View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF18513_low_1 (Length: 1148)
Name: NF18513_low_1
Description: NF18513
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18513_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 1099; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 1099; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 1137
Target Start/End: Original strand, 29402458 - 29403576
Alignment:
| Q |
20 |
acctttgcaatgaaattgtaggatttagtacatcacaactcccacttattactccattgaatcaacaagttgattgatcattttatcaggttctgaagtt |
119 |
Q |
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| T |
29402458 |
acctttgcaatgaaattgtaggatttagtacatcacaactcccacttattactccattgaatcaacaagttgattgatcattttatcaggttctgaagtt |
29402557 |
T |
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| Q |
120 |
caacctcaccgaatctgggctcttatgtgttcttccgtggttaaccatggccgtgtttgcaaatattggagggtggatagcagacacattagttagcaaa |
219 |
Q |
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| T |
29402558 |
caacctcaccgaatctgggctcttatgtgttcttccgtggttaaccatggccgtgtttgcaaatattggagggtggatagcagacacattagttagcaaa |
29402657 |
T |
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| Q |
220 |
ggtgtttccataacaactgttcgaaaggtatgataaccacttgttactaaaatattgtcatgcctgatcaacaactatt-acaaataatgttcttaacag |
318 |
Q |
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| T |
29402658 |
ggtgtttccataacaactgttcgaaaggtatgataaccacttgttactaaaatattgtcatgcctgatcaacaactatttacaaataatgttcttaacag |
29402757 |
T |
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| Q |
319 |
aatgcggtgaaggaaattgttaggattcatttcactatttgaaattattctgctcttaatatttatggataatatggcagatcatgcaatcgatcggatt |
418 |
Q |
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| T |
29402758 |
aatgtggtgaaggaaattgttaggattcatttcactctttgaaattattctgctcttaatatttatggataatatggcagatcatgcaatcgatcggatt |
29402857 |
T |
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| Q |
419 |
tctaggtcctgccttttttcttacgcaactgagccatgtcaaaacacccgccatggcagtattgtgcatggcatgcagtcaggtttgagctagatcaaca |
518 |
Q |
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| T |
29402858 |
tctaggtcctgccttttttcttacgcaactgagccatgtcaaaacacccgccatggcagtattgtgcatggcatgcagtcaggtttgagctagatcaaca |
29402957 |
T |
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| Q |
519 |
tttcttagtgtgaattcctcaagttttggcacttttatgccaatacaacatgtttgcatatgatttccatatatgcagccacctaattcaaaccataatc |
618 |
Q |
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| T |
29402958 |
tttcttagtgtgaattcctcaagttttggcacttttatgccaatacaacatgtttgcatatgatttccatatatgcagccacctaattcaaaccataatc |
29403057 |
T |
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| Q |
619 |
tttcttttttacagggatctgatgccttctcacaatctggtctttattccaatcaccaagacattggaccacgttatgctgtgagtcatttcttttacat |
718 |
Q |
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| T |
29403058 |
ttttttttttacagggatctgatgccttctcacaatctggtctttattccaatcaccaagacattggaccacgttatgctgtgagtcatttcttttacat |
29403157 |
T |
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| Q |
719 |
ataccatgaccagtagttagtaattcagaatgcatgaaatcctggaacagattccattatacaagtcaccactcaggctattttgtttattcaatatctc |
818 |
Q |
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| T |
29403158 |
ataccatgaccagtagttagtaattcagaatgcatgaaatcctggaacagattccattatacaagtcaccactcaggctattttgtttattcaatatctc |
29403257 |
T |
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| Q |
819 |
tatatcataatgctcacgaggttcaatttcagggcgtattgctgggactatcgaatacagcaggtgtgcttgctggcgtctttggcacagctgcaactgg |
918 |
Q |
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| T |
29403258 |
tatatcataatgctcacgaggttcaatttcagggcgtattgctgggactatcgaatacagcaggtgtgcttgctggcgtctttggcacagctgcaactgg |
29403357 |
T |
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| Q |
919 |
