View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18537_high_13 (Length: 413)

Name: NF18537_high_13
Description: NF18537
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18537_high_13
NF18537_high_13
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (17-413)||(30020201-30020597)
chr2 (17-413)||(30121275-30121671)
chr2 (17-413)||(30103046-30103442)
chr2 (17-413)||(30040098-30040494)
chr2 (17-413)||(30109576-30109972)
chr2 (17-413)||(30234236-30234632)
chr2 (17-413)||(30078619-30079003)
chr2 (17-413)||(30136292-30136676)
chr2 (21-207)||(30009128-30009314)
chr2 (21-207)||(30065625-30065811)
chr2 (18-207)||(30168612-30168801)
chr2 (18-201)||(30276943-30277126)
chr2 (21-174)||(30787720-30787873)
chr2 (18-174)||(30249370-30249526)
chr2 (20-207)||(30187162-30187349)
chr2 (22-174)||(30221185-30221337)
chr2 (21-78)||(31803003-31803060)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 30020597 - 30020201
Alignment:
Q  17 attctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagtt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30020597 attctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagtt 30020498  T
Q  117 gtcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaaagttaataa 216  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30020497 gtcatcttggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaacagtaaattcagcacttttagtagcaaagttattaa 30020398  T
Q  217 taactcccatgacaacatccatggtcacccctttgctagctaccaatttgagtttatagaattttttctattgaaatagagagttagattctaatttacg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30020397 taactcccatgacaacatccatggtcacccctttgctagctaccaatttgagtttatagaattttttctattgaaatagagagttagattctaatttacg 30020298  T
Q  317 agaattattttaccactttattacagcacattgataaacagagaaaaatgaaagcacagaaatgaagacaatggtaaatgattggtggaagaagaaa 413  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  30020297 agaattattttaccactttataacagcacatgaataaacagagaaaaatgaaagcacagaaatgaagacaatattaaatgattggtggaagaagaaa 30020201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 413
Target Start/End: Original strand, 30121275 - 30121671
Alignment:
Q  17 attctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagtt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30121275 attctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagtt 30121374  T
Q  117 gtcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaaagttaataa 216  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30121375 gtcatcttggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaacagtaaattcagcacttttagtagcaaagttattaa 30121474  T
Q  217 taactcccatgacaacatccatggtcacccctttgctagctaccaatttgagtttatagaattttttctattgaaatagagagttagattctaatttacg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30121475 taactcccatgacaacatccatggtcacccctttgctagctaccaatttgagtttatagaattttttctattgaaatagagagttagattctaatttacg 30121574  T
Q  317 agaattattttaccactttattacagcacattgataaacagagaaaaatgaaagcacagaaatgaagacaatggtaaatgattggtggaagaagaaa 413  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  30121575 agaattatttaaccactttataacagcacatgaataaacagagaaaaatgaaagcacagaaatgaagacaatattaaatgattggtggaagaagaaa 30121671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 413
Target Start/End: Original strand, 30103046 - 30103442
Alignment:
Q  17 attctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagtt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30103046 attctggacaatattttcaatctcttcaccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagtt 30103145  T
Q  117 gtcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaaagttaataa 216  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30103146 gtcatcttggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaacagtaaattcagcacttttagtagcaaagttattaa 30103245  T
Q  217 taactcccatgacaacatccatggtcacccctttgctagctaccaatttgagtttatagaattttttctattgaaatagagagttagattctaatttacg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30103246 taactcccatgacaacatccatggtcacccctttgctagctaccaatttgagtttatagaattttttctattgaaatagagagttagattctaatttacg 30103345  T
Q  317 agaattattttaccactttattacagcacattgataaacagagaaaaatgaaagcacagaaatgaagacaatggtaaatgattggtggaagaagaaa 413  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  30103346 agaaatatttaaccactttataacagcacatgaataaacagagaaaaatgaaagcacagaaatgaagacaatattaaatgattggtggaagaagaaa 30103442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 413
Target Start/End: Original strand, 30040098 - 30040494
Alignment:
Q  17 attctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagtt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  30040098 attctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctgacctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccacacgttggacatcagtt 30040197  T
Q  117 gtcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaaagttaataa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||    
T  30040198 gtcatcctggtaaggttgcccttgtaataaagtatgtaaccaaattgacgaccaatagcttcaaccgtaaattcggcagttttagtagcaaagttagtaa 30040297  T
Q  217 taactcccatgacaacatccatggtcacccctttgctagctaccaatttgagtttatagaattttttctattgaaatagagagttagattctaatttacg 316  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30040298 taactcccatgataacatccatggtcacccctttgctagccaccaatttgagtttatagaattttttctattgaaatagagagttagattctaatttacg 30040397  T
Q  317 agaattattttaccactttattacagcacattgataaacagagaaaaatgaaagcacagaaatgaagacaatggtaaatgattggtggaagaagaaa 413  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30040398 agaattattttaccactttataacagcacatgaataaacagagaaaaatgaaagcacagaaatgaagacaatagtaaatgattggtggaagaagaaa 30040494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 413
