View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18522_low_41 (Length: 299)

Name: NF18522_low_41
Description: NF18522
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18522_low_41
NF18522_low_41
[»] chr3 (32 HSPs)
chr3 (1-281)||(17941100-17941380)
chr3 (72-281)||(18146186-18146395)
chr3 (58-281)||(19399079-19399299)
chr3 (41-281)||(18102798-18103038)
chr3 (41-293)||(19350753-19351005)
chr3 (43-281)||(19436236-19436474)
chr3 (41-277)||(19392497-19392733)
chr3 (41-189)||(19419443-19419591)
chr3 (41-184)||(18022261-18022404)
chr3 (36-184)||(19460985-19461133)
chr3 (42-189)||(19380353-19380500)
chr3 (42-191)||(18164608-18164757)
chr3 (36-189)||(18115413-18115566)
chr3 (42-271)||(25462416-25462645)
chr3 (42-189)||(19333445-19333592)
chr3 (41-271)||(14896794-14897024)
chr3 (41-175)||(18143710-18143844)
chr3 (74-189)||(17728117-17728232)
chr3 (74-189)||(19029346-19029461)
chr3 (43-189)||(18107900-18108046)
chr3 (64-189)||(19375142-19375267)
chr3 (45-189)||(18015554-18015698)
chr3 (41-184)||(19413655-19413798)
chr3 (39-184)||(16676666-16676811)
chr3 (1-158)||(24493785-24493939)
chr3 (199-283)||(19460865-19460949)
chr3 (198-281)||(19380237-19380320)
chr3 (143-188)||(19424038-19424083)
chr3 (199-281)||(19413534-19413616)
chr3 (200-281)||(18115300-18115381)
chr3 (199-281)||(18164497-18164579)
chr3 (199-271)||(19375039-19375111)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-189)||(13667238-13667426)
[»] scaffold2156 (1 HSPs)
scaffold2156 (1-281)||(294-574)
[»] scaffold0640 (1 HSPs)
scaffold0640 (1-281)||(4756-5036)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (41-281)||(8458841-8459081)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (41-265)||(15531735-15531962)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 32)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 17941380 - 17941100
Alignment:
Q  1 tgaagattatccatgtgaagagtattatcaaaattgaaggaggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17941380 tgaagattatccatgtgaagagtattatcaaaattgaaggaggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaa 17941281  T
Q  101 ttcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaataactgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaataattggagtt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17941280 ttcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaataactgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaataattggagtt 17941181  T
Q  201 gagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaaaggactccttcccaagcacaacaatcatttttggttgacca 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17941180 gagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaaaggactccttcccaagcacaacaatcatttttggttgacca 17941100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 72 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 18146395 - 18146186
Alignment:
Q  72 atgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaataactgagaaactcaagttcaagaatacaaaga 171  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  18146395 atgtgtgatattgtgttgaatggatggaattcttatcatatcaaaataattatcactcaaatccaagtaattaagaaactcaagttcaagaatacaaaga 18146296  T
Q  172 ttcatctcaccttccaaataattggagttgagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaaaggactccttcccaagcacaacaatcatttt 271  Q
    ||||||||||||||||| | |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  18146295 ttcatctcaccttccaattgattgtagttgagatcaagttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaaaggactcctttccaaacacaacaatcttttt 18146196  T
Q  272 tggttgacca 281  Q
      ||||||||    
T  18146195 cagttgacca 18146186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 58 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 19399299 - 19399079
Alignment:
Q  58 acaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaataactgagaaactcaagtt 157  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19399299 acaagtttagatgaatgtgtgatattgtgttgaatggatggaattcttatcacatgaaattcattctcactcaaatccaagtaactgagaaactcaagtt 19399200  T
Q  158 caagaatacaaagattcatctcaccttccaaataattggagttgagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaaaggactccttcccaagc 257  Q
    | |||||||| |||||||||||||||| |||   ||   | || ||| |||   ||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||||    
T  19399199 ctagaatacagagattcatctcacctttcaacatat---aattaagaacaaggcttgtaactctgttagtaatgttgtcacaatagactccttcccaagc 19399103  T
Q  258 acaacaatcatttttggttgacca 281  Q
     |||||||| ||||||||||||||    
T  19399102 gcaacaatcttttttggttgacca 19399079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 41 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 18103038 - 18102798
Alignment:
Q  41 aggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaata 140  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    ||||||||||| ||    
