View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18524_low_1 (Length: 772)

Name: NF18524_low_1
Description: NF18524
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18524_low_1
NF18524_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (20-756)||(33637316-33638049)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (353-751)||(13784358-13784753)
chr4 (121-242)||(13784126-13784247)
[»] scaffold0128 (3 HSPs)
scaffold0128 (353-751)||(34021-34416)
scaffold0128 (580-751)||(29236-29404)
scaffold0128 (116-242)||(33781-33907)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (354-741)||(3837593-3837980)
chr3 (22-191)||(3838134-3838304)
[»] scaffold0267 (2 HSPs)
scaffold0267 (350-741)||(13074-13465)
scaffold0267 (22-191)||(13615-13785)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (493-756)||(29124535-29124798)
chr8 (442-725)||(31669440-31669720)
chr8 (360-478)||(40794177-40794295)
chr8 (357-478)||(29124849-29124973)
chr8 (113-241)||(29125102-29125230)
chr8 (374-425)||(29126468-29126519)
chr8 (16-182)||(29126661-29126827)
chr8 (560-645)||(40794307-40794392)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (354-743)||(20475969-20476358)
chr7 (34-176)||(20475663-20475806)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 663; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 663; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 756
Target Start/End: Original strand, 33637316 - 33638049
Alignment:
Q  20 ttaaactatctattgaaaacacaattaaggaaccattaatagtcatcacactacttgcacgacctaacataaattcaaaatacaaacagttgttgcatag 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33637316 ttaaactatctattgaaaacacaattaaggaaccattaatagtcatcacactacttgcacgacctaacataaattcaaaatacaaacaattgttgcatag 33637415  T
Q  120 aagcttaatgtggaagaggatggggcaaaaccaagctcttcatatgttcatcagcataccaaatttggttgtcaagaagttcaatatgttcagctttatc 219  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33637416 aagcttaatgtggaagaggacggggaaaaaccaagctcttcatatgttcatcagcataccaaatttggttgtcaagaagttcaatatgttcagctctatc 33637515  T
Q  220 atctctcctattatacataataatatcatcaaaagctcctttgctagccatcaacatgacatttccattttcagagagacaaaccggaaacaaccaatca 319  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33637516 atctctcctattatacatactaatatcatcaaaagctcctttgctagccagcaacatgacatttccattttcagagagacaaaccggaaacaaccaatca 33637615  T
Q  320 actaaattgagattcatagaaatacccaattgaacatagctaacattcaccaatcgagtccaagactcttgaactccaaactctctcatttcccacaaaa 419  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33637616 actaaattgagattcacacaaatacccaattgaacatagctaacattcaccaatcgagtccaagactcttgaactccaaactctctcatttctcacaaaa 33637715  T
Q  420 caaaataggttctcatgtggacataataaaggcacaaacgatccctcaaaacaacaagagttggttcatctttgggcacttcaacaaaaccatcaggtaa 519  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||    
T  33637716 caagatgggttctcatgtggacataataaaggcacagacgatccctcaaaacaacaagagttggttcatctttggg---tacaacaaaaccatcaggtaa 33637812  T
Q  520 catcatatacttacacgcctccatccgcatatcaaacgataaaatcactaattggttgatggtaacatttttccatttatacatatgacaatttatgttg 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33637813 catcatatacttacacgcctccatccgcatatcaaacgataaaatcactaattggttgatggtaacatttttccatttatacatatgacaatttatgttg 33637912  T
Q  620 tgacgtgctaaccaattaacactaccattcacggatggtccaacgagagtgcctccaagtagaattggaaaatcagggcaagcaatagtctttctccaac 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33637913 tgacgtgctaaccaattaacactaccattcacgaattgtccaacgagagtgcctccaagtagaattggaaaatcagggcaagcaatagtctttctccaac 33638012  T
