View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1854_low_10 (Length: 588)

Name: NF1854_low_10
Description: NF1854
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1854_low_10
NF1854_low_10
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-580)||(7581199-7581778)
chr1 (3-576)||(7099472-7100045)
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (3-576)||(17982958-17983522)
chr5 (3-518)||(30206631-30207146)
chr5 (3-497)||(30521107-30521601)
chr5 (3-497)||(30561447-30561941)
chr5 (3-518)||(29872283-29872798)
chr5 (90-518)||(30338094-30338519)
chr5 (3-533)||(29853405-29853935)
chr5 (90-516)||(30483515-30483938)
chr5 (90-533)||(30435910-30436353)
chr5 (3-574)||(30749696-30750267)
chr5 (3-518)||(30241863-30242369)
chr5 (3-559)||(30060437-30060993)
chr5 (90-533)||(30712994-30713437)
chr5 (3-517)||(30400184-30400698)
chr5 (11-499)||(30475503-30475991)
chr5 (331-518)||(30676978-30677165)
chr5 (145-274)||(30330779-30330908)
chr5 (90-211)||(30676857-30676978)
chr5 (3-76)||(17418075-17418148)
chr5 (301-518)||(30330911-30331128)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (1-575)||(13616649-13617221)
chr4 (6-518)||(52352067-52352580)
chr4 (3-475)||(20296064-20296536)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (3-533)||(26707429-26707956)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (94-424)||(25293497-25293827)
chr3 (9-76)||(38939511-38939578)
chr3 (3-64)||(25293423-25293484)
[»] scaffold0511 (1 HSPs)
scaffold0511 (31-76)||(9295-9340)
[»] scaffold0230 (1 HSPs)
scaffold0230 (31-76)||(4615-4660)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (31-76)||(18873364-18873409)
chr6 (31-68)||(16797119-16797156)
chr6 (31-76)||(18806370-18806415)
chr6 (301-353)||(16987119-16987171)
[»] scaffold0133 (2 HSPs)
scaffold0133 (3-67)||(8458-8522)
scaffold0133 (31-67)||(12800-12836)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (265-353)||(8816-8904)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (36-76)||(13378033-13378073)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 539; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 580
Target Start/End: Original strand, 7581199 - 7581778
Alignment:
Q  1 tattgttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagtnnnnnnntgtgcgggattgcctct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||    
T  7581199 tattgttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagtaaaaaaatgtgcgggattgcctct 7581298  T
Q  101 tgcaacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaat 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7581299 tgcagcacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaat 7581398  T
Q  201 tctactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatca 300  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7581399 tctactttgccagctctgagattgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatca 7581498  T
Q  301 tgaaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaatt 400  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7581499 tgaaggaagaattgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaatt 7581598  T
Q  401 gtgccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatcagta 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7581599 gtgccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatcagta 7581698  T
Q  501 gtggtgcaagaatgtatggttttagagaatgcatgtttgacaaatatgtcaaaaagcacccttcatattagtttcatctc 580  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7581699 gtggtgcaagaatgtatggttttagagaatgaatgtttgacaaatatgtcaaaaagcacccatcatattagtttcatctc 7581778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 7100045 - 7099472
Alignment:
Q  3 ttgttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagtnnnnnnntgtgcgggattgcctcttg 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||       ||||  |||||||||||||    
T  7100045 ttgttcaaacaatatgcatttggacattacagagaagagcgtgctgagcttgtgaaaataggcaaggagatagtaaaaaagtgtggaggattgcctcttg 7099946  T
Q  103 caacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaattc 202  Q
    || |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||| | |||| ||||||||| ||||||||    
T  7099945 cagcacaagcattagggtgtctaatgcattcaagaagtgaagaaaaagcatggttagaaattaaagagagtgagatctgggctttaccgcacgagaattc 7099846  T
Q  203 tactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatcatg 302  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  7099845 tattttgccagctttgaggttgagctacttccatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcgcaaagatacaaaaatcatg 7099746  T
Q  303 aaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgt 402  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7099745 aaggaagaattgattcatctttggatggctaatggatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggaaacatgatttggaatgaattgt 7099646  T
Q  403 gccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatcagtagt 502  Q
     |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  7099645 accaaaaatctttctttcaagacatccatatggatgattattcaagagtgatttctttcaaaatgcatgatctcgtccatgatcttgctcaatcagtagg 7099546  T
Q  503 ggtgcaagaatgtatggttttagagaatgcatgtttgacaaatatgtcaaaaagcacccttcatattagtttca 576  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| ||  ||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  7099545 ggggcaagaatgtatggttttagataatgcatatgtgactaacttgtcaaaaagcacacatcatattagtttca 7099472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 3 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 17983522 - 17982958
Alignment:
Q  3 ttgttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagtnnnnnnntgtgcgggattgcctcttg 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |   |||||||||  ||||||||||||||||||       ||||  |||||||||||||    
T  17983522 ttgttcaaacaatatgcatttgggcatgatagagaagagcctttcgagcttgtgaaaataggcaaggagatagtaaaaaagtgtggaggattgcctcttg 17983423  T
Q  103 caacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaattc 202  Q
    || || ||||||| ||||| |||||||| ||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  17983422 cagcaaaagcattagggtgcctaatgcattcaa---------aaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctctgggctttaccgcatgagaattc 17983332  T
Q  203 tactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatcatg 302  Q
    || ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  || ||||||||    
T  17983331 tattttcccagctctaaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcccaaagaagcagaaatcatg 17983232  T
Q  303 aaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgt 402  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17983231 aaagaagaactaattcatctttggatggctaataaatttatctcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgt 17983132  T
Q  403 gccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatcagtagt 502  Q
     |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| |  ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  17983131 accaaaaatctttctttcaagacatccatattgatgattattcaagtgtgatttctttcaaaatgcacgatctcgtccatgatcttgctcaatcagtagc 17983032  T
Q  503 ggtgcaagaatgtatggttttagagaatgcatgtttgacaaatatgtcaaaaagcacccttcatattagtttca 576  Q
    || ||| |||||| |||||||||||||||||| | |||| ||  |||||||||| || | | ||||||||||||    
T  17983031 ggggcatgaatgtgtggttttagagaatgcatctgtgactaacttgtcaaaaagtacacattatattagtttca 17982958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 3 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 30207146 - 30206631
Alignment:
Q  3 ttgttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagtnnnnnnntgtgcgggattgcctcttg 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||       ||||  |||||||||||||    
T  30207146 ttgttcaaacaatatgcatttggacaaaatagagaagagcgtgcagagcttgtggaaataggaaaggagatagtaaagaaatgtgatggattgcctcttg 30207047  T
Q  103 caacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaattc 202  Q
    || |||||||||||||  ||||||||   ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||||||     
T  30207046 cagcacaagcattgggaggtctaatgagttcaaggaatgaagaaaaagaatggcttgaaattaaagagagtgaactttgggctttaccacatgagaatta 30206947  T
Q  203 tactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatcatg 302  Q
    || ||| || ||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || || ||    
T  30206946 tattttacctgctttgaggttgagctactttcatttaactccaaccttaaagcggtgtttcgctttttgtgctatgtttcccaaagatacagaattcgtg 30206847  T
Q  303 aaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgt 402  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  30206846 agggaagaattgattcatctttggatggctaatgaatttattttatctagggaaaatatggaggttgaagatgttggcagcatggtttggaatgaattgt 30206747  T
Q  403 gccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatcagtagt 502  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  | |||||  | | |||  |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |    
T  30206746 gccaaaaatctttctttcaagacatcaagatggacaacggttctggagacatttctttcaagatgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaat 30206647  T
Q  503 ggtgcaagaatgtatg 518  Q
    ||  ||||||||||||    
T  30206646 gggtcaagaatgtatg 30206631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 3 - 497
Target Start/End: Original strand, 30521107 - 30521601
Alignment:
Q  3 ttgttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagtnnnnnnntgtgcgggattgcctcttg 102  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||    | ||||||||  ||||||| || ||||||||       |||| ||||||||||||||    
T  30521107 ttgttcaaacaatatgcatttcgacatgatagagagcagcagactgagcttgtcacaataggaaaagagatagtaaagaagtgtgggggattgcctcttg 30521206  T
Q  103 caacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaattc 202  Q
    || |||||||||||||  | ||||||  ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||  | |||||  ||||||| ||||||||||    
T  30521207 cagcacaagcattgggaggcctaatgtgctcaaggagtggagaaaaagaatggcttgaaattaaagatagcaggatttggtctttaccgaatgagaattc 30521306  T
Q  203 tactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatcatg 302  Q
    || |||||| ||| | |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||| | ||||||||    
T  30521307 tattttgcctgctttaaggttgagctactttcatttaaacccaaccttaaaacaatgtttcactttttgtgccatgtttcccaaagatatagaaatcatg 30521406  T
Q  303 aaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgt 402  Q
    |||| |||  | |||||||| ||||| || || | |||||| ||||| ||  ||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  30521407 aagggagatttaattcatctctggatcgccaacggatttatatcatcaagggaaaatttagaggtagaagatgttggaaatatgatttggaatgaattgt 30521506  T
Q  403 gccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatca 497  Q
    |||||||||| || || ||||| ||  | ||||  ||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  30521507 gccaaaagtcatttttccaagaaatcaagatggtcgatgattcaggaggcatttctttcaagttgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatca 30521601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 3 - 497
Target Start/End: Original strand, 30561447 - 30561941
Alignment:
Q  3 ttgttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagtnnnnnnntgtgcgggattgcctcttg 102  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||    | ||||||||  ||||||| || ||||||||       |||| ||||||||||||||    
T  30561447 ttgttcaaacaatatgcatttcgacatgatagagagcagcagactgagcttgtcacaataggaaaagagatagtaaagaagtgtgggggattgcctcttg 30561546  T
Q  103 caacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaattc 202  Q
    || |||||||||||||  | ||||||  ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||  | |||||  ||||||| ||||||||||    
T  30561547 cagcacaagcattgggaggcctaatgtgctcaaggagtggagaaaaagaatggcttgaaattaaagatagcaggatttggtctttaccgaatgagaattc 30561646  T
Q  203 tactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatcatg 302  Q
    || |||||| ||| | |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||| | ||||||||    
T  30561647 tattttgcctgctttaaggttgagctactttcatttaaacccaaccttaaaacaatgtttcactttttgtgccatgtttcccaaagatatagaaatcatg 30561746  T
Q  303 aaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgt 402  Q
    |||| |||  | |||||||| ||||| || || | |||||| ||||| ||  ||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  30561747 aagggagatttaattcatctctggatcgccaacggatttatatcatcaagggaaaatttagaggtagaagatgttggaaatatgatttggaatgaattgt 30561846  T
Q  403 gccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatca 497  Q
