View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18522_low_6 (Length: 502)

Name: NF18522_low_6
Description: NF18522
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18522_low_6
NF18522_low_6
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (12-379)||(3407412-3407779)
chr8 (1-349)||(3391614-3391962)
chr8 (1-349)||(3363944-3364292)
chr8 (1-349)||(3314633-3314981)
chr8 (4-364)||(31175607-31175967)
chr8 (4-364)||(3398601-3398961)
chr8 (1-379)||(7164730-7165109)
chr8 (69-381)||(3267344-3267656)
chr8 (6-361)||(3286598-3286953)
chr8 (1-358)||(3262704-3263061)
chr8 (69-382)||(13808447-13808760)
chr8 (69-361)||(3374841-3375133)
chr8 (201-361)||(13787209-13787369)
chr8 (60-242)||(3325137-3325319)
chr8 (434-483)||(3314629-3314678)
chr8 (424-483)||(3391907-3391966)
chr8 (421-479)||(7165021-7165079)
chr8 (434-479)||(3267579-3267624)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (1-349)||(15802686-15803034)
chr5 (1-364)||(20838392-20838755)
chr5 (4-364)||(20812037-20812397)
chr5 (63-379)||(30417565-30417881)
chr5 (60-361)||(12599189-12599490)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (4-364)||(6905887-6906247)
chr3 (6-280)||(32411166-32411437)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (51-366)||(14767075-14767390)
[»] scaffold0468 (2 HSPs)
scaffold0468 (4-364)||(6227-6587)
scaffold0468 (434-479)||(6527-6572)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (71-379)||(8371807-8372115)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 12 - 379
Target Start/End: Original strand, 3407412 - 3407779
Alignment:
Q  12 tttgatcttactatccagaagggcacttttttgacaccagtatttggtgcaattagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttccaattttt 111  Q
    |||||||| || ||| | || ||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||      
T  3407412 tttgatctaacaatcgaaaaaggcacttgtttgacaccagcattttctgcaattagagttgtcaaggatttcatttgcactatatcttcttccaatttga 3407511  T
Q  112 caacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaattgatatatctctcttgggagatttctaagacttgtgcaatctttcaaatttat 211  Q
    ||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||||||||||   ||||||||  ||||| |||||||||||    
T  3407512 caatctttgaacaaccagaaaggatgagagttttcactgatctcaatcgatagatctctcttgggagattaacaagacttgcacaatccttcaaatttat 3407611  T
Q  212 cagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgacaatccttcataatgagtttttcaaggttcagtaattttgaaaag 311  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  || |  |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||    
T  3407612 gagaagaagattcttgagatctccaatggacgggtgtatgtcggataaactttgacaatccttcataatgagtttttctagattcggtaattttgaaaag 3407711  T
Q  312 tcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagattgataatttttagcttctgcagaaactgcaa 379  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||  ||||||||    
T  3407712 tcaggggttcttttcaagtgcttggaatgactgagattgagaatttttagcttatgcaacaactgcaa 3407779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 3391614 - 3391962
Alignment:
Q  1 atccaatgctttttgatcttactatccagaagggcacttttttgacaccagtatttggtgcaattagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttc 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| | || ||   || |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3391614 atccaatgctttttgatctcactatcgaaaatggtggttgtttgactccagtatttgctgccattagagttgtcaaggattccatttgcactatatcttc 3391713  T
Q  101 ttccaatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaattgatatatctctcttgggagatttctaagacttgtgcaatct 200  Q
    ||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||||||| || || | |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || ||     
T  3391714 ttccaatttgtcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagtttccactgttctcaattgatagatctctcttgggagattgctaagactcgtacagtcc 3391813  T
Q  201 ttcaaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgacaatccttcataatgagtttttcaaggttcagta 300  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||   || ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||  |||    
T  3391814 ttcaaatttaacagaagaagattcttgagatctccaatggacgggtgtacctccaacagactttgacaatccttcataattagcttttctaggtttggta 3391913  T
Q  301 attttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagatt 349  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  3391914 actttgaaaagtcaggggttcttttcaagtacttagaatgactgagatt 3391962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 3364292 - 3363944
Alignment:
Q  1 atccaatgctttttgatcttactatccagaagggcacttttttgacaccagtatttggtgcaattagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttc 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| | || ||   || |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3364292 atccaatgctttttgatctcactatcgaaaatggtggttgtttgactccagtatttgctgccattagagttgtcaaggattccatttgcactatatcttc 3364193  T
Q  101 ttccaatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaattgatatatctctcttgggagatttctaagacttgtgcaatct 200  Q
    ||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||||||| || |  | |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| || || ||     
T  3364192 ttccaatttgtcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagtttccactcttctcaattgatagatctctcttgggagattgccaagactcgtacagtcc 3364093  T
Q  201 ttcaaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgacaatccttcataatgagtttttcaaggttcagta 300  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||   |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||  |||    
T  3364092 ttcaaatttaacataagaagattcttgagatctccaatggacgggtgtacctccagcaaactttgacaatccttcataattagcttttctaggtttggta 3363993  T
Q  301 attttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagatt 349  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  3363992 attttgaaaagtcaggggttcttttcaagttcttagaatgactgagatt 3363944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 3314981 - 3314633
Alignment:
Q  1 atccaatgctttttgatcttactatccagaagggcacttttttgacaccagtatttggtgcaattagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttc 100  Q
    |||||||| |||||||| | || ||| | || || |||| |||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  3314981 atccaatgttttttgatttaacaatcgaaaaaggaacttgtttgacaccagtttttgctgcaattagggttgtcaatgatttcatttgcactatatcttc 3314882  T
Q  101 ttccaatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaattgatatatctctcttgggagatttctaagacttgtgcaatct 200  Q
    |||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||| ||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||     
T  3314881 ttccaatttttcaatctttgaacaaccagaaagaatgaaagttttcaccgatgtcaattgatagatctctcttgggagatttctaagacttgtacagtcc 3314782  T
Q  201 ttcaaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgacaatccttcataatgagtttttcaaggttcagta 300  Q
    || ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||   ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||    
T  3314781 ttgaaatttatcaggagaagcttcttgagatctccaatggacgagtgtacttcaaacaaactttgacaatctttcataatgagattttctaggttcggta 3314682  T
Q  301 attttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagatt 349  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||| | | | ||||||||||||||    
T  3314681 attttgaaaagtcaggggtgcttgtcaagtacattgaatgactgagatt 3314633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 4 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 31175967 - 31175607
Alignment:
Q  4 caatgctttttgatcttactatccagaagggcacttttttgacaccagtatttggtgcaattagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttc 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |  ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31175967 caatgctttttgatcttgctattgaatagggcacttgtttgataccagtatttgctgcaattaaagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttc 31175868  T
Q  104 caatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaattgatatatctctcttgggagatttctaagacttgtgcaatctttc 203  Q
    |||||| |||| |  ||||||||| ||||| |||||| |||||| |||| ||| || ||| | |||| |||||||||| | ||||||||| || || ||     
T  31175867 caatttgtcaatcattgaacaaccagaaagaatgagacttttcactgatctcactttatagacctcttttgggagattgccaagacttgtacagtcctta 31175768  T
Q  204 aaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgacaatccttcataatgagtttttcaaggttcagtaatt 303  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | ||| | |||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||  ||||||    
T  31175767 aaatttatcaaaagaagattcttgagatctccaatggacgtgtgcacctcggacaaactttgacaatccttcataattagcttttctagatttggtaatt 31175668  T
Q  304 ttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagattgataatttttagctt 364  Q
    ||| ||||||||| || |||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  31175667 ttgcaaagtcaggagtgcttttcaagtacttagaatgactgagattgagaattttcagctt 31175607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 4 - 364
Target Start/End: Original strand, 3398601 - 3398961
Alignment:
Q  4 caatgctttttgatcttactatccagaagggcacttttttgacaccagtatttggtgcaattagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttc 103  Q