Q  720 aactatctcccatgcaatgaaccctcccctcccattt 756  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33638013 aactatctcccatgcaatgaaccctcccctcccattt 33638049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 145; Significance: 7e-76; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 353 - 751
Target Start/End: Original strand, 13784358 - 13784753
Alignment:
Q  353 acatagctaacattcaccaatcgagtccaagactcttgaactccaaactctctcatttcccacaaaacaaaataggttctcatgtggacataataaaggc 452  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||  ||||||||||||    
T  13784358 acataactgacattcaccaaccgagtccaagattcttgaactccatactctctcatttcccacaaaacaaaatgtgttctcatttgatcataataaaggc 13784457  T
Q  453 acaaacgatccctcaaaacaacaagagttggttcatctttgggcacttcaacaaaaccatcaggtaacatcatatacttacacgcctccatccgcatatc 552  Q
    | |  ||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| | ||  |||||||||||   |||| |||||| |||    
T  13784458 agaggcgacccctcaaaacagcaagagctggttcatcttggggcacctcaccaaaaccatcaggcagcaaaatatacttacatttctccttccgcagatc 13784557  T
Q  553 aaacgataaaatcactaattggttgatggtaacatttttccatttatacatatgacaatttatgttgtgacgtgctaaccaattaacactaccattcacg 652  Q
    ||  || |||| ||||||||| | ||| |||| ||||| |||||||||   || ||  |||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13784558 aagtgaaaaaaccactaattgttggatagtaatattttcccatttataatcatcactgtttaagttgtgaagtgctaaccagttaacactaccattcacg 13784657  T
Q  653 gatggtccaacgagagtgcctccaagtagaattggaaaatcagggcaagcaatagtctttctccaacaactatctcccatgcaatgaaccctcccctcc 751  Q
     ||||||||  |  |||   ||  |||||||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  13784658 aatggtccattggaagt---tcgtagtagaattggaaaagtagggcaatcgatagtctttctccaacaactatcacccatacaatgaactctcccctcc 13784753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 121 - 242
Target Start/End: Original strand, 13784126 - 13784247
Alignment:
Q  121 agcttaatgtggaagaggatggggcaaaaccaagctcttcatatgttcatcagcataccaaatttggttgtcaagaagttcaatatgttcagctttatca 220  Q
    ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||   |||||||| ||||| | ||| || || |  |||| || |||||    
T  13784126 agcttaatgtggatgagaatgaggcaaaaccaagctatgcatatgttcatcggccgcccaaattttgttgttaggaaattgaagaaattcaactatatca 13784225  T
Q  221 tctctcctattatacataataa 242  Q
    ||||||| ||||||||||||||    
T  13784226 tctctccgattatacataataa 13784247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0128 (Bit Score: 129; Significance: 2e-66; HSPs: 3)
Name: scaffold0128
Description:

Target: scaffold0128; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 353 - 751
Target Start/End: Original strand, 34021 - 34416
Alignment:
Q  353 acatagctaacattcaccaatcgagtccaagactcttgaactccaaactctctcatttcccacaaaacaaaataggttctcatgtggacataataaaggc 452  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||  ||||||||||||    
T  34021 acataactgacattcaccaaccgagtccaagattcttgaactccatactctctcatttcccacaaaacaaaatgtgttctcatatgatcataataaaggc 34120  T
Q  453 acaaacgatccctcaaaacaacaagagttggttcatctttgggcacttcaacaaaaccatcaggtaacatcatatacttacacgcctccatccgcatatc 552  Q
    | |  ||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||  ||| ||||||||   || ||||  ||||||||||| | |||| |||||| |||    
T  34121 agaggcgacccctcaaaacagcaagagctggttcatcttcgggcagctcaccaaaaccaatgggcaacaaaatatacttacatgtctccttccgcagatc 34220  T
Q  553 aaacgataaaatcactaattggttgatggtaacatttttccatttatacatatgacaatttatgttgtgacgtgctaaccaattaacactaccattcacg 652  Q
    ||  || |||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||   || ||  |||| ||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||    
T  34221 aagtgaaaaaaccactaattgttggatggtaacattttcccatttataatcatcactgtttaagttgtgaagtgctaaccagttaacactgccattcacg 34320  T
Q  653 gatggtccaacgagagtgcctccaagtagaattggaaaatcagggcaagcaatagtctttctccaacaactatctcccatgcaatgaaccctcccctcc 751  Q
