View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18530_low_8 (Length: 300)

Name: NF18530_low_8
Description: NF18530
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18530_low_8
NF18530_low_8
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (6-233)||(11534975-11535204)
chr2 (6-233)||(24193201-24193430)
chr2 (13-202)||(34028678-34028869)
chr2 (6-202)||(20157503-20157701)
chr2 (14-202)||(6289247-6289437)
chr2 (6-197)||(11998169-11998361)
chr2 (25-202)||(45547090-45547269)
chr2 (14-202)||(29941093-29941283)
chr2 (6-183)||(24193689-24193875)
chr2 (71-142)||(45485556-45485629)
chr2 (7-69)||(38822814-38822876)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (6-233)||(36402387-36402616)
chr1 (13-233)||(33243029-33243247)
chr1 (13-233)||(33263202-33263420)
chr1 (13-233)||(10896947-10897169)
chr1 (6-202)||(1928150-1928348)
chr1 (6-199)||(29208895-29209090)
chr1 (14-202)||(45318608-45318798)
chr1 (14-202)||(26882572-26882762)
chr1 (14-200)||(52705541-52705729)
chr1 (6-80)||(9831430-9831504)
chr1 (172-233)||(9832217-9832278)
chr1 (79-165)||(9831779-9831867)
chr1 (83-169)||(45535001-45535089)
chr1 (22-126)||(14555133-14555239)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (6-233)||(6828506-6828736)
chr5 (25-202)||(40410749-40410928)
chr5 (25-183)||(17518588-17518748)
chr5 (6-183)||(10571251-10571430)
chr5 (6-126)||(6902493-6902615)
[»] chr8 (22 HSPs)
chr8 (6-233)||(37567087-37567316)
chr8 (13-233)||(30382389-30382611)
chr8 (25-202)||(4302552-4302733)
chr8 (14-202)||(29260022-29260212)
chr8 (14-202)||(7148188-7148378)
chr8 (14-202)||(40265027-40265217)
chr8 (14-202)||(41386616-41386806)
chr8 (14-202)||(43605110-43605300)
chr8 (6-183)||(8502772-8502951)
chr8 (14-202)||(2112939-2113129)
chr8 (25-202)||(4655206-4655385)
chr8 (25-202)||(28620003-28620182)
chr8 (14-186)||(10802533-10802707)
chr8 (25-202)||(42275131-42275311)
chr8 (14-202)||(41965546-41965734)
chr8 (14-169)||(9457691-9457848)
chr8 (13-202)||(9209183-9209366)
chr8 (6-148)||(35142182-35142326)
chr8 (144-202)||(41965344-41965402)
chr8 (119-191)||(40013255-40013328)
chr8 (25-61)||(1605902-1605938)
chr8 (25-64)||(40013358-40013397)
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (6-233)||(27593292-27593521)
chr3 (6-215)||(39338033-39338241)
chr3 (6-202)||(36786111-36786308)
chr3 (14-202)||(24150578-24150768)
chr3 (14-202)||(36054753-36054943)
chr3 (25-202)||(38629546-38629725)
chr3 (37-202)||(26005601-26005768)
chr3 (6-196)||(52023955-52024143)
chr3 (14-202)||(35731080-35731270)
chr3 (14-190)||(46251961-46252139)
chr3 (25-202)||(30588998-30589178)
chr3 (21-202)||(26293313-26293496)
chr3 (14-202)||(13662696-13662886)
chr3 (14-202)||(50900193-50900383)
chr3 (14-157)||(26005774-26005919)
chr3 (21-138)||(38682581-38682699)
chr3 (14-202)||(19551904-19552084)
chr3 (14-190)||(26555962-26556123)
chr3 (172-233)||(39337976-39338037)
chr3 (195-233)||(6783845-6783883)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (6-233)||(54509854-54510081)
chr4 (6-233)||(47685284-47685516)
chr4 (25-233)||(40143935-40144129)
chr4 (6-202)||(26336208-26336406)
chr4 (6-199)||(45332806-45333001)
chr4 (6-199)||(45340496-45340691)
chr4 (6-199)||(42720859-42721055)
chr4 (14-202)||(42218192-42218382)
chr4 (25-202)||(8583751-8583930)
chr4 (25-202)||(44930034-44930213)
chr4 (6-183)||(33449944-33450123)
chr4 (25-202)||(52109565-52109744)
chr4 (14-184)||(8880592-8880764)
chr4 (25-174)||(3435731-3435882)
chr4 (25-202)||(25935946-25936126)
chr4 (110-193)||(7820292-7820375)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (6-233)||(10643727-10643958)
chr6 (6-202)||(30877992-30878190)
chr6 (6-202)||(6476459-6476657)
chr6 (14-169)||(29834064-29834221)
chr6 (14-169)||(29865498-29865655)
chr6 (25-124)||(7858198-7858299)
chr6 (14-195)||(3110038-3110221)
chr6 (25-126)||(709073-709176)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (6-233)||(39300971-39301189)
chr7 (6-202)||(40097234-40097433)
chr7 (14-202)||(43057427-43057617)
chr7 (14-202)||(152006-152196)
chr7 (14-202)||(30110951-30111141)
chr7 (25-202)||(35089852-35090031)
chr7 (14-202)||(27418388-27418578)
chr7 (128-202)||(47914075-47914149)
chr7 (14-119)||(47914886-47914993)
chr7 (193-229)||(48545569-48545605)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (14-202)||(81528-81718)
[»] scaffold0153 (1 HSPs)
scaffold0153 (25-202)||(34560-34739)
[»] scaffold0237 (1 HSPs)
scaffold0237 (14-169)||(21192-21349)
[»] scaffold0202 (1 HSPs)
scaffold0202 (6-202)||(16304-16486)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 171; Significance: 7e-92; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Original strand, 11534975 - 11535204
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agt 103  Q
    |||||| ||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  |||    
T  11534975 gtccaataaaatccagtggaattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagt 11535074  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagatttc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11535075 aatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacataaccttgagacttttttgtctcccacacatagctttgagatttc 11535174  T
Q  204 ttgagactttttacttcttctcccacttca 233  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11535175 ttgagactttttactccttctcccacttca 11535204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 24193430 - 24193201
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agt 103  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  |||    
T  24193430 gtccaataaaattcagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagt 24193331  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagatttc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  24193330 aatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagtcttgaaatttc 24193231  T
Q  204 ttgagactttttacttcttctcccacttca 233  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24193230 ttgagactttttactccttctcccacttca 24193201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 34028869 - 34028678
Alignment:
Q  13 aaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgtt--gagtaatggat 110  Q
    ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||||    
T  34028869 aaaatccagtggtattcaattcagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattataaggattttaatggattgttacgagtaatggat 34028770  T
Q  111 tttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  34028769 tttgtgagactttttagtgtaaaatgcatctactaacaatctcacacctagccttgagacttttttgtctgccacacatagtcttgagattt 34028678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 6 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 20157701 - 20157503
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgtt--gagt 103  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||  ||||    
T  20157701 gtccaataaaattcagtggtattcaattcagattttgcacaacttaaatattgtctattggtattcaaaattctaaggattttaatagattgttatgagt 20157602  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||| |||| || | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20157601 aatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgcatctactaacaatctcacacctagctttgagacttttttgtctcccacacatagtcttgagattt 20157503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 6289437 - 6289247
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  6289437 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctagtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 6289338  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6289337 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 6289247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 6 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 11998361 - 11998169
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagt 103  Q
    |||||| ||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||  |||||    
T  11998361 gtccaataaaatccagaggtattcaattgagattttacacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattctaaggattttaatggtttgttgtgagt 11998262  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttga 197  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||| ||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11998261 aatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtatctaccaacaatctcacac-cagccttgagatttttttgtctcccacacatagccttga 11998169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 25 - 202
Target Start/End: Original strand, 45547090 - 45547269
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggattttgtgagactt 122  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |     
T  45547090 tattcaattgagatttagcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtaagtaatggattttgtgagattg 45547189  T
