View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18512_high_1 (Length: 701)

Name: NF18512_high_1
Description: NF18512
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18512_high_1
NF18512_high_1
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (15-684)||(2326786-2327454)
chr2 (58-672)||(2330513-2331126)
chr2 (15-685)||(2350806-2351475)
chr2 (36-660)||(2303255-2303878)
chr2 (25-672)||(2320944-2321591)
chr2 (38-639)||(2293663-2294263)
chr2 (38-672)||(2309961-2310594)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (21-446)||(41127050-41127478)
chr8 (222-356)||(26506749-26506883)
chr8 (222-335)||(26494725-26494838)
chr8 (575-672)||(41126822-41126919)
chr8 (72-188)||(26494893-26495009)
chr8 (379-453)||(26494607-26494681)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (158-205)||(55017070-55017117)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (73-194)||(15176287-15176408)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 614; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 614; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 2327454 - 2326786
Alignment:
Q  15 catcatcacggtgaattcaaatttttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattcc 114  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327454 catcaccacggtgaattcaaatttttctgacaaatcgacatggccaccctccggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattcc 2327355  T
Q  115 aaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcat 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327354 aaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattctcctaccagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcat 2327255  T
Q  215 ccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttagg 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327254 ccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttagg 2327155  T
Q  315 caccaaataaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttc 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2327154 caccaaataaccattcaaaaccacatcatcgctcactgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttc 2327055  T
Q  415 aaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctccttt 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2327054 aaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctctacaacaccatcaccacccatgaactccctaatctcctgcacaagcctccttt 2326955  T
Q  515 gaacgtccgggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaacca 614  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2326954 gaacgtccgggtacttc-accaaattcgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaacca 2326856  T
Q  615 tttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaac 684  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2326855 tttcatcctcagtcaacttccgtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaac 2326786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 58 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 2331126 - 2330513
Alignment:
Q  58 ccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctat 157  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||      
T  2331126 ccaccctcgggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatgaagcaaagctaaattatatccaggacaaattctcctcc 2331027  T
Q  158 cagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctccca 257  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2331026 cagctccaaatggcatcatctttatctctttacttcctgtaatgtcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggcttaaattccattggatcctccca 2330927  T
Q  258 aacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatga 357  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||    
T  2330926 aacacgagggtccaaccccatctctgcaaccataaaattcaccgtcccatctttaggcaccaaataaccattcaaaaccacatcctcgctcactgcgtga 2330827  T
Q  358 ggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctcct 457  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2330826 ggcaacacgaaatgccctggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacgcacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctcct 2330727  T
Q  458 tctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgca 557  Q
    ||| | || || |||| |||||||| |||||  ||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||    
T  2330726 tctctccagcatcatcgccacccatcacctctgtaatctcctccacaagcttcccctgaacgtccgggtacttc-accaaattcgccataatccattgca 2330628  T
Q  558 aagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaa 657  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||| |||   |||||||||||    
T  2330627 aagcggtggaagtagtatccgtgccaccgttcaaaaactccgaacaaagactaatcatttcatcctcactcaatttccgtttctcctgaggcaactccaa 2330528  T
Q  658 ctccaaaagtgtatc 672  Q
    ||||| ||| |||||    
T  2330527 ctccataagagtatc 2330513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 2351475 - 2350806
Alignment:
Q  15 catcatcacggtgaattcaaatttttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattcc 114  Q
    ||||| ||| ||||||||   ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2351475 catcaccacagtgaattcttgtttttccgacaaatcaacatgcccaccttctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattcc 2351376  T