    |||||||||||||||| || ||| | || || |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3398601 caatgctttttgatctaacaatcgaaaaaggaacttgtttgacaccagtatttgctgcaattagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttc 3398700  T
Q  104 caatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaattgatatatctctcttgggagatttctaagacttgtgcaatctttc 203  Q
    |||||| |||| || ||||||||| ||||  ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||| || ||  ||    
T  3398701 caatttgtcaatctttgaacaaccagaaataatgagagttttcactgatttcaattgatagatctctcttgggagattggcaagacttgtacagtccctc 3398800  T
Q  204 aaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgacaatccttcataatgagtttttcaaggttcagtaatt 303  Q
    |||||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||  ||||| ||| | ||| ||  |||| |||||||||||||| ||||| || ||| ||||||    
T  3398801 aaatttatcagaacgagactcttgaggtccccaatggactggtgtacctcagacaagctcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaatt 3398900  T
Q  304 ttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagattgataatttttagctt 364  Q
    |||||||||| |||||  ||||||| | ||||  |||||||| ||||| |||||| |||||    
T  3398901 ttgaaaagtctggggtgattttcaagtacttattatgactgacattgagaattttcagctt 3398961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 379
Target Start/End: Original strand, 7164730 - 7165109
Alignment:
Q  1 atccaatgctttttgatcttactatccagaagggcacttttttgacaccagtatttggtgcaattagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||   |  ||||||||| ||| ||| | ||||    ||| || || ||||||||||||| ||| |||| ||| |||||    
T  7164730 atccaatgctttttgatcttactaataaacagggcacttcttttacagctgtatcatttgcgatcagtgttgtcaaggatttcatctgcattatgtcttc 7164829  T
Q  101 ttccaatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaa-ttgatatatctctcttgggagatttctaagacttgtgcaatc 199  Q
    |||||| |   ||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| || |  ||||||||||| ||||||||||| || ||    
T  7164830 ttccaactaggcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagttttcaatgatttcaacttgatagatattccttgggagattgctaagacttgtacagtc 7164929  T
Q  200 tttcaaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgacaatccttcataatgagtttttcaaggttcagt 299  Q
     ||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||   || | ||| | ||||||| ||||||| |||||||| || ||||| || ||  ||    
T  7164930 cttcaaatttattagtagaacattcttgagatctccaatggactgatgcacctcggacaaacttggacaatctttcataataagcttttctagatttggt 7165029  T
Q  300 aattttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagattgataatttttagcttctgcagaaactgcaa 379  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||| | | |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  7165030 aattttgaaaagtcaggggtgtgtttcaagtacctagaatgactgagattaagaatttttagcttctccagaaactgcaa 7165109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 69 - 381
Target Start/End: Original strand, 3267344 - 3267656
Alignment:
Q  69 gttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttccaatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaattgatatatct 168  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||  ||||||| || || |||| || ||||||||| |||| |||||||||| |||  ||  ||||||||| |||||    
T  3267344 gttgttaaggattccatctgcactatgccttcttctaacttgtcaatctttgaacaaccagaaatgatgagagttgtcaaagacttcaattgatttatct 3267443  T
Q  169 ctcttgggagatttctaagacttgtgcaatctttcaaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgaca 268  Q
       |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||  | ||||| |||  ||||| ||| | ||| ||| ||||    
T  3267444 tctttgggagattgctaagacttgtacaatctttcaaatttatcagaagaagattcctcagacccccaattgactggtgtacctcagacaagcttggaca 3267543  T
Q  269 atccttcataatgagtttttcaaggttcagtaattttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagattgataatttttagcttctgc 368  Q
     |||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||| || ||| |||| | ||| |||||||||||||||| |||||| || |||| |    
T  3267544 gtccttcataatgagcttttctagattcggtaattttgaaaagtcaggagtgcttgtcaagtacttggaatgactgagattgagaattttcaggttcttc 3267643  T
Q  369 agaaactgcaaaa 381  Q
    |  ||||||||||    
T  3267644 atcaactgcaaaa 3267656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 6 - 361
Target Start/End: Original strand, 3286598 - 3286953
Alignment:
Q  6 atgctttttgatcttactatccagaagggcacttttttgacaccagtatttggtgcaattagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttcca 105  Q
    ||||||||||||||||| ||  | |||||||||| ||| ||| | |||||   |||||| || ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||    