    |||||||||| || || ||||| ||  | ||||  ||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  30561847 gccaaaagtcatttttccaagaaatcaagatggtcgatgattcaggaggcatttctttcaagttgcatgatcttgtccatgatcttgctcaatca 30561941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 3 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 29872798 - 29872283
Alignment:
Q  3 ttgttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagtnnnnnnntgtgcgggattgcctcttg 102  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || | |||||||||  | || ||||| ||| |||||| |||||||| ||       |||   |||||||||||||    
T  29872798 ttgttcaaagaatatgcatttggatattacagagaagagcatacaaagcttatggaaataggaaaggagattgtaaagaaatgtaatggattgcctcttg 29872699  T
Q  103 caacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaattc 202  Q
    || || ||||||||||  || | |||  |||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| || || |||||||||| |||| |||| || |||||    
T  29872698 cagcaaaagcattgggaggtttgatgagctcaaggaatgaagaaaaggaatggcttgatattaaggacagtgagctttgggctttatcgcaagaaaattc 29872599  T
Q  203 tactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatcatg 302  Q
    || |||||  ||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||| ||||||| ||    
T  29872598 tattttgcttgctttgaggttgagttacttttatttaacaccaaccctaaagcaatgtttctctttttgcgctatatttcccaaggatagaaaaatcctg 29872499  T
Q  303 aaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgt 402  Q
    || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||    
T  29872498 aaagaagaattgattcaactttggatggctaatgaatttatttcatctatgggtaatttggacgttgaagatgttggaaacatggtttggaaggaattgt 29872399  T
Q  403 gccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatcagtagt 502  Q
     |||||| || |||||||||||     | ||||||||  ||||  |||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| |||| |||| || |    
T  29872398 accaaaaatcattctttcaagatggcaagatggatgaatattctggagacatttctttcaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaatcaataat 29872299  T
Q  503 ggtgcaagaatgtatg 518  Q
    || |||||||||||||    
T  29872298 ggggcaagaatgtatg 29872283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 9e-87
Query Start/End: Original strand, 90 - 518
Target Start/End: Original strand, 30338094 - 30338519
Alignment:
Q  90 ggattgcctcttgcaacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttac 189  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||  ||||| || |||||||||||||||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||    
T  30338094 ggattgcctcttgcagcaaaagcattggggggtttaatggtctcaatgaatgaagaaaaggaatggcttgatattaaagacagtgagctttgggatttac 30338193  T
Q  190 cgcatgagaattctactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaaga 289  Q
    | ||||| || |||| ||| || ||| |||| ||||| |||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  30338194 cacatgaaaaatctattttacctgctttgagtttgagttacttttatttaacaccaaccctaaagcaatgtttctccttttgtgctatatttcccaaaga 30338293  T
Q  290 tacaaaaatcatgaaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatt 389  Q
    || | ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||   |  |  ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  30338294 tagagaaatcctgaaggaagaattgattcaactttggatggctaatggatttattgca---aagaggaatttagaggttgaagatgttggaaacatggtt 30338390  T
Q  390 tggaatgaattgtgccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttg 489  Q
    ||||| ||||||| | |||| || ||||||||||| |   | ||||||||  ||||  |||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| |    
T  30338391 tggaaggaattgtacaaaaaatcgttctttcaagatagcaagatggatgaatattctggagacatttctttcaagatgcatgatcttgtccatgatctcg 30338490  T
Q  490 ctcgatcagtagtggtgcaagaatgtatg 518  Q
    ||| ||||||| ||| |||||||||||||    
T  30338491 ctcaatcagtaatggggcaagaatgtatg 30338519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 3 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 29853935 - 29853405
Alignment:
Q  3 ttgttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagtnnnnnnntgtgcgggattgcctcttg 102  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||   |||||||||  | || ||||||||| |||||| |||||||| ||       |||   |||||||||||||    
T  29853935 ttgttcaaagaatatgcatttggatatttcagagaagagcatacaaagcttgtggaaataggaaaggagattgtaaagaaatgtaatggattgcctcttg 29853836  T
Q  103 caacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaattc 202  Q
    || || || |||||||  || | |||  |||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||| || |||||||||| |||||| || || |||||    
T  29853835 cagcaaaaacattgggaggtttgatgagctcaaggaatgaagaaaaggaatggcttgatattaaagacagtgagctttgggctttaccacaagaaaattc 29853736  T
Q  203 tactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatcatg 302  Q
    || |||||  ||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||| ||||||||||| || |||  | ||||| ||    
T  29853735 tattttgcttgctttgaggttgagttacttttatttaacaccaaccctaaaacaatgtttctccttttgcgctatatttcccaaggatggagaaatcctg 29853636  T
Q  303 aaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgt 402  Q
    || |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||     |||||||| |||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||    
T  29853635 aaagaagaattgattcaactttggatggctaatggatttatttcatctaagggtaatttggacgttgaagatgttggaaatatggtttggaaggaattgt 29853536  T
Q  403 gccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatcagtagt 502  Q
     ||||||||| ||||||||||| ||  | ||||||||  | ||  ||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||| |||| ||||||| |    
T  29853535 accaaaagtcattctttcaagatatcaagatggatgaatactctggagacatttttttcaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaatcagtaat 29853436  T
Q  503 ggtgcaagaatgtatggttttagagaatgca 533  Q
    || |||||||||| ||  ||| |||||||||    
T  29853435 ggggcaagaatgtgtgtatttggagaatgca 29853405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 90 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 30483938 - 30483515
Alignment:
Q  90 ggattgcctcttgcaacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttac 189  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||  ||||| || |||||||||||||||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||    
T  30483938 ggattgcctcttgcagcaaaagcattggggggtttaatggtctcaatgaatgaagaaaaggaatggcttgatattaaagacagtgagctttgggatttac 30483839  T
Q  190 cgcatgagaattctactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaaga 289  Q