atacatacttcaaagaggtccgagagttctccacattcactttcgagtatacttctttgcaatttatatattattggtttcacttatatgtgatttttca |
1018 |
Q |
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| T |
29403358 |
atacatacttcaaagaggtccgagagttctccacattcactttcgagtatacttctttgcaatttatatattattggtttcacttatatgtgatttttca |
29403457 |
T |
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| Q |
1019 |
ttgcaggttcttggaatgatgtgtttaaggtttctgttgcattatacataataggtacattggtatggaatatattttcaactggggagaagattcttga |
1118 |
Q |
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| T |
29403458 |
ttgcaggttcttggaatgatgtgtttaaggtttctgttgcattatacataataggtacattggtatggaatatattttcaactggggagaagattcttga |
29403557 |
T |
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| Q |
1119 |
ctgaagagtgtgatgatgt |
1137 |
Q |
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| T |
29403558 |
ctgaagagtgtgatgatgt |
29403576 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 875; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 875; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 918
Target Start/End: Complemental strand, 10159384 - 10158486
Alignment:
| Q |
20 |
acctttgcaatgaaattgtaggatttagtacatcacaactcccacttattactccattgaatcaacaagttgattgatcattttatcaggttctgaagtt |
119 |
Q |
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| T |
10159384 |
acctttgcaatgaaattgtaggatttagtacatcacaactcccacttattactccattgaatcaacaagttgattgatcattttatcaggttctgaagtt |
10159285 |
T |
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| Q |
120 |
caacctcaccgaatctgggctcttatgtgttcttccgtggttaaccatggccgtgtttgcaaatattggagggtggatagcagacacattagttagcaaa |
219 |
Q |
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| T |
10159284 |
caacctcaccgaatctgggctcttatgtgttcttccgtggttaaccatggccgtgtttgcaaatattggagggtggatagcagacacattagttagcaaa |
10159185 |
T |
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| Q |
220 |
ggtgtttccataacaactgttcgaaaggtatgataaccacttgttactaaaatattgtcatgcctgatcaacaactattacaaataatgttcttaacaga |
319 |
Q |
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| T |
10159184 |
ggtgtttccataacaactgttcgaaaggtatgataaccacttgttactaaaatattgtcatgcctgatcaacaactattacaaataatgttcttaacaga |
10159085 |
T |
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| Q |
320 |
atgcggtgaaggaaattgttaggattcatttcactatttgaaattattctgctcttaatatttatggataatatggcagatcatgcaatcgatcggattt |
419 |
Q |
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| T |
10159084 |
atgcggtgaaggaaattgttaggattcatttcactctttgaaattattctgctattaatatttatggataatatggcagatcatgcaatcgatcggattt |
10158985 |
T |
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| Q |
420 |
ctaggtcctgccttttttcttacgcaactgagccatgtcaaaacacccgccatggcagtattgtgcatggcatgcagtcaggtttgagctagatcaacat |
519 |
Q |
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| T |
10158984 |
ctaggtcctgccttttttcttacgcaactgagccatgtcaaaacacccgccatggcagtattgtgcatggcatgcagtcaggtttgagctagatcaacat |
10158885 |
T |
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| Q |
520 |
ttcttagtgtgaattcctcaagttttggcacttttatgccaatacaacatgtttgcatatgatttccatatatgcagccacctaattcaaaccataatct |
619 |
Q |
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| T |
10158884 |
ttcttagtgtgaattcctcaagttttggcacttttatgccaatacaacatgtttgcatatgatttccatatatgcagccacctaattcaaaccataatct |
10158785 |
T |
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| Q |
620 |
ttcttttttacagggatctgatgccttctcacaatctggtctttattccaatcaccaagacattggaccacgttatgctgtgagtcatttcttttacata |
719 |
Q |
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| T |
10158784 |
tttttttttacagggatctgatgccttctcacaatctggtctttattccaatcaccaagacattggaccacgttatgctgtgagtcatttcttttacata |
10158685 |
T |
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| Q |
720 |
taccatgaccagtagttagtaattcagaatgcatgaaatcctggaacagattccattatacaagtcaccactcaggctattttgtttattcaatatctct |
