View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18528_high_3 (Length: 442)

Name: NF18528_high_3
Description: NF18528
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18528_high_3
NF18528_high_3
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-425)||(7580644-7581068)
chr1 (5-425)||(7100182-7100602)
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (6-372)||(17983660-17984026)
chr5 (6-425)||(30207284-30207703)
chr5 (65-425)||(29872995-29873355)
chr5 (65-425)||(29854132-29854492)
chr5 (65-425)||(30061193-30061553)
chr5 (65-425)||(30750467-30750827)
chr5 (161-425)||(30337450-30337714)
chr5 (65-425)||(30476196-30476556)
chr5 (65-418)||(30400895-30401248)
chr5 (54-425)||(17417518-17417889)
chr5 (5-425)||(30520550-30520970)
chr5 (5-425)||(30560890-30561310)
chr5 (65-401)||(30436634-30436970)
chr5 (161-380)||(30712398-30712617)
chr5 (161-386)||(30484318-30484543)
chr5 (65-425)||(30676213-30676573)
chr5 (65-425)||(30241306-30241666)
chr5 (209-359)||(30330200-30330350)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (54-414)||(25292883-25293243)
chr3 (251-318)||(38939073-38939140)
chr3 (251-289)||(7053009-7053047)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (6-418)||(13617357-13617773)
chr4 (65-425)||(52352780-52353140)
chr4 (161-386)||(20295546-20295771)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (65-386)||(26708153-26708474)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (251-318)||(13378471-13378538)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (254-318)||(9527-9591)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 409; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 7581068 - 7580644
Alignment:
Q  1 caatttattccatttctcatggtctagtccaaattcaaattcttgactttttatccaaacattgtccaaaaccagcaaacatctttttccttgcatcatt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  7581068 caatttattccatttctcatggtctagtccaaattcaaattcttgactttttatccaaacatcgtccaaaaccagcaaacgtctttttccttgcaacatt 7580969  T
Q  101 tcttgcacctttctttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaata 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7580968 tcttgcacctttctttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgaccgagaata 7580869  T
Q  201 cctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7580868 cctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaa 7580769  T
Q  301 accaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcctctctttatcatcttctcgtccaaacaccttt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7580768 accaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcctctctttatcatcttctcgtccaaacaccttt 7580669  T
Q  401 ggttcggcaataatggagctggttt 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  7580668 ggttcggcaataatggagctggttt 7580644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 5 - 425
Target Start/End: Original strand, 7100182 - 7100602
Alignment:
Q  5 ttattccatttctcatggtctagtccaaattcaaattcttgactttttatccaaacattgtccaaaaccagcaaacatctttttccttgcatcatttctt 104  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| | ||||  |||| ||||  |||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||    
T  7100182 ttattccatttctcttggtttagtccgaattcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttctt 7100281  T
Q  105 gcacctttctttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctc 204  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7100282 gcacttttctttgtattacatctaactccattgaatcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctc 7100381  T
Q  205 tgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaacca 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7100382 tgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtcactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagagttgtttttccaacaccacctaaaccg 7100481  T
Q  305 acaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttggtt 404  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7100482 acaatgggatagacggataggaagtcagagtcctttgcttgggtgagaagaaactcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaacatctttggtt 7100581  T
Q  405 cggcaataatggagctggttt 425  Q
    | ||||||| |||||||||||    
T  7100582 cagcaataaaggagctggttt 7100602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 6 - 372
Target Start/End: Original strand, 17983660 - 17984026
Alignment:
Q  6 tattccatttctcatggtctagtccaaattcaaattcttgactttttatccaaacattgtccaaaaccagcaaacatctttttccttgcatcatttcttg 105  Q
    ||||||| ||||  |||| || ||| ||||||||||||| ||||||  |||| |||| ||| ||||||| ||| |||||||| | ||||| |||||||||    