T  3286598 atgctttttgatcttacaattgaaaagggcacttctttaacagctgtattatttgcaatcagtgttgtcaaggattccatctgcactatgtcttcttcca 3286697  T
Q  106 atttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaattgatatat-ctctcttgggagatttctaagacttgtgcaatctttca 204  Q
    | || |||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||  ||| ||| |||||| || |||| |||||||||| ||||||| | | || || ||||    
T  3286698 acttgtcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagtgttcaaagatttcagttgatagatactct-ttgggagattgctaagacctatacagtccttca 3286796  T
Q  205 aatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgacaatccttcataatgagtttttcaaggttcagtaattt 304  Q
    |||||| || |||||| || ||||| ||||||||||| | ||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||  |||||||    
T  3286797 aatttaacataagaagtttattgagatctccaatggatgggtgtacctcagacaaacttggacaatccttcataatgagcttttcaagatttggtaattt 3286896  T
Q  305 tgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagattgataatttttag 361  Q
    |||||| || ||||  ||| |||| |   | |||||||| ||||||| |||||||||    
T  3286897 tgaaaaatccggggagcttgtcaagtatctcgaatgacttagattgagaatttttag 3286953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Original strand, 3262704 - 3263061
Alignment:
Q  1 atccaatgctttttgatcttactatccagaagggcacttttttgacaccagtatttggtgcaattagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| ||||| ||||    |||||| || ||||||||||||||||| |||| ||| |||||    
T  3262704 atccaatgctttttgatcttactattgaatagggcacctctttcacacctgtatcctttgcaatcagtgttgtcaaggattccatctgcactatgtcttc 3262803  T
Q  101 ttccaatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaattgatatatctctcttgggagatttctaagacttgtgcaatct 200  Q
    ||||||||| |||| || ||| ||||| ||||| |||||||||||||  ||| ||||||| ||||| |   |||||||||||  ||||||| | || ||     
T  3262804 ttccaatttgtcaatctttgagcaaccagaaagtatgagagttttcaaagatttcaattggtatatattctttgggagattttgaagacttctacagtcc 3262903  T
Q  201 ttcaaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgacaatccttcataatgagtttttcaaggttcagta 300  Q
    ||||||||||||| | |||||   ||||| ||||||||||||  ||||| ||  | ||| | | |||||| |||||| ||||| ||||| || ||| ||     
T  3262904 ttcaaatttatcatatgaagacgattgagatctccaatggactggtgtaccttagacaagcatggacaattcttcatgatgagcttttctagattcggtg 3263003  T
Q  301 attttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagattgataatttt 358  Q
    ||||||||||||| || ||  |||| |||| ||| |||| ||| ||||| | ||||||    
T  3263004 attttgaaaagtctggagtggtttttaaatacttggaataactcagatttagaatttt 3263061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 69 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 13808760 - 13808447
Alignment:
Q  69 gttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttccaatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaattgatatatct 168  Q
    ||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||| || |||| || ||||||||| |||| ||| |||||||||| |||| |||| |||||||||     
T  13808760 gttgtcaaggattccatctggactatgtcttcttccaacttgtcaatctttgaacaaccagaaaagattagagttttcaatgatttcaactgatatatca 13808661  T
Q  169 ctcttgggagatttctaagacttgtgcaatctttcaaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgaca 268  Q
    |   ||||||| |   ||||||||| || || |||| ||| | ||| |||| ||||||||| || ||||| ||   ||||||||  | |||  || ||||    
T  13808660 cctctgggagactggcaagacttgtacagtccttcagattgagcagtagaatattcttgagatccccaatcgagtggtgtaacttggacaagtttggaca 13808561  T
Q  269 atccttcataatgagtttttcaaggttcagtaattttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagattgataatttttagcttctgc 368  Q
     | |||||||||||| ||||| || ||  |||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| | |    
T  13808560 gttcttcataatgagcttttctagatttggtaattttgaaaagtctggggtgcttgtcaagtgcttggaatgactgagattgagaattttcagcttattc 13808461  T
Q  369 agaaactgcaaaaa 382  Q
    |  |||||||||||    
T  13808460 atcaactgcaaaaa 13808447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 69 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 3375133 - 3374841
Alignment:
Q  69 gttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttccaatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaattgatatatct 168  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| || | || || ||||||||| ||||| || ||||||||||    | |||| ||||| |||     
T  3375133 gttgtcaaggattccatctgcattatgtcttcttccaacttgttaatctttgaacaaccagaaagtataagagttttcaaaagtttcaaatgatagatca 3375034  T
Q  169 ctcttgggagatttctaagacttgtgcaatctttcaaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgaca 268  Q