819 |
Q |
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| T |
10158684 |
taccatgaccagtagttggtaattcagaatgcattaaatcctggaacagattccattatacatgtcaccactcaggctattttgtttattcaatatctct |
10158585 |
T |
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| Q |
820 |
atatcataatgctcacgaggttcaatttcagggcgtattgctgggactatcgaatacagcaggtgtgcttgctggcgtctttggcacagctgcaactgg |
918 |
Q |
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| T |
10158584 |
atatcataatgctcacgaggttcaatttcagggcgtattgctgggactatcgaatacagcaggtgtgcttgctggcgtctttggcacagctgcaactgg |
10158486 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 89; Significance: 3e-42; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 99 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 11318306 - 11318158
Alignment:
| Q |
99 |
attttatcaggttctgaagttcaacctcaccgaatctgggctcttatgtgttcttccgtggttaaccatggccgtgtttgcaaatattggagggtggata |
198 |
Q |
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| T |
11318306 |
attttctcaggttctgaagttcaacctcacggaatctggactattatgtgtccttccatggttaaccatggctgtttttgcaaatataggaggttggata |
11318207 |
T |
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| Q |
199 |
gcagacacattagttagcaaaggtgtttccataacaactgttcgaaagg |
247 |
Q |
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| T |
11318206 |
gctgacacacttgtgagcaaaggtttttccataacaactgttcgaaagg |
11318158 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 393 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 11317943 - 11317830
Alignment:
| Q |
393 |
tggcagatcatgcaatcgatcggatttctaggtcctgccttttttcttacgcaactgagccatgtcaaaacacccgccatggcagtattgtgcatggcat |
492 |
Q |
| |
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| T |
11317943 |
tggcagatcatgcaatcgatcgggtttttgggtcctgcattttttcttacacagctaagcaatgtcagaacacccgccatggcagtattgtgtatggctt |
11317844 |
T |
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| Q |
493 |
gcagtcaggtttga |
506 |
Q |
| |
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|
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| T |
11317843 |
gcagtcaggtttga |
11317830 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 626 - 704
Target Start/End: Complemental strand, 11317743 - 11317665
Alignment:
| Q |
626 |
tttacagggatctgatgccttctcacaatctggtctttattccaatcaccaagacattggaccacgttatgctgtgagt |
704 |
Q |
| |
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||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
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| T |
11317743 |
tttacagggatgtgatgcattctcacaatctggtctatattccaatcaccaagacattggaccacgctatgctgtgagt |
11317665 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 861 - 937
Target Start/End: Complemental strand, 11317160 - 11317084
Alignment:
| Q |
861 |
tgggactatcgaatacagcaggtgtgcttgctggcgtctttggcacagctgcaactggatacatacttcaaagaggt |
937 |
Q |
| |
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|||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||| |
|
|
| T |
11317160 |
tgggactatcgaataccgcaggagtgcttgccggtgtctttggtacagctgcgactggatacatactccaacgaggt |
11317084 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 1019 - 1122
Target Start/End: Complemental strand, 11317021 - 11316918
Alignment:
| Q |
1019 |
ttgcaggttcttggaatgatgtgtttaaggtttctgttgcattatacataataggtacattggtatggaatatattttcaactggggagaagattcttga |
1118 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
11317021 |
ttgcaggttcatggaatgatgtatttaaagtctctgttgtgttgtacttaattggcactttggtctggaatatcttttcaactggtgagaaaattcttga |
11316922 |
T |
|
| Q |
1119 |
ctga |
1122 |
Q |
| |
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|||| |
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|
| T |
11316921 |
ctga |
11316918 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University