View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18537_high_22 (Length: 358)

Name: NF18537_high_22
Description: NF18537
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18537_high_22
NF18537_high_22
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (1-352)||(30252387-30252738)
chr2 (1-302)||(30172313-30172614)
chr2 (1-294)||(30279853-30280146)
chr2 (1-294)||(30148012-30148305)
chr2 (8-240)||(30068515-30068747)
chr2 (1-236)||(30790578-30790813)
chr2 (8-250)||(30023391-30023633)
chr2 (8-250)||(30037064-30037306)
chr2 (8-250)||(30118489-30118731)
chr2 (8-250)||(30231202-30231444)
chr2 (8-344)||(30183529-30183865)
chr2 (8-240)||(30081797-30082029)
chr2 (8-228)||(30106574-30106794)
chr2 (8-223)||(30133216-30133431)
chr2 (1-220)||(30030390-30030609)
chr2 (1-220)||(30224528-30224747)
chr2 (1-68)||(30104424-30104491)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 352
Target Start/End: Original strand, 30252387 - 30252738
Alignment:
Q  1 ggttggaatgccccagcttgaaatcttgaagctgtctaatatcaactcaaggaaattgtgggatgacaaccttcccggtcattcttgtattcgaaacatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30252387 ggttggaatgccccagcttgaaatcttgaagctgtctaatatcaactcaaggaaattgtgggatgacaaccttcccggtcattcttgtattcgaaacatc 30252486  T
Q  101 aagagtttgacaattgacaaatgtggtggcattgattacgcattctcaccctcagtggctaaagaacttgtaaacttggagtatctcgagattagtaatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30252487 aagagtttgacaattgacaaatgtggtggcattgcgtgtgcattctcatcctcagtggctaaagaacttgtaaacttggagtatctcgagattagtaatt 30252586  T
Q  201 gccaaatgttggagggcatatttatctctgatggaaagttgggaagtctttcttcatctcagatatcattctctgatgatgaggtgagcactatttccaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30252587 gccaaatgttggagggcatatttatctctgatggaaagttgggaagtctttcttcatctcagatatcattctctgatgatgaggtgagcactgtttccaa 30252686  T
Q  301 ctttataactactaactatggattgattttcttttagttctgctacctatgc 352  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30252687 ctttataactgctaactatggattgattttcttttagttctgctacctatgc 30252738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 302
Target Start/End: Original strand, 30172313 - 30172614
Alignment:
Q  1 ggttggaatgccccagcttgaaatcttgaagctgtctaatatcaactcaaggaaattgtgggatgacaaccttcccggtcattcttgtattcgaaacatc 100  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||||||     
T  30172313 ggttggaatgccccaccttgaactcttgaagctgtcaaatatcaactctagaaaactttgggatgacaaccttccaggtcatttttgcattcaaaacatg 30172412  T
Q  101 aagagtttgacaattgacaaatgtggtggcattgattacgcattctcaccctcagtggctaaagaacttgtaaacttggagtatctcgagattagtaatt 200  Q
    |  |||||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||    
T  30172413 agaagtttgacaattgacaaatgtgatggcatagcgtacgcattctcatcctcagtggctagagaacttgtaaacctgaagtatcttgagtttagtaatt 30172512  T
Q  201 gccaaatgttggagggcatatttatctctgatggaaagttgggaagtctttcttcatctcagatatcattctctgatgatgaggtgagcactatttccaa 300  Q
    ||||||||||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||| | |||| |||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  30172513 gccaaatgttggaggacatctttgtctcagatggaaagttgggtaatcttccttcatctcagaaacaattctctgatgatgaggtgagcactgtctccaa 30172612  T
Q  301 ct 302  Q
    ||    
T  30172613 ct 30172614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Original strand, 30279853 - 30280146
Alignment:
Q  1 ggttggaatgccccagcttgaaatcttgaagctgtctaatatcaactcaaggaaattgtgggatgacaaccttcccggtcattcttgtattcgaaacatc 100  Q
    |||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||| |||| |     
T  30279853 ggttgggatgccccatcttgaactcttggagctgtctaatatcacctctaggagattgtgggatgacaactttccaggtcattcttgcattcaaaacttg 30279952  T
