View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF18515_low_3 (Length: 712)
Name: NF18515_low_3
Description: NF18515
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF18515_low_3 |
 | |
|
| [»] chr1 (6 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 633; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 633; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 25863020 - 25862308
Alignment:
| Q |
3 |
ggatgtcgaagaatatgatgtgtatgtgaatgtgtattggtattagatata--gtatttgtaacttaaaaaattatttccaatgatataatatctttatt |
100 |
Q |
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| T |
25863020 |
ggatgtcaaatattatgatgtgtatgtgaatgtgtattggtattagatatatagtatttgcaacttaaaaaattatttccaatgatataatatctttatt |
25862921 |
T |
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| Q |
101 |
gctgctaacttgtctgattatgatcagccctttatagctgcaaactttatgaattatgatgcagataagtaattaggtgaaatgattataaaatagcacc |
200 |
Q |
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| T |
25862920 |
gctgctaacttgtctgattataatcagccctttatagctgcaaactttataaattatgatgcagataagtaattaggtgaaatgattataaaatagcacc |
25862821 |
T |
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| Q |
201 |
ttaagtcataaaccatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattatgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataatt |
300 |
Q |
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| T |
25862820 |
ttaagtcataaaccatcaactaaccatgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattatgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataatt |
25862721 |
T |
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| Q |
301 |
aaaactcttctcctctcgagactgaaagatttcaccagttctggtacgaagcaacaaaactcatcctaaagtcgaagaattatagcatacaattgtagag |
400 |
Q |
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| T |
25862720 |
aaaactcttctcctctcgagactgaaagaattcaccagttctggtacgaagcaacaaaactcatcctaaagtcgaagaattatagcatacaattgtagag |
25862621 |
T |
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| Q |
401 |
aatcaaatcagtattccaaatttgattcaggtaaaagtaagatgtgattattgcaataaggtttgcatatttcaaagcataattaagtaataatttattt |
500 |
Q |
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| T |
25862620 |
aatcaaatcagtattccaaatttgattcaggtaaaagtaagatgtgattattgcaataaggtttggatatttcaaagcataattaagtaataatttattt |
25862521 |
T |
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| Q |
501 |
tcaactcaatgcggtaatttcaaagttgagttttggttcttcctccattgtaatctatactacctttagttataactgatatgacaataggaaataagaa |
600 |
Q |
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| T |
25862520 |
tcaactcaatgcggtaatttcaaagttgagttttggttcttcctccattgtaatctatactacctttagttataactgatatgacaataggaaataagaa |
25862421 |
T |
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| Q |
601 |
atagtaagagttttgtcnnnnnnntaat-aaacagaaagagttcatctgttacaaacccaatattacaagtgtctccagggaaattttgaaatataatca |
699 |
Q |
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| T |
25862420 |
atagtaagagttttgtcaaaaaaataataaaacagaaagagttcatctgttacaaacccaatattacaagtgtctccagggaaattttgaaatataataa |
25862321 |
T |
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| Q |
700 |
tcaaaagggatag |
712 |
Q |
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| T |
25862320 |
tcaaaagggatag |
25862308 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 629; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 712
Target Start/End: Original strand, 25481013 - 25481727
Alignment:
| Q |
3 |
ggatgtcgaagaatatgatgtgtatgtgaatgtgtattggtattagatatagtatttgtaacttaaaaaattatttccaatgatataatatctttattgc |
102 |
Q |
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||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
25481013 |
ggatgtcaaatattatgatgtgtatgtgaatgtgtattggtattagatatagtatttgtaacttaaaaaattatttccaatgatataatatctttattgc |
25481112 |
T |
|
| Q |
103 |
tgctaacttgtctgattatgatcagccctttatagctgcaaactttatgaattatgatgcagataagtaattaggtgaaatgattataaaatagcacctt |
202 |
Q |