Q  123 tttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  45547190 tttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagacttttatatctcccacacatagccttgagattt 45547269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Original strand, 29941093 - 29941283
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  29941093 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 29941192  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||    
T  29941193 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacatatagccttgagattt 29941283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Original strand, 24193689 - 24193875
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaat-------gaattgt 98  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| || | ||||||||       | ||||     
T  24193689 gtccaataaaattcggtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaactgtttattggtattcaaaattctacgaattttaatttttaatggattgc 24193788  T
Q  99 tg--agtaatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctccc 183  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||  |||||||| ||||||||    
T  24193789 tgtgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacttagcctcaagacttttctgtctccc 24193875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 71 - 142
Target Start/End: Original strand, 45485556 - 45485629
Alignment:
Q  71 caaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtaccta 142  Q
    ||||||| || ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||    
T  45485556 caaaattctatggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagcgtaaaatgtaccta 45485629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 7 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 38822876 - 38822814
Alignment:
Q  7 tccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtat 69  Q
    ||||| ||||||| ||| ||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  38822876 tccaacaaaatccggtggtattcgatcaagatttttcacaacttaaaaattgtctcttggtat 38822814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 167; Significance: 2e-89; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Original strand, 36402387 - 36402616
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agt 103  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  |||    
T  36402387 gtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagt 36402486  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagatttc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  36402487 aatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacatctaaccttgagacttttttgtctcccacacataactttgagatttc 36402586  T
Q  204 ttgagactttttacttcttctcccacttca 233  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36402587 ttgagactttttactccttctcccacttca 36402616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 13 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 33243247 - 33243029
Alignment:
Q  13 aaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagtaatggat 110  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||    
T  33243247 aaaatccagtggtattcaattgagattttgtacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggat 33243148  T
Q  111 tttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagatttcttgagac 210  Q
    ||||||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||| |||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33243147 tttgtgaaactttttaatgtaaattgtacctactaacaatctcacacctaa----gagacttttttgtctcccacacatagccttgagatttcttgagac 33243052  T
Q  211 tttttacttcttctcccacttca 233  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  33243051 tttttactccttctcccacttca 33243029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 13 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 33263420 - 33263202
Alignment:
Q  13 aaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagtaatggat 110  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||    
T  33263420 aaaatccagtggtattcaattgagattttgtacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggat 33263321  T
Q  111 tttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagatttcttgagac 210  Q
    ||||||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||| |||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33263320 tttgtgaaactttttaatgtaaattgtacctactaacaatctcacacctaa----gagacttttttgtctcccacacatagccttgagatttcttgagac 33263225  T
Q  211 tttttacttcttctcccacttca 233  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  33263224 tttttactccttctcccacttca 33263202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 233
Target Start/End: Original strand, 10896947 - 10897169
Alignment:
Q  13 aaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgtt--gagtaatggat 110  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||  |||||||||||    
T  10896947 aaaatccagtggtattcaattgagattttgcccaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattggtaggattttaatggattgttatgagtaatggat 10897046  T
Q  111 tttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagatttcttgagac 210  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  10897047 tttgtgaaacattttaatgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgacacttttttgtctctcacacatagctttgagatttcttgagac 10897146  T
Q  211 tttttacttcttctcccacttca 233  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  10897147 tttttactccttctcccacttca 10897169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 6 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 1928348 - 1928150
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgtt--gagt 103  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||    
T  1928348 gtccaataaaatccagtggtattcaattcagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattctaaggattttaatggattgttatgagt 1928249  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1928248 aatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgcatctactaacaatctcacacctagccttgtgacttttttgtctcccacacatagtcttgagattt 1928150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 6 - 199
Target Start/End: Original strand, 29208895 - 29209090
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agt 103  Q
    |||||| ||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||| |||||||  |||    
T  29208895 gtccaataaaatccagaggtattcaattgagattttacacaacttaaaaattgtctattggtattcaaagttctaaggattttaatggattgttgtgagt 29208994  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgaga 199  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||  |||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29208995 aatggattttgtgagactttttagtgtaacatatatctaccaacaatctcacacctagccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgaga 29209090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Original strand, 45318608 - 45318798
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  45318608 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 45318707  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  45318708 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagacttttttatcacccacacatagccttgagattt 45318798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 26882762 - 26882572
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| | ||  |||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  26882762 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacagattttaatggattgttgtgagtaatggatt 26882663  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| |||||||||||  || ||||||||| |||| || ||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||    
T  26882662 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtatatactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatcacccacacatagccttgagattt 26882572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 14 - 200
Target Start/End: Original strand, 52705541 - 52705729
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  52705541 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 52705640  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagat 200  Q
    |||||||| | |||  |||||||||||| || ||||||||| || | || |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  52705641 ttgtgagattgtttggtgtaaaatgtacttactaacaatctcacgcctagccttaagacttttctatctcccacacatagccttgagat 52705729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 6 - 80
Target Start/End: Original strand, 9831430 - 9831504
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgta 80  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9831430 gtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcacaacttacaaattgtctattggtattcaaaattgta 9831504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 172 - 233
Target Start/End: Original strand, 9832217 - 9832278
Alignment:
Q  172 tttttgtctcccacacatagccttgagatttcttgagactttttacttcttctcccacttca 233  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9832217 tttttgtctcccacacatagctttgagatttcttgagactttttactccttctcccacttca 9832278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 79 - 165
