View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18503_low_3 (Length: 641)
Name: NF18503_low_3
Description: NF18503
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18503_low_3 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 585; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 585; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 31791124 - 31790512
Alignment:
| Q |
12 |
aatatatttaaaccacattttaattaacaatgtttccattggttaagaggtggacaataacaccctatatattagaaaagttcatgttttgatggaaatg |
111 |
Q |
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| T |
31791124 |
aatatatttaaaccacattttaattaacaatgtttccattggttaagaggtggtcaataacaccctatatattagaaaagttcatgttttgatggaaata |
31791025 |
T |
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| Q |
112 |
tcatgaaattgaatgatgaaggatctttatctgttgggagcaagaaggattggaatattcagtttatcaccaataggatgtgtgccactgcaaagaacca |
211 |
Q |
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|
| T |
31791024 |
tcatgaaattgaatgatgaaggatctttatctattgggagcaagaaggattggaatattcagtttatcaccaataggatgtgtgccactgcaaagaacca |
31790925 |
T |
|
| Q |
212 |
taaaaggaggcctatcaagggaatgtgtagagattttaaatgagggagcattgatctataacgccaagctttccacttcaattttagatttagcaagaaa |
311 |
Q |
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| T |
31790924 |
taaaaggaggcctatcaagggaatgtgtagagattttaaatgagggagcattgatctataacgccaagctttccacttcaattttagatttagcaagaaa |
31790825 |
T |
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| Q |
312 |
acttccagattcaaggcttgtctaccttgaaaactttagtcaattgcatgacattatcataaaccacaatgactatggtaagtatctcaagttcatactc |
411 |
Q |
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| T |
31790824 |
acttccagattcaaggcttgtctaccttgagaactttagtcaattgcatgacattatcataaaccacaatgactatggtaagtatctcaagttcatactc |
31790725 |
T |
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| Q |
412 |
tttaggttctctcaccacagctaaatttcatggcatgaagcttatatatttcctaattcaacttaaataagtgtgtttcaggcgatacttgtcaccttgt |
511 |
Q |
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| T |
31790724 |
tttaggttctctcaccacagctaaatttcatggcatgacgcttatatatttcctaattcaacttaaataagtgtgtttcaggcgatacttgtcgccttgt |
31790625 |
T |
|
| Q |
512 |
ctatagacccaaaaaatattcatttacatgatgccttaacaagtgtcttatttttattatatatgagaatatttatctgacttactaaaaatataaccaa |
611 |
Q |
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| T |
31790624 |
ctatagacccaaaaaatattcatttacatgatgccttaacaagtgtcttatttttattatatatgagaatatttatctgaattactaaaaatataaccaa |
31790525 |
T |
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| Q |
612 |
cagcattcctgct |
624 |
Q |
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| T |
31790524 |
cagcattcctgct |
31790512 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 98 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 31786619 - 31786245
Alignment:
| Q |
98 |
ttttgatggaaatgtcatgaaattgaatgatgaaggatctttatctgttgggagcaagaaggattggaatattcagtttatcaccaataggatgtgtgcc |
197 |
Q |
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| T |
31786619 |
ttttgatggaaatgtcatgaaacttcacgatgaaggatctttatctattgggagcaagaagaattggaatattcagtttatcaccagtaggatgtgtgcc |
31786520 |
T |
|
| Q |
198 |
actgcaaagaaccataaaaggaggcctatcaagggaatgtgtagagattttaaatgagggagcattgatctataacgccaagctttccacttcaatttta |
297 |
Q |
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| T |
31786519 |
attccaaagaactgtaaaaggaggcctattaagggaatgtgtagagattgtaaatgagggagcattgatctttaactccaagctttcctcttccattata |
31786420 |
T |
|
| Q |
298 |
gatttagcaagaaaacttccagattcaaggcttgtctaccttgaaaactttagtcaattgcatgacattatcataaaccacaatgactatggtaagtatc |
397 |
Q |
| |
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| T |
31786419 |
gatctagcaaaaaaacatccagattccaggcttgtctaccttgagaactttagtcaactgcatgacattatcataaaccacaatgactatggtaagtatc |
31786320 |
T |
|
| Q |
398 |
tcaagttcatactctttaggttctctcaccacagctaaatttcatggcatgaagcttata-tatttcctaattca |
471 |
Q |
| |
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|
| T |
31786319 |
tcaagttcatactctttaggttctctcaccacagataaatttcatggcatgaagcttatattatttcctacttca |
31786245 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 516 - 624
Target Start/End: Complemental strand, 31785671 - 31785563
Alignment:
| Q |
516 |
agacccaaaaaatattcatttacatgatgccttaacaagtgtcttatttttattatatatgagaatatttatctgacttactaaaaatataaccaacagc |
615 |
Q |
| |
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|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |
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|
| T |
31785671 |
agaccccaaaaaaattcatttacatgatgccttaacaagtgtcttatttttattatatatgagaatatttatctgaattactaaaaatattaccaacagc |
31785572 |
T |
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| Q |
616 |
attcctgct |
624 |
Q |
| |
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||||||||| |
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| T |
31785571 |
attcctgct |
31785563 |
T |
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