Q  101 aagagtttgacaattgacaaatgtggtggcattgattacgcattctcaccctcagtggctaaagaacttgtaaacttggagtatctcgagattagtaatt 200  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||| |||| | |||| |||| ||  |||||||||||| ||||||||||||| || | ||||| |  |||| |||||    
T  30279953 aggagtttgacgattgacaaatgtggtagcatagcttacacattttcgtcctcagtggctagagaacttgtaaacctgcaatatcttggcattaataatt 30280052  T
Q  201 gccaaatgttggagggcatatttatctctgatggaaagttgggaagtctttcttcatctcagatatcattctctgatgatgaggtgagcactat 294  Q
    |||  |||||||| |  |||||| |||| |||||||| ||||| ||| |  ||||| |||||| | |||| |||||||||||||||||||||||    
T  30280053 gcctgatgttggaagagatatttgtctccgatggaaatttgggcagtgtaacttcaactcagaaaccattttctgatgatgaggtgagcactat 30280146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 294
Target Start/End: Original strand, 30148012 - 30148305
Alignment:
Q  1 ggttggaatgccccagcttgaaatcttgaagctgtctaatatcaactcaaggaaattgtgggatgacaaccttcccggtcattcttgtattcgaaacatc 100  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||| ||||| |||| ||||||||||| |||| |||| |     
T  30148012 ggttggaatgccccaccttgaactcttcaagctgtctaatatcacctctaggagattgtaggataacaactttccaggtcattcttgcattcaaaacttg 30148111  T
Q  101 aagagtttgacaattgacaaatgtggtggcattgattacgcattctcaccctcagtggctaaagaacttgtaaacttggagtatctcgagattagtaatt 200  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||| |||| | |||| |||| ||  ||||||| |||| ||||||||||||| || | ||||| |  |||| |||||    
T  30148112 aggagtttgacgattgacaaatgtggtagcatagcttacacattttcgtcctcagttgctagagaacttgtaaacctgcaatatcttggcattaataatt 30148211  T
Q  201 gccaaatgttggagggcatatttatctctgatggaaagttgggaagtctttcttcatctcagatatcattctctgatgatgaggtgagcactat 294  Q
    |||  |||||||| |  |||||| |||| |||||||| ||||| | |||  ||||| |||||| | |||| |||||||||||||||||||||||    
T  30148212 gcctgatgttggaagagatatttgtctccgatggaaatttgggcaatctaacttcaactcagaaaccattttctgatgatgaggtgagcactat 30148305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 8 - 240
Target Start/End: Original strand, 30068515 - 30068747
Alignment:
Q  8 atgccccagcttgaaatcttgaagctgtctaatatcaactcaaggaaattgtgggatgacaaccttcccggtcattcttgtattcgaaacatcaagagtt 107  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||| ||| | || |||||||| |||| |||| | | |||||    
T  30068515 atgccccaccttgaactcttgaagctgtctaagatcaattctaggaaactgtgggatgacaaactttcggggcattcttgcattcaaaacttgaggagtt 30068614  T
Q  108 tgacaattgacaaatgtggtggcattgattacgcattctcaccctcagtggctaaagaacttgtaaacttggagtatctcgagattagtaattgccaaat 207  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |  || ||||||||| ||||| |||||  ||| ||||||||| || || |||| ||||||||||||||||||||    
T  30068615 tgacaattgacaaatgtggtagcatagcctatgcattctcatcctcaatggctggagagcttgtaaacctgcagcatcttgagattagtaattgccaaat 30068714  T
Q  208 gttggagggcatatttatctctgatggaaagtt 240  Q
    |||||||   ||| || |||| |||||||||||    
T  30068715 gttggagcagataattgtctcagatggaaagtt 30068747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 30790578 - 30790813
Alignment:
Q  1 ggttggaatgccccagcttgaaatcttgaagctgtctaatatcaactcaaggaaattgtgggatgacaaccttcccggtcattcttgtattcgaaacatc 100  Q
    |||||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| || | |||| |     
T  30790578 ggttgggatgccccaccttgaactcttgaagctttctaatatcaattctaggaaactgtgggatgacaaacttccaggtcattcttgcatgcaaaacttg 30790677  T
Q  101 aagagtttgacaattgacaaatgtggtggcattgattacgcattctcaccctcagtggctaaagaacttgtaaacttggagtatctcgagattagtaatt 200  Q
    |||||||||||| |||||| |||| ||  |||    |||||||||||| |||||||||||   ||  | ||||| ||| || |||| | |||||||||||    
T  30790678 aagagtttgacacttgacagatgttgtaacatatcgtacgcattctcatcctcagtggctggcgagttggtaaatttgaagcatcttgcgattagtaatt 30790777  T
Q  201 gccaaatgttggagggcatatttatctctgatggaa 236  Q
    |||||||||||||||  |||||| |||| |||||||    
