View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1852_low_4 (Length: 601)

Name: NF1852_low_4
Description: NF1852
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1852_low_4
NF1852_low_4
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (1-584)||(28331350-28331932)
chr7 (60-584)||(28320871-28321395)
chr7 (68-584)||(28296809-28297325)
chr7 (68-583)||(28310298-28310813)
chr7 (92-584)||(28287912-28288404)
chr7 (197-329)||(28336389-28336523)
chr7 (514-586)||(28304692-28304765)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 28331932 - 28331350
Alignment:
Q  1 ccaatggaaaggggaaaagcgatgaagatataaaccacctccctcaaaaacaaaatagccatgaaccaccaaacacttctactagtggttacctttgcaa 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331932 ccaatggaaagggcaaaagcgat-aagatataaactacctccctcaaaaacaaaatagccatgaaccaccaaacacttctactagtggttacctttgcaa 28331834  T
Q  101 gtgcaagcattctcatctttattcttagaaaagttaaacaaacccaaaattccactaagcttccaccagggccaaacccatttcccataattggaaacat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331833 gtgcaagcattctcatctttattattagaaaagttaaacaaacccaaaattccaccaagcttccaccagggccaaacccatttcccataattggaaacat 28331734  T
Q  201 cttagaacttggcaaaaatccacacaaggcacttacaaaactctcaaaaacctatggaccaatcatgacattaaaactaggaacattaacaaccatagta 300  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331733 cttagaacttggcaaaaacccacacaaggcactcacaaaactctcaaaaacctatggaccaatcatgacattaaaactaggaacattaacaaccatagta 28331634  T
Q  301 atctcatcaccacaactagccaaacaagtgttacaagaaaattcccaaatattctctaatagagtagtctcggatgcaatttgtgcacttgatcatcaca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331633 atctcatcaccacaactagccaaacaagtgttacaagaaaattcccaaatattctctaatagagtagtctcggatgcaatttgtgcacttgatcatcaca 28331534  T
Q  401 aattctcaatagggacacttccaacactagctttgtggaagaaactaaggaaaatttgtgctacacaagtattttctacaaaaatgcttgactcaacaaa 500  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331533 aattctcaataggaacacttccaacattagctttgtggaagaaactaaggaaaatttgtgctacacaagtattttctacaaaaatgcttgactcaacaaa 28331434  T
Q  501 aatccttcgccaacaaaagttgcaagaattattagattatgtgaatgaaaaaagcaacaaaggagaggtttttgatattggtga 584  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28331433 aatccttcgtcaacaaaagttgcaagaattattagattatgtgaatgaaaaaagcaacaaaggagaggtttttgatattggtga 28331350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 60 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 28321395 - 28320871
Alignment:
Q  60 catgaaccaccaaacacttctactagtggttacctttgcaagtgcaagcattctcatctttattcttagaaaagttaaacaaacccaaaattccactaag 159  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||| || |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||   || |||||||||||||| |||||     
T  28321395 catggaccatcaaacacttctactagtgatttcctttgtaagtgcaaccattctcatcttcattcttagaaaatcaaaccaaacccaaaattctactaaa 28321296  T
Q  160 cttccaccagggccaaacccatttcccataattggaaacatcttagaacttggcaaaaatccacacaaggcacttacaaaactctcaaaaacctatggac 259  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||    
T  28321295 cttccaccagggccaaagccacttcccatcattggaaacatcttagaacttggcaaaaatccacacaaggcattaacaaaactctcaaaaatctatggac 28321196  T
Q  260 caatcatgacattaaaactaggaacattaacaaccatagtaatctcatcaccacaactagccaaacaagtgttacaagaaaattcccaaatattctctaa 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || || ||    
T  28321195 caatcatgacattaaaactaggaagcataacaaccatagtgatctcttccccacaagtagccaaacaagttttacatgacaattctcaaatcttttcaaa 28321096  T
Q  360 tagagtagtctcggatgcaatttgtgcacttgatcatcacaaattctcaatagggacacttccaacactagctttgtggaagaaactaaggaaaatttgt 459  Q
    ||||   ||| |  ||||||| | |||| |||||||| ||||||||||| | |||    |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28321095 tagaactgtcccacatgcaatctctgcagttgatcatgacaaattctcagttgggtgggttccaacattaaatttgtggaagaaactaaggaaaagttgt 28320996  T