Q  115 aaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcat 214  Q
    || || || ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| || | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||    
T  2351375 aagtgaagcaaagctaaattatatccgggacagattctcctaccaacaccaaatggcatcatctttatctctttactccccgtaatgtcaaatgtttcat 2351276  T
Q  215 ccttcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttagg 314  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  2351275 ccttcaaaaacctctctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccaccccatctctgccaccataaaattgaccgtcccatttttagg 2351176  T
Q  315 caccaaataaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttc 414  Q
    |||||||||||| || |||| |||||| ||  |||  || || |||||||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  2351175 caccaaataaccgttaaaaagcacatcctctgtcaccgcgtgtggcaacacattatgccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacatttc 2351076  T
Q  415 aaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctccttt 514  Q
    | ||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| | ||   ||||||| |||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||    
T  2351075 agatacaaaagtttctgcaaatcttcctctttcacttccaccttctctccatttccatcacgacccatcacctccctaatctcgtccacaagcctccctt 2350976  T
Q  515 gaacgtccgggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaacca 614  Q
    | ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2350975 gcacgtcggggtacttc-accaaatttgccataatccattgcaaagccgtggaagtagtatctatcccagcattcaaaaactctgaacaaagactaacca 2350877  T
Q  615 tttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatccacgtaggaaact 685  Q
    ||||||| ||| |||| ||| |||| ||    |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  2350876 tttcatcttcactcaatttccgtttctcatcaggcaactccaactccaaaagagtatccacatacgaaact 2350806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 2303878 - 2303255
Alignment:
Q  36 tttttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaatta 135  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  2303878 tttttccgacaaatcaacatagccgccctctggaagcttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattctaaatggagcaaagctaaatta 2303779  T
Q  136 tatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggct 235  Q
      | | ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  2303778 agtgcaggacaaattctcctttcagcttcaaacggcatcatctttatctccttactccctgtaatgtcaaaattctcatccttccaaaacctttctggct 2303679  T
Q  236 taaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattcaaaac 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2303678 taaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccaccccatctccgccagcatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccgttcaaaac 2303579  T
Q  336 cacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaag 435  Q
    |||||| ||  |||  || || ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  2303578 cacatcctctttcaccgcgtgtggcaacagaaaatgccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaacaacacatttcaaataccgaagtttctgcaat 2303479  T
Q  436 tcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatc 535  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||    ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| || || || |||||||| || |    
T  2303478 tcttcctctttcacttcctccttctctccattctcatcaccacccatcacctcccgaatctcctccacaagcctcctctgcacttctgggtactt-aacc 2303380  T
Q  536 aaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttct 635  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||| || ||| |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| |||| |||||||      
T  2303379 aaattcgccataatccattgcaaagtagtggaagtagtatccgtcccaccattcagaaactctgaacaaagattaaccatttcattctcactcaactttc 2303280  T
Q  636 gtttttccattggcaactccaactc 660  Q
    |||| |||   ||||||||||||||    
T  2303279 gtttctcctcgggcaactccaactc 2303255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 2321591 - 2320944
Alignment:
Q  25 gtgaattcaaatttttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagta 124  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  2321591 gtgaattcatctttttccgacaaatcaacatggccaccctccggaagctgccaattgaaattccaaaccaagttagccacaaaatattccaaatggagca 2321492  T
Q  125 aagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaa 224  Q
    |||||||||||  ||| ||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321491 aagctaaattaagtccgggacaaattctccttccagctccaaacggcatcatctttatctctttactccctataatatcaaaagtctcatccttcaaaaa 2321392  T
Q  225 cctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataa 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2321391 cctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatcccacgccatctccgacagcatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataa 2321292  T
Q  325 ccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatg-ccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccga 423  Q
    || |||||||||||||| ||  |||  |  || | |||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  2321291 ccgttcaaaaccacatcctctttcaccgtgtgtgccaacacaaaatgcccctggtggatgacgcctcatcccttccaaaaccacgcacttcaaatatcga 2321192  T
