View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18514_high_1 (Length: 1265)

Name: NF18514_high_1
Description: NF18514
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18514_high_1
NF18514_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-1253)||(14868721-14869973)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-1104)||(16908686-16909800)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (117-256)||(14710257-14710396)
chr7 (110-178)||(26260382-26260450)
chr7 (4-78)||(14710144-14710218)
chr7 (110-172)||(26227488-26227550)
chr7 (115-168)||(26204405-26204458)
chr7 (115-168)||(26224043-26224096)
chr7 (110-178)||(26207921-26207989)
chr7 (6-74)||(26278313-26278381)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (117-236)||(17572660-17572779)
chr5 (117-236)||(17619933-17620052)
chr5 (103-231)||(5995038-5995166)
chr5 (4-78)||(17620097-17620171)
chr5 (25-78)||(17572568-17572621)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (147-253)||(12613434-12613540)
chr6 (4-78)||(12613609-12613683)
chr6 (937-989)||(12611241-12611293)
chr6 (301-389)||(12613301-12613389)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 1132; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 1132; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1253
Target Start/End: Complemental strand, 14869973 - 14868721
Alignment:
Q  1 tctagtatcagcagttgtggtgcacaaccccatatcaaatagcctttgttgctttccttcattctcttctcaaactccgtnnnnnnntcaccatcttcaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||    
T  14869973 tctagtatcagcagttgtggtgcccaaccccatatcaaatagcctttgttgctttccttcattctcttctcaaactccgtaaaaaaatcaccatcttcaa 14869874  T
Q  101 catcttcaattttcctaacaacccaaatgaaatcatggccagaatgttcaagtgcatgagctatttcaacaagctgaggagtagggaacttgttcatgct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14869873 catcttcaattttcctaacaacccaaatgaaatcatggccagaatgttcaagtgcatgagctatttcaacaagctgaggagtagggaacttgttcatgct 14869774  T
Q  201 cccaaaactgacatagagaacagaatcatctttcttagaatcaagccacttaagcactccttcatcttcatcttcttctttaccatgccctctacccgct 300  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14869773 cccaaaactaacatagagaacagaatcatctttcttagaatcaagccacttaagcactccttcatcttcatcttcttctttaccatgccctctacccgct 14869674  T
Q  301 ttatccgaatcatcttggttcacccatagagaaactggtcccaggctccaactcttggttcccattgctgtcttgtaatgctcctcatatgtactctcaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14869673 ttatccgaatcatcttggttcacccatagagaaactggtcccaggctccaactcttggttcccattgctgtcttgtaatgctcctcatatgtactctcaa 14869574  T
Q  401 tctcatgactatcaaacagtgatccatagctttttctctctgaatctttaatcattttcatcaaataagtgtaatcattcggtgctctaagccaatccgg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14869573 tctcatgactatcaaacagtgatccatagctttttctctctgaatctttaatcattttcatcaaataagtgtaatcattcggtgctctaagccaatccgg 14869474  T
Q  501 aagttgtaaacgtttcatttccaccttgtgaggcaacccaggaagaagaaaactctcgctattcaatttaactttcgcctgaggtgagaagtgttcaata 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14869473 aagttgtaaacgtttcatttccaccttgtgaggcaacccaggaagaagaaaactctcgctattcaatttaactttcgcctgaggtgagaagtgttcaata 14869374  T
Q  601 gagttcattgcagaatgagcaaagtaacttccactaatgcaaattaaccttggaattcccaattcatcagcaatatcaacactccaaggatagaacatgt 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14869373 gagttcattgcagaatgagcaaagtaacttccactaatacaaattaaccttggaattcccaattcatcagcaacatcaacactccaaggatagaacatgt 14869274  T
Q  701 cagtgactatgaaatcaggtttcatgtcacggaattgttgtttgaattgctcttggagaatgatgagtccctgatagattttcgaacgtatctcattagg 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14869273 cagtgactatgaaatcaggtttcatgtcacggaattgttgtttgaattgctcttggagaatgatgagtccctgatagattttcgaacgtatctcattagg 14869174  T
Q  801 agtgtcggcgttgaagctttccattccttgtgccaaaccaggtacttgtggaaacatgacaacatgagttctaatgggacgaccgcggctagaatcgcgg 900  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14869173 agtgtcggcgttgaagctttccattcctcgtgccaaaccaggtacttgtggaaacatgacaacatgagttctaatgggacgaccgcggctagaatcgcgg 14869074  T
Q  901 tcgattgaggtttgaaaaatggctgcatttgatggtgtggtgattatggttacatccacaccatgcatagcaaaaagccttgctatgtctactacgaaaa 1000  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14869073 tcgattgaggtttgaaaaatggctgcatttgatggtgtggtgattatggttacatccacaccatgcatagcaaaaagccttgctatgtctactacaaaaa 14868974  T