T  17983660 tattccacttcttttggtttaatccgaattcaaattcttcacttttgttccacacatcgtcgaaaaccaacaagcatcttttacgttgcaacatttcttg 17983759  T
Q  106 cacctttctttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctct 205  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| | || |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||| |    
T  17983760 cacctttctttgtattacctctaaacctatttcatcaaatttttgttctgtcatggattctataacggaacacaaaattcccttgactgagaaaaccttt 17983859  T
Q  206 gaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaa 305  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| | | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17983860 gaaacccaaacccaaatttttgttttgaaaatttcactcacgttatcatcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaacccaa 17983959  T
Q  306 caattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcctctc 372  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17983960 caatgggatagacggaaaggaagtcagagaacctcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcttctc 17984026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 6 - 425
Target Start/End: Original strand, 30207284 - 30207703
Alignment:
Q  6 tattccatttctcatggtctagtccaaattcaaattcttgactttttatccaaacattgtccaaaaccagcaaacatctttttccttgcatcatttcttg 105  Q
    ||||||||||||| |||  || ||| ||||| ||||  ||| ||||  |||| ||||  ||||||| ||||||| || |||| ||||||| || ||| ||    
T  30207284 tattccatttctcttggcttaatccgaattccaattgctgatttttgttccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttaccttgcagcaattcctg 30207383  T
Q  106 cacctttctttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctct 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||   |   | ||| |||||| | |||| || |||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||   |||     
T  30207384 cacctttctttgtattacatctaaattgaagccgtcatacttctctcttgtgatagattctataatggagcacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcg 30207483  T
Q  206 gaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaa 305  Q
    |||||||||||||| |||||||| || ||||||  |||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30207484 gaaacacaaacccatatttttgtattaaaattgctactcaccctagcatcattgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaa 30207583  T
Q  306 caattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttggttc 405  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  30207584 caatgggatagacggaaaggaagtcggagtccctcgcttgggtgagaagaaactcgataatcttctctttatcatcttctcgcccaaatacttttggttc 30207683  T
Q  406 ggcaataatggagctggttt 425  Q
     |||||||| ||||| ||||    
T  30207684 agcaataatagagctagttt 30207703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 65 - 425
Target Start/End: Original strand, 29872995 - 29873355
Alignment:
Q  65 tccaaaaccagcaaacatctttttccttgcatcatttcttgcacctttctttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggatt 164  Q
    |||||||| |||||| || |||| ||||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||  | |   || ||||||||| | |||| || ||||    
T  29872995 tccaaaacgagcaaatattttttaccttgcagcacttcttgcacctttctttccattacatctaattcgaagtcagcacacttctctcttgtgatagatt 29873094  T
Q  165 ctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagac 264  Q
    |||||||||||||  |||||| |||||| |||||   ||| ||||||||||||||||| ||| | |  ||||||  |||||||||| |||| ||||||||    
T  29873095 ctataatggaacaacaaatcctcttgacagagaaagtctcagaaacacaaacccaaatatttttgtcaaaattgccactcaccctaacatcattgtagac 29873194  T
Q  265 caattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaaca 364  Q
    ||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29873195 caattgaacgagagttgtttttccaataccacctaaaccaacaatgggatagacggaaaggaagtcagagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaaca 29873294  T
Q  365 atcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttggttcggcaataatggagctggttt 425  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  29873295 atcttttctttatcatcttctcgtccaaatacttttggttcaacaataatggagctggttt 29873355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 65 - 425
Target Start/End: Original strand, 29854132 - 29854492
Alignment:
Q  65 tccaaaaccagcaaacatctttttccttgcatcatttcttgcacctttctttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggatt 164  Q
    ||||||||||||||| || |||| ||||||| || |||||||||| ||||||  | |||||||||| | |   || || |||||| | |||| || ||||    
T  29854132 tccaaaaccagcaaatatattttaccttgcaacaattcttgcacccttctttccaatacatctaaatcaaagtcagcagacttctctcttgtgatagatt 29854231  T