    | |||||||||||  |||||||||| || ||||| ||||| | |||||| |||||| | |||||||||||||||  ||||| |||   ||||| | || |    
T  3375033 cccttgggagattggtaagacttgtacagtctttgaaattcaacagaagtagattcctaaggtctccaatggactggtgtacctcatacaaacatggata 3374934  T
Q  269 atccttcataatgagtttttcaaggttcagtaattttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagattgataatttttag 361  Q
    || ||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||| |||||| |  ||| ||| |   |||||||||||| ||||| |||||||||    
T  3374933 attcttcataataagtttttctagattcggtaattttgaaaaatcagggatgttttccaagtatctagaatgactgacattgagaatttttag 3374841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 201 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 13787369 - 13787209
Alignment:
Q  201 ttcaaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgacaatccttcataatgagtttttcaaggttcagta 300  Q
    ||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||||||||||| | ||||| ||| | ||||| | ||||||| ||||| ||||| |||||||| ||  |||    
T  13787369 ttcaaatttatcagatgaatattattgagatctccaatggaagggtgtatctcagacaaacatggacaatcgttcatgatgagcttttcaagattgggta 13787270  T
Q  301 attttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagattgataatttttag 361  Q
    ||||||||||||| ||||  |||| ||| |   | |||||||||||||||| |||||||||    
T  13787269 attttgaaaagtctggggagctttccaagtaaattgaatgactgagattgagaatttttag 13787209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 60 - 242
Target Start/End: Original strand, 3325137 - 3325319
Alignment:
Q  60 gcaattagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttccaatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaatt 159  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| |||   | | |||||||||| || |||| || ||||||||| || |  || ||||||| ||  ||| ||||||    
T  3325137 gcaatcagcgttgtcaaggattccatctgcccgaaaccttcttccaacttgtcaatctttgaacaaccagataatataagagtttccaaagatttcaatt 3325236  T
Q  160 gatatatctctcttgggagatttctaagacttgtgcaatctttcaaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggac 242  Q
    |||| ||||| | ||||||||||||||||||||  || || |||||||| | || |||||| |||||||| ||||||||||||    
T  3325237 gatagatctcccctgggagatttctaagacttgcacagtccttcaaattcaacaaaagaaggttcttgagatctccaatggac 3325319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 434 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 3314678 - 3314629
Alignment:
Q  434 ttgaaaagtcaggggtgtttgtcaagtacattgaatgactgagatttagg 483  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3314678 ttgaaaagtcaggggtgcttgtcaagtacattgaatgactgagatttagg 3314629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 424 - 483
Target Start/End: Original strand, 3391907 - 3391966
Alignment:
Q  424 tttggtaccattgaaaagtcaggggtgtttgtcaagtacattgaatgactgagatttagg 483  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||  || |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  3391907 tttggtaactttgaaaagtcaggggttcttttcaagtacttagaatgactgagatttagg 3391966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 421 - 479
Target Start/End: Original strand, 7165021 - 7165079
Alignment:
Q  421 agatttggtaccattgaaaagtcaggggtgtttgtcaagtacattgaatgactgagatt 479  Q
    ||||||||||   |||||||||||||||||| | |||||||| | ||||||||||||||    
T  7165021 agatttggtaattttgaaaagtcaggggtgtgtttcaagtacctagaatgactgagatt 7165079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 434 - 479
Target Start/End: Original strand, 3267579 - 3267624
Alignment:
Q  434 ttgaaaagtcaggggtgtttgtcaagtacattgaatgactgagatt 479  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  3267579 ttgaaaagtcaggagtgcttgtcaagtacttggaatgactgagatt 3267624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 15803034 - 15802686
Alignment:
Q  1 atccaatgctttttgatcttactatccagaagggcacttttttgacaccagtatttggtgcaattagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttc 100  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| | || ||||||| |||||| | |||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15803034 atccaatgctttttgatctgacgatcgaaaaaggcacttgtttgactctagtatttgctgccattagagttttcaaggattccatttgcaatatatcttc 15802935  T
Q  101 ttccaatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaattgatatatctctcttgggagatttctaagacttgtgcaatct 200  Q
     || ||||| |||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || ||     
T  15802934 gtctaatttgtcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagttttcactgttctcaattgatagatctctcttgggagattgctaagactcgtacagtcc 15802835  T
