View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18494_low_3 (Length: 1063)

Name: NF18494_low_3
Description: NF18494
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18494_low_3
NF18494_low_3
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-984)||(30224926-30225903)
chr1 (965-1045)||(30224838-30224918)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 895; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 895; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 984
Target Start/End: Complemental strand, 30225903 - 30224926
Alignment:
Q  1 caaatccttactgcccccaatggcgggtgtgccatcaacctctgattcctttgacacatctatgcttgattttggcattgaaccttcttgagagttatcg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30225903 caaatccttactgcccccaatggcgggtgtgccatcaacctccgattcctttgacacatctatgcttgattttggcattgaaccttcttgtgagttatcg 30225804  T
Q  101 tttgaatcggtactaaattccaacatgcaatcacatacatctctcaacatttttgcgacagaaaaatttgggtcgatgattttatatgatcgcagacatt 200  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30225803 tttgaatcagtactgaattccaacatgcaatcacatacatctctcaacatttttgcgacagaaaaatttgggtcgatgattttatatgatcgcagacatt 30225704  T
Q  201 tatcctctatcatctttagaagttgttcttgagtaggcatgcggaaatctggtccctgaagagctgagctgcagctaagagaaagttttacttctccctg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30225703 tatcctctatcatctttagaagttgttcttgagtaggcatgcggaaatctggtccctgaagagctgagctgcagctaagagaaagttttacttctccctg 30225604  T
Q  301 agctgaagaggctatcacaacatcagaaaccacttctttatgtgtgttatggtgtgatggtgtcatggagacatgggcaccttgcttttcagtaacacca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30225603 agctgaagaggctatcacaacatcagaaaccacttctttatgtgtgttatggtgtgatggtgtcatggagacatgggcaccttgcttttcagtaacacca 30225504  T
Q  401 ttcttccttgaatagcgccttaagcttgatggttctgcatttnnnnnnntatatatctttacaagatgaatgttaacatgcaacgaaagaacgagatgaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30225503 ttcttccttgaatagcgccttaagcttgatggttctgcatttaaaaaaatatatatctttacaagatgaatgttaacatgcaacgaaagaacgagatgaa 30225404  T
Q  501 aagtggcaaaacaatgttgaaaaagaaaaataattggtcagattcagaggtcaaactctgccttctaaaatacaagcagtccctaccatagagtatctta 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30225403 aagtggcaaaacaatgttgaaaaagaaaaataattggtcagattcagaggtcaaactctgccttctaaaatacaagcagtgcctaccatagagtatctta 30225304  T
Q  601 tgcaaactttctagaaactcataaatcagtaaaggcttgcttgcatttttgtttatggaaaatagtgcatatgatcaatgtgcctcgcctctatcagttt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30225303 tgcaaactttctagaaactcataaatcagtaaaggcttgcttgcatttttgtttatggaaaatagtgcatatgataaatgtgcctcgcctctatcagttt 30225204  T
Q  701 cagctgacaacatgatgcaattatgcaatggtagtgtcaaaatcagttaaactaataattcgtgcattgactttattcttttcaagtactctgacaataa 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30225203 cagctgacaacatgatgcaattatgcaatggtagtgtcaaaatcagttaaactaataattcgtgcattgactttattcttttcaagtactctgacaataa 30225104  T
Q  801 agttttgtatctgtattttgtaagaagatgtatacatccatctatcttatcactagcaatcagatacatcacatagttccatccacaaataatacattta 900  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||    | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30225103 agttctgtatctgtattttgtaagaagatgtata----cgtctatcttatcactagcaatcagatacatcacttagttccatccacaaataatacattta 30225008  T
Q  901 gcaaaaccatagttgggtgtgtgcgtgtgtgaacttgagtttgaatcacaatccatggtttgaaaagaagaataaaacaaagtt 984  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30225007 gcaaaaccatagttgggtgtgt--gtgtgtgaacttgagtttgaatcacaatccatggtttgaaaagaagaataaaactaagtt 30224926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 965 - 1045
Target Start/End: Complemental strand, 30224918 - 30224838
Alignment:
Q  965 aagaagaataaaacaaagttacttttctgataaattaaatcaaagtttgcaaattataatccaaacatgccaattacaact 1045  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224918 aagaagaataaaacaaagttacttttctgataaattaaatcaaagtttgcaaattataatccaaacatgccaattacaact 30224838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University