Q  460 gctacacaagtattttctacaaaaatgcttgactcaacaaaaatccttcgccaacaaaagttgcaagaattattagattatgtgaatgaaaaaagcaaca 559  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28320995 gctacaaaagtattttctacaaaaatgcttgactcaacaagaaaccttcgccaacaaaagttgcaagaattattagattatgtgaatgaaaaaagtaaca 28320896  T
Q  560 aaggagaggtttttgatattggtga 584  Q
    |||| ||||||||||||||||||||    
T  28320895 aaggtgaggtttttgatattggtga 28320871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 68 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 28297325 - 28296809
Alignment:
Q  68 accaaacacttctactagtggttacctttgcaagtgcaagcattctcatctttattcttagaaaagttaaacaaacccaaaattccactaagcttccacc 167  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |    || ||| |||||||||||| |||||||||||| | |  |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  28297325 accaaacacttctactagtgattacctctttgtgtacaaccattctcatcttcattcttagaaaattaatccaaacccaaaattctactaaacttccacc 28297226  T
Q  168 agggccaaacccatttcccataattggaaacatcttagaacttggcaaaaatccacacaaggcacttacaaaactctcaaaaacctatggaccaatcatg 267  Q
    ||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  28297225 agggccatacccacttcccatcataggaaacatcttagaacttggcaaaaacccacataaggcactcacaaaactctcacaaaactatggaccaatcatg 28297126  T
Q  268 acattaaaactaggaacattaacaaccatagtaatctcatcaccacaactagccaaacaagtgttacaagaaaattcccaaatattctctaatagagtag 367  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||   |    
T  28297125 acactaaaactaggaacaataacaaccatagtaatttcatctccacaagtagccaaacaagccttacatgaaaattcccaaatcttctctaatagaactg 28297026  T
Q  368 tctcggatgcaatttgtgcacttgatcatcacaaattctcaatagggacacttccaacactagctttgtggaagaaactaaggaaaatttgtgctacaca 467  Q
    |  |  ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||| |||   ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| |    
T  28297025 ttccacatgcacttagtgcagttgatcatgacaaattctcaattgggtggcttccaacattagctttatggaagaaactaaggaaaagttgtgccacaaa 28296926  T
Q  468 agtattttctacaaaaatgcttgactcaacaaaaatccttcgccaacaaaagttgcaagaattattagattatgtgaatgaaaaaagcaacaaaggagag 567  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28296925 tgtattttctaaaaaaatgcttgactcaacaaaaaaccttcgccaacaaaagttgcaagaattattggattatgtgaatgaaaaaagcaacaaaggtgag 28296826  T
Q  568 gtttttgatattggtga 584  Q
    |||||||||||||||||    
T  28296825 gtttttgatattggtga 28296809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 68 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 28310813 - 28310298
Alignment:
Q  68 accaaacacttctactagtggttacctttgcaagtgcaagcattctcatctttattcttagaaaagttaaacaaacccaaaattccactaagcttccacc 167  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||| |    |||| |||||||||||||| ||| ||| |||| | || ||||| |||||||| || || ||||||||    
T  28310813 accaaacacttctactggtgattacctctttgtgtgcgagcattctcatcttcatttttaaaaaattaaaccaaactcaaaattctacaaaacttccacc 28310714  T
Q  168 agggccaaacccatttcccataattggaaacatcttagaacttggcaaaaatccacacaaggcacttacaaaactctcaaaaacctatggaccaatcatg 267  Q
    ||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||||| | |||||||||||| |||    
T  28310713 agggccaaaaccacttcccatcataggaaacatcttacaacttggcaaaaatccacacaggacactcacaaatctctcaaacatctatggaccaattatg 28310614  T
Q  268 acattaaaactaggaacattaacaaccatagtaatctcatcaccacaactagccaaacaagtgttacaagaaaattcccaaatattctctaatagagtag 367  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||   |    
T  28310613 acactaaaactaggaacattaacaaccatagtaatctcatcacctcaactagccaaacaagttttacatgaaaattctcaaatcttctctaatagaactg 28310514  T
Q  368 tctcggatgcaatttgtgcacttgatcatcacaaattctcaatagggacacttccaacactagctttgtggaagaaactaaggaaaatttgtgctacaca 467  Q