Q  165 ctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagac 264  Q
    ||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||    || ||||| ||||||||||||||| | |  ||||||  |||||||||| |||| ||||||||    
T  29854232 ctacaatagaacacaaaattctcttgactgagaaagtttcagaaacgcaaacccaaatttttttatcaaaattgccactcaccctaacatcattgtagac 29854331  T
Q  265 caattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaaca 364  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29854332 caattgaagaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaaaaatgggatagacggaaaggaagtctgagtccctcgtttgggtgagaagaaactcaaca 29854431  T
Q  365 atcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttggttcggcaataatggagctggttt 425  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  29854432 atcttttctttatcatcttctcgtccaaacacttttggttcagcaataatggagctggttt 29854492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 65 - 425
Target Start/End: Original strand, 30061193 - 30061553
Alignment:
Q  65 tccaaaaccagcaaacatctttttccttgcatcatttcttgcacctttctttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggatt 164  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||| || | ||||||||| |||||  |||||| |  || | |   ||  ||||||||||  ||| || ||||    
T  30061193 tccaaaaccagcaaatatcttttcccttgcaacaatccttgcacctctctttccattacagcataatcaaagtcaggacacttctgtaatgtgatagatt 30061292  T
Q  165 ctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagac 264  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| || |||||   ||| ||||||||||||||||||||| |||  ||||||  |||||||||| |||| ||||||||    
T  30061293 ctataatagaacacaaaatcctctttaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttttttcaaaattgccactcaccctaacatcattgtagac 30061392  T
Q  265 caattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaaca 364  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30061393 caattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtcccttgcttgggtgagaagaaactcaaca 30061492  T
Q  365 atcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttggttcggcaataatggagctggttt 425  Q
    ||| | ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||    
T  30061493 atcttttctttatcaacttctcgtccaaacacttttggttcagcaataatggagccggttt 30061553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 65 - 425
Target Start/End: Original strand, 30750467 - 30750827
Alignment:
Q  65 tccaaaaccagcaaacatctttttccttgcatcatttcttgcacctttctttgtattacatctaaacccattg-catcacacttctgttttgtcatggat 163  Q
    |||||||||| |||| ||||||| ||||||| || | |||||||||||||||  |||||| | | || ||  | ||  |||||||| |  ||| || |||    
T  30750467 tccaaaaccaacaaatatcttttcccttgcaacaatccttgcacctttctttccattacagc-atactcaaagtcaggacacttctctaatgtgatagat 30750565  T
Q  164 tctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtaga 263  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| || |||||   ||| ||||||||||||||||||||| |||  ||||||| |||||||||| |||| |||||||    
T  30750566 tctataatagaacacaaaatcctctttaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttttttcaaaattgtcactcaccctaacatcattgtaga 30750665  T
Q  264 ccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaac 363  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  30750666 ccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtcccttgcttgggtgagaagaaactcagc 30750765  T
Q  364 aatcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttggttcggcaataatggagctggttt 425  Q
    |||| | ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||    
T  30750766 aatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacttttggttcagcaataatggagccggttt 30750827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 161 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 30337714 - 30337450
Alignment:
Q  161 gattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgt 260  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||   ||| ||||||||||||||||||||| |||  ||||||  |||||||||| |||| ||||    
T  30337714 gattctataatagaacacaaaatcctctttaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttttttcaaaattgccactcaccctaacatcattgt 30337615  T
Q  261 agaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactc 360  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30337614 agaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaagaaactc 30337515  T
Q  361 aacaatcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttggttcggcaataatggagctggttt 425  Q
    ||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||    