     ||||||||  |  | |   ||  |||||||||||||||  ||||||| | | ||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||    
T  34321 aatggtccattggaaat---tcgtagtagaattggaaaagtagggcaatcgagagtctttctccaacaactatcacccatacagtgaactctcccctcc 34416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0128; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 580 - 751
Target Start/End: Original strand, 29236 - 29404
Alignment:
Q  580 ggtaacatttttccatttatacatatgacaatttatgttgtgacgtgctaaccaattaacactaccattcacggatggtccaacgagagtgcctccaagt 679  Q
    ||||||||||| |||||||||  ||| ||| |||| ||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||  |  |||   ||  |||    
T  29236 ggtaacattttcccatttataattatcacagtttacgttttgaagtgctaaccagttaacactaccattcacgaatggtccattgcaagt---tcgtagt 29332  T
Q  680 agaattggaaaatcagggcaagcaatagtctttctccaacaactatctcccatgcaatgaaccctcccctcc 751  Q
    ||||||||||||  ||||||| |   ||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||||    
T  29333 agaattggaaaagtagggcaatcgggagtctttctccaacaactatcactcatacaatgaactctcccctcc 29404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0128; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 116 - 242
Target Start/End: Original strand, 33781 - 33907
Alignment:
Q  116 atagaagcttaatgtggaagaggatggggcaaaaccaagctcttcatatgttcatcagcataccaaatttggttgtcaagaagttcaatatgttcagctt 215  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||   |||||||||||| ||   |||||||||||||| | |||||  || |  || | ||     
T  33781 ataggagcttaatgtggatgaggacgaggcaaaaccaagctacgcatatgttcatcggccgcccaaatttggttgttaggaagtcgaagaaattgaacta 33880  T
Q  216 tatcatctctcctattatacataataa 242  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||    
T  33881 tatcatctctccgattatacataataa 33907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 128; Significance: 9e-66; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 354 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 3837980 - 3837593
Alignment:
Q  354 catagctaacattcaccaatcgagtccaagactcttgaactccaaactctctcatttcccacaaaacaaaataggttctcatgtggacataataaaggca 453  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||  ||    
T  3837980 catagctaacattcaccaactgagtccaagactcttgaactccaaactctttcatttcccacaaaacaaaatgggttctcatgtggttataataaaaaca 3837881  T
Q  454 caaacgatccctcaaaacaacaagagttggttcatctttgggcacttcaacaaaaccatcaggtaacatcatatacttacacgcctccatccgcatatca 553  Q
    ||| | | | ||||||||| ||||  ||  |  ||||| || |||| |      | |||| || ||||  ||||||||||| |||||| | |||| ||||    
T  3837880 caagcaacctctcaaaacagcaagttttaatagatcttgggacactacggttgtagcatctggcaacaaaatatacttacatgcctcctttcgcaaatca 3837781  T
Q  554 aacgataaaatcactaattggttgatggtaacatttttccatttatacatatgacaatttatgttgtgacgtgctaaccaattaacactaccattcacgg 653  Q
    | ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||| |||   | |||||| ||||||||||||||||||     
T  3837780 agcgaaaaaatcaataactggttgatggtaacattttccctttcatacaaatgacaatttaagttatgatacgttaaccagttaacactaccattcacga 3837681  T
Q  654 atggtccaacgagagtgcctccaagtagaattggaaaatcagggcaagcaatagtctttctccaacaactatctcccatgcaatgaac 741  Q
    |||||||||||| ||| | |   |||| ||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  3837680 atggtccaacgatagtcctttgtagtaaaattggaaaatcatggcaagcaagagtatttctccaagaactatcgcccatgcaatgaac 3837593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 22 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 3838304 - 3838134
Alignment:
Q  22 aaactatctattgaaaacacaattaaggaaccattaatagtcatcacactacttgcacgacctaacataaattca-aaatacaaacagttgttgcataga 120  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||| ||||||| |||||  ||||  | |  ||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||      