    | ||||| || |||| ||| || ||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  30483838 cacatgaaaaatctattttacctgctttgaggttgagttacttttatttaacaccaaccctaaagcaatgtttctccttttgtgctatatttcccaaaga 30483739  T
Q  290 tacaaaaatcatgaaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatt 389  Q
    || | ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||   |  |  ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||    
T  30483738 tagagaaatcctgaaggaagaattgattcagctttggatggctaatggatttattgca---aagaggaatttagaggttgaagatgttggaaacatggtt 30483642  T
Q  390 tggaatgaattgtgccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttg 489  Q
    ||||| ||||||| |  ||| || ||||||||||| |   | ||||||||  ||||  |||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| |    
T  30483641 tggaaggaattgtacagaaaatcgttctttcaagatagcaagatggatgaatattctggagacatttctttcaagatgcatgatcttgtccatgatctcg 30483542  T
Q  490 ctcgatcagtagtggtgcaagaatgta 516  Q
    ||| ||||||| ||| |||||||||||    
T  30483541 ctcaatcagtaatggggcaagaatgta 30483515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 160; E-Value: 6e-85
Query Start/End: Original strand, 90 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 30436353 - 30435910
Alignment:
Q  90 ggattgcctcttgcaacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttac 189  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| || | |||  |||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||| || |||||||||| |||||    
T  30436353 ggattgcctcttgcagcaaaagcattggggggtttgatgagctcaaggaatgaagaaaaggaatggcttgatattaaagacagtgagctttgggctttac 30436254  T
Q  190 cgcatgagaattctactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaaga 289  Q
    | || || ||||||| |||||| ||| |||| ||||| |||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||    
T  30436253 cacaagaaaattctattttgcccgctttgagattgagttacttttatttaacaccaaccctaaagcaatgtttctctttttgtgctatatttcccaagga 30436154  T
Q  290 tacaaaaatcatgaaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatt 389  Q
    || | ||||| | || |||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||| |||||||||||||| || ||| ||    
T  30436153 tagagaaatcctaaaagaagaattgattcgactttggatggctaatgaatttatttcatctatgggtaatttggacgttgaagatgttggaaaaatggtt 30436054  T
Q  390 tggaatgaattgtgccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttg 489  Q
    ||||| ||||||| |||||| || ||||||||||| |   | ||||||||  |||   |||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| |    
T  30436053 tggaaggaattgtaccaaaaatcattctttcaagatagcaagatggatgaatattttggagacatttctttcaagatgcatgatcttgtccatgatctcg 30435954  T
Q  490 ctcgatcagtagtggtgcaagaatgtatggttttagagaatgca 533  Q
    ||| |||||||  || | |||||||||||  ||| |||||||||    
T  30435953 ctcaatcagtaacggggaaagaatgtatgtatttggagaatgca 30435910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 3 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 30750267 - 30749696
Alignment:
Q  3 ttgttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagtnnnnnnntgtgcgggattgcctcttg 102  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | | ||||||| |||| || || ||||||||||| |||||||||||       |||   |||||||||||||    
T  30750267 ttgttcgaacaatatgcatttggacattacaaagaagagcgtgctgatctcgtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttg 30750168  T
Q  103 caacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaattc 202  Q
    || || ||||||||||  || ||||| |||||||||  || |||||||||||| || |||||||||| || || |||||||||||| |  |||| |||||    
T  30750167 cagcaaaagcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagatagtgaactttgggatttatcagatgaaaattc 30750068  T
Q  203 tactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatcatg 302  Q
     | |||||| ||| |||||||||| |||||| ||||| |  || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||| |     
T  30750067 cattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatccta 30749968  T
Q  303 aaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgt 402  Q
    |||||| || |||||   |||||||||||||||| ||| |||||||||||    ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  30749967 aaggaaaaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtaatatggaggttgaagatgttggcatcatggtttgggatgaattgt 30749868  T
Q  403 gccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatcagtagt 502  Q
      ||||| || ||||||||||| |   | ||||||||   |||  | |||||||| ||||| || ||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |    
T  30749867 atcaaaaatcattctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagattcatgatcttgtccatgatcttgctcaatcagtaat 30749768  T
Q  503 ggtgcaagaatgtatggttttagagaatgcatgtttgacaaatatgtcaaaaagcacccttcatattagttt 574  Q
    || |||||||||||||  ||| |||||||||   ||||| | | |||| |||||||| |  |||||||||||    
T  30749767 ggggcaagaatgtatgtatttggagaatgcaaacttgactagtttgtcgaaaagcacacaccatattagttt 30749696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 3 - 518
Target Start/End: Original strand, 30241863 - 30242369
Alignment:
Q  3 ttgttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagtnnnnnnntgtgcgggattgcctcttg 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||  |||||| |||||||| ||       |||   |||||||||||||    
T  30241863 ttgttcaaacaatatgcatttggacattatagagaagagagtacaaagcttgtgaaaataggaaaggagattgtaaagaaatgtaatggattgcctcttg 30241962  T
Q  103 caacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaattc 202  Q
    || |  ||||||||||  || |||||  |||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  || || || || ||||     
T  30241963 cagcgaaagcattgggaggtttaatgagctcaaggaatgaagaagaggaatggcttgaaattaaagatagcgagctttgggccttgccacaaga-aatt- 30242060  T
Q  203 tactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatcatg 302  Q
        ||||| ||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  | ||||| ||    
T  30242061 ----ttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaacaccaactctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatggagaaatcctg 30242156  T
Q  303 aaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgt 402  Q
    ||||||||| ||||||| || || |||||||||| ||||||| ||   || |||   || ||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||    
T  30242157 aaggaagaattgattcagctctgaatggctaatggatttattgcaaagaggaaa---ttagaggttgaagatgttggaaacatggtttggaaggaattgt 30242253  T