T  18103038 aggataagtcaaggtagacaagtttagatgaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaaatgattccagctcaaatccaagta 18102939  T
Q  141 actgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaataattggagttgagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaa 240  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  | |||| || | |||| || || ||| |||||    ||||| ||||||||     
T  18102938 attgagaaactcaagtccaagaatacaaagattcatatcaccttccatgtgattgtagataagattaatttctgttactctcccggtaatgttgtcacag 18102839  T
Q  241 aggactccttcccaagcacaacaatcatttttggttgacca 281  Q
     |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  18102838 tggactccttcccaagcacaaaaatcttttttggttgacca 18102798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 41 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 19351005 - 19350753
Alignment:
Q  41 aggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaata 140  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  ||||||||||||| | ||| ||||||||| |||| ||    
T  19351005 aggataagtcaaggtagacaagtttagaggaatgtgtgatgtttttttgaatggatggaatagttatcacatcaaaatgattctcactcaaacccaagta 19350906  T
Q  141 actgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaataattggagttgagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaa 240  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || | || ||||||||| ||||||||||||    ||||||||||| ||     
T  19350905 actgagaaactcaagttctagaatacaaagattcatctcaccttccaattgatcgtagctgagatcaagttttgtaactcttccagtaatattgtcgcag 19350806  T
Q  241 aggactccttcccaagcacaacaatcatttttggttgaccatgatgatgtcca 293  Q
     ||||||| |||||  |||||| ||| ||||   ||||||||| |||| ||||    
T  19350805 tggactccgtcccatacacaactatctttttcaattgaccatgttgatatcca 19350753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 43 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 19436474 - 19436236
Alignment:
Q  43 gataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaataac 142  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||  ||||||||||||| ||||    
T  19436474 gataagtcaaggtagagaagtttagatgaatgtgtgatattgtgttgaatggatgaaattcttatcacatcaaaatcattcacactcaaatccaagtaac 19436375  T
Q  143 tgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaataattggagttgagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaaag 242  Q
    | |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || ||| ||||| ||||||||||||    ||||| ||||||||  |    
T  19436374 taagaaactcaagttttagaatacaaagattcatctcaccttccaattgattgtagctgatatcaagttttgtaactcttccggtaatgttgtcacagtg 19436275  T
Q  243 gactccttcccaagcacaacaatcatttttggttgacca 281  Q
    ||| |||  ||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  19436274 gacacctctccaagcacaacaatctttttcggttgacca 19436236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 41 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 19392733 - 19392497
Alignment:
Q  41 aggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaata 140  Q
    ||||||||| ||||| | |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||  | ||||||||||| ||    
T  19392733 aggataagtcaaggtaggcaagtttagatgaatgcgtgatgttgcgttgaatggctggaattcttatcacgtcaaaatcattcccgctcaaatccaagta 19392634  T
Q  141 actgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaataattggagttgagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaa 240  Q
    ||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||    ||||||||||| ||||||||||||    ||| | |||||||||    
T  19392633 acttagaaactcaagttgtagaatacaaagattcatctcaccttccaaaaaataatcgttgagatcaagttttgtaactcttcaggtagtgttgtcacaa 19392534  T
Q  241 aggactccttcccaagcacaacaatcatttttggttg 277  Q
     |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  19392533 tggacaccttcccaagcacaacaatctttttttgttg 19392497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 41 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 19419591 - 19419443
Alignment:
Q  41 aggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaata 140  Q
    ||||||||| ||| |  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||    
T  19419591 aggataagtcaagtttcacaaggttagatgaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacattaaatttattatgactcaaatccaagta 19419492  T
Q  141 actgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaa 189  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19419491 actaagaaactcaagttcaaaaatacaaagattcatctcaccttccaaa 19419443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 41 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 18022404 - 18022261
Alignment:
Q  41 aggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaata 140  Q
    ||||||||| ||||| || || |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  18022404 aggataagtcaaggtagaaaaatttagatgagtgtgtgatgttgtgttgaatagatggaattcttatcacatcaaattcattatgactcaaatccaaata 18022305  T