T  30337514 aacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacttttggttcagcaataatggagccggttt 30337450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 65 - 425
Target Start/End: Original strand, 30476196 - 30476556
Alignment:
Q  65 tccaaaaccagcaaacatctttttccttgcatcatttcttgcacctttctttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggatt 164  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||  | |||| |  | ||||||||||||||||||||| |||  |||||| |||| | |||||| || ||||    
T  30476196 tccaaaaccagcaaaaatcttttaccttgcaatagttctcgtgcttttctttgtattacatctaaatccaaggcatcaaacttgtcttttgtgatagatt 30476295  T
Q  165 ctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagac 264  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| |||||   ||| |||||||||| ||||| |||||| || ||||||  ||| ||||||| ||| ||||||||    
T  30476296 ctataatggaacacaaaatccttttgacagagaaagtctccgaaacacaaatccaaacttttgtattaaaattgctacttaccctatgatcattgtagac 30476395  T
Q  265 caattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaaca 364  Q
    || ||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||| ||| |||||||| ||  |   ||||||||||||||||||||| |||    
T  30476396 catttgagcaagtgttgttttaccaacaccacctaggccaacaataggatagatggataggaagtcagatacttgcgcttgggtgagaagaaactcgaca 30476495  T
Q  365 atcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttggttcggcaataatggagctggttt 425  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||    
T  30476496 atcctctctctatcatctactcgtccaaacactttgggttcagcaataatggagcttgttt 30476556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 65 - 418
Target Start/End: Original strand, 30400895 - 30401248
Alignment:
Q  65 tccaaaaccagcaaacatctttttccttgcatcatttcttgcacctttctttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggatt 164  Q
    ||||||| ||||||| || || | ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||||||||  ||| |  ||| ||  |||    
T  30400895 tccaaaatcagcaaatatattctcccttgcaacaattcttgcacctttctttgtattacatctgaatccaaggcatcacatatctctcctgtaatatatt 30400994  T
Q  165 ctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagac 264  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||| |||||   ||| |||||||||||||||  | || | |  |||| ||  ||||||||| |||| ||||||||    
T  30400995 ctataatagaacacaaaatcctcttgacagagaaagtctcggaaacacaaacccaagatcttatgtcaaaatagtccctcaccctaacatcattgtagac 30401094  T
Q  265 caattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaaca 364  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  30401095 caattgaacaagagttgttttaccaataccacctaaaccaacaatggggtagacggaaaggaagtcagagtccctcgcatgggtgagaagaaactcaaaa 30401194  T
Q  365 atcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttggttcggcaataatggag 418  Q
    ||| | ||||||||||||| |||||||||||| | |||||  ||||||||||||    
T  30401195 atcttttctttatcatcttttcgtccaaacacttctggtttagcaataatggag 30401248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 54 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 17417889 - 17417518
Alignment:
Q  54 tccaaacattgtccaaaaccagcaaacatctttttccttgcatcatttcttgcacctttctttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttt 153  Q
    |||| |||| |||||||||||| ||| ||||||| |||| ||  | ||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||  |||||||||||          
T  17417889 tccacacatcgtccaaaaccagaaaatatcttttacctttcaatagttctttcacctttcttagtaatacatctaaatccaaggcatcacactttccacc 17417790  T
Q  154 tgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatca 253  Q
    | | || |||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||  | || |||||||||| |||||||||||| || ||||||  |||||||||| ||    
T  17417789 tattatagattctatgatggaacacaaaatcctcttgattgagaaagcatcagaaacacaaatccaaatttttgtattaaaattgctactcaccctaaca 17417690  T
Q  254 tcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaa 353  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| ||||| || |||||||| |||||||  ||  | ||||| ||||||||||| |    
T  17417689 tcattgtagaccaattgagctagagttgttttaccaataccacctaacccaactatgggatagactgaaaggatttcacaatcccttgcttgggtgagca 17417590  T
Q  354 gaaactcaacaatcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttggttcggcaataatggagctggttt 425  Q
    |||||||||||||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  17417589 gaaactcaacaatcttctttgtatcatcttcccgtccaaacacctttggttcagcaataaaggagctggttt 17417518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 5 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 30520970 - 30520550
Alignment:
Q  5 ttattccatttctcatggtctagtccaaattcaaattcttgactttttatccaaacattgtccaaaaccagcaaacatctttttccttgcatcatttctt 104  Q