T  3838304 aaactatctaaggaaaacataattaaagaaccatcaatagatatcatgccaaatgcaaaacctaacataaattcagaaaaacaaacagttgttgcatacg 3838205  T
Q  121 agcttaatgtggaagaggatggggcaaaaccaagctcttcatatgttcatcagcataccaaatttggttgt 191  Q
    || |||||||||| |||||   |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | |||||||||||    
T  3838204 agattaatgtggatgaggacaaggcaaaaccaagctctgcatatgttcctcagcataacgaatttggttgt 3838134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0267 (Bit Score: 124; Significance: 2e-63; HSPs: 2)
Name: scaffold0267
Description:

Target: scaffold0267; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 350 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 13465 - 13074
Alignment:
Q  350 tgaacatagctaacattcaccaatcgagtccaagactcttgaactccaaactctctcatttcccacaaaacaaaataggttctcatgtggacataataaa 449  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||    
T  13465 tgaacatagctaacattcaccaactgagtccaagactcttgaactccaaactctttcatttcccacaaaacaaaatgggttctcatgtggttataataaa 13366  T
Q  450 ggcacaaacgatccctcaaaacaacaagagttggttcatctttgggcacttcaacaaaaccatcaggtaacatcatatacttacacgcctccatccgcat 549  Q
      ||||| | | ||||||||||| ||||  || ||  ||||| || |||| |      || ||| || ||||  ||||||||||| | |||| | ||||     
T  13365 aacacaagcaacccctcaaaacagcaagttttagtagatcttgggacactacggttgtactatctggcaacaaaatatacttacatgtctcctttcgcaa 13266  T
Q  550 atcaaacgataaaatcactaattggttgatggtaacatttttccatttatacatatgacaatttatgttgtgacgtgctaaccaattaacactaccattc 649  Q
    ||||| ||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||| |||   | |||||| |||||||||||||||    
T  13265 atcaagcgaaaaaatcaataactggttaatggtaacattttccctttcatacaaatgacaatttaagttatgatacgttaaccagttaacactaccattc 13166  T
Q  650 acggatggtccaacgagagtgcctccaagtagaattggaaaatcagggcaagcaatagtctttctccaacaactatctcccatgcaatgaac 741  Q
    |   |||||||||||| ||| | |   |||| ||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  13165 agaaatggtccaacgatagtcctttgtagtaaaattggaaaatcatggcaagcaagagtatttctccaagaactatcgcccatgcaatgaac 13074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0267; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 22 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 13785 - 13615
Alignment:
Q  22 aaactatctattgaaaacacaattaaggaaccattaatagtcatcacactacttgcacgacctaacataaattca-aaatacaaacagttgttgcataga 120  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||| ||||||| |||||  ||||  | |  ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||      
T  13785 aaactatctaaggaaaacataattaaagaaccatcaatagatatcatgccaaatgcacaacctaacataaattcagaaaaacaaacatttgttgcatacg 13686  T
Q  121 agcttaatgtggaagaggatggggcaaaaccaagctcttcatatgttcatcagcataccaaatttggttgt 191  Q
    || |||||||||| |||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  13685 agattaatgtggacgaggacaaggcaaaaccaagctctgcatatgttcatcagcataacgaatttggttgt 13615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 112; Significance: 3e-56; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 493 - 756
Target Start/End: Complemental strand, 29124798 - 29124535
Alignment:
Q  493 gggcacttcaacaaaaccatcaggtaacatcatatacttacacgcctccatccgcatatcaaacgataaaatcactaattggttgatggtaacatttttc 592  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||  |||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||||||| | ||| || | ||   |||||||||||    
T  29124798 gggcatttcaataaaaccattagacaacaacatatacttacatgcctccagccgcatatcaagtgataaaattattaactgatcgacaataacatttttc 29124699  T
Q  593 catttatacatatgacaatttatgttgtgacgtgctaaccaattaacactaccattcacggatggtccaacgagagtgcctccaagtagaattggaaaat 692  Q