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|
|
| T |
25481113 |
tgctaacttgtctgattatgatcagcactttatagcagcaaactttatgaattatgatgcagataagtaattaggtgaaatgattataaaatagcacctt |
25481212 |
T |
|
| Q |
203 |
aagtcataaaccatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattatgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataattaa |
302 |
Q |
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|
| T |
25481213 |
aagtcataaaccatcaactaaccatgccaattttattcatcaaaattcaccaaataataatgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataattaa |
25481312 |
T |
|
| Q |
303 |
aactcttctcctctcgagactgaaagatttcaccagttctggtacgaagcaacaaaactcatcctaaagtcgaagaattatagcatacaattgtagagaa |
402 |
Q |
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| T |
25481313 |
aactcttctcctctcgagactgaaagatttcaccagttctggtacgaagcaacaaaactcatcctaaagtcgaagaattatagcatacaattgtagagaa |
25481412 |
T |
|
| Q |
403 |
tcaaatcagtattccaaatttgattcaggtaaaagtaagatgtgattattgcaataaggtttgcatatttcaaagcataattaagtaataatttattttc |
502 |
Q |
| |
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|
|
| T |
25481413 |
tcaaatcagaattccaaatttgattcagataaaagtaagatgtgattattgcaataaggtttgcatatttcaaagcataattaagtaataatttatttta |
25481512 |
T |
|
| Q |
503 |
aactcaatgcggtaatttcaaagttgagttttggttcttcctccattgtaatctatactacctttagttataactgatatgacaataggaaataagaaat |
602 |
Q |
| |
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|
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| T |
25481513 |
aactcaatgcggtaatttcaaagttgagttttggttcttcctccattgtaatctatactacctttagttataactgatatgacaataggaaataagaaat |
25481612 |
T |
|
| Q |
603 |
agtaagagttttgtcnnnnnnntaat-aaacagaaagagttcatctgttacaaacccaata----ttacaagtgtctccagggaaattttgaaatataat |
697 |
Q |
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| T |
25481613 |
agtaagagttttgtcaaaaaaataataaaacagaaagagttcatctgttacaaacccaatattacttacaagtgtctccagggaaattttgaaatataat |
25481712 |
T |
|
| Q |
698 |
catcaaaagggatag |
712 |
Q |
| |
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||||||||||||||| |
|
|
| T |
25481713 |
catcaaaagggatag |
25481727 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 624; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 25888760 - 25888044
Alignment:
| Q |
3 |
ggatgtcgaagaatatgatgtgtatgtgaatgtgtattggtattagatata--gtatttgtaacttaaaaaattatttccaatgatataatatctttatt |
100 |
Q |
| |
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||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
25888760 |
ggatgtcaaatattatgatgtgtatgtgaatgtgtattggtattagatatatagtatttgcaacttaaaaaattatttccaatgatataatatctttatt |
25888661 |
T |
|
| Q |
101 |
gctgctaacttgtctgattatgatcagccctttatagctgcaaactttatgaattatgatgcagataagtaattaggtgaaatgattataaaatagcacc |
200 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25888660 |
gctgctaacttgtctgattataatcagccctttatagctgcaaactttataaattatgatgcagataagtaattaggtgaaatgattataaaatagcacc |
25888561 |
T |
|
| Q |
201 |
ttaagtcataaaccatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattatgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataatt |
300 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25888560 |
ttaagtcataaaccatcaactaaccatgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattatgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataatt |
25888461 |
T |
|
| Q |
301 |
aaaactcttctcctctcgagactgaaagatttcaccagttctggtacgaagcaacaaaactcatcctaaagtcgaagaattatagcatacaattgtagag |
400 |
Q |
| |
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| T |
25888460 |
aaaactcttctcctctcgagactgaaagatttcaccagttctggtacgaagcaacaaaactcatcctaaagtcgaagaattatagcatacaattgtagag |
25888361 |
T |
|
| Q |
401 |
aatcaaatcagtattccaaatttgattcaggtaaaagtaagatgtgattattgcaataaggtttgcatatttcaaagcataattaagtaataatttattt |
500 |
Q |
| |
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| T |
25888360 |
aatcaaatcagtattccaaatttgattcagttaaaagtaagatgtgattattgcaataaggtttgtatatttcaaagcataattaagtaataatttattt |