    |||||||||||||| |||  || ||||||||| | ||||||| || |  |||| ||||  |||||||| |||||| ||||||| |||| || || |||||    
T  30520970 ttattccatttctcttggcttaatccaaattccagttcttgatttctgttccacacatcatccaaaacaagcaaatatcttttaccttccaacaattctt 30520871  T
Q  105 gcacctttctttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctc 204  Q
    |||| | || |||||| ||||||||| | |  ||||||||||| | | |||  |  ||||||||||| | |||||||||    || || |||||  ||||    
T  30520870 gcacttgtcgttgtataacatctaaatctaaggcatcacacttttctcttgaaaaagattctataatagtacacaaaattttgttaacagagaaagcctc 30520771  T
Q  205 tgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaacca 304  Q
     ||||||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||  | ||| || || || |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||    
T  30520770 agaaacacaaacccaaatttttgtatcaaaattgtcactcacccggtgatcattataaactaattgagcaagagttgttttcccaataccacctaagcca 30520671  T
Q  305 acaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttggtt 404  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||| ||| || | |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| | || |||||||    
T  30520670 acaattggatagatggaaaggaggtcagagccctttgcttgggtgagaagaaactcgacaatcttctctttatcatcttctcgaccatatacttttggtt 30520571  T
Q  405 cggcaataatggagctggttt 425  Q
    | |||||||| ||||| ||||    
T  30520570 cagcaataatagagctagttt 30520550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 5 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 30561310 - 30560890
Alignment:
Q  5 ttattccatttctcatggtctagtccaaattcaaattcttgactttttatccaaacattgtccaaaaccagcaaacatctttttccttgcatcatttctt 104  Q
    |||||||||||||| |||  || ||||||||| | ||||||| || |  |||| ||||  |||||||| |||||| ||||||| |||| || || |||||    
T  30561310 ttattccatttctcttggcttaatccaaattccagttcttgatttctgttccacacatcatccaaaacaagcaaatatcttttaccttccaacaattctt 30561211  T
Q  105 gcacctttctttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctc 204  Q
    |||| | || |||||| ||||||||| | |  ||||||||||| | | |||  |  ||||||||||| | |||||||||    || || |||||  ||||    
T  30561210 gcacttgtcgttgtataacatctaaatctaaggcatcacacttttctcttgaaaaagattctataatagtacacaaaattttgttaacagagaaagcctc 30561111  T
Q  205 tgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaacca 304  Q
     ||||||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||  | ||| || || || |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||    
T  30561110 agaaacacaaacccaaatttttgtatcaaaattgtcactcacccggtgatcattataaactaattgagcaagagttgttttcccaataccacctaagcca 30561011  T
Q  305 acaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttggtt 404  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||| ||| || | |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| | || |||||||    
T  30561010 acaattggatagatggaaaggaggtcagagccctttgcttgggtgagaagaaactcgacaatcttctctttatcatcttctcgaccatatacttttggtt 30560911  T
Q  405 cggcaataatggagctggttt 425  Q
    | |||||||| ||||| ||||    
T  30560910 cagcaataatagagctagttt 30560890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 65 - 401
Target Start/End: Original strand, 30436634 - 30436970
Alignment:
Q  65 tccaaaaccagcaaacatctttttccttgcatcatttcttgcacctttctttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggatt 164  Q
    ||||||| ||||||| || |||| ||||||| || | |||||||||||||||  |||||||||||| | |   || ||||||||| | |||| || ||||    
T  30436634 tccaaaatcagcaaatatattttcccttgcaacaatccttgcacctttctttccattacatctaaatcaaagtcagcacacttctctcttgtgatagatt 30436733  T
Q  165 ctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagac 264  Q
    ||||||| |||||||||||||  ||||| |||||   ||| ||||||||||||||||||||| | |  |||||| ||||||||||| |||| |||||||     
T  30436734 ctataatagaacacaaaatccttttgaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttttatcaaaattgcgactcaccctaacatcattgtagat 30436833  T
Q  265 caattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaaca 364  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||| ||||  ||||| |||||| ||||  |||| ||||||||||  |||    
T  30436834 caattgaacaagagttgtttttccaataccacctaaaccaacaacgggatagacagaaataaagtcagagtccttcgcaagggtaagaagaaactggaca 30436933  T
Q  365 atcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttg 401  Q
    ||| | ||||||||||| |||| ||| ||||| ||||    
T  30436934 atcttttctttatcatcgtctcttcctaacacttttg 30436970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 161 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 30712617 - 30712398
Alignment:
Q  161 gattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgt 260  Q
    |||||||||||  |||||||||||| |||||| |||||   ||| |||||||||||||||| |||| | |  |||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  30712617 gattctataatacaacacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaaattttttatcaaaattgcgactcaccctaacatcattgt 30712518  T
Q  261 agaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactc 360  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||| |||| |||||||||||||||||    
T  30712517 agatcaattgaacaagagttgtttttccaataccacctaaaccaacaatgggatagacagaaatgaagtcagagtccttcgcatgggtgagaagaaactc 30712418  T
Q  361 aacaatcctctctttatcat 380  Q
     |||||| | ||||||||||    
T  30712417 gacaatcttttctttatcat 30712398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 161 - 386
Target Start/End: Original strand, 30484318 - 30484543
Alignment:
Q  161 gattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgt 260  Q
    |||||||||||  |||||||||||| |||||| |||||   ||| ||||||||||||||||||||| | |  |||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  30484318 gattctataatacaacacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttttatcaaaattgcgactcaccctaacatcattgt 30484417  T
Q  261 agaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactc 360  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||  |||||| |||| | |||||||||||||||    
T  30484418 agatcaattgaacaagagttgtttttccaataccacctaaaccaacaatgggatagacagaaatgaagttagagtccttcgcataggtgagaagaaactc 30484517  T
Q  361 aacaatcctctctttatcatcttctc 386  Q
     |||||| | ||||||||||| ||||    
T  30484518 gacaatcttttctttatcatcgtctc 30484543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 65 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 30676573 - 30676213
Alignment:
Q  65 tccaaaaccagcaaacatctttttccttgcatcatttcttgcacctttctttgtattacatctaaacccattg-catcacacttctgttttgtcatggat 163  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||| || | |||||||||||| ||  |||||| | | || ||  | ||  |||||||| |  ||| || |||    
T  30676573 tccaaaaccagcaaatatcttttcccttgcaacaatccttgcacctttccttccattacagc-atactcaaagtcaggacacttctctaatgtgatagat 30676475  T
Q  164 tctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtaga 263  Q
    || | ||| ||||||||||||| |||||| |||||   ||| |||||||||||||||| |||| | |  |||| |  |||||||||| |||| ||| |||    
T  30676474 tcgaaaatagaacacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaacttttttatcaaaatggccactcaccctaacatcattgaaga 30676375  T
Q  264 ccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaac 363  Q
     ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||| |||| |||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| ||    
T  30676374 tcaattgaacaagagttgtttttccaataccacctaaaccaaaaatgggatagacagaaatgaagtcagagtccttcgcatgggtgagaagaaactcgac 30676275  T
Q  364 aatcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttggttcggcaataatggagctggttt 425  Q
    |||| | |||| |||| |||||||||||||||| |||| ||| |||||||| |||| |||||    
T  30676274 aatcttttcttgatcaacttctcgtccaaacacttttgattcagcaataattgagccggttt 30676213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 65 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 30241666 - 30241306
Alignment:
Q  65 tccaaaaccagcaaacatctttttccttgcatcatttcttgcacctttctttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggatt 164  Q
    |||||||| |||||| || |||| ||||| | || ||| ||||||||| | ||| |||||| |||| | |   ||||| |||||| || ||| ||  |||    
T  30241666 tccaaaactagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcacctttttctgtgttacatttaaatcaaagccatcatacttcttttctgtgataaatt 30241567  T
Q  165 ctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagac 264  Q
     ||||||||||||||||||||  ||||| |||||   ||| |||||||||||||||| ||| || || ||||||  ||||||  || |||| ||||||||    
T  30241566 gtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacacaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatcattgtagac 30241467  T
Q  265 caattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaaca 364  Q
    | |||||  |||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||  ||||||| |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||  | |    
T  30241466 cgattgaagaagagtggtttttccaagaccacctaacccaaaaacgggatagatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaagaaactggata 30241367  T
Q  365 atcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttggttcggcaataatggagctggttt 425  Q
    ||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||||| | ||||||||    