Q  201 ttcaaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgacaatccttcataatgagtttttcaaggttcagta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| |||   || ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||  |||    
T  15802834 ttcaaatttatcagaagaagattgttgagatctccaatggacgggtgtacctccaacagactttgacaatccttcataattagcttttctaggtttggta 15802735  T
Q  301 attttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagatt 349  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  15802734 attttgaaaagtcgggggttcttttcaagtacttagaatgactgagatt 15802686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 20838755 - 20838392
Alignment:
Q  1 atccaatgctttttgatcttactatccagaagggcacttttttgacaccagtatttggtgcaattagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  |  ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20838755 atccaatgctttttgatcttgctattgaatagggcacttgtttgataccagtatttgctgcaattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttc 20838656  T
Q  101 ttccaatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaattgatatatctctcttgggagatttctaagacttgtgcaatct 200  Q
    ||||||||| |||| || ||||||||| ||||| || ||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||||||||||   ||||||| | || ||     
T  20838655 ttccaatttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaattgatagatctctcttgggagattggcaagacttttacagtcc 20838556  T
Q  201 ttcaaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgacaatccttcataatgagtttttcaaggttcagta 300  Q
     |||||||||||||||  | |||||||||||| |||||||||  ||||| |||  |||| ||  |||| ||| |||||||||| ||||| || ||| |||    
T  20838555 ctcaaatttatcagaacgatattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagctcggacattccatcataatgagcttttctagattcggta 20838456  T
Q  301 attttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagattgataatttttagctt 364  Q
    ||||||||||||| |||||  ||||||| | ||||  |||||||| ||||| |||||| |||||    
T  20838455 attttgaaaagtctggggtgattttcaagtacttattatgactgacattgagaattttcagctt 20838392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 4 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 20812397 - 20812037
Alignment:
Q  4 caatgctttttgatcttactatccagaagggcacttttttgacaccagtatttggtgcaattagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttc 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |  ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20812397 caatgctttttgatcttgctattgaatagggcacttgtttgataccagtatttgctgcaattagagctgtcaaggattccatttgcattatatcttcttc 20812298  T
Q  104 caatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaattgatatatctctcttgggagatttctaagacttgtgcaatctttc 203  Q
    ||| || |||| || ||||||||| ||||| || ||||||||||  ||| |||||| ||| |||||||||||||||||   ||||||| | || ||  ||    
T  20812297 caacttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagttttcaccgatatcaatttatagatctctcttgggagattggcaagacttttacagtccctc 20812198  T
Q  204 aaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgacaatccttcataatgagtttttcaaggttcagtaatt 303  Q
    |||||||||||||  | |||||||||||| |||||||||  ||||| |||  |||| ||  |||| |||||||||||||| ||||| || ||| ||||||    
T  20812197 aaatttatcagaacgatattcttgaggtccccaatggactggtgtacctcaatcaagctcggacagtccttcataatgagcttttctagattcggtaatt 20812098  T
Q  304 ttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagattgataatttttagctt 364  Q
    |||||||||| |||||  ||||||| | ||||  |||||||| ||||| |||||| |||||    
T  20812097 ttgaaaagtctggggtgattttcaagtacttattatgactgacattgagaattttcagctt 20812037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 63 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 30417881 - 30417565
Alignment:
Q  63 attagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttccaatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaattgat 162  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||    ||  | |||||||||   ||| ||||||||| |||  ||  ||||||||     
T  30417881 attagagttttcaaggatttcatttgcactacatcttcttccaattcagtaatgtttgaacaaccatcaagtatgagagttgtcacagacatcaattgag 30417782  T
Q  163 atatctctcttgggagatttctaagacttgtgcaatctttcaaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaact 262  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||| | ||||||    
T  30417781 atatctctcttggtagattgccaagacttgtacaatccttaaaatttatcagaagaagattattgagatctccaatggacgggtgtacctcggacaaact 30417682  T
Q  263 ttgacaatccttcataatgagtttttcaaggttcagtaattttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagattgataatttttagc 362  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||| ||  || |||||  |||||||| ||||||  ||||||| | ||| ||||||||||| |||| ||||||||||    
