View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18500_high_10 (Length: 408)

Name: NF18500_high_10
Description: NF18500
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18500_high_10
NF18500_high_10
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-391)||(53146119-53146492)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (18-339)||(5532337-5532658)
chr4 (18-345)||(5921369-5921696)
chr4 (146-345)||(5934829-5935028)
chr4 (138-345)||(38177153-38177360)
chr4 (26-87)||(38177411-38177472)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-336)||(34841406-34841724)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (30-342)||(45452574-45452886)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (134-345)||(45320229-45320440)
chr8 (146-339)||(40916443-40916636)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (125-345)||(11732009-11732229)
chr2 (26-87)||(11732267-11732328)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 374; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 53146492 - 53146119
Alignment:
Q  18 atctcaggaagctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146492 atctcaggaagctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgt 53146393  T
Q  118 atcccttactgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgca 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146392 atcccttactgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgca 53146293  T
Q  218 atgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146292 atgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatg 53146193  T
Q  318 tgaagtctagtgtgtgtgatatcccacccaagaatttgaagatgtcgtccacttttattgggaactctacttca 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146192 tgaagtctagtgtgtgtgatatcccacccaagaatttgaagatgtcgtccacttttattgggaactctacttca 53146119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 339
Target Start/End: Original strand, 5532337 - 5532658
Alignment:
Q  18 atctcaggaagctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgt 117  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||| || ||||||||       
T  5532337 atcttaggaagcttgctgtgaatctcattccattcccgcgtcttcactttttcatggtgggatttgctcctttgacttcccgtggctcccagcagtacag 5532436  T
Q  118 atcccttactgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgca 217  Q
      | || | |||||| || || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| | ||||| || ||     
T  5532437 gactctaagtgtccctgagctcactcaacaaatgtgggatgccaagaacatgatgtgtgctgctgaccctaggcatgggcgatacctcactgcttcagcc 5532536  T
Q  218 atgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatg 317  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||    
T  5532537 atgtttagaggcaagatgagcaccaaggaggttgatgaacaaatgatgaatgtccagaacaagaactcatcctactttgttgaatggattccaaacaatg 5532636  T
Q  318 tgaagtctagtgtgtgtgatat 339  Q
    ||||||||| ||| ||||||||    
T  5532637 tgaagtctactgtctgtgatat 5532658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 5921696 - 5921369
Alignment:
Q  18 atctcaggaagctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgt 117  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||| | || ||||||||| | |||||  | || |||||||||||       
T  5921696 atctgaggaagcttgctgtgaatctcattccattccctcgtcttcactttttcatgttgggttttgcacctttgacttcaagaggttctcagcagtaccg 5921597  T
Q  118 atcccttactgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgca 217  Q
      |  | | ||| || || || ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||| |||| || |||||| | |||||||| ||     
T  5921596 tgctttgagtgtaccagagctcactcagcaaatgtgggattccaagaatatgatgtgtgctgccgaccctagacacggacgatacctcactgcatcagcc 5921497  T
Q  218 atgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatg 317  Q
    || |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| || ||||||||||| |||||||    
T  5921496 atcttcagaggcaaaatgagcactaaagaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcatcctacttcgtcgaatggattccaaacaatg 5921397  T
Q  318 tgaagtctagtgtgtgtgatatcccacc 345  Q
    | || || | ||| |||||||| |||||    
T  5921396 tcaaatcaactgtttgtgatattccacc 5921369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 146 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 5935028 - 5934829
Alignment:
Q  146 caaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaag 245  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || || ||| | |||||||| || || |||||||| ||||||||||| || |    
T  5935028 caaatgtgggattccaagaacatgatgtgtgctgctgaccctagacacggacggtacctcactgcatcagccatcttcagaggcaagatgagcacaaagg 5934929  T
Q  246 aggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacc 345  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||||| || || | ||| |||||||| |||||    
T  5934928 aagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcatcctacttcgttgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtttgtgatattccacc 5934829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 138 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 38177360 - 38177153
Alignment:
Q  138 tgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgag 237  Q
    ||||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||| || || || || ||||| || || ||||| || ||||||||| | || ||||||||    
T  38177360 tgactcagcagatgtgggatgctaagaatatgatgtgcgctgcagatccacgccacggtcgttatttgactgcttcagcaatgttccgtggtaagatgag 38177261  T
Q  238 caccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgat 337  Q
    |||||| ||||| || || || || || ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| |||||||||    
T  38177260 caccaaggaggtggacgagcagatgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgat 38177161  T
Q  338 atcccacc 345  Q
    || |||||    