Q  403 gccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatcagtagt 502  Q
     |||||| || || ||||||||||   | ||||||||  ||||  |||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||| |||| ||||||| |    
T  30242254 accaaaaatcattttttcaagacagcaaaatggatgaatattctggagacatttctttcaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaatcagtaat 30242353  T
Q  503 ggtgcaagaatgtatg 518  Q
    || || ||||||||||    
T  30242354 ggggccagaatgtatg 30242369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 3 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 30060993 - 30060437
Alignment:
Q  3 ttgttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagtnnnnnnntgtgcgggattgcctcttg 102  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | | ||||||| |||| || || ||||||||||| |||||||||||       ||    |||||||||||||    
T  30060993 ttgttcgaacaatatgcatttggacatcacaaagaagagcgtgctgatctcgtggcaataggaaaggagatagtaaagaaatgcaatggattgcctcttg 30060894  T
Q  103 caacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaattc 202  Q
    || || || |||||||  || ||||| |||||||||  || |||||||||||| || |||||||||| || || |||||||||||| |  |||| |||||    
T  30060893 cagcaaaatcattgggaagtttaatgaactcaaggaaagatgaaaaggaatggcttaaaattaaagacagtgaactttgggatttatcagatgaaaattc 30060794  T
Q  203 tactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatcatg 302  Q
     | |||||| ||| |||||||||| |||||| ||||| |  || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||| |     
T  30060793 cattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaccggcagccctaaaacaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatgcagaaatccta 30060694  T
Q  303 aaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgt 402  Q
    ||||||||| |||||   |||||||||||||||| ||| |||||||||||    | |  |||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||    
T  30060693 aaggaagaattgatttggctttggatggctaatggattgatttcatctaggggtactacggaggttgaagatgttggcatcatggtgtgggatgaattgt 30060594  T
Q  403 gccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatcagtagt 502  Q
     |||||| || ||||||||||| |   | ||||||||   |||  | |||||||| ||||| |||||||| ||  ||||||||||||||| ||||||| |    
T  30060593 accaaaaatcattctttcaagatagaaaaatggatgaattttctggcgacatttcattcaagatgcatgaccttgtccatgatcttgctcaatcagtaat 30060494  T
Q  503 ggtgcaagaatgtatggttttagagaatgcatgtttgacaaatatgtcaaaaagcac 559  Q
    || |||||||||||||  ||| |||||||||   ||||| | | |||||||||||||    
T  30060493 ggggcaagaatgtatgtatttggagaatgcaaacttgactagtttgtcaaaaagcac 30060437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 90 - 533
Target Start/End: Original strand, 30712994 - 30713437
Alignment:
Q  90 ggattgcctcttgcaacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttac 189  Q
    |||||||| |||||| || ||||||||||| || | |||  |||||||| ||||||||| |||||| |||| |||||||| || |||||||||| |||||    
T  30712994 ggattgccacttgcagcaaaagcattggggggtttgatgagctcaaggaatgaagaaaatgaatggcttgatattaaagacagtgagctttgggctttac 30713093  T
Q  190 cgcatgagaattctactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaaga 289  Q
    | || || ||||||| |||||| ||| ||||| |||| |||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||    
T  30713094 cacaagaaaattctattttgcctgctttgaggctgagttacttttatttatcaccaaccctaaagcaatgtttctctttttgtgctatatttcccaagga 30713193  T
Q  290 tacaaaaatcatgaaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatt 389  Q
    || | ||||| | || |||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||     |||||||| |||||||||||||| |||||| ||    
T  30713194 tagagaaatcctaaaagaagaattgattcgactttggatggctaatggatttatttcatctatgggtaatttggacgttgaagatgttggaaacatggtt 30713293  T
Q  390 tggaatgaattgtgccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttg 489  Q
    ||||| ||||||| |||||| || ||||| |||||     | ||||||||  ||||  || |||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| |    
T  30713294 tggaaggaattgtaccaaaaatcattcttccaagattgcaagatggatgaatattctggaaacatttcttttaaaatgcatgatcttgtccatgatctcg 30713393  T
Q  490 ctcgatcagtagtggtgcaagaatgtatggttttagagaatgca 533  Q
    ||| |||||||  || | |||||||| ||  ||| |||||||||    
T  30713394 ctcaatcagtaacggggaaagaatgtgtgtatttggagaatgca 30713437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 3 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 30400698 - 30400184
Alignment:
Q  3 ttgttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagtnnnnnnntgtgcgggattgcctcttg 102  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||       |||   |||||||||||||    
T  30400698 ttgttcaaagaatatgcattgggacattatagagaagagcgtgcagaacttgtagcaataggaaaggagatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttg 30400599  T
Q  103 caacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaattc 202  Q
    || || ||||||||||  || | |||  |||||||| || ||||||||||||| |||| |||||||| |  |||||||||| ||||||  | || ||||     
T  30400598 cagcaaaagcattgggaggtttgatgagctcaaggaatggagaaaaggaatggcttgatattaaagacactgagctttgggctttaccagaagaaaatta 30400499  T
Q  203 tactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatcatg 302  Q
    || |||||   || |||||||||| |||||| ||||| |||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||   ||||| ||    
T  30400498 tattttgcgttctttgaggttgagttacttttatttaacaccgaccctaaagcaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaggatagggaaatcttg 30400399  T
Q  303 aaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgt 402  Q
    || |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| |    |||  |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  30400398 aaagaagaattgattcagctttggatggctaatggattgatttcatcttggggtaatacggaggttgaagatgttggcatcatggtttgggatgaattgt 30400299  T
Q  403 gccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatcagtagt 502  Q
     |||||| || |||||||||||||   | ||||||||   |||  |  ||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||| |||   |||||| |    
T  30400298 accaaaaatcattctttcaagacaaaaaaatggatgaattttctggcaacatttcattcaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctaagtcagtaat 30400199  T
Q  503 ggtgcaagaatgtat 517  Q
    || ||||||||||||    
T  30400198 ggggcaagaatgtat 30400184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 11 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 30475991 - 30475503
Alignment:
Q  11 acaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagtnnnnnnntgtgcgggattgcctcttgcaacacaa 110  Q
    ||||||||||||||||  || | |||||||  | | ||||||||| |||||||| |||| ||||||       ||||  ||||||||||||||| |||||    
T  30475991 acaatatgcatttggatgtgctggagaagaacgggaagagcttgtagcaataggtaaggcgatagtaaagaagtgtggaggattgcctcttgcagcacaa 30475892  T
Q  111 gcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaattctactttgc 210  Q
    ||||||||  ||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||  | || |||   |||||  |||||||||| | |||||    
T  30475891 gcattgggaggtctaatgcgctcaaggagtgatgaaaatgaatggcttgaaattaaagacagtaatctctggaccttaccatatgagaattccattttgc 30475792  T
Q  211 cagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatcatgaaggaaga 310  Q
    ||||  ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |  ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||   ||||  | ||||||||    
T  30475791 cagccttgaggttaagctactttcatttaacaccgaccttaaagcggtgttttgctttttgtgcgatatttcccaaagatatggaaattgtaaaggaaga 30475692  T
Q  311 actgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgtgccaaaag 410  Q
      |||||||||| |||||||  |||| ||||||||  || |     |||||||| || |||  | ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||     
T  30475691 tttgattcatctatggatgggcaatggatttattttctcaaaggctaatttggatgtagaattttttggcaatatgatttggaaggaactgtgccaaaaa 30475592  T
Q  411 tctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatcagt 499  Q
    || ||||| ||||||||  | || |||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||| ||  | ||||||||||||| ||||||    
T  30475591 tcattcttccaagacatcaagatagatgattattcaggagacattactttcaagatgcatgacctagtgcatgatcttgctcaatcagt 30475503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 331 - 518
Target Start/End: Original strand, 30676978 - 30677165
Alignment:
Q  331 ctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgtgccaaaagtctttctttcaagacattca 430  Q
    |||||| ||||||||||||||     |||||||| ||||| |||||||| |||| | ||||||| ||||||| |||||| || ||||||||||| |   |    
T  30676978 ctaatggatttatttcatctatgggtaatttggacgttgatgatgttggaaacacggtttggaaggaattgtaccaaaaatcattctttcaagatagaaa 30677077  T
Q  431 tatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatcagtagtggtgcaagaatgtatg 518  Q
     ||||||||  ||||  ||||||||||||| || |||||||||||  |||||||||| |||| || |||| ||| || ||||||||||    
T  30677078 gatggatgaatattctggagacatttcttttaagatgcatgatcttgtccatgatctcgctcaattagtaatggggccagaatgtatg 30677165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 145 - 274
Target Start/End: Original strand, 30330779 - 30330908
Alignment:
Q  145 aaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaattctactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcacc 244  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||| |  ||| || |||| | | | ||||||||||||||||||||||| | ||    
T  30330779 aaaaggaatgacttgaaattaaagagagcgaactttgggttttacaacataatgattatagtttgtctgatttgaggttgagctactttcatttaactcc 30330878  T
Q  245 aaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgc 274  Q
    ||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  30330879 aaccttaaagcagtgttttgctttttgtgc 30330908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 90 - 211
Target Start/End: Original strand, 30676857 - 30676978
Alignment:
Q  90 ggattgcctcttgcaacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttac 189  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| || | |||  |||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||| || |||||||||| |||||    
T  30676857 ggattgcctcttgcagcaaaagcattggggggtttgatgagctcaaggaatgaagagaaggaatggcttgatattaaagacagtgagctttgggctttac 30676956  T
Q  190 cgcatgagaattctactttgcc 211  Q
    | ||  | ||||||| ||||||    
T  30676957 cacaaaaaaattctattttgcc 30676978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 76
Target Start/End: Original strand, 17418075 - 17418148
Alignment:
Q  3 ttgttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagt 76  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| | |  || |||||  ||||||||||||| |||||    
T  17418075 ttgttcaaacaatatgcatttggaaatgacaaagaagagcgcgaggaacttgtcccaataggcaaggatatagt 17418148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 301 - 518
Target Start/End: Original strand, 30330911 - 30331128
Alignment:
Q  301 tgaaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaatt 400  Q
    |||||||| || || || |||| | ||||||| ||| |||||||||||||||    |||||||||||   ||||||||  | ||||  |||||||| |||    
T  30330911 tgaaggaataattgttttatctctagatggctgatggatttatttcatctaggcgtaatttggaggtcctagatgttgctagcatggcttggaatggatt 30331010  T
Q  401 gtgccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatcagta 500  Q
    |||||||||  | |||||| |||||||  | ||  ||||  |||| | |||||||||||| || | || ||||||  || |||||||||||| |||| ||    
T  30331011 gtgccaaaaaccattctttgaagacatcaagatctatgaatattctaaagacatttctttaaagacgcgtgatcttttcaatgatcttgctcaatcaata 30331110  T
Q  501 gtggtgcaagaatgtatg 518  Q
     ||| |||| ||| ||||    
T  30331111 ctggagcaacaatatatg 30331128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 13617221 - 13616649
Alignment:
Q  1 tattgttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagtnnnnnnntgtgcgggattgcctct 100  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||||       ||||  |||||||||||    
T  13617221 tattgttcaaacaatatgcattcgaacatgatagagaagagtgtgtagagctt-tggcaataggaaaggagatagttaaaaagtgtggaggattgcctct 13617123  T
Q  101 tgcaacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaat 200  Q
    ||||  |||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  13617122 tgcaggacaagcattggggtctctaatacactcgaggagtggagaaaaggaatggtgtgaaattagagagagcgagctttgggatttacggtatgagaat 13617023  T
Q  201 tctactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatca 300  Q
    |||| ||| || | | ||||| |||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  13617022 tctatttttcctgatttgaggctgagttactt-catttatcgccaacctttaaacaatgattcgctttctgtgttgtatttcctaaagatacaaaaatca 13616924  T
Q  301 tgaaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaatt 400  Q
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13616923 caaaggaagaattgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatgtaaaaaaaaattggaggttgaagatgttggaaacatgatttggaatgaatt 13616824  T
