View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18532_low_1 (Length: 1016)

Name: NF18532_low_1
Description: NF18532
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18532_low_1
NF18532_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-1000)||(38053538-38054530)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 981; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 981; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1000
Target Start/End: Complemental strand, 38054530 - 38053538
Alignment:
Q  8 gtcgaagaatatggctaggagatttgaattatagagtggctctgagttatgaagaaacaagggttctgttggaggataatgactgggacactttgttaga 107  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38054530 gtcgaataatatggctaggagatttgaattatagagtggctctgagttatgaagaaacaagggttctgttggaggataatgactgggacactttgttaga 38054431  T
Q  108 gaaagatcaagtgtgtccctccactcatatatacatacataataaaacaattcattgtgcatgagtatatttattgataaacttgcttttcatttttatt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38054430 gaaagatcaagtgtgtccctccactcatatatacatacataataaaacaattcattgtgcatgagtatatttattgataaacttgcttttcatttttatt 38054331  T
Q  208 cagttgaacatagaaagagatgcaggacgagttttcagtggcttcaaagagggaaaaatagtgttcgcgccaacttacaagtactcacataattcagact 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38054330 cagttgaacatagaaagagatgcaggacgagttttcagtggcttcaaagagggaaaaatagtgttcgcgccaacttacaagtactcacataattcagact 38054231  T
Q  308 cttatgctggtgaaactgttaaatcaaagaagaaacgccgaacacccgcatggtatttcaagttcttgttcttactattcaacaatttttgcttcaaccc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38054230 cttatgctggtgaaactgttaaatcaaagaagaaacgccgaacacccgcatggtatttcaagtccttgttcttactattcaacaatttttgcttcaaccc 38054131  T
Q  408 aatatcacatgcacaaagaagcaaaaacttaagatatattaatcaaaaaccgtaatcattgataatattctgtcattgaatatttttcaggtgtgatagg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38054130 aatatcacatgcacaaagaagcaaaaacttaagatatattaatcaaaaaccgtaatcattgataatattctgtcattgaatatttttcaggtgtgatagg 38054031  T
Q  508 atactatggcgtggtagacgcattgaacaattatcatacatccgcggagaatcaagattttctgaccacagacctgtttgtgctgtcttttctgtgggtg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38054030 atactatggcgtggtagacgcattgaacaattatcatacatccgcggagaatcaagattttctgaccacagacctgtttgtgctgtcttttctgtgggtg 38053931  T
Q  608 tcgaagtaagaagcagaaacaataggttcagaaaaggatattcctacacaagtccgagagttgaatatgaagatttcatacctcaaaggcatagtttcta 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38053930 tcgaagtaagaagcagaaacaataggttcagaaaaggatattcctacacaagtccgagagttgaatatgaagatttcatacctcaaaggcatagtttcta 38053831  T
Q  708 cgattattaattcaaacctcaaaaatcaaacttgtatatttttcccttagtgtctatatagaagaaatgatttgtcacctcgcctttatttcctttctat 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38053830 cgattattaattcaaacctcaaaaatcaaacttgtatatttttcccttagtgtctatatagaagaaatgatttgtcacctcgcctttatttcctttctat 38053731  T
Q  808 ttttatcccacactcaaattaacaatatagtaatgggtaagcaatgagggtaatattctttgtcatgacagtcagagatcgatgtaaatagagttgaatc 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38053730 ttttatcccacactcaaattaacaatatagtaatgggtaagcaatgagggtaatattctttgtcatgacagtcagagatcgatgtaaatagagttgaatc 38053631  T
Q  908 attcattgtgacacaaacatgaaatcaagagaaaaagaaacttgatattaatttgtataagcggaaggtagcagcgtgtgttacgtatcagga 1000  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38053630 attcattgtgacacaaacatgaaatcaagagaaaaagaaacttgatattaatttgtataagcggaaggtagcagcgtgtgttacgtataagga 38053538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University