T  38177160 ataccacc 38177153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 26 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 38177472 - 38177411
Alignment:
Q  26 aagctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacc 87  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  38177472 aagcttgctgtcaaccttatcccattccctcgtctccatttctttatggttgggtttgcacc 38177411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 336
Target Start/End: Original strand, 34841406 - 34841724
Alignment:
Q  18 atctcaggaagctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgt 117  Q
    ||||| |||| ||||| || ||||| ||||||||||| || || ||||| || |||||||| ||||| ||||| || || ||||| |||||||| ||       
T  34841406 atctccggaaactggcagtgaatctcatcccattccctcgcctgcacttcttcatggttggttttgctcctcttacatcccgtggctctcagcaataccg 34841505  T
Q  118 atcccttactgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgca 217  Q
      |  | ||||| || ||||| || || || ||||||||  |||| || ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| | ||||| |||||     
T  34841506 tgcattgactgttccagaactcacccagcagatgtgggattccaaaaacatgatgtgtgctgctgatcctaggcatggtcgatacctcactgcgtctgcc 34841605  T
Q  218 atgttcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatg 317  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  34841606 atgttcaggggtaagatgagcaccaaagaggtggatgagcaaatgataaatgtccagaacaagaactcttcctactttgttgagtggatccccaacaatg 34841705  T
Q  318 tgaagtctagtgtgtgtga 336  Q
    | ||||| ||||| |||||    
T  34841706 ttaagtcaagtgtttgtga 34841724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 30 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 45452886 - 45452574
Alignment:
Q  30 tggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttactgt 129  Q
    |||| |||||||| || || ||||| ||| | || || || ||||| || ||||| || |||||||||||||| || ||||||||   | | ||||||||    
T  45452886 tggcagtcaatctcattcctttccctcgtttgcatttcttcatggtgggatttgccccactcacttctcgtggttcacagcagtacagagctcttactgt 45452787  T
Q  130 cccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagagga 229  Q
     || || ||||| || || ||||||||  | ||||| |||||||| || ||||| ||||| || ||||| || || || |||||||| |||||| | ||     
T  45452786 acctgagctgacccagcagatgtgggattcaaagaacatgatgtgcgccgctgatcctcgccacggtcgttatttgacagcatctgccatgttccgtggt 45452687  T
Q  230 aagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtg 329  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||    
T  45452686 aagatgagcaccaaggaggttgatgagcagatgatcaatgttcagaacaagaattcatcatactttgttgagtggattcccaacaatgtgaaatccactg 45452587  T
Q  330 tgtgtgatatccc 342  Q
    | |||||||||||    
T  45452586 tctgtgatatccc 45452574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 76; Significance: 5e-35; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 134 - 345
Target Start/End: Original strand, 45320229 - 45320440
Alignment:
Q  134 gaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaaga 233  Q
    ||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || || || || ||||| || || ||||| || || ||  |||| ||||| || |    
T  45320229 gaacttacacaacagatgtgggatgccaagaacatgatgtgtgcggcggatccacgccatggccgttatttaacagcctcagcggtgtttagagggaaaa 45320328  T
Q  234 tgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtg 333  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||  | || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  45320329 tgagcacaaaagaagtggatgaacaggtaatgaatgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaataatgtgaagtccagtgtctg 45320428  T
Q  334 tgatatcccacc 345  Q
    |||| |||||||    
T  45320429 tgatgtcccacc 45320440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 146 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 40916636 - 40916443
Alignment:
Q  146 caaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaag 245  Q
    ||||||||||| || |  || ||||||||||||||||| ||  |||||||| | ||  |||| || || ||||||||| | || || |||||||| ||||    
T  40916636 caaatgtgggatgcaagaaacatgatgtgtgctgctgatccaagacatggtaggtatctaacagcctcggcaatgttccgtggcaaaatgagcacaaaag 40916537  T
Q  246 aggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatat 339  Q
    | |||||| |||| || || ||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  40916536 aagttgatcaacagatgataaatgttcagaacaagaactcgtcttactttgtggaatggattccaaacaatgtgaaatcaagtgtttgtgatat 40916443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 69; Significance: 8e-31; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 125 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 11732229 - 11732009
Alignment:
Q  125 actgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttca 224  Q
    ||||| || ||| ||||||| || ||||||||  | ||||| ||||||||||||||||| || || ||||| || || || || ||||| |||||||||     
T  11732229 actgtaccagaattgactcagcagatgtgggattcaaagaacatgatgtgtgctgctgatccacgccatggccgttatttgaccgcatcagcaatgttcc 11732130  T
Q  225 gaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtc 324  Q
    | || ||||||||||| || || || ||||| || || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||    
T  11732129 gtggtaagatgagcacaaaggaagtagatgagcagatgatcaatgtgcaaaacaagaactcttcatactttgttgagtggataccaaataatgttaagtc 11732030  T
Q  325 tagtgtgtgtgatatcccacc 345  Q
     || || ||||||||||||||    
T  11732029 cagcgtatgtgatatcccacc 11732009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 11732328 - 11732267
Alignment:
Q  26 aagctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacc 87  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| || || || || || |||||||||||||||||    
T  11732328 aagcttgctgtcaatcttatcccattccctcggctccatttcttcatggttgggtttgcacc 11732267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University