Target Start/End: Original strand, 30109576 - 30109972
Alignment:
Q  17 attctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagtt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  30109576 attctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctgacctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccacacgttggacatcagtt 30109675  T
Q  117 gtcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaaagttaataa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||    
T  30109676 gtcatcctggtaaggttgcccttgtaataaagtatgtaaccaaattgacgaccaatagcttcaaccgtaaattcggcagttttagtagcaaagttagtaa 30109775  T
Q  217 taactcccatgacaacatccatggtcacccctttgctagctaccaatttgagtttatagaattttttctattgaaatagagagttagattctaatttacg 316  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30109776 taactcccatgataacatccatggtcacccctttgctagccaccaatttgagtttatagaattttttctattgaaatagagagttagattctaatttacg 30109875  T
Q  317 agaattattttaccactttattacagcacattgataaacagagaaaaatgaaagcacagaaatgaagacaatggtaaatgattggtggaagaagaaa 413  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30109876 agaattattttaccactttataacagcacatgaataaacagagaaaaatgaaagcacagaaatgaagacaatagtaaatgattggtggaagaagaaa 30109972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 413
Target Start/End: Original strand, 30234236 - 30234632
Alignment:
Q  17 attctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagtt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  30234236 attctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctgacctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccacacgttggacatcagtt 30234335  T
Q  117 gtcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaaagttaataa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||    
T  30234336 gtcatcctggtaaggttgcccttgtaataaagtatgtaaccaaattgacgaccaatagcttcaaccgtaaattcggcagttttagtagcaaagttagtaa 30234435  T
Q  217 taactcccatgacaacatccatggtcacccctttgctagctaccaatttgagtttatagaattttttctattgaaatagagagttagattctaatttacg 316  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30234436 taactcccatgataacatccatggtcacccctttgctagccaccaatttgagtttatagaattttttctattgaaatagagagttagattctaatttacg 30234535  T
Q  317 agaattattttaccactttattacagcacattgataaacagagaaaaatgaaagcacagaaatgaagacaatggtaaatgattggtggaagaagaaa 413  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30234536 agaaatattttaccactttataacagcacatgaataaacagagaaaaatgaaagcacagaaatgaagacaatagtaaatgattggtggaagaagaaa 30234632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 17 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 30079003 - 30078619
Alignment:
Q  17 attctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagtt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30079003 attctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagtt 30078904  T
Q  117 gtcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaaagttaataa 216  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  30078903 gtcatcttggtaaggttgcccttgtaat------------caaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcagtcttagtagcaaagttaataa 30078816  T
Q  217 taactcccatgacaacatccatggtcacccctttgctagctaccaatttgagtttatagaattttttctattgaaatagagagttagattctaatttacg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30078815 taactcccatgacaacatccatggtcacccctttgctagctaccaatttgagtttatagaattttttctattgaaatagagagttagattctaatttacg 30078716  T
Q  317 agaattattttaccactttattacagcacattgataaacagagaaaaatgaaagcacagaaatgaagacaatggtaaatgattggtggaagaagaaa 413  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  30078715 agaaatattttaccactttataacagcacatgaataaacagagaaaaatgaaagcatagaaatgaagacaatattaaatgattggtggaagaagaaa 30078619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 17 - 413
Target Start/End: Original strand, 30136292 - 30136676
Alignment:
Q  17 attctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagtt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30136292 attctggacaatattttcaatctcttccccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagtt 30136391  T
Q  117 gtcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaaagttaataa 216  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||            |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30136392 gtcatcttggtaaggttgcccttgtaat------------caaattgacgacgaatagcttcaaccgtaaattcagcagttttagtagcaaagttaataa 30136479  T
Q  217 taactcccatgacaacatccatggtcacccctttgctagctaccaatttgagtttatagaattttttctattgaaatagagagttagattctaatttacg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30136480 taactcccatgacaacatccatggtcacccctttgctagctaccaatttgagtttatagaattttttctattgaaatagagagttagattctaatttacg 30136579  T
Q  317 agaattattttaccactttattacagcacattgataaacagagaaaaatgaaagcacagaaatgaagacaatggtaaatgattggtggaagaagaaa 413  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  30136580 agaaatattttaccactttataacagcacatgaataaacagagaaaaatgaaagcacagaaatgaagacaatattaaatgattggtggaagaagaaa 30136676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 21 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 30009314 - 30009128
Alignment:
Q  21 tggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagttgtca 120  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||| ||| ||||||||||| |  |||||||||||| |||    
T  30009314 tggacaacattttcaatctcttctccgttccttctagcctcatcaacagtgtgttgcacactgtttttaattccctccaacttctggacatcagttttca 30009215  T
