View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18535_high_1 (Length: 768)

Name: NF18535_high_1
Description: NF18535
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18535_high_1
NF18535_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (30-762)||(28928081-28928818)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 423; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 762
Target Start/End: Original strand, 28928081 - 28928818
Alignment:
Q  30 ttaatacattttcgcttttttgaattgaaacctaaactaaaaacacctctacatacaacatttacctttcatttttgtttattgttaattggtctcaata 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  28928081 ttaatacattttcgcttttttgaattgaaacctaaactaaaaacacctctacatacaacatttacctttcatttttgtttactattaattggtctcaata 28928180  T
Q  130 aaatgccatggttgatctccaaaaatatgtgcagagtcatatggatcaatatgttacttggtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatgtactacaatg 229  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |                     || ||||||||||||    
T  28928181 aaatgtcatggttgatctccaaaaatatgtgcagagtcatatggatcaatatgttacttggtacctttaatttttgtttatttttaagtgtactacaatg 28928280  T
Q  230 cataaacttttgacagttgttaaatgtgtagtttttaattgaagaatgtcaaggtcccag-actcata----tatagcataagaaatggtagaagtgaaa 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28928281 cataaacttttgacagttgttaaatgt--agtttttaattgaagaatatcaaggtcccactactcatacatatatagcataagaaatggtagaagtgaaa 28928378  T
Q  325 aggtagtacataaatgaactcatatatacaaacatggtttatttatttatttaagaatcgtatacaatttgtttgnnnnnnnnnnnnngaatcatataca 424  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||              |||||||||||    
T  28928379 agatagtacataaatgaactcatatatacaaacatggtttatttattta----agaatcgtatataatttgtttgaaaaaaaaaaat--aatcatataca 28928472  T
Q  425 atcatcatcttaatacactatagcttatctctttg-aaaatattcaagttaacaacaacgtgtaactttcacaaacaccttatgtgtatatcataagttg 523  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  28928473 atcatcatcttaatagactatagcttatctctttataaaagattcaagttaacaaaaacatgtaactttcacaaacaccttatgtgtatatcacaagttt 28928572  T
Q  524 gttcatnnnnnnn-gtatatcacaagtttaaggccgctacattgtgcaacatgttgacagtggcacct------atatcatttcatttactataagcaac 616  Q
    ||||||        ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||      ||||||||| ||||||||||||||||    
T  28928573 gttcataaaaaaaagtataccacaagtttaaggcccctacatggtgcaacatgttgactgtggcacctccacatatatcattttatttactataagcaac 28928672  T
Q  617 tcgaagaattctacacaataaaattgatttgatgttttctcaccattactaatgcaccttcaagttgttggtgtggaactggtgtacttattattatgtg 716  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28928673 tcgaagaattctacacaataaaattgctttgatgttttctcaccattactaatgcaccttcaagttgttggtgtggaactggtgtacttattattatgtg 28928772  T
Q  717 gtttaaaataattcgaaagattataaaactcacatgttcatctcac 762  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  28928773 gtttaaaataatttgaaagattatataactcacctgttcatctcac 28928818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University