T  30790778 gccaaatgttggaggagatatttgtctcagatggaa 30790813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 8 - 250
Target Start/End: Original strand, 30023391 - 30023633
Alignment:
Q  8 atgccccagcttgaaatcttgaagctgtctaatatcaactcaaggaaattgtgggatgacaaccttcccggtcattcttgtattcgaaacatcaagagtt 107  Q
    |||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||| |    |||| ||||||||||||| ||||   |||||||| | || | |||| | |||||||    
T  30023391 atgccccaccttgaactattgaagctgtctaagatcaattgtgagaaactgtgggatgacaaacttctgagtcattctcgcatgcaaaacttgaagagtt 30023490  T
Q  108 tgacaattgacaaatgtggtggcattgattacgcattctcaccctcagtggctaaagaacttgtaaacttggagtatctcgagattagtaattgccaaat 207  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||    |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| || | | |||  |||||||||||||||||||    
T  30023491 tgacaatggacaaatgtggtagcatgagatacgcattctcatcctcagttgctagagaacttgtaaacctgaaatctcttaagattagtaattgccaaat 30023590  T
Q  208 gttggagggcatatttatctctgatggaaagttgggaagtctt 250  Q
    |||||||| ||||||| |||| |||||| |||| || ||||||    
T  30023591 gttggaggacatatttgtctcagatggagagttcggcagtctt 30023633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 8 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 30037306 - 30037064
Alignment:
Q  8 atgccccagcttgaaatcttgaagctgtctaatatcaactcaaggaaattgtgggatgacaaccttcccggtcattcttgtattcgaaacatcaagagtt 107  Q
    |||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||| |    |||| ||||||||||||| ||||   |||||||| | || | |||| | |||||||    
T  30037306 atgccccaccttgaactattgaagctgtctaacatcaattgtgagaaactgtgggatgacaaacttctgagtcattctcgcatgcaaaacttgaagagtt 30037207  T
Q  108 tgacaattgacaaatgtggtggcattgattacgcattctcaccctcagtggctaaagaacttgtaaacttggagtatctcgagattagtaattgccaaat 207  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||    |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| || | | |||  |||||||||||||||||||    
T  30037206 tgacaatggacaaatgtggtagcatgagatacgcattctcatcctcagttgctagagaacttgtaaacctgaaatctcttaagattagtaattgccaaat 30037107  T
Q  208 gttggagggcatatttatctctgatggaaagttgggaagtctt 250  Q
    |||||||| ||||||| |||| |||||| |||| || ||||||    
T  30037106 gttggaggacatatttgtctcagatggagagttcggcagtctt 30037064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 8 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 30118731 - 30118489
Alignment:
Q  8 atgccccagcttgaaatcttgaagctgtctaatatcaactcaaggaaattgtgggatgacaaccttcccggtcattcttgtattcgaaacatcaagagtt 107  Q
    |||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||| |    |||| ||||||||||||| ||||   |||||||| | || | |||| | |||||||    
T  30118731 atgccccaccttgaactattgaagctgtctaagatcaattgtgagaaactgtgggatgacaaacttctgagtcattctcgcatgcaaaacttgaagagtt 30118632  T
Q  108 tgacaattgacaaatgtggtggcattgattacgcattctcaccctcagtggctaaagaacttgtaaacttggagtatctcgagattagtaattgccaaat 207  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||    |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| || | | |||  |||||||||||||||||||    
T  30118631 tgacaatggacaaatgtggtagcatgagatacgcattctcatcctcagttgctagagaacttgtaaacctgaaatctcttaagattagtaattgccaaat 30118532  T
Q  208 gttggagggcatatttatctctgatggaaagttgggaagtctt 250  Q
    |||||||| ||||||| |||| |||||| |||| || ||||||    
T  30118531 gttggaggacatatttgtctcagatggagagttcggcagtctt 30118489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 8 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 30231444 - 30231202
Alignment:
Q  8 atgccccagcttgaaatcttgaagctgtctaatatcaactcaaggaaattgtgggatgacaaccttcccggtcattcttgtattcgaaacatcaagagtt 107  Q
    |||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||| |    |||| ||||||||||||| ||||   |||||||| | || | |||| | |||||||    