Q  121 tcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaa 207  Q
    || |  |||||| | ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||| |  |||| ||| ||||||| |||||| |||||    
T  30009214 tctttttaaggtagtccttgtagtagagtatgtaacgaaattgacgtccaataggtgcaaccataatttcagcaattttagcagcaa 30009128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 21 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 30065811 - 30065625
Alignment:
Q  21 tggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagttgtca 120  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||  | ||||||||||||| |||    
T  30065811 tggacaacattttcaatctcttctccgttccttctagcctcatcaacagtgtgttgcacactgttttttattccctccatcttttggacatcagttttca 30065712  T
Q  121 tcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaa 207  Q
    || |  |||||| | ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||| |  |||| ||| |||||||  ||||| |||||    
T  30065711 tctttttaaggtagtccttgtagtagagtatgtaacgaaattgacgtccaataggtgcaaccataatttcagcaaatttagcagcaa 30065625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 30168801 - 30168612
Alignment:
Q  18 ttctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagttg 117  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| | |  ||||| |||||||||  | |||||||| ||||     
T  30168801 ttctgaacaatattctcaatctcttctccgttgcttctagcctcatcaacagtgtgttgcacactagcttttgttccctccagcttttggacattagttt 30168702  T
Q  118 tcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaa 207  Q
    |||||||   |||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| || | |||||| |||||| |||||    
T  30168701 tcatcctttcaaggtttcgcttgtagtagagtatgtaaccaaattgacgaccaataggtacaaccatatactcagcaattttagcagcaa 30168612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 30277126 - 30276943
Alignment:
Q  18 ttctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagttg 117  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||||| | ||||||||| |||||||| || ||||| | | | ||    
T  30277126 ttctggacgatattttcaatctcttctccattccgtctagcctcatcaacagtgtgttgcacactgtcttttaatccctccagattttggatagcggctg 30277027  T
Q  118 tcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttag 201  Q
    ||| |||   |||||||||||||||||| | |||||||||||||||  | ||||||| |  |||||||||||||| | ||||||    
T  30277026 tcacccttaaaaggttgcccttgtaatatattatgtaaccaaattgttgtccaataggtgcaaccgtaaattcagaaattttag 30276943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 21 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 30787873 - 30787720
Alignment:
Q  21 tggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagttgtca 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||  |||||||||   | ||||||  ||| ||||  | || ||| || ||| |||    
T  30787873 tggacaatattttcaatctcttctccgttccttctagccttatccacggtgtgttgcatgctatcttttgatccttccagctttttgacctcggttctca 30787774  T
Q  121 tcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatag 174  Q
    ||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30787773 tcctttcaaggttgcccttgtagtagagtatgtaaccaaattgacgtccaatag 30787720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 30249526 - 30249370
Alignment:
Q  18 ttctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagttg 117  Q
    ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  |||||||||   | ||||||  ||| |||| || || ||| ||||||     
T  30249526 ttctgcacaatattttcaatctcttgcccgttccttctagcctcatcaacggtgtgttgcacgctatcttttgatccttccagatttttgacctcagttc 30249427  T
Q  118 tcatcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatag 174  Q
    |||||||   |||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30249426 tcatcctttcaaggtttctcttgtagtagagtatgtaaccaaattgacgtccaatag 30249370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 20 - 207
Target Start/End: Original strand, 30187162 - 30187349
Alignment:
Q  20 ctggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagttgtc 119  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| ||  |||| ||||| ||||| ||| |||||| | | |||||| |||| || |  | |||||||||||||  |    
T  30187162 ctggacaaacttttcaatctcttctccattatttctagcctcgtcaactttgcgttgcacactatcttttgttccttctagcttttggacatcagtttcc 30187261  T
Q  120 atcctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatagctttaaccgtaaattcagcacttttagtagcaa 207  Q
    |||||   ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| || | |||||| |||||| |||||    
T  30187262 atcctttgaaggttgtccttgtagtagagtatgtaaccaaattgacgaccaataggtacaaccatatactcagcaattttagcagcaa 30187349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 22 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 30221337 - 30221185
Alignment:
Q  22 ggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgcaaaatgtcttttattccctccaaatgttggacatcagttgtcat 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| |   ||||||  ||| || |  | |||||| ||| || ||||    
T  30221337 ggacaatattttcaatctcttctccgttccttctagcctcatcaacactgtgctgcacatgatcttttgatccttcgagcttttggacctcaattttcat 30221238  T
Q  122 cctggtaaggttgcccttgtaatagagtatgtaaccaaattgacgaccaatag 174  Q
    |||   |||||| || ||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30221237 cctttgaaggtttcctttgtagtatagtatgtaaccaaattgacaaccaatag 30221185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 31803060 - 31803003
Alignment:
Q  21 tggacaatattttcaatctcttctccgttccttctggcctcatcaacattgtgttgca 78  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||||||||||| | |||||||||||  |||||||||    
T  31803060 tggacaagattttcaattttttctccgttccttatagcctcatcaactgtgtgttgca 31803003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University