Q  141 actgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcacctt 184  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18022304 actaagaaactcaagttcaagaatacaaagattcagctcacctt 18022261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 36 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 19461133 - 19460985
Alignment:
Q  36 gaaggaggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatcc 135  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||   ||||||||||    
T  19461133 gaagggggataagtcaaggtagaaaaggttagatgaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaaatcttatcacatcaaattcattcagactcaaatcc 19461034  T
Q  136 aaataactgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcacctt 184  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19461033 aagtaactgagaaactcaagttctagaatacaaagattcatctcacctt 19460985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 42 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 19380500 - 19380353
Alignment:
Q  42 ggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaataa 141  Q
    |||||||| |||||| | |||  |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  19380500 ggataagtcaaggtgcaaaaggatagatgaatgtgtaatgttttgttgaatggatggaattcttatcacatcaaaattattttcactcaaatccaagtaa 19380401  T
Q  142 ctgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaa 189  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19380400 ctaagaaacttaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaa 19380353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 42 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 18164757 - 18164608
Alignment:
Q  42 ggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaataa 141  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||| | |    
T  18164757 ggataagtcaaggtagacaagtttagatgaatgtgtgaagttgtgttgaattgatgtaattcttatcacatcaaaatcattaagactcaaatccaagtga 18164658  T
Q  142 ctgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaata 191  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18164657 ctgagaaactcaagttctagaatacaaagattcatctcacctttcaaata 18164608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 36 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 18115566 - 18115413
Alignment:
Q  36 gaaggaggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatcc 135  Q
    ||||| |||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||    |||||||||    
T  18115566 gaagggggataagtcaaggtggaaaaggttagatgaatgtgtgaggttgtgttgaatggatggaaatcttatcacatcaaaatcatttgagctcaaatcc 18115467  T
Q  136 aaataactgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaa 189  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18115466 aagtaactgagaaactcaagttctagaatacaaagattcatctcacctttcaaa 18115413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 42 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 25462645 - 25462416
Alignment:
Q  42 ggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaataa 141  Q
    |||||||| ||| | | |||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| |  | ||||| ||||||||| |||||||| |||    
T  25462645 ggataagtcaagatagtcaagtttagatgaatgtgtgatgttgtgttgaaaggctggaatacttatgatgttaaattcattatcacttaaatccaagtaa 25462546  T
Q  142 ctgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaataattggagttgagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaaa 241  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| | | || ||| |||||||| |||||||||||     ||||| |||||||| |    
T  25462545 ctgagaaactcaagttctagaacacatagattcatctcaccttccaattgactgtagtggagatcaagttttgtaactcgtccggtaatgttgtcacaga 25462446  T
Q  242 ggactccttcccaagcacaacaatcatttt 271  Q
     ||| |||||||| ||||||||||| ||||    
T  25462445 cgacaccttcccatgcacaacaatcttttt 25462416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 42 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 19333592 - 19333445
Alignment:
Q  42 ggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaataa 141  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||  |||   |||||||||||| |||    
T  19333592 ggataagtcaaggtatacaagtttagatgaatgtgtgatgttgtgtggaatggatggaattattatcacgtcaaatacattcagactcaaatccaagtaa 19333493  T
Q  142 ctgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaa 189  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19333492 ctgagaaactcaagttctagaatacaaagattcatctcacctttcaaa 19333445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 41 - 271
Target Start/End: Original strand, 14896794 - 14897024
Alignment:
Q  41 aggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaata 140  Q
    ||||||||| ||||| || |||  |||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||| | |||   ||||||||| || ||    
T  14896794 aggataagtcaaggtagaaaaggctagatgaatgtgtgatgttgtgttgagtgactggaatacttatcacatcaaaatgattcatactcaaatctaagta 14896893  T
