View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18509_low_2 (Length: 680)

Name: NF18509_low_2
Description: NF18509
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18509_low_2
NF18509_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (17-665)||(37602637-37603285)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 633; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 633; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 665
Target Start/End: Original strand, 37602637 - 37603285
Alignment:
Q  17 atatcatatctccatataaaacctagctatatttttccaatctccttcaaccatgcacgtccacatgaaagctgagttaaaagcaacatccatttccttt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37602637 atatcatatctccatataaaacctagctatatttttccaatctccttcaaccatgcacgtccacatgaaagctgagttaaaagcaacatccatttccttt 37602736  T
Q  117 caaaatccaacacttttcaacacacaccaaaacactcctcctcttcctgaaccagaagaactcaaaggttgtcttggaagcttagatggagcatgtattg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37602737 caaaatccaacacttttcaacacacaccaaaacactcctcctcttcctgaaccagaagaactcaaaggttgtcttggaagcttagatggagcatgtattg 37602836  T
Q  217 aaaagctcttacttcattgtgcaagtgctttggaaagcaatgatataaccttagctcaacaagttatgtgggtcttaaacaacgttgcttcaccattagg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37602837 aaaagctcttacttcattgtgcaagtgctttggaaagcaatgatataaccttagctcaacaagttatgtgggtcttaaacaacgttgcttcaccattagg 37602936  T
Q  317 tgacacaaaccaaagactcacttcatggtttctgagagcattaatctctagagcttcaaggatttgtcctacttcaatgaatttcaaaggaagtaactac 416  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37602937 tgacactaaccaaagactcacttcctggtttctaagagcattaatctctagagcttcaaggatttgtcctacttcaatgaatttcaaaggaagtaactac 37603036  T
Q  417 acaattcaaagaaggttgatgtccgttaccgaactcgccgggtatgttgatttaattccttggcataggtttggtttttgtgcttccaacaatgaaattt 516  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37603037 acaattcaaagaagattgatgtccgttaccgaactcgccgggtatgttgatttaattccttggcataggtttggtttttgtgcttccaacaatgaaattt 37603136  T
Q  517 tcaagtcaattaagggattcaaaagggtacatattttagattttagcataacaccttgtatgcaatggcctacttttatagattctttggctaaattacc 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37603137 tcaagtcaattaagggattcaaaagggtacatattttagattttagcataacaccttgtatgcaatggcctacttttatagattctttggctaaattacc 37603236  T
Q  617 agaaggccctccttcacttagaatcacagttccatcttttaggcctatg 665  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37603237 agaaggccctccttcacttagaatcacagttccatcttttaggcctatg 37603285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University