    || |  ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||  ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  28310513 tcccacatgcactttgtgcacttgatcatgacaaattatcaattgggatgcttccaacattagcttcatggaagaaactaaggaaattttgtgctacaaa 28310414  T
Q  468 agtattttctacaaaaatgcttgactcaacaaaaatccttcgccaacaaaagttgcaagaattattagattatgtgaatgaaaaaagcaacaaaggagag 567  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||    
T  28310413 agtattttctacaaaagtacttgactcaacaaaaatccttcgccaacaaaagttgcaagaattattagattatgtgaatgaaaaaagtaagaaaggtgag 28310314  T
Q  568 gtttttgatattggtg 583  Q
     |||||||||||||||    
T  28310313 atttttgatattggtg 28310298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 92 - 584
Target Start/End: Original strand, 28287912 - 28288404
Alignment:
Q  92 cctttgcaagtgcaagcattctcatctttattcttagaaaagttaaacaaacccaaaattccactaagcttccaccagggccaaacccatttcccataat 191  Q
    |||||| |||||||||||| |||||| | |||||||||||| | || ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||    
T  28287912 cctttgtaagtgcaagcatcctcatcctcattcttagaaaattaaaccaaactcaaaattctacaaaacttccaccagggccaaagccacttcccatcat 28288011  T
Q  192 tggaaacatcttagaacttggcaaaaatccacacaaggcacttacaaaactctcaaaaacctatggaccaatcatgacattaaaactaggaacattaaca 291  Q
     |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | |||| ||||| |||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  28288012 aggaaacatcttacaacttggcaaaaacccacacaggacactcacaaatctctcaaacatctatggaccaattatgacactaaaactaggaacattaaca 28288111  T
Q  292 accatagtaatctcatcaccacaactagccaaacaagtgttacaagaaaattcccaaatattctctaatagagtagtctcggatgcaatttgtgcacttg 391  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||   ||| |  |||||||   ||||||||    
T  28288112 accatagtaatttcatcaccacaattagccaaacaagttttacatgaaaattctcaaatcttctcaaatagaactgtcccacatgcaatacatgcacttg 28288211  T
Q  392 atcatcacaaattctcaatagggacacttccaacactagctttgtggaagaaactaaggaaaatttgtgctacacaagtattttctacaaaaatgcttga 491  Q
    ||||| ||||||||||| | |||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28288212 atcataacaaattctcacttgggtggcttccaacattagctttgtggaagaaactaaggaaaatttgtgctacaaaagtattttctacaaaaatgcttga 28288311  T
Q  492 ctcaacaaaaatccttcgccaacaaaagttgcaagaattattagattatgtgaatgaaaaaagcaacaaaggagaggtttttgatattggtga 584  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| || |||||| |||||||||| || | |||||||||||||||    
T  28288312 ctcaacaaaaaacattcgccaacaaaagttacaagtattattggattatgtaaaggaaaaatgcaacaaaggtgaagcttttgatattggtga 28288404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 197 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 28336523 - 28336389
Alignment:
Q  197 acatcttagaacttggcaaaaatccacacaaggcacttacaaaa---ctctcaaaaacctatggaccaatcatgacattaaaactagg-aacattaacaa 292  Q
    |||||| ||||||| | ||||| ||||||||| |||| ||||||   ||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||     
T  28336523 acatctcagaactttg-aaaaacccacacaagtcactcacaaaaaaactctctaaaatctacggaccaatcatgacactaaaacttggcaacat-aacat 28336426  T
Q  293 ccatagtaatctcatcaccacaactagccaaacaagt 329  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  28336425 ccatagtaatctcatccccacaactaaccaaacaagt 28336389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 514 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 28304765 - 28304692
Alignment:
Q  514 caaaagttgcaagaatta-ttagattatgtgaatgaaaaaagcaacaaaggagaggtttttgatattggtgatg 586  Q
    ||||||||  |||||||| || ||||||||||| |||||| || ||||||| || |||||||||||||||||||    
T  28304765 caaaagttaaaagaattaattggattatgtgaaagaaaaaggctacaaaggtgaagtttttgatattggtgatg 28304692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University