25888261 |
T |
|
| Q |
501 |
tcaactcaatgcggtaatttcaaagttgagttttggttcttcctccattgtaatctatactacctttagttataactgatatgacaataggaaataagaa |
600 |
Q |
| |
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|
|
| T |
25888260 |
tcaactcaatgcggtaatttcaaagttgagttttggttcttcctccattgtaatctatactacctttagttataactgatatgacaataggaaataagaa |
25888161 |
T |
|
| Q |
601 |
atagtaagagttttgtcnnnnnnntaat-aaacagaaagagttcatctgttacaaacccaata----ttacaagtgtctccagggaaattttgaaatata |
695 |
Q |
| |
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|
| T |
25888160 |
atagtaagagttttgtcaaaaaaataataaaacagaaagagttcatctgttacaaacccaatattacttacaagtgtctccagggaaattttgaaatata |
25888061 |
T |
|
| Q |
696 |
atcatcaaaagggatag |
712 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |
|
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| T |
25888060 |
atcatcaaaagggatag |
25888044 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 227 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 25843693 - 25843514
Alignment:
| Q |
227 |
tgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattatgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataattaaaactcttctcctctcgagactgaa |
326 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
25843693 |
tgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattatgcttaaagttcagcaacatgtttaacagaatataattaaaactcttctcctctcgagactgaa |
25843594 |
T |
|
| Q |
327 |
agatttcaccagttctggtacgaagcaacaaaactcatcctaaagtcgaagaattatagcatacaattgtagagaatcaa |
406 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25843593 |
agaattcaccagttctggtacgaagcaacaaaactcatcctaaagtcgaagaattatagcatacaattgtagagaatcaa |
25843514 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 82 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 25607784 - 25607560
Alignment:
| Q |
82 |
atgatataatatctttattgctgctaacttgtctgattatgatcagccctttatagctgcaaactttatgaattatgatgcagataagtaattaggtgaa |
181 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25607784 |
atgatataatatctttattgctgctaacttctctgattatgatcagccctttatagctgcaaactttatgaattatgatgcagataagtaattaggtgaa |
25607685 |
T |
|
| Q |
182 |
atgattata-------aa------atagcaccttaagtcataaaccatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattatgctta |
268 |
Q |
| |
|
||||||||| || ||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |
|
|
| T |
25607684 |
atgattatatgtatttaagacatcatagcaccttaaggcacaaatcatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcgcc---taattatgctta |
25607588 |
T |
|
| Q |
269 |
aagttcagcaacatgtttaacagaatat |
296 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25607587 |
aagttcagaaacatgtttaacagaatat |
25607560 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 572 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 25606010 - 25605875
Alignment:
| Q |
572 |
ataactgatatgacaataggaaataagaaatagtaagagttttgtcnnnnnnntaataaa-cagaaagagttcatctgttacaaacccaatattacaagt |
670 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |
|
|
| T |
25606010 |
ataactgatatgacaatcggaaataagaaatagcaagagttttgtcaa------aataaaacagaaagagttcatctgttactaacccaatattacaaat |
25605917 |
T |
|
| Q |
671 |
gtctccagggaaattttgaaatataatcatcaaaagggatag |
712 |
Q |
| |
|
|||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25605916 |
gtctacacggaaattttaaaatataatcatcaaaagggatag |
25605875 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 55; Significance: 3e-22; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 189 - 271
Target Start/End: Original strand, 2460441 - 2460523
Alignment:
| Q |
189 |
taaaatagcaccttaagtcataaaccatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcaccaaataattatgcttaaag |
271 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
2460441 |
taaaataacaccttaagtcgcataccatcaactaaccctgccaattttattcatcaaaattcgcctaataattatgcataaag |
2460523 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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