Q  1001 tgaggtgactttttgatataaaaggaagaaaaacagcttttagcattgtttcttcttcaactttgactccaagggattccatcagaatctggtttttgtt 1100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14868973 tgaggtgactttttgatataaaaggaagaaaaacagcttttagcattgtttcttcttcaactttgactccaagggattccatcagaatctggtttttgtt 14868874  T
Q  1101 ttaaggcaaaggttgataagaggaagagaaaatgtgnnnnnnncttacccnnnnnnnnnnnnnnnnnttctagtcagtgcataatcaaagacaaaagaga 1200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||                 |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14868873 ttaaggcaaaggttgataagaggaagagaaaatgtgtttttttcttaccctgatgatgatgatgatgttctagtcagtgcataatcaaagacaaaagaga 14868774  T
Q  1201 gcatgcatgaatgaatgaattttggttacagaacatgaatgaattggtatatt 1253  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14868773 gcatgcatgaacgaatgaattttggttacagaacatgaatgaattggtatatt 14868721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 638; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 638; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1104
Target Start/End: Original strand, 16908686 - 16909800
Alignment:
Q  1 tctagtatcagcagttgtggtgcacaaccccatatcaaatagcctttgttgctttccttcattctcttctcaaactccgtnnnnnnn------tcaccat 94  Q
    ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |             ||||| |    
T  16908686 tctagtatcagaagctgtggtgcccaaccccatatcaaatagcctttgtttctttctttcattctcttctcaaactcactcaaaaaaccatcatcaccgt 16908785  T
Q  95 cttcaacatcttcaattttcctaacaacccaaatgaaatcatggccagaatgttcaagtgcatgagctatttcaacaagctgaggagtagggaacttgtt 194  Q
    ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16908786 cttcggcatcttcgattttcctaacaacccaaatgaaatcatggccagaatcttcaagtgcatgagctatttcaacaagttgaggagtagggaacttgtt 16908885  T
Q  195 catgctcccaaaactgacatagagaacagaatcatctttcttagaatcaagccacttaagcactccttcatcttcatcttcttctttaccatgccctcta 294  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16908886 catgctcccaaaactaacataaagaacagaatcatatttctttgaatcaagccacttaagcaccccttcttcttcatcttcttctttaccatgtcctcta 16908985  T
Q  295 cccgctttatccgaatcatcttggttcacccatagagaaactggtcccaggctccaactcttggttcccattgctgtcttgtaatgctcctcatatgtac 394  Q
    || |||||||| |||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||  |||||||||||  ||||||| ||| |||||||||  |||||||| ||||    
T  16908986 ccagctttatctgaatcatctttgttcatccacaaagaaactggtcccacactccaactcttacttcccatggctatcttgtaatagtcctcataagtac 16909085  T
Q  395 tctcaatctcatga---ctatcaaacagtgatccatagctttttctctctgaatctttaatcattttcatcaaataagtgtaatcattcggtgctctaag 491  Q
      |||||||||| |   |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  16909086 cttcaatctcataatagctatcaaacaatgatccatagctttttttctctgaatctttgatcatcttcatcaaataagtataaccatttggtgctctaag 16909185  T
Q  492 ccaatccggaagttgtaaacgtttcatttccaccttgtgaggcaacccaggaagaagaaaactctcgctattcaatttaactttcgcctgaggtgagaag 591  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||| || ||||||   ||     
T  16909186 ccaatccggaagttgcaaacgcgtcatttccacgttgtgaggcaacccaggaagcagaaaacttacgctattcgatttaactttggcatgaggttcaaat 16909285  T
Q  592 tgttcaatagagttcattgcagaatgagcaaagtaacttccactaatgcaaattaaccttggaattcccaattcatcagcaatatcaacactccaaggat 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16909286 tgttcaatagagttcattgcagaatgagcaaagtaacttccaccaatacaaatcaaccttggaattcccaattcatcagcaacatcaacactccaaggat 16909385  T
Q  692 agaacatgtcagtgactatgaaatcaggtttcatgtcacggaattgttgtttgaattgctcttggagaatgatgagtccctgatagattttcgaacgtat 791  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||  |||    
T  16909386 aaaacatgtcagtgactatgaaatcaggtttcatgtcacgaaatagttgtgtgaattgctcttggagaatggcaagtccctgatagattttggaaattat 16909485  T
Q  792 ctcattaggagtgtcggcgttgaagctttccattccttgtgccaaaccaggtacttgtggaaacatgacaacatgagttctaatgggacgaccgcggcta 891  Q
     || ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||  |||||||| ||     
T  16909486 gtctttaggagtgtcagcattgaaactttccattccttgtggcaaaccaggtacttgtggaaacttgacaatgtgagttctaatggaccgaccgcgactt 16909585  T
Q  892 gaatcgcggtcgattgaggtttgaaaaatggctgcatttgatggtgtggtgattatggttacatccacaccatgcatagcaaaaagccttgctatgtcta 991  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16909586 gaatcgtggtcgatggaggtttgaaaaatggctgcatttgctggtgtggtgattatggtaacatccacattatgcatagcaaaaagccttgctatgtcta 16909685  T
