View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18494_low_2 (Length: 1161)

Name: NF18494_low_2
Description: NF18494
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18494_low_2
NF18494_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (14-1142)||(36347993-36349121)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (410-511)||(10292293-10292394)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 1113; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 1113; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 1142
Target Start/End: Complemental strand, 36349121 - 36347993
Alignment:
Q  14 cacagactaataacaacaagtaagaaaaacaaaacccttttttaatcacactcttaatgtaatcttgttttatatgaaaactctaccactttaagatttt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36349121 cacagactaataacaacaagtaagaaaaacaaaacccttttttaatcacactcttaatgtaatcttgttttatatgaaaactctaccactttaagatttt 36349022  T
Q  114 atgctgactttcatatcccttttggtagagatttgcacataagtgaggcgctgcaaatgcagattgaggttcagagaagactcaatgaacaacttgaggt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36349021 atgctgactttcatatcccttttggtagagatttgcacataagtgaggcgctgcaaatgcagattgaggttcagagaagactcaatgaacaacttgaggt 36348922  T
Q  214 gagtctttgcagcttaaatatatatgcatgttaattttggatcatatcagatcctctgcagcgacagtagagctgttagatcttagtatcattgattttg 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36348921 gagtctttgcagcttaaatatatatgcatgttaattttggatcatatcagatcctctgcagcgacagtagagctgttagatcttagtatcattgattttg 36348822  T
Q  314 aatgtaagatctaactttactgcagccgttgcagagaatccaatcgcgttaattttgtttcttgaattgtaagaaaccaatattcaaaacctgtgccagg 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36348821 aatgtaagatctaactttactgcagccgttgcagagaatccaatcgcgttaattttgtttcttgaattgtaagaaaccaatattcaaaacctgtgccagg 36348722  T
Q  414 tacaaagacacttgcagctaaggatagaagctcaagggaaataccttcaatcagtgcttgaaaaagctcaagaaacacttggtagacagaatttaggaat 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36348721 tacaaagacacttgcagctaaggatagaagctcaagggaaataccttcaatcagtgcttgaaaaagctcaagaaacacttggtagacagaatttaggaat 36348622  T
Q  514 agtagggcttgaagcagcaaaagttcaactatcagagcttgtgtcaaaagtatcctcacagtgtctgaattcaacattttcagagatgaaagagttacaa 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36348621 agtagggcttgaagcagcaaaagttcaactatcagagcttgtgtcaaaagtatcctcacagtgtctgaattcaacattttcagagatgaaagagttacaa 36348522  T
Q  614 ggattttgtcctcaaccaaacgacggctcgatggacagtagttgcttaacatcgtctgaccgatcacaaaaggaacaagaaatcattcaaaatggagggt 713  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  36348521 ggattttgtcctcaaccaaacgacggctcgatggacagtagttgcttaacatcgtctgaccgatcacaaaaggaacaagagatcattcaaaatggagggt 36348422  T
Q  714 ttggattaagacccttcaacaacaataataacaaccatatgttcatggaaagaaaagaacaacaagcaacagaattagcaggttctgttcaaaaccttag 813  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36348421 ttggattaagacacttcaacaacaataataacaaccatgtgttcatggaaagaaaagaacaacaagcaacagaattagcaggttctgttcaaaaccttag 36348322  T
Q  814 aaacaatgaagtactaaaatggtgtgttgaggaagtgaaaaagaacagtaattttctaactccattaggaaataataatgaattagaaagaaatcatgga 913  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36348321 aaacaatgaagtactaaaatggtgtgttgaggaagtgaaaaagaacagtaattttctaactccattaggaaataataatgaattagaaagaaatcatgga 36348222  T
Q  914 aatttgtctatgaatattggagttgagaatcacttagatattggtgagtttcaacaaaggaacactgcaagattggatctaaacagtcgtggagataata 1013  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36348221 aatttgtctatgaatattggagttgagaatcacttagatattggtgagtttcaacaaaggaacactgcaagattggatctaaacagtcgtggagataata 36348122  T
Q  1014 atgaaggtgctacaacttgtaaacaacttgatttgaataggttcagttggaactaatatgagagagtcaattttagcaaaatggaataagttgatgcaac 1113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  36348121 atgaaggtgctacaacttgtaaacaacttgatttgaataggttcagttggaactaatatgagagagtcaattttagcaaaatggaataagtttatgcaac 36348022  T
Q  1114 aaattatgagcaatgatgaatttgtaatc 1142  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36348021 aaattatgagcaatgatgaatttgtaatc 36347993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 58; Significance: 8e-24; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 410 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 10292394 - 10292293
Alignment:
Q  410 caggtacaaagacacttgcagctaaggatagaagctcaagggaaataccttcaatcagtgcttgaaaaagctcaagaaacacttggtagacagaatttag 509  Q
    ||||||||| ||||||| || ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||| |||||||    
T  10292394 caggtacaacgacacttacaactacggatagaggctcaagggaagtaccttcaatcagtgcttgaaaaagctaaggaaacactaggaagacaaaatttag 10292295  T
Q  510 ga 511  Q
    ||    
T  10292294 ga 10292293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University