Q  401 gtgccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcat-ccatgatcttgctcgatcagt 499  Q
    || |||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||  ||||| |||||| ||||  ||||| | ||||||||| |||| || |||    
T  13616823 gtaccaaaaatctttttttcaagacatccatatgaatgattattcaagagtgatttcattcaaagtgcacaatctcgtcccatgatctcgctcaatgagt 13616724  T
Q  500 agtggtgcaagaatgtatggttttagagaatgcatgtttgacaaatatgtcaaaaagcacccttcatattagtttc 575  Q
     | || |||||||||||||||||||||||||||||   || | ||  | ||||||||||| | |||||||||||||    
T  13616723 -ggggggcaagaatgtatggttttagagaatgcatccgtgcctaacttatcaaaaagcacacatcatattagtttc 13616649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 6 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 52352580 - 52352067
Alignment:
Q  6 ttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagtnnnnnnntgtgcgggattgcctcttgcaa 105  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  | | |||||| |||||||||||||| | ||||||       |||| |||||||||||||||      
T  52352580 ttcaaacaatatgcatttgaacatgatatagaagaacgagaagagctagtggcaataggcaaagcgatagtaaagaagtgtgggggattgcctcttgctg 52352481  T
Q  106 cacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaattctac 205  Q
    |||||||||| ||  ||||||||| |||||| | || ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||| |  ||||||||||||     
T  52352480 cacaagcattaggaggtctaatgcgctcaagaaatggagaaaaggaatgggttgaaattaaagagagcaagctttggtctttatcagatgagaattctat 52352381  T
Q  206 tttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatcatgaag 305  Q
    |||||| ||  |||||||||| || || |||||| |  |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||  ||||| | ||     
T  52352380 tttgcctgccttgaggttgagttatttccatttaacgtcaaccttaaaacaatgtttctctttctgtgccatatttcccaaagatacggaaatcctaaaa 52352281  T
Q  306 gaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttg-aagatgttggcaacatgatttggaatgaattgtgc 404  Q
    || ||  |||||||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||   ||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  52352280 gacgatttgattcatctctggatggccaatggatttatttcgtctaaggaaaatttggaggtagaaagaagttggcaatatgatttggaatgaattgtac 52352181  T
Q  405 caaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatcagtagtgg 504  Q
    |||||||| ||||||||||||||  | ||  ||||| ||| | |||||||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||| |||| | ||||    
T  52352180 caaaagtcattctttcaagacatcaagatcaatgattatttaggagacatttctttcaagatgcatgatcttgtacatgatcttgctcaatcaattgtgg 52352081  T
Q  505 tgcaagaatgtatg 518  Q
     || ||| ||||||    
T  52352080 ggccagagtgtatg 52352067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 3 - 475
Target Start/End: Original strand, 20296064 - 20296536
Alignment:
Q  3 ttgttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagtnnnnnnntgtgcgggattgcctcttg 102  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||||  | || ||||||||| |||||| |||||||||||       |||   |||||||||||||    
T  20296064 ttgttcaaacaacatgcatttagacattacagagaagagcatacaaagcttgtggaaataggaaaggagatagtaaagaaatgtaatggattgcctcttg 20296163  T
Q  103 caacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaattc 202  Q
    || || ||||||||||  || |||||  ||||| || ||||||||||||||||  ||| |||||||| |  || ||||||| |||||| || || || ||    
T  20296164 cagcaaaagcattgggaggtttaatggtctcaatgaatgaagaaaaggaatggcgtgatattaaagacaatgacctttgggctttaccacaagaaaaatc 20296263  T
Q  203 tactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatcatg 302  Q
    || |||||| ||| ||||| |||| |||||| ||||| |||||||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||    
T  20296264 tattttgcctgctttgaggctgagttacttttatttaacaccaactctaaagcaatgtttctctttttgtgctatatttcctaaggatagagaaatcttg 20296363  T
Q  303 aaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgt 402  Q
    || |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||     |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||    
T  20296364 aaagaagaattgattcagctttggatggctaatggattaatttcatctatgggtaatttggacgttgaagatgttggaaacatggtttggaaggaattgt 20296463  T
Q  403 gccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatct 475  Q
     |||||| || ||||||||||| ||  | || |||||  |||| ||||| |||| |||||| |||||||||||    
T  20296464 accaaaaatcattctttcaagaaatcaaaatagatgaatattctagagatatttatttcaagatgcatgatct 20296536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 180; Significance: 6e-97; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 3 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 26707956 - 26707429
Alignment:
Q  3 ttgttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagtnnnnnnntgtgcgggattgcctcttg 102  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||||  | || ||||||||| |||||| |||||||||||       |||   ||||| |||||||    
T  26707956 ttgttcaaacaacatgcatttagacattacagagaagagcatacaaagcttgtggaaataggaaaggagatagtaaaaaaatgtaatggattacctcttg 26707857  T
Q  103 caacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgcatgagaattc 202  Q
    || || ||||||||||  || |||||  ||||| || |||||||||||||||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||| || || || ||    
T  26707856 cagcaaaagcattgggaggtttaatgttctcaatgaatgaagaaaaggaatggcttgatattaaagacagtgagctttgggatttaccacaagaaaaatc 26707757  T
Q  203 tactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatcatg 302  Q
    || |||||| ||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||    
T  26707756 tattttgcctgctttgaggttgagttacttttatttaacaccaaccctaaagcaatgtttctctttttgtgctatatttcccaaagatagagaaatcttg 26707657  T
Q  303 aaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttggaatgaattgt 402  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||   |  |  ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||    
T  26707656 aaggaagaattgattcaactttggatggctaatggatttattgca---aagaggaatttagaggttgaagatgttggaaacatggtttggaaggaattgt 26707560  T
Q  403 gccaaaagtctttctttcaagacattcatatggatgatgattcaagagacatttctttcaaaatgcatgatctcatccatgatcttgctcgatcagtagt 502  Q
     |||||| || ||||||||||||  | | |||| |||  ||||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| |    
T  26707559 accaaaaatcattctttcaagactgtaagatgggtgaatattctggagacatttctttcaagatgcatgatcttatccatgatctcgctcaatcagtaat 26707460  T
Q  503 ggtgcaagaatgtatggttttagagaatgca 533  Q