T  30417681 tggacaatccttcataatgagcttttctagactcggtaataatgaaaagttaggggtgtttttcaagtacttggaatgactgaggttgagaatttttagc 30417582  T
Q  363 ttctgcagaaactgcaa 379  Q
    || | ||||||||||||    
T  30417581 ttgtccagaaactgcaa 30417565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 60 - 361
Target Start/End: Original strand, 12599189 - 12599490
Alignment:
Q  60 gcaattagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttccaatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaatt 159  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||| ||   || || ||||||||| ||||| || ||||||||||  | | ||||||    
T  12599189 gcaatcagtgttgtcaaggattccatctgtactatgtcttcttccaacttgctaatctttgaacaaccagaaagtataagagttttcaaagttttcaatt 12599288  T
Q  160 gatatatctctcttgggagatttctaagacttgtgcaatctttcaaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaa 259  Q
    |||| ||||| | |||||||||  |||||||||| || || || ||||| | |||||| |||||| | || ||||||||||||  || || |||   |||    
T  12599289 gatagatctcccgtgggagattggtaagacttgtacagtccttgaaattcaacagaagtagattcctaagatctccaatggactggtatacctcatacaa 12599388  T
Q  260 actttgacaatccttcataatgagtttttcaaggttcagtaattttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagattgataattttt 359  Q
    || | |||||| ||| ||| | |||||||| || ||| | ||||||||||| |||||||   ||| ||| |   |||||||||||| ||||| |||||||    
T  12599389 acatggacaattcttgatagtaagtttttctagattcggcaattttgaaaaatcaggggagttttccaagtatctagaatgactgacattgagaattttt 12599488  T
Q  360 ag 361  Q
    ||    
T  12599489 ag 12599490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 157; Significance: 3e-83; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 4 - 364
Target Start/End: Original strand, 6905887 - 6906247
Alignment:
Q  4 caatgctttttgatcttactatccagaagggcacttttttgacaccagtatttggtgcaattagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttc 103  Q
    |||||||||||||||| || ||  | |||||  ||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||    
T  6905887 caatgctttttgatctaacaatggaaaagggtgcttgtttgacgccagtatttgctgcaactagagttgtcaaggatttcatttgcactatatcttcctc 6905986  T
Q  104 caatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaattgatatatctctcttgggagatttctaagacttgtgcaatctttc 203  Q
    |||||| |||| || |||||||||  |||| |||||||||||||  ||| |||  ||||| ||||| ||||| ||||| | ||||||||| || || |||    
T  6905987 caatttgtcaatctttgaacaaccaaaaagaatgagagttttcacagatatcagctgatagatctcccttggtagattgccaagacttgtacagtccttc 6906086  T
Q  204 aaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgacaatccttcataatgagtttttcaaggttcagtaatt 303  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||    
T  6906087 aaatttatcagaagaagcttcttgagaactccaatggacgggtgtatctcggacaaacttggacaatccttcataatgagcttttctagattcggtaatt 6906186  T
Q  304 ttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagattgataatttttagctt 364  Q
    |||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  6906187 ttgaaaagtcaggggtacttttcaagtacttggaatgactgagattgagtatttttagctt 6906247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 6 - 280
Target Start/End: Original strand, 32411166 - 32411437
Alignment:
Q  6 atgctttttgatcttactatccagaagggcacttttttgacaccagtatttggtgcaattagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttcca 105  Q
    |||||||| |||||||||||  |  ||||||| | ||| ||||| |||| |  |||||| || |||||||| ||||||||||||| |||   ||||||||    
T  32411166 atgcttttcgatcttactattgaacagggcacctcttttacacctgtatcttttgcaatcagtgttgtcaacgattccatttgcactat---ttcttcca 32411262  T
Q  106 atttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaattgatatatctctcttgggagatttctaagacttgtgcaatctttcaa 205  Q
    | ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||   |||||||| |  |||||||||| || || |||||    
T  32411263 agttttcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagttttcaaagatttcaattgatatatcttctttgggagactgttaagacttgtacagtccttcaa 32411362  T
Q  206 atttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgacaatccttcataat 280  Q
    |||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||  |||||  || | |||  || ||||||||||||||||    
T  32411363 atttatcagaagaagactattgagatttccaatggactggtgtatatcagacaagtttggacaatccttcataat 32411437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 144; Significance: 2e-75; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 51 - 366
Target Start/End: Original strand, 14767075 - 14767390
Alignment:
Q  51 gtatttggtgcaattagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttccaatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtg 150  Q
