
718 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38625227 |
ctgattttattcctgtaagctttctattctctttctttatttgctatctctgttactataagattctattat-----------acgatatttatgatata |
38625315 |
T |
|
| Q |
719 |
aattcataacttttttccgaatattgtctttacatacagatcctgaggaaaatatgttggtgcttggttctagcaccacattcaccgatgcagtccagtc |
818 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38625316 |
aattcataacttttttccgaatattgtctttacatacagatcctgaggaaaatatgttggtgcttggttctagcaccacattcaccgatgcagtccagtc |
38625415 |
T |
|
| Q |
819 |
ttttaaattccaccttggaggatagaaatctatctgagattccaaacctccagtatgttatcctatttttcatctttcatactttctaatcatgttaaaa |
918 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38625416 |
ttttaaattccaccttggaggatagaaatctatctgagattccaaacctccagtatgttatcctatttttcatctttcatactttctaatcatgttaaaa |
38625515 |
T |
|
| Q |
919 |
tattgtgtttagaattccttgtcattgggtgtgcctgttatatgttgtgtctaggctacttttgaagcagctggtcaccatggaagtcatccaatggaca |
1018 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38625516 |
tattgtgtttagaattccttgtcattgggtgtgcctgttatatgttgtgtctaggctacttttgaagcagctggtcaccatggaagtcatccaatggaca |
38625615 |
T |
|
| Q |
1019 |
gctctttgggagacatataagaatgagttttgacaatgagatggtctctggaaagtttttgagtgaaaaagcagctgaagatctgaaacagagaattatt |
1118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38625616 |
gctctttgggagacatataagaatgag-tttgacaatgagatggtctctggaaagtttttgagtgaaaaagcagctgaagatctgaaacagagaattatt |
38625714 |
T |
|
| Q |
1119 |
gaacatgtgattcactgaattccttacac |
1147 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38625715 |
gaacatgtgattcactgaattccttacac |
38625743 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 311; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1519 - 1876
Target Start/End: Original strand, 38651164 - 38651523
Alignment:
| Q |
1519 |
ttgttcctaattaattactcatgccataattcaggaagctgagaagcatctgtccgatatggttgttaccaaggctctggttgcaaagattgacaggcca |
1618 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
38651164 |
ttgttcctaatcaattactcatgt-ataattcaggaagctgagaagcatctgtccgatatggttgttaccaaggctctggttgcaaagattgacagacca |
38651262 |
T |
|
| Q |
1619 |
atgggaatagtctgtttccaaacagcaaaggatagcaatgatgtacttaactcatgggcagcaaacttggagaagctgcttgatcttgtggagaagaact |
1718 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
38651263 |
atgggaatagtctgtttccaaacagcaaaggatagcaatgatgtacttaactcatgggcagcaaacttggagaagctgcttgatcttgtggagaagagct |
38651362 |
T |
|
| Q |
1719 |
gtcatcaaatacacaaggaaaccatggtccataaagcagctttgaaggtttaagaaggtaggtccatatattggttcctttctcaaattttctcactgtt |
1818 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38651363 |
gtcatcaaatacacaaggaaaccatggtccataaagcagctttgaaggtttaagaaggtaggtccatatattggctcctttctcaaattttctcactgtt |
38651462 |
T |
|
| Q |
1819 |
gtgtttagagagattttctcaatg---gaagtatgtgatttatgaagaatggtagattcat |
1876 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
38651463 |
gtgtttagagagattttctcgatggaagaagtatgtgatttatgaagaatggtagaatcat |
38651523 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 18 - 266
Target Start/End: Original strand, 38624628 - 38624876
Alignment:
| Q |
18 |
attattttcattttagattgtaaacattgcaattcctatcaattgtcatttatatttatgctgctttgtggtgaagtcctgttcatttgaattatgtgta |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38624628 |
attattttcattttagattgtaaacattgcaattcctatcaattgtcatttatatttatgctgctttgttgtggagtcctgttcatttgaattatgtgta |
38624727 |
T |
|
| Q |
118 |
aagggaaacctggcgctacaaagctcctgtcatgacatggtttaagaaaggctttacaccattttgtgggtctactgtaggctgccttcattcttgcaat |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38624728 |