T  30231444 atgccccaccttgaactattgaagctgtctaacatcaattgtgagaaactgtgggatgacaaacttctgagtcattctcgcatgcaaaacttgaagagtt 30231345  T
Q  108 tgacaattgacaaatgtggtggcattgattacgcattctcaccctcagtggctaaagaacttgtaaacttggagtatctcgagattagtaattgccaaat 207  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||    |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| || | | |||  |||||||||||||||||||    
T  30231344 tgacaatggacaaatgtggtagcatgagatacgcattctcatcctcagttgctagagaacttgtaaacctgaaatctcttaagattagtaattgccaaat 30231245  T
Q  208 gttggagggcatatttatctctgatggaaagttgggaagtctt 250  Q
    |||||||| ||||||| |||| |||||| |||| || ||||||    
T  30231244 gttggaggacatatttgtctcagatggagagttcggcagtctt 30231202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 8 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 30183865 - 30183529
Alignment:
Q  8 atgccccagcttgaaatcttgaagctgtctaatatcaactcaaggaaattgtgggatgacaaccttcccggtcattcttgtattcgaaacatcaagagtt 107  Q
    |||||||| |||||| | |||||||| ||||| ||||| || |||||| |||||||||| || |||||  ||| |||||| || | |||| | |  ||||    
T  30183865 atgccccaccttgaactattgaagctctctaagatcaaatctaggaaactgtgggatgataaacttccgagtcgttcttggatgcaaaacttgagaagtt 30183766  T
Q  108 tgacaattgacaaatgtggtggcattgattacgcattctcaccctcagtggctaaagaacttgtaaacttggagtatctcgagattagtaattgccaaat 207  Q
    ||||||| |||  ||||| |  ||| |  | |  ||||||| |||| || || | |||| |||||||| || || | || | ||||||||||||||||||    
T  30183765 tgacaatagacggatgtgataacatagcatgcatattctcatcctcggtcgccagagaatttgtaaacctgaagcaacttgtgattagtaattgccaaat 30183666  T
Q  208 gttggagggcatatttatctctgatggaaagttgggaagtctttcttcatctcagatatcattctctgatgatgaggtgagcactatttccaactttata 307  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| |||  ||||||| | |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| | ||    
T  30183665 gttggagggcatatttgtccctgatggaaagttgggtagtcttcctttgtctcagaaaccattctctaatgatgaggtgaacactgtttccaactctgta 30183566  T
Q  308 actactaactatggattgattttcttttagttctgct 344  Q
    | || ||||||| |  ||||||| | ||| |||||||    
T  30183565 aatattaactattgtatgattttatcttacttctgct 30183529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 8 - 240
Target Start/End: Original strand, 30081797 - 30082029
Alignment:
Q  8 atgccccagcttgaaatcttgaagctgtctaatatcaactcaaggaaattgtgggatgacaaccttcccggtcattcttgtattcgaaacatcaagagtt 107  Q
    |||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||| |    |||| ||||||||||||| ||||   |||||||| | || | |||| | |||||||    
T  30081797 atgccccaccttgaactattgaagctgtctaacatcaattgtgagaaactgtgggatgacaaacttctgagtcattctcgcatgcaaaacttgaagagtt 30081896  T
Q  108 tgacaattgacaaatgtggtggcattgattacgcattctcaccctcagtggctaaagaacttgtaaacttggagtatctcgagattagtaattgccaaat 207  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||    |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| || | | |||  |||||||||||||||||||    
T  30081897 tgacaatggacaaatgtggtagcatgagatacgcattctcatcctcagttgctagagaacttgtaaacctgaaatctcttaagattagtaattgccaaat 30081996  T
Q  208 gttggagggcatatttatctctgatggaaagtt 240  Q
    ||||||||  |||||| |||| |||||| ||||    
T  30081997 gttggaggaaatatttgtctcagatggagagtt 30082029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 8 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 30106794 - 30106574
Alignment:
Q  8 atgccccagcttgaaatcttgaagctgtctaatatcaactcaaggaaattgtgggatgacaaccttcccggtcattcttgtattcgaaacatcaagagtt 107  Q
    |||| ||| |||||| | |||||||||||||| ||||| |    |||| ||||||||||||| ||||   |||||||| | || | |||| | |||||||    
T  30106794 atgctccaccttgaactattgaagctgtctaagatcaattgcgagaaactgtgggatgacaaacttcgtagtcattctcgcatgcaaaacttgaagagtt 30106695  T