    ||||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| || |||||| ||||||||||||||||||||||  |    
T  14767075 gtatttgttgcaatcagtgatgtcaaggattccatttgcacaatatcttcttccaatttgtcaatctttgaacagccggaaaggatgagagttttcaaag 14767174  T
Q  151 atgtcaattgatatatctctcttgggagatttctaagacttgtgcaatctttcaaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaa 250  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||| || || ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||   ||||     
T  14767175 atttcaattgatagatctctcttgggagattttcaagacttgtacagtccttcaaatttatgagaagaacattcttgagatctccaatggactgatgtac 14767274  T
Q  251 ctctgtcaaactttgacaatccttcataatgagtttttcaaggttcagtaattttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagattg 350  Q
     |  |  |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||  |||||||||||||||||||||| ||| |||| | ||| || ||||||||||||    
T  14767275 gttggataaactttgacaatccttcataatgagcttttctagatttggtaattttgaaaagtcaggggtgcttctcaagtacttggagtgactgagattg 14767374  T
Q  351 ataatttttagcttct 366  Q
    | ||||||||||||||    
T  14767375 agaatttttagcttct 14767390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0468 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 2)
Name: scaffold0468
Description:

Target: scaffold0468; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 4 - 364
Target Start/End: Original strand, 6227 - 6587
Alignment:
Q  4 caatgctttttgatcttactatccagaagggcacttttttgacaccagtatttggtgcaattagagttgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttc 103  Q
    |||||||||||||||| | |||  | |||||  ||| |||||  |||||||||| ||||| || ||| ||||| |||| |||||||| ||||||||||||    
T  6227 caatgctttttgatctaaatatggaaaagggtgcttgtttgatgccagtatttgctgcaactaaagtcgtcaaagatttcatttgcactatatcttcttc 6326  T
Q  104 caatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaattgatatatctctcttgggagatttctaagacttgtgcaatctttc 203  Q
    |||||| || | || |||||||||  ||||||| ||||||||||  ||| |||  ||||| ||||| ||||| ||||| | ||||||||| ||||| |||    
T  6327 caatttgtcgatctttgaacaaccaaaaaggataagagttttcacagatatcagctgatagatctcccttggtagattgccaagacttgtacaatccttc 6426  T
Q  204 aaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgacaatccttcataatgagtttttcaaggttcagtaatt 303  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||  |||| ||||||| ||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||    
T  6427 aaattaatcagaagaatattcttgagcactcctatggacgggtgtacctcggacaaacttggacaatccttcataatgagcttttctagattcggtaatt 6526  T
Q  304 ttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagattgataatttttagctt 364  Q
    |||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  6527 ttgaaaagtcaggggtgcttttcaagtacttggaatgactgagattgagtatttttagctt 6587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0468; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 434 - 479
Target Start/End: Original strand, 6527 - 6572
Alignment:
Q  434 ttgaaaagtcaggggtgtttgtcaagtacattgaatgactgagatt 479  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| | ||||||||||||||    
T  6527 ttgaaaagtcaggggtgcttttcaagtacttggaatgactgagatt 6572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 71 - 379
Target Start/End: Original strand, 8371807 - 8372115
Alignment:
Q  71 tgtcaaggattccatttgcaatatatcttcttccaatttttcaacctctgaacaaccggaaaggatgagagttttcagtgatgtcaattgatatatctct 170  Q
    ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| |||| |  |||||| || | |||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||    
T  8371807 tgtcaaggactccatctgcactatatcttcttccaatttgtcaatcgttgaacagcccgtaaggatgagagttttcaccgatttcaattgatagatctct 8371906  T
Q  171 cttgggagatttctaagacttgtgcaatctttcaaatttatcagaagaagattcttgaggtctccaatggacgagtgtaactctgtcaaactttgacaat 270  Q
    ||||||||||||  |||| || | || || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  |  | || |||||||||||    
T  8371907 cttgggagattttcaagaattatacagtcctttaaatttatgagaagaagattcttgagatctccaatggacgggtgtacgttggacagactttgacaat 8372006  T
Q  271 ccttcataatgagtttttcaaggttcagtaattttgaaaagtcaggggttcttttcaaatgcttagaatgactgagattgataatttttagcttctgcag 370  Q
    |||||||||  || ||||| || ||  |||||||||||||||||||  | |||||||| | ||| ||||||||||| |||| || ||||| ||||| ||     
T  8372007 ccttcataactagcttttccagatttggtaattttgaaaagtcaggactgcttttcaagtacttggaatgactgagtttgagaacttttaacttctccaa 8372106  T
Q  371 aaactgcaa 379  Q
     ||||||||    
T  8372107 caactgcaa 8372115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University