T  30241366 atcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttttggttcagtaataatagcgctggttt 30241306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 209 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 30330350 - 30330200
Alignment:
Q  209 acacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaa 308  Q
    ||||||||||||||| || | || |||||   ||||||||||  ||| | || || |||| || ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |    
T  30330350 acacaaacccaaattattatattaaaatttccactcaccctaatatcatcgtggatcaatcgaacaatagttgtttttccaatacctcctaaaccaacta 30330251  T
Q  309 ttggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaact 359  Q
    | ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  30330250 tgggatagatggaaaggaagtcagtgtccctcgcttgggtgagaagaaact 30330200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 54 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 25293243 - 25292883
Alignment:
Q  54 tccaaacattgtccaaaaccagcaaacatctttttccttgcatcatttcttgcacctttctttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttt 153  Q
    |||| |||| ||||||||  |||||| || |||| |||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||| | |  ||||||||||||| | |    
T  25293243 tccacacatcgtccaaaataagcaaatatattttaccttgcaatagttcttacacctttctttgtattacatctaaatcaaaggcatcacacttctctct 25293144  T
Q  154 tgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatca 253  Q
     || || ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||   ||| ||||||||||||||||||||||| || ||| ||  |||||||||| ||    
T  25293143 agtgatagattctataatggaacacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttgtattaaaagtgctactcaccctaaca 25293044  T
Q  254 tcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaa 353  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  25293043 tcattgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaatgggatggacggaaaggaagtcagagtcccttgcttgggtaagaa 25292944  T
Q  354 gaaactcaacaatcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttggttcggcaataat 414  Q
    ||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  25292943 gaaactcgacagtcttctctttatcatcttctcgtccaaatacttttggttcggcaataat 25292883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 251 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 38939140 - 38939073
Alignment:
Q  251 tcatcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagac 318  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||| ||||||||| | ||||||    
T  38939140 tcattgttgtagaccaattgagcaagtgttgtttttccatatccacctagaccaacaatggaatagac 38939073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 251 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 7053047 - 7053009
Alignment:
Q  251 tcatcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttcca 289  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7053047 tcatcgttatagaccaattgagcaagtgttgtttttcca 7053009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 183; Significance: 8e-99; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 183; E-Value: 8e-99
Query Start/End: Original strand, 6 - 418
Target Start/End: Original strand, 13617357 - 13617773
Alignment:
Q  6 tattccatttctcatggtctagtccaaattcaaattcttgactttttatccaaacattgtccaaaaccagcaaacatctttttc--cttgcatcatttct 103  Q
    |||||||||||| |||||||| ||  |||||||| |||||||||||  ||||||| | ||||||||| |||||| ||||||| |  |||||| |||||||    
T  13617357 tattccatttcttatggtctattctgaattcaaactcttgacttttgttccaaacgtcgtccaaaacaagcaaaaatcttttacaccttgcagcatttct 13617456  T
Q  104 tgcacctttctttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacct 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | || || |||||| ||||    
T  13617457 tgcacctttctttgtattacatctaaatatgttgcatcacacttctgttttgtcatggattctataatggaaagcaaaattctctagattgagaaaacct 13617556  T
Q  204 ctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagaccaattgagcaagag--ttgtttttccaacaccacctaaa 301  Q
    || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||| || ||||| | ||||||| |||  || ||||| ||||||||||||||    
T  13617557 ctaaaatacatacccaaatttttgttttgaaattgtcacccaccttatcatcattttagacaatttgagcaggagttttttttttgcaacaccacctaaa 13617656  T
Q  302 ccaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttg 401  Q
    |||||||| |||||| | ||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  13617657 ccaacaatgggatagtcagaaagaaagtcagaggccctcacttgggtgagatgaaacctaacaatcttctctttattatcttatcgtccaaacacctttg 13617756  T
Q  402 gttcggcaataatggag 418  Q
     ||| |||||| |||||    