Target Start/End: Original strand, 9831779 - 9831867
Alignment:
Q  79 taaggattttaatgaattgttg--agtaatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaacctt 165  Q
    |||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||| |||| |||||||    
T  9831779 taaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatatacttactaacaatctcacacctaacctt 9831867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 83 - 169
Target Start/End: Original strand, 45535001 - 45535089
Alignment:
Q  83 gattttaatgaattgttg--agtaatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgaga 169  Q
    |||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||| | || | ||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||    
T  45535001 gattttaatggattgttgtgagtaatggattttttgagattgttgagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacgtagccttgaga 45535089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 22 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 14555239 - 14555133
Alignment:
Q  22 tgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttgagt--aatggattttgtgaga 119  Q
    |||||||||||||||||||  ||  ||||  ||||||||| ||||||| ||||| | ||  |||||| ||||||| |||  |  ||||||||||||||||    
T  14555239 tgatattcaattgagatttctcatgacttgtaaattgtctcttggtattcaaaagtctatagattttgatgaattcttggattgaatggattttgtgaga 14555140  T
Q  120 cttttta 126  Q
    |||||||    
T  14555139 cttttta 14555133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 6828736 - 6828506
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagt 103  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||    
T  6828736 gtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattgatattcaaaattgtaaggattttaatggattgttatgagt 6828637  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagac-ttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6828636 aatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacatctaaccttgagactttttttgtctcccacacatagctttgagattt 6828537  T
Q  203 cttgagactttttacttcttctcccacttca 233  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6828536 cttgagactttttactccttctcccacttca 6828506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 25 - 202
Target Start/End: Original strand, 40410749 - 40410928
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggattttgtgagactt 122  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |     
T  40410749 tattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactcgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattg 40410848  T
Q  123 tttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| ||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||    
T  40410849 tttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagacttgagacttttctatctcccacacatagccttgaaattt 40410928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 25 - 183
Target Start/End: Original strand, 17518588 - 17518748
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggattttgtgagactt 122  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| || ||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||||||    
T  17518588 tattcaattaagattttgcacaacttaaaaattgtttattgggattcaaaattctacggattttaatggaatgttgcgagtaatggattttgtgagactt 17518687  T
Q  123 tttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctccc 183  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||  | |||  |||||||| ||||||||    
T  17518688 tttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacccagcctcaagacttttctgtctccc 17518748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Original strand, 10571251 - 10571430
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agt 103  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | | ||||||  |||||||  ||     
T  10571251 gtccaataaaatccggtggtattcaattaagattttgtacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattctatgaaatttaatagattgttgtcagg 10571350  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctccc 183  Q
    |||||||||||||| |||||||| | |||||||||| || ||||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  10571351 aatggattttgtgaaactttttagtataaaatgtacatactaacaatctcacacctaaccttaagacttttctgtctccc 10571430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 6 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 6902615 - 6902493
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttgagt-- 103  Q
    |||||| ||||||  ||| ||||||||  |||||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||  ||||| |||| |||  |  ||      
T  6902615 gtccaacaaaatctggtggtattcaatcaagattttttacaacttaaaaattgtctcttggtattcaaaaatgtattgatttcaatggattacttggtag 6902516  T
Q  104 aatggattttgtgagacttttta 126  Q
    ||| |||||||||||||||||||    
T  6902515 aattgattttgtgagacttttta 6902493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 159; Significance: 1e-84; HSPs: 22)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 37567316 - 37567087
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agt 103  Q
    |||||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||    
T  37567316 gtccaataaaatccagtagtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtacggattttaatgaattgttgtgagt 37567217  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagatttc 203  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37567216 aatggattttgtgaggctttttagtgtaaaatgtatctactaacaatctcacacctaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttaagatttc 37567117  T
Q  204 ttgagactttttacttcttctcccacttca 233  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  37567116 ttgagactttttactccttcttccacttca 37567087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 30382611 - 30382389
Alignment:
Q  13 aaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggat 110  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||  ||    
T  30382611 aaaatccagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatcaat 30382512  T
Q  111 tttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagatttcttgagac 210  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  30382511 tttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacatctaaccttgagacttttttgtctcccacacataactttgagatttcttgagac 30382412  T
Q  211 tttttacttcttctcccacttca 233  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  30382411 tttttactccttctcccacttca 30382389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 25 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 4302733 - 4302552
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagtaatggattttgtgagactt 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| | |||||||    
T  4302733 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattagtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggatttagcgagactt 4302634  T
Q  123 tttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagac--ttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4302633 tttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacatttttttgtctcccacacatagccttgagattt 4302552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 29260212 - 29260022
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  29260212 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 29260113  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| |||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  29260112 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacgtactaacaatctcacacctaaccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattt 29260022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Original strand, 7148188 - 7148378
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| || ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  7148188 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttagaaattgtctactggcattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 7148287  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  7148288 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattt 7148378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 40265217 - 40265027
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  40265217 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctaatggtattcaaaactctatggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 40265118  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||| | |||||||||| ||||||| ||||||    
T  40265117 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacacgtagcctttagattt 40265027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 41386806 - 41386616