Q  992 ctacgaaaatgaggtgac--tttttgatataaaaggaagaaaaacagcttttagcattgtttcttcttcaactttgactccaagggattccatcagaatc 1089  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||      
T  16909686 ctacgaaaatgaggtgactttttttgatataaagggaagaaaaacagcttttaacattgtttcttcttcaactttcacaccaaaggattccattagaaat 16909785  T
Q  1090 tggtttttgttttaa 1104  Q
    | | |||||||||||    
T  16909786 tagattttgttttaa 16909800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 60; Significance: 6e-25; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 117 - 256
Target Start/End: Original strand, 14710257 - 14710396
Alignment:
Q  117 aacaacccaaatgaaatcatggccagaatgttcaagtgcatgagctatttcaacaagctgaggagtagggaacttgttcatgctcccaaaactgacatag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||  || ||||  || ||||||||||| | ||| |||||||| | ||||    
T  14710257 aacaacccaaatgaaatcatggcttgaagcttcaagtgcatgagctatttcaatgagttgagatgttgggaacttgtttaagctgccaaaacttagatag 14710356  T
Q  217 agaacagaatcatctttcttagaatcaagccacttaagca 256  Q
    ||||||||||  ||||||||||| | |||||| |||||||    
T  14710357 agaacagaattctctttcttagagttaagccatttaagca 14710396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 110 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 26260450 - 26260382
Alignment:
Q  110 ttttcctaacaacccaaatgaaatcatggccagaatgttcaagtgcatgagctatttcaacaagctgag 178  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  26260450 ttttcctaacaacccaaatgaaattatgacctgaattttcaagtccatgagctatttcaacaacctgag 26260382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 78
Target Start/End: Original strand, 14710144 - 14710218
Alignment:
Q  4 agtatcagcagttgtggtgcacaaccccatatcaaatagcctttgttgctttccttcattctcttctcaaactcc 78  Q
    ||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| |||| |||||| |||||||||    
T  14710144 agtatcaacatttgtggtgcccaaccccatatcaaataacccttattgctttctttcactctcttttcaaactcc 14710218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 110 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 26227550 - 26227488
Alignment:
Q  110 ttttcctaacaacccaaatgaaatcatggccagaatgttcaagtgcatgagctatttcaacaa 172  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||  ||||||||||||| ||||    
T  26227550 ttttcctaacaacccaaatgaaattatgacctgaattttcaagaccatgagctatttctacaa 26227488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 115 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 26204458 - 26204405
Alignment:
Q  115 ctaacaacccaaatgaaatcatggccagaatgttcaagtgcatgagctatttca 168  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||    
T  26204458 ctaacaacccaaatgaaattatgaccagaattttcaagaccatgagctatttca 26204405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 115 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 26224096 - 26224043
Alignment:
Q  115 ctaacaacccaaatgaaatcatggccagaatgttcaagtgcatgagctatttca 168  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||    
T  26224096 ctaacaacccaaatgaaattatgaccagaattttcaagaccatgagctatttca 26224043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 110 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 26207989 - 26207921
Alignment:
Q  110 ttttcctaacaacccaaatgaaatcatggccagaatgttcaagtgcatgagctatttcaacaagctgag 178  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| || |||| ||| ||  ||||||||||||| |||| |||||    
T  26207989 ttttcctaacaacccaaatgaaattatgaccggaattttccagaccatgagctatttctacaatctgag 26207921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 6 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 26278381 - 26278313
Alignment:
Q  6 tatcagcagttgtggtgcacaaccccatatcaaatagcctttgttgctttccttcattctcttctcaaa 74  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||| |  ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  26278381 tatcagcagttgtggtgcccaatcccatatgatgtagcccttgttgctttctttcatccttttctcaaa 26278313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 56; Significance: 1e-22; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 117 - 236
Target Start/End: Original strand, 17572660 - 17572779
Alignment:
Q  117 aacaacccaaatgaaatcatggccagaatgttcaagtgcatgagctatttcaacaagctgaggagtagggaacttgttcatgctcccaaaactgacatag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||  || ||||  || ||||||||||| | ||| |||||||| ||||||    
T  17572660 aacaacccaaatgaaatcatggcttgaagtttcaagtgcatgagctatttcaatgagttgagatgttgggaacttgtttaagctgccaaaacttacatag 17572759  T
Q  217 agaacagaatcatctttctt 236  Q
    ||||||||||  ||||||||    
T  17572760 agaacagaattctctttctt 17572779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 117 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 17620052 - 17619933
Alignment:
Q  117 aacaacccaaatgaaatcatggccagaatgttcaagtgcatgagctatttcaacaagctgaggagtagggaacttgttcatgctcccaaaactgacatag 216  Q
    ||||||||||||||||| |||||  |||  |||||||||||||||||||||||  || ||||  |  ||||||||||| | ||| |||||||| ||||||    
T  17620052 aacaacccaaatgaaattatggcttgaagcttcaagtgcatgagctatttcaatgagttgagatggtgggaacttgtttaagctgccaaaacttacatag 17619953  T
Q  217 agaacagaatcatctttctt 236  Q
    | ||||||||  ||||||||    
T  17619952 ataacagaattctctttctt 17619933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 103 - 231
Target Start/End: Original strand, 5995038 - 5995166
Alignment:
Q  103 tcttcaattttcctaacaacccaaatgaaatcatggccagaatgttcaagtgcatgagctatttcaacaagctgaggagtagggaacttgttcatgctcc 202  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||| ||| || |||| |||||||||||| || |||||||| | ||||| |  ||| || || ||||| || |    
T  5995038 tcttcattttttctaacaacccaaatgaaattatgacctgaattttcaagtgcatgtgcaatttcaactaactgagaataaggaaatttattcatactgc 5995137  T
Q  203 caaaactgacatagagaacagaatcatct 231  Q
    ||||||| ||||| | ||||||| |||||    
T  5995138 caaaacttacatataaaacagaaccatct 5995166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 17620171 - 17620097
Alignment:
Q  4 agtatcagcagttgtggtgcacaaccccatatcaaatagcctttgttgctttccttcattctcttctcaaactcc 78  Q
    ||||||| || |||||| || ||||||||||||||||| || |||||| |||| |||||||| ||||||||||||    
T  17620171 agtatcaacatttgtggggcccaaccccatatcaaataacccttgttgttttctttcattcttttctcaaactcc 17620097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 25 - 78
Target Start/End: Original strand, 17572568 - 17572621
Alignment:
Q  25 caaccccatatcaaatagcctttgttgctttccttcattctcttctcaaactcc 78  Q
    ||||||||||||||||| || || |||||||| |||| |||||| |||||||||    
T  17572568 caaccccatatcaaataacccttattgctttctttcactctcttttcaaactcc 17572621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 51; Significance: 1e-19; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 147 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 12613540 - 12613434
Alignment:
Q  147 ttcaagtgcatgagctatttcaacaagctgaggagtagggaacttgttcatgctcccaaaactgacatagagaacagaatcatctttcttagaatcaagc 246  Q
    |||||||||||||||||||||||  || ||||  |  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||| ||||    
T  12613540 ttcaagtgcatgagctatttcaatgagttgagatgatgggaacttgttcatgctaccaaaacttacatagagaacagaattctctttcttggaattaagc 12613441  T
Q  247 cacttaa 253  Q
    || ||||    
T  12613440 catttaa 12613434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 12613683 - 12613609
Alignment:
Q  4 agtatcagcagttgtggtgcacaaccccatatcaaatagcctttgttgctttccttcattctcttctcaaactcc 78  Q
    ||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  12613683 agtatcaacaattgtggtgcccaaccccatatcaaataacccttattgctttctttcactcttttctcaaactcc 12613609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 937 - 989
Target Start/End: Complemental strand, 12611293 - 12611241
Alignment:
Q  937 gtggtgattatggttacatccacaccatgcatagcaaaaagccttgctatgtc 989  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  12611293 gtggtgattatggtgatatccacaccatgcatagcaaatagtcttgccatgtc 12611241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 301 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 12613389 - 12613301
Alignment:
Q  301 ttatccgaatcatcttggttcacccatagagaaactggtcccaggctccaactcttggttcccattgctgtcttgtaatgctcctcata 389  Q
    ||||| ||| ||||||||||  ||||||  ||||||||||| | |||||||| ||| ||||| | |||  |||||||||||||||||||    
T  12613389 ttatcagaaacatcttggtttgcccataatgaaactggtcctaagctccaacactttgttccaaatgcattcttgtaatgctcctcata 12613301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University