T  13617757 attcagcaatagtggag 13617773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 65 - 425
Target Start/End: Original strand, 52352780 - 52353140
Alignment:
Q  65 tccaaaaccagcaaacatctttttccttgcatcatttcttgcacctttctttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggatt 164  Q
    |||||||||| |||| ||||||| ||||||| || ||||||| |  |||||||||| ||||||||| | |   |||||||||| | | |||| || ||||    
T  52352780 tccaaaaccaacaaatatcttttaccttgcaacaattcttgcgctcttctttgtatcacatctaaatctaagccatcacacttttctcttgtaatagatt 52352879  T
Q  165 ctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagac 264  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||| | |  || || | |||||| ||| |||| ||||||||    
T  52352880 ctataatggaacacaaaatcctattgacagagaaatcctcagaaacacaaacccaaatttttctatgaaattttttactcactctaacatcattgtagac 52352979  T
Q  265 caattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaaca 364  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||   |||||||||  | |  |||||||||||||||||||||||  ||    
T  52352980 caattgaacaagagttgttttaccaacaccacctaaaccaacaataggatacacaacaaggaagtcaaacttactcgcttgggtgagaagaaactcggca 52353079  T
Q  365 atcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttggttcggcaataatggagctggttt 425  Q
    ||| |||||||||| ||||  |||||||| |  || ||||| | || ||||||||||||||    
T  52353080 atcttctctttatcttctttccgtccaaagattttcggttcagtaaaaatggagctggttt 52353140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 161 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 20295771 - 20295546
Alignment:
Q  161 gattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgt 260  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| || ||  |||||   ||| |||||||||||||||||| || | |  ||||||  |||||| | |||||| ||||    
T  20295771 gattctataatagaacgcaaaatcctctcgaaggagaaagtctcagaaacacaaacccaaattcttttatcaaaattgccactcacgcgatcatcattgt 20295672  T
Q  261 agaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactc 360  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||| |||| |||||||||||||||||    
T  20295671 agactaattgaacaagagttgtttttccaataccacctaaaccaacaatgggatagacagaaatgaagtcagagtccttcgcatgggtgagaagaaactc 20295572  T
Q  361 aacaatcctctctttatcatcttctc 386  Q
     |||||| | | ||||||||| ||||    
T  20295571 gacaatcttttttttatcatcgtctc 20295546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 126; Significance: 8e-65; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 65 - 386
Target Start/End: Original strand, 26708153 - 26708474
Alignment:
Q  65 tccaaaaccagcaaacatctttttccttgcatcatttcttgcacctttctttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggatt 164  Q
    ||||||| ||||||| || |||| ||||||| || | |||||||||||||||  |||||||||||  | |   ||  |||||||| |  ||| || ||||    
T  26708153 tccaaaatcagcaaatatattttcccttgcaacaatccttgcacctttctttccattacatctaactcaaagtcaggacacttctctaatgtgatagatt 26708252  T
Q  165 ctataatggaacacaaaatccccttgactgagaatacctctgaaacacaaacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagac 264  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||| | |  ||||||| |||||||||| ||||||||||||     
T  26708253 ctataatagaacacaaaatcctcttgactgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttttatcaaaattgtcactcaccctaacatcgttgtagat 26708352  T
Q  265 caattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctcgcttgggtgagaagaaactcaaca 364  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| |||| |||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| |||    
T  26708353 caactgaacaagagttgtttttccaataccacctaagccaacaatgggatagacagaaatgaagtcagagtccttcgcatgggtgagaagaaactcgaca 26708452  T
Q  365 atcctctctttatcatcttctc 386  Q
    ||| | ||||||||||| ||||    
T  26708453 atcttttctttatcatcgtctc 26708474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 251 - 318
Target Start/End: Original strand, 13378471 - 13378538
Alignment:
Q  251 tcatcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagac 318  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||   |||||||  |||||||| | ||||||    
T  13378471 tcatcgttgtacaccaattgagcaagtgttgtttttccatatccacctaggccaacaatggaatagac 13378538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 254 - 318
Target Start/End: Original strand, 9527 - 9591
Alignment:
Q  254 tcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagac 318  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||   |||||||  |||||||| | ||||||    
T  9527 tcgttgtaaaccaattgagcaagtgttgtttttccatatccacctaggccaacaatggaatagac 9591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University