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  41386806 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactagtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 41386707  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    || ||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  41386706 ttatgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattt 41386616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 43605300 - 43605110
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  | |||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  43605300 aaatccagtggtattcaattgagatttcgcataacttaaaaattgtctgctagtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 43605201  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| |||||||||||| || ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43605200 ttgtgagattgtttaatgtaaaatgtacttactaacaatctcacacctagccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 43605110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Original strand, 8502772 - 8502951
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagt 103  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| || ||||||||||| |||||  |||||    
T  8502772 gtccaataaaatccggtggtattcaattaagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatttaaaattctacggattttaatggattgttgtgagt 8502871  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctccc 183  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||| ||||||||  |||||||    
T  8502872 aatggattttatgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacatagccttaagacttttccgtctccc 8502951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Original strand, 2112939 - 2113129
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  2112939 aaatccagtggtattcaattgagatttcgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 2113038  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||| | ||||||| |||| || | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  2113039 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactgacaatctcacacctagcattgagacttttctgtctcccacatatagccttgagattt 2113129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 25 - 202
Target Start/End: Original strand, 4655206 - 4655385
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgtt--gagtaatggattttgtgagactt 122  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||| | || ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| |     
T  4655206 tattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctaccggtattcaaaactctacggattttaatggattgttatgagtaatggattttgtgagattg 4655305  T
Q  123 tttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||| |||||||||||| || ||||||||| |||| || ||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  4655306 tttagtgtaaaatgtacatactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctctcacacatagccttgagattt 4655385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 25 - 202
Target Start/End: Original strand, 28620003 - 28620182
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggattttgtgagactt 122  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  ||||||| | ||||||||| |     
T  28620003 tattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatgaactttgtgagattg 28620102  T
Q  123 tttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||| |||| |||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  28620103 tttaatgtacaatgtacctactaacaatctcacacctaatcttgagacttttctgtctcccacacataaccttgagattt 28620182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 14 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 10802707 - 10802533
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  10802707 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactagtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 10802608  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccaca 186  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||    
T  10802607 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctgtctcccaca 10802533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 25 - 202
Target Start/End: Original strand, 42275131 - 42275311
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagtaatggattttgtgagactt 122  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| ||||| | || ||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||| |     
T  42275131 tattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactagtattcaaaactctacggatttttatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattg 42275230  T
Q  123 tttattgtaaaatgtacctagtaa-caatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  42275231 tttagtgtaaaatgtacctactaaccaatctcacacctagccttgagacttttctgtctcccacacataaccttgagattt 42275311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 41965734 - 41965546
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| |||||| ||||| | ||   ||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  41965734 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaa--ttgtctactggtattcaaaactctacatattttaatggattgttgtgagtaatggatt 41965637  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||  ||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  41965636 ttgtgagattatttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcgcacctagccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattt 41965546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 14 - 169
Target Start/End: Original strand, 9457691 - 9457848
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| | || ||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  9457691 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctatcggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 9457790  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgaga 169  Q
    || ||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||    
T  9457791 ttatgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgaga 9457848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 13 - 202
Target Start/End: Original strand, 9209183 - 9209366
Alignment:
Q  13 aaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagtaatggat 110  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||   ||||  || |||||  ||    
T  9209183 aaaatccagtggtattcaattgaaattttggacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaactctaaggattttaatagtttgttgtgggtaatttat 9209282  T
Q  111 tttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||       |  |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  9209283 tttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatc-------tccccttgagacttttttgtcccccacacat-gccttgagattt 9209366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 6 - 148
Target Start/End: Original strand, 35142182 - 35142326
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagt 103  Q
    |||||| ||||||| ||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||  || |||||||| |  |||||  |||||    
T  35142182 gtccaataaaatccggtcgtattcaattaagattttgtacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaatattacggattttattagattgttgtgagt 35142281  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaaca 148  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  35142282 aatggattttatgagactttttagtgtaaaatctacctactaaca 35142326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 144 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 41965402 - 41965344
Alignment:
Q  144 taacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||||  ||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  41965402 taacaatctcgcacctagccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattt 41965344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 119 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 40013328 - 40013255
Alignment:
Q  119 actttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtct-cccacacatag 191  Q
    |||||||| | |||||| |||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  40013328 actttttagtataaaatatacctactaacaatctcacacttggccttgagacttttctgtctccccacacatag 40013255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 25 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 1605938 - 1605902
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtct 61  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1605938 tattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtct 1605902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 25 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 40013397 - 40013358
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctatt 64  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40013397 tattcaatttagattttgcacaacttaaaaattgtttatt 40013358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 155; Significance: 3e-82; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Original strand, 27593292 - 27593521
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agt 103  Q
    |||||| ||||| | ||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  |||    