Q  108 tgacaattgacaaatgtggtggcattgattacgcattctcaccctcagtggctaaagaacttgtaaacttggagtatctcgagattagtaattgccaaat 207  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||    |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| || | | |||  |||||||||||||||||||    
T  30106694 tgacaatagacaaatgtggtagcatgagatacgcattctcatcctcagttgctagagaacttgtaaacctgaaatctcttaagattagtaattgccaaat 30106595  T
Q  208 gttggagggcatatttatctc 228  Q
    |||||||| ||||||| ||||    
T  30106594 gttggaggacatatttgtctc 30106574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 8 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 30133431 - 30133216
Alignment:
Q  8 atgccccagcttgaaatcttgaagctgtctaatatcaactcaaggaaattgtgggatgacaaccttcccggtcattcttgtattcgaaacatcaagagtt 107  Q
    |||||||| |||||| | |||||| ||||||| ||||| |    |||| ||||||||||||| ||||   |||||||| | || | |||| | |||||||    
T  30133431 atgccccaccttgaactattgaagttgtctaagatcaattgtgagaaactgtgggatgacaaacttctgagtcattctcgcatgcaaaacttgaagagtt 30133332  T
Q  108 tgacaattgacaaatgtggtggcattgattacgcattctcaccctcagtggctaaagaacttgtaaacttggagtatctcgagattagtaattgccaaat 207  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||    |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| || | | |||  |||||||||||| |||| |    
T  30133331 tgaaaattgacaaatgtggtagcatgagatacgcattctcatcctcagttgctagagaacttgtaaacctgaaatctcttaagattagtaatttccaatt 30133232  T
Q  208 gttggagggcatattt 223  Q
    |||||||| |||||||    
T  30133231 gttggaggacatattt 30133216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 30030390 - 30030609
Alignment:
Q  1 ggttggaatgccccagcttgaaatcttgaagctgtctaatatcaactcaaggaaattgtgggatgacaaccttcccggtcattcttgtattcgaaacatc 100  Q
    |||||||||| |||| || || | ||||||||||||||| ||||| ||  | ||||| ||||||||||  |   | ||| |||||||| ||| |||| |     
T  30030390 ggttggaatgtcccaactggagaccttgaagctgtctaagatcaattcttgtaaattatgggatgacatacaatcgggttattcttgtgttcaaaacttg 30030489  T
Q  101 aagagtttgacaattgacaaatgtggtggcattgattacgcattctcaccctcagtggctaaagaacttgtaaacttggagtatctcgagattagtaatt 200  Q
    |  ||||||||| |||||||||||| |   ||   ||||  ||||||| ||  |||||||| ||||||||||| | || | ||||| ||||||||||| |    
T  30030490 acaagtttgacagttgacaaatgtgataagataacttacatattctcatccgtagtggctagagaacttgtaaccctgcaatatcttgagattagtaact 30030589  T
Q  201 gccaaatgttggagggcata 220  Q
    ||||||||||||||| ||||    
T  30030590 gccaaatgttggaggacata 30030609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 30224528 - 30224747
Alignment:
Q  1 ggttggaatgccccagcttgaaatcttgaagctgtctaatatcaactcaaggaaattgtgggatgacaaccttcccggtcattcttgtattcgaaacatc 100  Q
    |||||||||| |||| || || | ||||||||||||||| ||||| ||  | ||||| ||||||||||  |   | ||| |||||||| ||| |||| |     
T  30224528 ggttggaatgtcccaactggagaccttgaagctgtctaagatcaattcttgtaaattatgggatgacatacaatcgggttattcttgtgttcaaaacttg 30224627  T
Q  101 aagagtttgacaattgacaaatgtggtggcattgattacgcattctcaccctcagtggctaaagaacttgtaaacttggagtatctcgagattagtaatt 200  Q
    |  ||||||||| |||||||||||| |   ||   ||||  ||||||| ||  |||||||| ||||||||||| | || | ||||| ||||||||||| |    
T  30224628 acaagtttgacagttgacaaatgtgataagataacttacatattctcatccgtagtggctagagaacttgtaaccctgcaatatcttgagattagtaact 30224727  T
Q  201 gccaaatgttggagggcata 220  Q
    ||||||||||||||| ||||    
T  30224728 gccaaatgttggaggacata 30224747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 68
Target Start/End: Original strand, 30104424 - 30104491
Alignment:
Q  1 ggttggaatgccccagcttgaaatcttgaagctgtctaatatcaactcaaggaaattgtgggatgaca 68  Q
    |||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| ||||||||||    
T  30104424 ggttggaatgtcccaacttgagaccttgaagctgtctaagatcaattcttggaaattatgggatgaca 30104491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University