Q  424 agtttatgcaagtcttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccg 523  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||    |||||| | |||| ||||| | |||||||| |||||||||||  || || ||||    
T  2321191 agtttctgcaagttttcctctttcacttcctccttctctccattgtcatcactaaccatcacctcacgaatctcctccacaagcctcccctgcacttccg 2321092  T
Q  524 ggtacttcaatcaaatttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcct 623  Q
    |||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  2321091 ggtacttc-accaaattcgccataatccactgcaaagcagtggaagtagtatccgtcccaccgttcaaaaactccgaacaaagattaaccatttcattct 2320993  T
Q  624 cagtcaacttctgtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatc 672  Q
    || |||||||  |||| |||   |||||||||||||| ||||| |||||    
T  2320992 cactcaactttcgtttctcctcgggcaactccaactctaaaagagtatc 2320944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 38 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 2294263 - 2293663
Alignment:
Q  38 tttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattata 137  Q
    |||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||      
T  2294263 tttccgtcaaatcaacatgcccgccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaagttagccacaaaatattccaaatggagcaaagctaaattaag 2294164  T
Q  138 tcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggctta 237  Q
    ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2294163 tccgggacaaattcttcttccagctccaaacggcatcatctttatctctttacttcctgtaatgtcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggctta 2294064  T
Q  238 aactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattcaaaacca 337  Q
    |||||||  || |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  2294063 aactccaacgggtcctcccaaacacgaggatccaacgccatctccgccagcaagaaattcaccgtcccgtttttaggcaccaaataaccgtccaaaacca 2293964  T
Q  338 catcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtc 437  Q
    |||| ||  |||  || || ||||||  ||| | ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2293963 catcctctttcaccgcgtgtggcaacggaaatttccccggtggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttctgcaagtc 2293864  T
Q  438 ttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatcaa 537  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||    ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||  || || || |||||||||| | |     
T  2293863 ttcctctttcacttcctccttctctccattttcatcaccacccatcacctcccgaatctcctccacaagcctcccctgcacttctgggtacttcact-ac 2293765  T
Q  538 atttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgt 637  Q
    ||| ||||||||||| ||||||   ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||| ||    
T  2293764 attcgccataatccactgcaaactagtggaagtagtgtctgtcccaccgttcaaaaactctgaacaaagattaaccatttcattctcactcagcttccgt 2293665  T
Q  638 tt 639  Q
    ||    
T  2293664 tt 2293663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 38 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 2310594 - 2309961
Alignment:
Q  38 tttccgacaaatcgacatggccaccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattata 137  Q
    |||||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||      
T  2310594 tttccgtcaaatcaacatgcccgccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagcaaagctaaattaag 2310495  T
Q  138 tcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggctta 237  Q
    ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2310494 tccgggacaaattcttcttccagctccaaacggcatcatctttatctctttacttcctggaatgacaaaagtctcatccttcaaaaacctttctggctta 2310395  T
Q  238 aactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaataaccattcaaaacca 337  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  2310394 aactccaatgggtcctcccaaacacgacgatccaacgccatctccgccagaaagaaattcaccgtcccgtttttaggcaccaaataaccgtccaaaacca 2310295  T
Q  338 catcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtc 437  Q
    |||| ||  |||  || || ||||||  ||| | ||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  2310294 catcctctttcaccgcgtgtggcaacggaaatttccccgatggatgacgcctcaacccttccaaaaccacacacttcaaataccaaagtttctgcaagtc 2310195  T
Q  438 ttcctctttcacttcctccttctttacaacaccatcaccacccatgacctccctaatctcctgcacaagcctcctttgaacgtccgggtacttcaatcaa 537  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||    ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||  |  || || ||||||||| | ||     
T  2310194 ttcctctttcacttcctccttctctccattttcatcaccacccatcacctcccgaatctcctccacaagcctccccttcacttctgggtacttc-accac 2310096  T
Q  538 atttgccataatccaatgcaaagcggtggaagtagtatctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgt 637  Q
    ||| ||||||||||| | ||||   ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||| |||| ||    
T  2310095 attcgccataatccactccaaactagtggaagtagtgtctgtcccaccgttcaaaaactctgaacaaagattaaccatttcattctcactcagcttccgt 2309996  T
Q  638 ttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatc 672  Q
    || |||   ||| |||| ||||| ||||| |||||    
T  2309995 ttctcctcaggctactctaactctaaaagagtatc 2309961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 179; Significance: 3e-96; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 21 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 41127478 - 41127050
Alignment:
Q  21 cacggtgaattcaaatttttccgacaaatcgacatggcca---ccctctggaaccttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaa 117  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||  |||   |||||| ||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  41127478 cacggtgaattcagttttttccgacaaatcaacataaccagctccctctagaatcttccaattaaaattccagaccaaattagccacaaagtattccaaa 41127379  T
Q  118 tggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaaaagtctcatcct 217  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||    
T  41127378 tggagcaaagctaaattatatccaggacaaattctcctcccaactccaaacggcatcatctttatctctttagtcccggtaatatcaaaagcctcatcct 41127279  T
Q  218 tcaaaaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcac 317  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||  ||| || ||||||||||||||||||||   | ||||||||||||     
T  41127278 tcaaaaacctttctggtttaaactccaatggatcttcccaaacactagggtccctccctatgtctgccaccatgaaattcactaccacatttttaggcag 41127179  T
Q  318 caaataaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatgaggcaacacaaaatgccctggtggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaa 417  Q
    ||| ||||| |  ||||||||||| ||  |||  ||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| | ||||||||||| ||||||||| | |    
T  41127178 caagtaaccgtcgaaaaccacatcctccttcaccgcatggggcaacacaaagtgccccggtgggtgacacctcagcccttccaaaatcacacactttaga 41127079  T
Q  418 taccgaagtttatgcaagtcttcctcttt 446  Q
    ||  | || || |||||||||||||||||    
T  41127078 tatggtaggttctgcaagtcttcctcttt 41127050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 222 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 26506883 - 26506749
Alignment:
Q  222 aaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaa 321  Q
    |||||| |||||||| ||  |||| ||||||||||||||||  |||||| |||| | |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||     
T  26506883 aaacctatctggcttgaatgccatgggatcctcccaaacacttggatcccacccaacctctgccaccataaaattaactgtcccatttttaggcaccaag 26506784  T
Q  322 taaccattcaaaaccacatcatcgctcattgcatg 356  Q
    ||||| || |||| |||||| ||| ||| ||||||    
T  26506783 taaccgttaaaaatcacatcctcggtcactgcatg 26506749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 222 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 26494838 - 26494725
Alignment:
Q  222 aaacctttctggcttaaactccattggatcctcccaaacacgaggatccaaccccatctctgccaccatgaaattcaccgtcccatttttaggcaccaaa 321  Q
    |||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||    ||||| || || || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||     
T  26494838 aaacctctctggcttaaacaccgtaggatcctcccaaaccgttggatctaatcctatatctgccaccataaaattcacagtcccatttttaggcaccaag 26494739  T
Q  322 taaccattcaaaac 335  Q
    ||||||||||||||    
T  26494738 taaccattcaaaac 26494725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 575 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 41126919 - 41126822
Alignment:
Q  575 tctgtaccagcattcaaaaactccgaacaaagactaaccatttcatcctcagtcaacttctgtttttccattggcaactccaactccaaaagtgtatc 672  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||| ||| |||  |||| |||   ||||||||||| |||||||| |||||    
T  41126919 tctgtgccagcattcaaaaactctgaacaaaggctgaccatttcatcttcactcagcttgcgtttctcctcgggcaactccaattccaaaagagtatc 41126822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 72 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 26495009 - 26494893
Alignment:
Q  72 cttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggc 171  Q
    |||||| || || ||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |  || || |||||  | |||||||| || ||  | ||||||||||||    
T  26495009 cttccactcaaagttcaaaaccaaattagcaacaaagtattctaaatggagcattgccaatttataggcaggacaaatcctcctccctgctccaaacggc 26494910  T
Q  172 atcatcttgatctcttt 188  Q
    |||||||| ||||||||    
T  26494909 atcatctttatctcttt 26494893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 379 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 26494681 - 26494607
Alignment:
Q  379 ggatgacgccttaacccttccaaaaccacacacttcaaataccgaagtttatgcaagtcttcctctttcacttcc 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||  | | ||| | ||| ||||||||| ||||||||    
T  26494681 ggatgacgccttaacccttccaaaatcacagccttcaaatatggcaatttctccaaatcttcctctctcacttcc 26494607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 55017117 - 55017070
Alignment:
Q  158 cagctccaaacggcatcatcttgatctctttactccctgtaatatcaa 205  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||    
T  55017117 cagcaccaaacggcatcatcttcatctctttagttcctgtaatatcaa 55017070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 194
Target Start/End: Original strand, 15176287 - 15176408
Alignment:
Q  73 ttccaatcgaaattccaaaccaaattagccacaaaatattccaaatggagtaaagctaaattatatcccggacaaattcttctatcagctccaaacggca 172  Q
    ||||| || |||||| |||| ||||| || ||||| |||||||| || |  || ||||||  ||| || ||||| ||||| ||  | |||||||| ||||    
T  15176287 ttccactcaaaattcaaaacaaaattggcaacaaagtattccaagtgcaacaatgctaaaccatagccaggacacattctcctccctgctccaaatggca 15176386  T
Q  173 tcatcttgatctctttactccc 194  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  15176387 tcatctttatctctttactccc 15176408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University