T  27593292 gtccaataaaattcagtggtattcaattgaggttttgcacatcttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagt 27593391  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagatttc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  27593392 aatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagacttttttgtctccaacacatagctttgagatttc 27593491  T
Q  204 ttgagactttttacttcttctcccacttca 233  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||    
T  27593492 ttgagactttttactcattctcccacttca 27593521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 39338241 - 39338033
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagt 103  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||    
T  39338241 gtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagt 39338142  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagatttc 203  Q
    |||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||     
T  39338141 aatggattt--tgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagac-tttttgtctcccacaaatagccttcagattta 39338045  T
Q  204 ttgagacttttt 215  Q
    ||||||||||||    
T  39338044 ttgagacttttt 39338033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 6 - 202
Target Start/End: Original strand, 36786111 - 36786308
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagt 103  Q
    |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  36786111 gtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcaaaactttaaacttgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatgaattgttgtgagt 36786210  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||| |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  36786211 aatggattttatgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatcacacacct-gccttgagacttttttgtctctcacacatagccttgagattt 36786308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 24150768 - 24150578
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  24150768 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtccactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 24150669  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  24150668 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattt 24150578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 36054943 - 36054753
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | || | ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  36054943 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctagttttcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 36054844  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36054843 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtatctattaacaatctcacacctaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 36054753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 25 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 38629725 - 38629546
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggattttgtgagactt 122  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |     
T  38629725 tattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactatacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattg 38629626  T
Q  123 tttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  38629625 tttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagatttttctatctcccacacatagccttgagattt 38629546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 37 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 26005768 - 26005601
Alignment:
Q  37 attttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggattttgtgagactttttattgtaaaa 134  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| | |||| |||||||    
T  26005768 attttgcataacttaaaaattgtctattggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaa 26005669  T
Q  135 tgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  26005668 tgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattt 26005601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 6 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 52024143 - 52023955
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagt 103  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||||||| || ||||||||||| |||||  |||||    
T  52024143 gtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcacaatttaaaaattgtctattagtaatcaaaattctacggattttaatggattgttgtgagt 52024044  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttg 196  Q
    ||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||    ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52024043 aatggattttaagagactttttagtataaaatgtacctagtaacaatctcacacctaac----agacttttttgtctcccacacatagacttg 52023955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Original strand, 35731080 - 35731270
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  35731080 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 35731179  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| ||||||||| ||||  ||||||||| |||| || | ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  35731180 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgcacctgctaacaatctcacacctagcattgagacttttctatctcccacacatagccttgagattt 35731270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 14 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 46252139 - 46251961
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  46252139 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctggtattcaaaactttacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 46252040  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacata 190  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  46252039 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctgtctcccacacata 46251961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 25 - 202
Target Start/End: Original strand, 30588998 - 30589178
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggattttgtgagactt 122  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |     
T  30588998 tattcaattgagatttagcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattg 30589097  T
Q  123 tttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagac-ttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| |||||| || ||||||||||||||| ||||||    
T  30589098 tttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagactttttttatcacccacacatagccttcagattt 30589178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 21 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 26293496 - 26293313
Alignment:
Q  21 gtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggattttgtgag 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || | |||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||| |    
T  26293496 gtgatatttaattgagattttgcataacttaaaaattgtttactagtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgtg 26293397  T
Q  119 actttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    | | |||| ||||||||||||||| |||||| || |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26293396 attgtttagtgtaaaatgtacctactaacaacctcacacctaatcttgagacttttctgtctcccacacatagccttgagattt 26293313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Original strand, 13662696 - 13662886
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| |||||   || || |||||||| |||||||  |||||||||||    
T  13662696 aaatccagtggtattcaattgagatttcgcacaacttaaaaattgtctactcgtattcaaaacactacgggttttaatggattgttgtgagtaatggatt 13662795  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||    
T  13662796 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctgcctcccacacataaccttgagattt 13662886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 50900383 - 50900193
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| | ||  |||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  50900383 aaatccagtggtattcgattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctagagattttaatggattgttgtgagtaatggatt 50900284  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| |||||||||||| || ||||||||| |||| || ||||||||||||| | ||||||||||||  |||||||||||    
T  50900283 ttgtgagattgtttaatgtaaaatgtacatactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacacatttccttgagattt 50900193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 14 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 26005919 - 26005774
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  26005919 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctatggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 26005820  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacac 157  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  26005819 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacac 26005774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 21 - 138