Q  141 actgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaataattggagttgagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaa 240  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||  ||  ||| |||||||| |||||||||||| |  ||| | ||||| ||     
T  14896894 actgagaaactccagttcgagaatacaaagactcatctcacctttcaaatctttcaagtggagatcaagttttgtaactctttcagtagtgttgtcgcag 14896993  T
Q  241 aggactccttcccaagcacaacaatcatttt 271  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14896994 tggactccttcccaagcacaacaatcttttt 14897024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 41 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 18143844 - 18143710
Alignment:
Q  41 aggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaata 140  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||    ||||||||||| ||    
T  18143844 aggataagtcaaggtagacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcatatcaaaatcattgaatctcaaatccaagta 18143745  T
Q  141 actgagaaactcaagttcaagaatacaaagattca 175  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18143744 actaagaaactcaagttctagaatacaaagattca 18143710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 74 - 189
Target Start/End: Original strand, 17728117 - 17728232
Alignment:
Q  74 gtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaataactgagaaactcaagttcaagaatacaaagatt 173  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17728117 gtgtgatgttgtgatgaatggatggaattcttatggcatcaaatttattgaagctcaaatccaagtaactaagaaactcaagttcaagaatacaaagatt 17728216  T
Q  174 catctcaccttccaaa 189  Q
    ||||||||||||||||    
T  17728217 catctcaccttccaaa 17728232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 74 - 189
Target Start/End: Original strand, 19029346 - 19029461
Alignment:
Q  74 gtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaataactgagaaactcaagttcaagaatacaaagatt 173  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19029346 gtgtgatgttgtgatgaatggatggaattcttatggcatcaaatttattgaagctcaaatccaagtaactaagaaactcaagttcaagaatacaaagatt 19029445  T
Q  174 catctcaccttccaaa 189  Q
    ||||||||||||||||    
T  19029446 catctcaccttccaaa 19029461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 43 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 18108046 - 18107900
Alignment:
Q  43 gataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaataac 142  Q
    ||||||| ||||||   ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||    |||||||| |||||||    
T  18108046 gataagtcaaggtgcgaaaggttagatgaatgtgtgatattgtgttgaatggatggaattcttatgacatcaaaatcattccagctcaaatctaaataac 18107947  T
Q  143 tgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaa 189  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18107946 tgagaaactcaaggtcaagaatacaaagattcatctcacctttcaaa 18107900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 64 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 19375267 - 19375142
Alignment:
Q  64 ttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaataactgagaaactcaagttcaagaa 163  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||   |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  19375267 ttagatgaatgtgtgaagttgtgttgaatggacggaattcttatcacgtcaaattcattgaaactcaaatccaagtaactgagaaactcaagttctagaa 19375168  T
Q  164 tacaaagattcatctcaccttccaaa 189  Q
    || |||||||||||||||||| ||||    
T  19375167 tataaagattcatctcacctttcaaa 19375142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 45 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 18015698 - 18015554
Alignment:
Q  45 taagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaataactg 144  Q
    ||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||   |||||||||||| |||||     
T  18015698 taagtcaaggtagaaaaggttagaggaatgtgtgatgttgttttgaatggatggaatacttatcacatcaaattcattgaaactcaaatccaagtaacta 18015599  T
Q  145 agaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaa 189  Q
    ||||| |||||||| | |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  18015598 agaaattcaagttctaaaatacaaaaattcatctcacctttcaaa 18015554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 41 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 19413798 - 19413655
Alignment:
Q  41 aggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaata 140  Q
    ||||||||| |||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||| || |||| | ||| |  ||||||||||| ||    
T  19413798 aggataagtcaaggtaaacaagtttagatgaatgtgtgatattgtgtttaatagttggaattcttatctcaccaaaataattgtggctcaaatccaagta 19413699  T
Q  141 actgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcacctt 184  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  19413698 actgagaaactcaagttctagaatacaaagattcatctcccctt 19413655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 39 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 16676811 - 16676666
Alignment:
Q  39 ggaggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaa 138  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| ||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||||| |||    |||||||||||     
T  16676811 ggaggataagtcaaggtagacaaggttagatgcatgtgtgaggttttgttgaatggatggaattcttattaggtcaaattcattccagctcaaatccaag 16676712  T
Q  139 taactgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcacctt 184  Q
    ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  16676711 taaattagaaactcaagttctagaatacaaagattcatctcacctt 16676666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 158
Target Start/End: Original strand, 24493785 - 24493939
Alignment:
Q  1 tgaagattatccatgtgaagagtattatcaaaattgaaggaggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||    ||||  ||| || |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  24493785 tgaagattatccatgtgaagagtac---caaagctgaggggggataagtcaaggtagacaagtttagatgaatgtgtgatgttgttttgaatggttggaa 24493881  T
Q  101 ttcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaataactgagaaactcaagttc 158  Q
    | ||||||| |||||| |  ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  24493882 tacttatcaaatcaaaatcgttatcgctcaagtccaagtaactaagaaactcaagttc 24493939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 199 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 19460949 - 19460865
Alignment:
Q  199 ttgagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaaaggactccttcccaagcacaacaatcatttttggttgaccatg 283  Q
    |||||||||| ||||||||||||    ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  19460949 ttgagatcaagttttgtaactcttccagtaatgttgtcacagtggactccttcccaagcacaacaatctatttcggttgaccatg 19460865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 198 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 19380320 - 19380237
Alignment:
Q  198 gttgagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaaaggactccttcccaagcacaacaatcatttttggttgacca 281  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  | ||||| ||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  19380320 gttgagatcaatttttgtaactcttctggtaatgttgtcacagtggacacctttccaagcacaacaatcattttcagttgacca 19380237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 19424083 - 19424038
Alignment:
Q  143 tgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaa 188  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19424083 tgagaaactcaagttcgagaatacaaagattgatctcaccttccaa 19424038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 199 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 19413616 - 19413534
Alignment:
Q  199 ttgagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaaaggactccttcccaagcacaacaatcatttttggttgacca 281  Q
    |||||||||| ||||||||||||    ||||| ||||| ||  |||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  19413616 ttgagatcaatttttgtaactcttccggtaatgttgtcgcagtggactccttcccaaccacaacaatctttttcggttgacca 19413534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 200 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 18115381 - 18115300
Alignment:
Q  200 tgagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaaaggactccttcccaagcacaacaatcatttttggttgacca 281  Q
    ||||||||| ||||||||||||    ||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||    
T  18115381 tgagatcaagttttgtaactcttccggtaatgttctcacagtggactccttcccaagcacaacaatctatttcggttgacca 18115300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 199 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 18164579 - 18164497
Alignment:
Q  199 ttgagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaaaggactccttcccaagcacaacaatcatttttggttgacca 281  Q
    |||||||||| ||||||||||||    ||||| ||||| ||  |||||||||||||  |||||||||| |||| |||||||||    
T  18164579 ttgagatcaatttttgtaactcttccggtaatgttgtcgcagtggactccttcccatacacaacaatctttttcggttgacca 18164497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 199 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 19375111 - 19375039
Alignment:
Q  199 ttgagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaaaggactccttcccaagcacaacaatcatttt 271  Q
    |||||||||| || |||||||||  | ||||| ||||||||   |||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  19375111 ttgagatcaatttctgtaactctactagtaatgttgtcacagtagactccttcccaagaacaacaatcttttt 19375039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 121; Significance: 5e-62; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 189
Target Start/End: Original strand, 13667238 - 13667426
Alignment:
Q  1 tgaagattatccatgtgaagagtattatcaaaattgaaggaggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaa 100  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  13667238 tgaagattatcaatgtgaagaatattatcaaaattgtaggcggataagtcaaggtagacaagtttagatgaatttgtgatgttgtgttgaatggatgaaa 13667337  T
Q  101 ttcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaataactgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaa 189  Q
    || ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  13667338 tttttatcacatcaaattcattatgactcaaatccaaatagctgagaaacttaagttctagaatacaaagattcatcttacctttcaaa 13667426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold2156 (Bit Score: 109; Significance: 7e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold2156
Description:

Target: scaffold2156; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 281
Target Start/End: Original strand, 294 - 574
Alignment:
Q  1 tgaagattatccatgtgaagagtattatcaaaattgaaggaggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || |||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||  |||||    
T  294 tgaagattatccatgtgaagagttttatcaaaaatgaggggggataagtcaaggtagacaagtttagatgaacgtgtgatgttgtgttgagtgattggaa 393  T
Q  101 ttcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaataactgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaataattggagtt 200  Q
     |||||| || ||||| | ||| |  ||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |     
T  394 ctcttataacgtcaaaatcattgtagctcaaatccaagtaactcaaaaactcaagttctagaatacaaagattcatctcaccttccaattatttgaactg 493  T
Q  201 gagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaaaggactccttcccaagcacaacaatcatttttggttgacca 281  Q
     | ||||| |||||| ||| |||| || ||| | |||||   |||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  494 catatcaagttttgttactttgttggtgatactatcacagtagactccttcccatgcacaacaatctttttcggttgacca 574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0640 (Bit Score: 101; Significance: 4e-50; HSPs: 1)
Name: scaffold0640
Description:

Target: scaffold0640; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 5036 - 4756
Alignment:
Q  1 tgaagattatccatgtgaagagtattatcaaaattgaaggaggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || || ||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||  |||||    
T  5036 tgaagattatccatgtgaagagttttatcaaaaatgaggggggctaagtcaaggtagacaagtttagatgaacgtgtgatgttgtgttgagtgattggaa 4937  T
Q  101 ttcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaataactgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaataattggagtt 200  Q
     |||||| || ||||| | ||| |  ||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| | |     
T  4936 ctcttataacgtcaaaatcattgtagctcaaatccaagtaactcaaaaactcaagttctagaatacaaagattcatctcaccttccaattttttgaactg 4837  T
Q  201 gagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaaaggactccttcccaagcacaacaatcatttttggttgacca 281  Q
     | ||||| |||||| ||| |||| || ||| | |||||   |||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  4836 catatcaagttttgttactttgttggtgatactatcacagtagactccttcccatgcacaacaatctttttcggttgacca 4756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 89; Significance: 6e-43; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 41 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 8459081 - 8458841
Alignment:
Q  41 aggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtgttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaaata 140  Q
    ||||||||| |||||| | ||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||| ||    
T  8459081 aggataagtcaaggtgcaaaaggttagatgcatgtgtgatgttgtgttgaatcgatggaattcttatcacatcaaatttatgtaagctcaaatccaagta 8458982  T
Q  141 actgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaataattggagttgagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtcacaa 240  Q
    ||| |||||||||||||| |||||  ||||||| |||| |||||||||| ||     ||||||||||| |||||||||||||   |||||  |||||||     
T  8458981 actcagaaactcaagttctagaatggaaagattgatcttaccttccaaaaaacaattgttgagatcaagttttgtaactctgccagtaatgctgtcacag 8458882  T
Q  241 aggactccttcccaagcacaacaatcatttttggttgacca 281  Q
     ||||||||| ||| ||||||||||| ||||  ||||||||    
T  8458881 tggactcctttccacgcacaacaatctttttcagttgacca 8458841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 41 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 15531962 - 15531735
Alignment:
Q  41 aggataagttaaggtggacaagtttagaggaatgtgtgatgttgtg---ttgaatggatggaattcttatcacatcaaatttattatcactcaaatccaa 137  Q
    ||||||||| |||||  | ||| ||||| ||||||||||| ||||    ||||||||||||||| |||| ||||||||| | |||   ||||||||| ||    
T  15531962 aggataagtcaaggtacaaaaggttagatgaatgtgtgatattgttattttgaatggatggaatgcttagcacatcaaaatcattccgactcaaatcgaa 15531863  T
Q  138 ataactgagaaactcaagttcaagaatacaaagattcatctcaccttccaaataattggagttgagatcaacttttgtaactctgtttgtaatattgtca 237  Q
     ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || |||| |||| ||||||||||||    || || ||||||    
T  15531862 gtaactaagaaactcaagttttagaatacaaagattcatctcaccttccaattgattgtagctgaggtcaagttttgtaactcttccggtcatgttgtca 15531763  T
Q  238 caaaggactccttcccaagcacaacaat 265  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||    
T  15531762 caatggactcctccccaagcacaacaat 15531735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University