    ||  |||||||| |||  ||| |||||||||    
T  26707459 gggacaagaatgcatgtatttggagaatgca 26707429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 143; Significance: 8e-75; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 94 - 424
Target Start/End: Original strand, 25293497 - 25293827
Alignment:
Q  94 tgcctcttgcaacacaagcattggggtgtctaatgcactcaaggagtgaagaaaaggaatggtttgaaattaaagagagcgagctttgggatttaccgca 193  Q
    ||||||||||| |||||| ||| ||  ||||||||| ||||||||||| |||||| || ||| ||||||||||   ||||  |||||||| |||||  ||    
T  25293497 tgcctcttgcagcacaagtatttggaggtctaatgcgctcaaggagtggagaaaaagagtggcttgaaattaagctgagcacgctttgggctttacaaca 25293596  T
Q  194 tgagaattctactttgccagctctgaggttgagctactttcatttatcaccaaccttaaaacaatgtttcgctttttgtgctatatttcctaaagataca 293  Q
     |||||||||| ||| ||  |  || |||||||||||||| ||||| | || |||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  25293597 agagaattctatttttccttccttgtggttgagctacttttatttaactccgaccttaaagcgatgttttgctttttgtgctatgtttccaaaagataca 25293696  T
Q  294 aaaatcatgaaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctagaaaaaatttggaggttgaagatgttggcaacatgatttgga 393  Q
    ||||||   ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  25293697 aaaatcgataaggaagaattgactcatctttggatggctaatggatttatttcatctagggaaaatttggaggttgaagatgttggcagcatggtttgga 25293796  T
Q  394 atgaattgtgccaaaagtctttctttcaaga 424  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||    
T  25293797 atgaattgtgccaaaaatcattctttcaaga 25293827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 9 - 76
Target Start/End: Original strand, 38939511 - 38939578
Alignment:
Q  9 aaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagt 76  Q
    |||||| |||| |||||||  ||| | ||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38939511 aaacaacatgcttttggaccagatggggaagagcatgcagagcttgtagcaataggcaaggagatagt 38939578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 64
Target Start/End: Original strand, 25293423 - 25293484
Alignment:
Q  3 ttgttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaatagg 64  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||| ||||| | ||||| ||||||||    
T  25293423 ttgttcaaacaatatgcatttggacattacaaagatgagtgtgcaaaacttgtcgcaatagg 25293484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0511 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0511
Description:

Target: scaffold0511; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 31 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 9340 - 9295
Alignment:
Q  31 atagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagt 76  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9340 atagagaagagcgtgcagagcttgtggcaataggcaaggagttagt 9295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0230 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0230
Description:

Target: scaffold0230; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 31 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 4660 - 4615
Alignment:
Q  31 atagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagt 76  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4660 atagagaagagcgtgcagagcttgtggcaataggcaaggagttagt 4615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 31 - 76
Target Start/End: Original strand, 18873364 - 18873409
Alignment:
Q  31 atagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagt 76  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18873364 atagagaagagcgtgcagagcttgtggcaataggcaaggagttagt 18873409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 31 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 16797156 - 16797119
Alignment:
Q  31 atagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaag 68  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  16797156 atagagaagagcgtgcagagcttgtggcaataggcaag 16797119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 31 - 76
Target Start/End: Original strand, 18806370 - 18806415
Alignment:
Q  31 atagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagt 76  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18806370 atagagaagagcgagcagagcttgtggcaataggcaaggagttagt 18806415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 301 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 16987171 - 16987119
Alignment:
Q  301 tgaaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctaga 353  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||| | || || ||||||||    
T  16987171 tgaaggaagatctcattcatctttggatggctaatggacttgttacatctaga 16987119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0133 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 2)
Name: scaffold0133
Description:

Target: scaffold0133; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 8522 - 8458
Alignment:
Q  3 ttgttcaaacaatatgcatttggacatgatagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaa 67  Q
    |||||||||||| | || |||||| |  || |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8522 ttgttcaaacaacaagcttttggagaaaatcgagaagagcgtgcagagcttgtggcaataggcaa 8458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0133; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 12836 - 12800
Alignment:
Q  31 atagagaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaa 67  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12836 atagagaagagcgtgcagagcttgtggcaataggcaa 12800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 265 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 8904 - 8816
Alignment:
Q  265 ctttttgtgctatatttcctaaagatacaaaaatcatgaaggaagaactgattcatctttggatggctaatgaatttatttcatctaga 353  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||   |||||  |||||||| | || ||||| |||||||||||||||| | || || ||||||||    
T  8904 ctttttgtgctgtttttcctaaagattttaaaatggtgaaggaaaatctcattcaactttggatggctaatggacttgttacatctaga 8816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 36 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 13378073 - 13378033
Alignment:
Q  36 gaagagagtgcagagcttgtggcaataggcaaggagatagt 76  Q
    |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  13378073 gaagagcgtgcagagcttgcagcaataggcaaggagatagt 13378033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University