Target Start/End: Original strand, 38682581 - 38682699
Alignment:
Q  21 gtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagtaatggattttgtgag 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || ||||||||||| |||||  |||||||||||||||| |||    
T  38682581 gtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgt-tattggtattcaaaattctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgagag 38682679  T
Q  119 actttttattgtaaaatgta 138  Q
    | |||||| | |||||||||    
T  38682680 attttttagtataaaatgta 38682699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 19552084 - 19551904
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttgagtaatggatttt 113  Q
    |||||| ||| |||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| | ||  |||||||||  ||||||||        ||||    
T  19552084 aaatccagtggtatttaattaagattttgcataacttaaaaattgtctagtggtattcaaaactctacagattttaattgattgttga--------tttt 19551993  T
Q  114 gtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||| | | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||    
T  19551992 gtgaaattgtttagtgtaaaatgtacctaataacaatctcacacctagccttgagacttttctttctcccacatatagccttgagattt 19551904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 14 - 190
Target Start/End: Original strand, 26555962 - 26556123
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttgagtaatggatttt 113  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||| | || ||||||||||               |||||||    
T  26555962 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacgggtattcaaaactctacggattttaat---------------ggatttt 26556046  T
Q  114 gtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacata 190  Q
    |||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||| | |||||||||||||    
T  26556047 gtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacacata 26556123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 172 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 39338037 - 39337976
Alignment:
Q  172 tttttgtctcccacacatagccttgagatttcttgagactttttacttcttctcccacttca 233  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||    
T  39338037 tttttgtctcccacaaatagccttgagatttattgagactttttactctttctcccacttca 39337976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 195 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 6783883 - 6783845
Alignment:
Q  195 tgagatttcttgagactttttacttcttctcccacttca 233  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  6783883 tgagatttcttaagactttttactccttctcccacttca 6783845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 153; Significance: 4e-81; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Original strand, 54509854 - 54510081
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttgagtaa 105  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |  ||    
T  54509854 gtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgtt-atgaa 54509952  T
Q  106 tggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagac-ttttttgtctcccacacatagccttgagatttct 204  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  54509953 tggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgaggctttttttgtctcccacacatagctttgagatttct 54510052  T
Q  205 tgagactttttacttcttctcccacttca 233  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  54510053 tgagactttttactcattctcccacttca 54510081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Original strand, 47685284 - 47685516
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agt 103  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  |||    
T  47685284 gtccaataaaattcagtggtattcaattgagattttgctcaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagt 47685383  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagcct---tgagat 200  Q
    ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||    
T  47685384 aatagattttgcgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaacttgagacttttttgtctcccacacatagccttgatgagat 47685483  T
Q  201 ttcttgagactttttacttcttctcccacttca 233  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  47685484 ttcttgagactttttactccttctcccacttca 47685516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 25 - 233
Target Start/End: Original strand, 40143935 - 40144129
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttgagtaatggattttgtgagactttt 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||              ||||||||||    
T  40143935 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaagaattttaatggattgttg--------------tgagactttt 40144020  T
Q  125 tattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagatttcttgagactttttacttcttct 224  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40144021 tagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagatttcttgagactttttactccttct 40144120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 6 - 202
Target Start/End: Original strand, 26336208 - 26336406
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agt 103  Q
    |||||| ||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||  |||    
T  26336208 gtccaataaaatccagaggtattcaattgagattttacacaacttaaaaattgtttattggtattcaaaattctaaggattttaatggattattgtgagt 26336307  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26336308 aatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtatctaccaacaatctcacacctagccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 26336406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 6 - 199
Target Start/End: Original strand, 45332806 - 45333001
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agt 103  Q
    |||||| ||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||  |||    
T  45332806 gtccaataaaatccagaggtattcaattgagattttacacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattctaaggattttaatggattgttgtgagt 45332905  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgaga 199  Q
    |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||  |||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45332906 aatggattttatgaaactttttagtgtaaaatgtatctaccaacaatctcacacctagccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgaga 45333001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 6 - 199
Target Start/End: Original strand, 45340496 - 45340691
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agt 103  Q
    |||||| ||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||  |||    
T  45340496 gtccaataaaatccagaggtattcaattgagattttacacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattctaaggattttaatggattgttgtgagt 45340595  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgaga 199  Q
    |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||  |||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45340596 aatggattttatgaaactttttagtgtaaaatgtatctaccaacaatctcacacctagccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgaga 45340691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 6 - 199
Target Start/End: Original strand, 42720859 - 42721055
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagt 103  Q
    |||||| ||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||  |||||    
T  42720859 gtccaataaaatccagaggtattcaattgagattttacacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattctaaggattttaatgggttgttgtgagt 42720958  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagac-ttttttgtctcccacacatagccttgaga 199  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42720959 aatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtatctaccaacaatctcacacctagccttgagactttttttgtctcccacacatagccttgaga 42721055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 42218382 - 42218192
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  ||||||| |||    
T  42218382 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactgatattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatgaatt 42218283  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||    
T  42218282 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcctacacatagccttgagattt 42218192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 25 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 8583930 - 8583751
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggattttgtgagactt 122  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||| |     
T  8583930 tattcaattaagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatgaattttgtgagattg 8583831  T
Q  123 tttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||    
T  8583830 tttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctccaacacatagccttgagattt 8583751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 25 - 202
Target Start/End: Original strand, 44930034 - 44930213
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggattttgtgagactt 122  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||| |     