     ||| || |||||||||||||| | | |||||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||    |||||||||||||||    
T  29124698 aattcattcatatgacaatttaagctatgacgtgctaactagttaatactaccattcacgaatggtccaacaagagtgccttttggtagaattggaaaat 29124599  T
Q  693 cagggcaagcaatagtctttctccaacaactatctcccatgcaatgaaccctcccctcccattt 756  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  29124598 cagggcaagcaagagtctttctccaacaactttcacccatgcaatgaactctcccttcccattt 29124535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 442 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 31669720 - 31669440
Alignment:
Q  442 ataataaaggcacaaacgatccctcaaaacaacaagagttggttcatctttgggcacttcaacaaaaccatcaggtaacatcatatacttacacgcctcc 541  Q
    ||||||||||||||  |||  ||| |||||| ||||| ||||  ||| || ||||| |||||||||||||| |||   || |||||||||| | | || |    
T  31669720 ataataaaggcacatgcgactccttaaaacatcaagatttggcccattttggggcatttcaacaaaaccattagg---cagcatatacttatatgtcttc 31669624  T
Q  542 atccgcatatcaaacgataaaatcactaattggttgatggtaacatttttccatttatacatatgacaatttatgttgtgacgtgctaaccaattaacac 641  Q
    |||  |||||||| ||||||||| ||||| |||| || | |||||||||   ||| || ||||||  |||||| | | ||| |||||||| | |||| ||    
T  31669623 atcttcatatcaagcgataaaattactaagtggtcgacgataacattttgaaattcattcatatggaaatttaagctatgatgtgctaacaagttaatac 31669524  T
Q  642 taccattcacggatggtccaacgagagtgcctccaagtagaattggaaaatcagggcaagcaatagtctttctccaacaactat 725  Q
    ||||||||||| |||||||||| | || | ||   |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  31669523 taccattcacgaatggtccaacaaaagcgtcttttagtaaaattggaaaatcagggcaagcaaaagtctttctccaacatctat 31669440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 360 - 478
Target Start/End: Original strand, 40794177 - 40794295
Alignment:
Q  360 taacattcaccaatcgagtccaagactcttgaactccaaactctctcatttcccacaaaacaaaataggttctcatgtggacataataaaggcacaaacg 459  Q
    |||||| || ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||   ||||||||||||| |  ||    
T  40794177 taacatccatcaaccgagtccaagattcttgaactccaaactctctcatttcccacaaaacaaaatgtgttctcatgtaatcataataaaggcaaaggcg 40794276  T
Q  460 atccctcaaaacaacaaga 478  Q
    | ||||||||||| |||||    
T  40794277 acccctcaaaacagcaaga 40794295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 357 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 29124973 - 29124849
Alignment:
Q  357 agctaacattcaccaatcgagtccaagactcttgaactccaaactctctcatttcccacaaaacaaaataggttctcatgtggac---ataataaaggca 453  Q
    |||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||| ||||||||| ||| |   ||||||||||||    
T  29124973 agctaatattcaccaagtgggtccaagactcttgaactccaaactctctcattccccacaaagtgaaatgggttctcatctggtcataataataaaggca 29124874  T
Q  454 caaacgatccctcaaaacaacaaga 478  Q
    ||| ||| ||||||||||| |||||    
T  29124873 caatcgacccctcaaaacagcaaga 29124849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 113 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 29125230 - 29125102
Alignment:
Q  113 tgcatagaagcttaatgtggaagaggatggggcaaaaccaagctcttcatatgttcatcagcataccaaatttggttgtcaagaagttcaatatgttcag 212  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||  |||||||| ||  ||||||  ||||||   |     
T  29125230 tgcatagaagcttaatgcggatgaggaagaggcaaaaccaaactctacatatgttcatgagcatacataatttggtggttgagaagtctaatatgactaa 29125131  T
Q  213 ctttatcatctctcctattatacataata 241  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||    
T  29125130 ctctatcatctctcctactatacataata 29125102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 374 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 29126519 - 29126468
Alignment:
Q  374 cgagtccaagactcttgaactccaaactctctcatttcccacaaaacaaaat 425  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||    
T  29126519 cgagtccaagactcttaaactccaaactctctcatttcacccaaaataaaat 29126468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 29126827 - 29126661
Alignment:
Q  16 ataattaaactatctattgaaaacacaattaaggaaccattaatagtcatcacactacttgcacgacctaacataaattcaaaata-caaacagttgttg 114  Q
    ||||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||   | |||||| ||||||| |||||||| || |||  || ||| |||| | ||||  |||||||    
T  29126827 ataatcaaactatttaaggaaaacacaattaaggaatattcaatagttatcacaccacttgcacaacttaatgtatattaaaaaaatcaaattgttgttg 29126728  T
Q  115 catagaagcttaatgtggaagaggatggggcaaaaccaagctcttcatatgttcatcagcataccaaa 182  Q
    |||||||| |||||| ||||   |||| ||||||| |||||| | |||||||||| |  |||||||||    
T  29126727 catagaagtttaatg-ggaatgagatgaggcaaaatcaagctatgcatatgttcaccgacataccaaa 29126661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 560 - 645
Target Start/End: Original strand, 40794307 - 40794392
Alignment:
Q  560 aaaatcactaattggttgatggtaacatttttccatttatacatatgacaatttatgttgtgacgtgctaaccaattaacactacc 645  Q
    |||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||   || ||  |||| ||||||| |||||||| | |||||||||||    
T  40794307 aaaaccactaattgttggatggtaacattttcccatttataatcattactgtttaagttgtgaagtgctaactagttaacactacc 40794392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 82; Significance: 3e-38; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 354 - 743
Target Start/End: Original strand, 20475969 - 20476358
Alignment:
Q  354 catagctaacattcaccaatcgagtccaagactcttgaactccaaactctctcatttcccacaaaacaaaataggttctcatgtggacataataaaggca 453  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |   ||||||||| |||    
T  20475969 catagctaacattcaccaaccgagtccaagactcttgaaccccaaactctctcatttcccacaaaacaaaatgggttctcatataatcataataaaagca 20476068  T
Q  454 caaacgatccctcaaaacaacaagagttggttcatctttgggcacttcaacaaaaccatcaggtaacatcatatacttacacgcctccatccgcatatca 553  Q
     |  |   |||||||||||  |||  |||||||||||| ||| | ||||  |||||||||||| |||| | ||||||| || | |||| |  | | ||||    
T  20476069 taggcagcccctcaaaacagtaagccttggttcatcttcgggaagttcactaaaaccatcaggcaacaacgtatacttgcatgtctccttttgtagatca 20476168  T
Q  554 aacgataaaatcactaattggttgatggtaacatttttccatttatacatatgacaatttatgttgtgacgtgctaaccaattaacactaccattcacgg 653  Q
    |  || |||||  |||| || |||||||||||||||| ||||| |||   |||| | |||  ||||||   ||||||||| |||||| ||||| ||||      
T  20476169 agtgaaaaaatagctaactgattgatggtaacattttcccattcatattcatgaaattttgagttgtgcaatgctaaccagttaacattaccactcacaa 20476268  T
Q  654 atggtccaacgagagtgcctccaagtagaattggaaaatcagggcaagcaatagtctttctccaacaactatctcccatgcaatgaaccc 743  Q
    ||| |||||   || ||    | |||||||||||||||   |||||| | ||| |||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  20476269 atgatccaatctgattgtaatccagtagaattggaaaagtggggcaaactataatcttcctccaacaattatcacccatgcaatgaaccc 20476358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 176
Target Start/End: Original strand, 20475663 - 20475806
Alignment:
Q  34 gaaaacacaattaaggaaccattaatagtcatcacactacttgcacgacctaacataaattca-aaatacaaacagttgttgcatagaagcttaatgtgg 132  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| || | ||  | |||| ||  | |||| ||||||||| ||| | ||| ||||||||||| | |||||||| |||    
T  20475663 gaaaacacaattaagtaaccatcaatcgtaaacatgccacttacataatctaaaataaattcagaaaaataaatagttgttgcattgcagcttaatttgg 20475762  T
Q  133 aagaggatggggcaaaaccaagctcttcatatgttcatcagcat 176  Q
    |  |||| | |||||||||||||||| |||||| |||| |||||    
T  20475763 acaaggacgaggcaaaaccaagctctgcatatgctcatgagcat 20475806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University