aagggaaacctggcgctacaaagctcctgtcatgacatggtttaagaaaggctttacaccattttgtgggtctactgtaggctgccttcattcttgcaat |
38624827 |
T |
|
| Q |
218 |
atgttttttccacaaattaaataatttttaaatgcacatagttcagttc |
266 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38624828 |
atgttttttccacaaattaaataatttttaaatgcacatagttcagttc |
38624876 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 169; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 319 - 491
Target Start/End: Original strand, 38624929 - 38625101
Alignment:
| Q |
319 |
acatggtagtagtgacagtaaattccccatagttttctaaacttgggtcgatgcttctataccacttcattgaatgtgaaatccatatagatgagtgcat |
418 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38624929 |
acatggtagtagtgacagtaaattccccatagttttctaaacttgggtcgatgcttctataccacttcattgaatgtgaaatccatatagatgagtgcat |
38625028 |
T |
|
| Q |
419 |
gtttattttatcttcatgctgcatatttttcaagtacggggttcatgatatttcttacggctgatcctgaaac |
491 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
38625029 |
gtttattttatcttcatgctgcatatttttcaagtacggggttcatgatatttcttacagctgatcctgaaac |
38625101 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 352 - 488
Target Start/End: Original strand, 38650014 - 38650150
Alignment:
| Q |
352 |
tttctaaacttgggtcgatgcttctataccacttcattgaatgtgaaatccatatagatgagtgcatgtttattttatcttcatgctgcatatttttcaa |
451 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |
|
|
| T |
38650014 |
tttctaaacttgggttgatgcttctataccacttcactgactgtgaaatcgatatagatgagtgcatgtttattttatcttcatgctacatatttttcta |
38650113 |
T |
|
| Q |
452 |
gtacggggttcatgatatttcttacggctgatcctga |
488 |
Q |
| |
|
|| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
38650114 |
gtttgtggttcatgatatttcttactgctgatcctga |
38650150 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 60 - 217
Target Start/End: Original strand, 38649789 - 38649958
Alignment:
| Q |
60 |
ttgtcatttatatttatgctgctttgtggtgaagtcctgttcatttgaattatgt----gtaaagggaaacctggcgctacaaagctcctgtcatgacat |
155 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
38649789 |
ttgtcatttatatttatgctgctttgtcgtagagtcctgttcatttgaattatgtacgtgtgaagggcaacctggcgctacaaaactcctgtcatgacat |
38649888 |
T |
|
| Q |
156 |
ggtttaagaaaggc-------tttacaccatt-ttgtgggtctactgtaggctgccttcattcttgcaat |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
38649889 |
ggtttaagaaaggctttaaagtttaaaccattgttgtgggtctactgtaggcagccttcactcttgcaat |
38649958 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 1873 - 1931
Target Start/End: Original strand, 38651567 - 38651625
Alignment:
| Q |
1873 |
tcataatgcttatttctggtcatttcagggggctcctcaatatgtgatatggactgaag |
1931 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
38651567 |
tcatgatgcttatttctggtcatttcagggggttcctcaatacatgatatggactgaag |
38651625 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 47 - 86
Target Start/End: Original strand, 38649753 - 38649792
Alignment:
| Q |
47 |
caattcctatcaattgtcatttatatttatgctgctttgt |
86 |
Q |
| |
|
|||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38649753 |
caattcttgtcaattgtcatttatatttatgctgctttgt |
38649792 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 1069 - 1130
Target Start/End: Original strand, 5113752 - 5113813
Alignment:
| Q |
1069 |
gaaagtttttgagtgaaaaagcagctgaagatctgaaacagagaattattgaacatgtgatt |
1130 |
Q |
| |
|
|||| ||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| |
|
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| T |
5113752 |
gaaattttttgaatgaaaaagaagcacaagttctgaaacaaagaattattgaacatgcgatt |
5113813 |
T |
|
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