T  44930034 tattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacgggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaaaggattttgtgagattg 44930133  T
Q  123 tttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  44930134 tttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagatttttctatctcccacacatagccttgagattt 44930213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 6 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 33450123 - 33449944
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagt 103  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||| |  |||||    
T  33450123 gtccaataaaattcggtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattctacggattttaatggattattgtgagt 33450024  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctccc 183  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||| || |||  | |||||| ||||||||    
T  33450023 aatggattttgtgagacattttagtgtaaaatgtatctactaacaatctcacacatagcctcaacacttttctgtctccc 33449944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 25 - 202
Target Start/End: Original strand, 52109565 - 52109744
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggattttgtgagactt 122  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  | ||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |     
T  52109565 tattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtataccgatattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattg 52109664  T
Q  123 tttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||  |||| || ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  52109665 tttaatgtaaaatgtacctactaacaatcccacacctagccttgagacttttctgtctcccacacataaccttgagattt 52109744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 14 - 184
Target Start/End: Original strand, 8880592 - 8880764
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  ||||||| |||    
T  8880592 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactagtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatgaatt 8880691  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctccca 184  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||    
T  8880692 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctgtctccca 8880764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 25 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 3435882 - 3435731
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggattttgtgagactt 122  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||| |     
T  3435882 tattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtgtgctggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatagattttgtgagattg 3435783  T
Q  123 tttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagactttt 174  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||    
T  3435782 tttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagactttt 3435731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 25 - 202
Target Start/End: Original strand, 25935946 - 25936126
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggattttgtgagactt 122  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| ||||| |    | ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |     
T  25935946 tattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactagtattcaaaactcatcgaattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattg 25936045  T
Q  123 tttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttt--tttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||  | |||||||||||||||  ||||||||||    
T  25936046 tttagtgtaaaatgaacctattaacaatctcacac-tagccttgagacttttctgtgtctcccacacataatcttgagattt 25936126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 193
Target Start/End: Original strand, 7820292 - 7820375
Alignment:
Q  110 ttttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagcc 193  Q
    |||| ||||| | |||| ||||||||| ||||| ||||||||| |||| || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7820292 ttttatgagattgtttagtgtaaaatgcacctactaacaatctcacacctagcctggagacttttctgtctcccacacatagcc 7820375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 150; Significance: 3e-79; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 10643958 - 10643727
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttg--cacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--a 101  Q
    |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||  |    
T  10643958 gtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgatcacaacttaaaaattgtctattggtaatcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtga 10643859  T
Q  102 gtaatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagatt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10643858 gtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaatcttaagacttttttgtctcccacacatagccttaagatt 10643759  T
Q  202 tcttgagactttttacttcttctcccacttca 233  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  10643758 tcttgagactttttactccatctcccacttca 10643727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 6 - 202
Target Start/End: Original strand, 30877992 - 30878190
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgtt--gagt 103  Q
    |||||| ||||||  ||| ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||    
T  30877992 gtccaataaaatctagtggtattcaattcagattttgtacagcttaaaaattgtctattggtattcaaaattctaaggattttaatggattgttatgagt 30878091  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||| |||  || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30878092 aatggattttgtgagactttttagtgtaaaatgcatctactaacaatctcacatctagccttgagacttttttgtctcccacacatagtcttgagattt 30878190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 6 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 6476657 - 6476459
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agt 103  Q
    |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||    
T  6476657 gtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactagtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagt 6476558  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||||||||||| | |||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6476557 aatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtaactactaacaatctcacacctagccttgagacttttctgtctcccacacatagccttgagattt 6476459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 14 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 29834221 - 29834064
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| | || ||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  29834221 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctatcggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 29834122  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgaga 169  Q
    || ||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||    
T  29834121 ttatgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgaga 29834064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 14 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 29865655 - 29865498
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| | || ||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  29865655 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctatcggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 29865556  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgaga 169  Q
    || ||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||    
T  29865555 ttatgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgaga 29865498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 25 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 7858299 - 7858198
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagtaatggattttgtgagactt 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||| |||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  7858299 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattgatattcaaaattctacggattttaatgcattgttgtgagtaatagattttgtgagactt 7858200  T
Q  123 tt 124  Q
    ||    
T  7858199 tt 7858198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 14 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 3110221 - 3110038
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |   | ||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  3110221 aaatccagtgatattcaattgagattttgcctaacttgaaaattgtgtgcagttattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 3110122  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagcctt 195  Q
    |||||||| | |||| |||||||||||| || | |||||||  ||| ||   || |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  3110121 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacatactgacaatctcgcacctagtattaagacttttctatctcccacacatagcctt 3110038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 126
Target Start/End: Original strand, 709073 - 709176
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttga--gtaatggattttgtgagactt 122  Q
    ||||||||||| ||||  ||  |||||  |||||||||||||||| ||||| | ||  |||||| ||| ||| |||   |||||||||||||||||||||    
T  709073 tattcaattgaaatttctcatgacttatgaattgtctattggtattcaaaagtctatagattttgatggattcttggatgtaatggattttgtgagactt 709172  T
Q  123 ttta 126  Q
    ||||    
T  709173 ttta 709176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 119; Significance: 8e-61; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 6 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 39301189 - 39300971
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agt 103  Q
    |||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||  |||    
T  39301189 gtccaataaattccagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatagattgttgtgagt 39301090  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagactttttt-gtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    ||||||||||            | ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  39301089 aatggatttt------------aatgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagactttttttgtctcccacatatagccttgagattt 39301002  T
Q  203 cttgagactttttacttcttctcccacttca 233  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39301001 cttgagactttttactccttctcccacttca 39300971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 6 - 202
Target Start/End: Original strand, 40097234 - 40097433
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagt 103  Q
    |||||| ||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||  ||| |    
T  40097234 gtccaataaaattcagtggtattcaattcagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattctaaggattttaatggattgttatgact 40097333  T
Q  104 aatggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagac-ttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||| |||| || | ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  40097334 aatggattttgtgagactttttaatgtaaaatgcatctactaacaatctcacacctagctttgagactttttttgtctcccacacatagtcttgagattt 40097433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 43057617 - 43057427
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  43057617 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 43057518  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  43057517 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattt 43057427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Original strand, 152006 - 152196
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  152006 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctaatggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 152105  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||    
T  152106 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacacatagcctttagattt 152196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Original strand, 30110951 - 30111141
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |  ||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  30110951 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctattattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 30111050  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30111051 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtatctattaacaatctcacacctaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 30111141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 25 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 35090031 - 35089852
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggattttgtgagactt 122  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||| |     
T  35090031 tattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatgaattttgtgagattg 35089932  T
Q  123 tttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||  | ||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  35089931 tttggtataaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattt 35089852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 27418578 - 27418388
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||  ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  27418578 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctagtaatcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 27418479  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  27418478 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtatctattaacaatctcacacctaaccttgagactttttggtctcccacacaaagccttgagattt 27418388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 128 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 47914149 - 47914075
Alignment:
Q  128 tgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47914149 tgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 47914075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 14 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 47914993 - 47914886
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||| ||||| | ||  |||||| ||| |||||  |||||||||||||    
T  47914993 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctagtattcaaaactctacagatttttatggattgttgtgagtaatggatt 47914894  T
Q  112 ttgtgaga 119  Q
    ||||||||    
T  47914893 ttgtgaga 47914886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 193 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 48545605 - 48545569
Alignment:
Q  193 cttgagatttcttgagactttttacttcttctcccac 229  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  48545605 cttgagatttcttgagacattttactccttctcccac 48545569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 81718 - 81528
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  81718 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctcctggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 81619  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  81618 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtatctactaacaatctcacacctaaccttgagacttttctatctctcacacatagccttgagattt 81528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0153 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0153
Description:

Target: scaffold0153; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 25 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 34739 - 34560
Alignment:
Q  25 tattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttg--agtaatggattttgtgagactt 122  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  || ||| ||||| | || ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |     
T  34739 tattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctgatattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattg 34640  T
Q  123 tttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  34639 tttagtgtaaaatgtatctactaacaatctcacacctaaccttgagacttttctatctctcacacatagccttgagattt 34560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0237
Description:

Target: scaffold0237; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 14 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 21349 - 21192
Alignment:
Q  14 aaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgt--tgagtaatggatt 111  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| | || ||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  21349 aaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctatcggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatt 21250  T
Q  112 ttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacacttaaccttgaga 169  Q
    || ||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||    
T  21249 ttatgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgaga 21192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0202 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0202
Description:

Target: scaffold0202; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 6 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 16486 - 16304
Alignment:
Q  6 gtccaagaaaatcctgtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatccaaaattgtaaggattttaatgaattgttgagtaa 105  Q
    |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| || |                |||||||    
T  16486 gtccaataaaatccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctattagtattcaaaattctatg----------------tgagtaa 16403  T
Q  106 tggattttgtgagactttttattgtaaaatgtacctagtaacaatctaacac--ttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 202  Q
    |||||||||||||| | |||| |||||| |||||||| ||||||||| ||||   |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||    
T  16402 tggattttgtgagattgtttagtgtaaagtgtacctactaacaatctcacacctataaccttgagacttttatgtctctcacacatagccttgaaattt 16304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University