View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1854_low_5 (Length: 620)
Name: NF1854_low_5
Description: NF1854
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1854_low_5 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 502; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 595
Target Start/End: Original strand, 2550462 - 2551059
Alignment:
| Q |
1 |
acaattatgaatccataattagatatcaaatagaaccaatgtaaacaagcaagaaggagaacaaactcacaaacacatatagattaaaccttc-aacatt |
99 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |
|
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| T |
2550462 |
acaattatgaatccataattagatatcaaatagaaccaatgtaaacaagcaagaaggagaacaaactcacgaacacatatagattaaaccttccaacatt |
2550561 |
T |
|
| Q |
100 |
tcaatactttacatacaaggtatcctatacaattcctaaagaagtttaaaatgaaaagtccacgcaataaaaatcaaacaagttgatgacaccatgaaag |
199 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
2550562 |
tcaatactttacatacaaggtatcctatacaattcctaatgaagtttaaaatgaaaagtctacgcaataaaaatcaaacaagttgatgacaccatgaaag |
2550661 |
T |
|
| Q |
200 |
gtaaacataacacttttaaatccaaataatctttgacataacataacattttgcagacatacaaacataac---atagcaacagtgtcaattgacgttga |
296 |
Q |
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||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
2550662 |
gtaaacataacactttt-aatccaaataatc-ttggcataacataacattttgcagacacacaaacataacaatatagcaacagtgtcaattgacgttga |
2550759 |
T |
|
| Q |
297 |
tgataattcaaactgagtacaagtttcgccattataaagattaagacattggtatcatacctgaaataactttaaaatggataccttgttg-nnnnnnnn |
395 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
2550760 |
agataattcaaactgagtacaagtttcgccattataaagattaagacattggtatcatacctgaaataactttaaaatggataccttgttgaaaaaaaaa |
2550859 |
T |
|
| Q |
396 |
tccatttcctcaccaccactctgaaacatctacagaatatcaaacaagcacagtaagacattcacactcttttgtgatggaatggacagataagatgacg |
495 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2550860 |
tccatttcctcaccaccactccgaaacatctacagaatatcaaacaagcacagtaagacattcacactcttttgtgatggaatggacagataagatgacg |
2550959 |
T |
|
| Q |
496 |
acacagctgcatgcactatatggatcaattattcctgcatgtacaaatgaatttttatgttactatatcttttttcaactcaaagaagaaaacaagttcc |
595 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2550960 |
acacagctgcatgcactatatggatcaattattcctgcatgtacaaatgaatttttatgttactatatcttttttcaactcaaagaagaaaacaagttcc |
2551059 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 77 - 514
Target Start/End: Original strand, 9265628 - 9266073
Alignment:
| Q |
77 |
atatagattaaaccttcaacatttcaatactttacatacaagg--tatcctatacaattcctaaag-aagtttaaaatgaaaagtccacgcaataaaaat |
173 |
Q |
| |
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|||||| |||||| |||||||||||||||| || ||||| || ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |
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| T |
9265628 |
atatagtttaaactttcaacatttcaatac-ttgtatacatggtatatcctatagaattcctaaagaaagtttaaaatgaaaagcccacacaataaaaaa |
9265726 |
T |
|
| Q |
174 |
caaacaagttgatgacaccatgaaaggtaaacataacacttttaaatccaaataatctttgacataacataacattttgcagacatacaaacataacata |
273 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
9265727 |
caaacaag-tgatgacaccatgaagggtaaacataacacttttaaatccaaataatc-ttgacataacatagcattttgcagacacacaaacataacata |
9265824 |
T |
|
| Q |
274 |
gcaacagtgtcaattgacgttgatgataattcaaactgagtacaagtttcgccattataaagattaagacattggtatc--atacctgaaataactttaa |
371 |
Q |
| |
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| T |
9265825 |
gcaacagtgtcaattgacattgatgataattcaaattgagtaaaagtttcaccattatgaagattaagacatttgtatcatatacctggaataactttca |
9265924 |
T |
|
| Q |
372 |
aatggataccttgttg---nnnnnnnntccatttcctcaccaccactctgaaacatctacagaatatca---aacaagcacagtaagacattcacactct |
465 |
Q |
| |
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||||||||| | ||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9265925 |
gatggataccctattgaaataaaaaaatttatttcctcaccacacctcaaaaacatctacataatatcaaacaacaagcacaataagacattcacactct |
9266024 |
T |
|
| Q |
466 |
tttgtgatggaatggacagataagatgacgacacagctgcatgcactat |
514 |
Q |
| |
|
||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||| |
|
|
| T |
9266025 |
tttgtgacaaaatggtcagataagatgacgacgcagctgcacgcactat |
9266073 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 77 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 22918506 - 22918084
Alignment:
| Q |
77 |
atatagattaaaccttcaacatttcaatactttacatacaaggtatcctatacaattcctaaagaagtttaaaatgaaaagtccacgcaataaaaatcaa |
176 |
Q |
| |
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|||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| ||| |
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| T |
22918506 |
atatagcttaaaccttcaacatttcaatacttg-catacatggtatcctatagaattcctaaagaagtttaaaatgaaaatcctaggcaataaaaaacaa |
22918408 |
T |
|
| Q |
177 |
acaagttgatgacaccatgaaaggtaaacataacacttttaaatccaaataatctttgacataacataacattttgcagacatacaaacataaca---ta |
273 |
Q |
| |
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|||||||||||| | |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| || |
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| T |
22918407 |
acaagttgatgataacatgaagggtagacataacacttttaaatccaaataatcttgg-cataacatagcattttgcagagacacaaacataacaacata |
22918309 |
T |
|
| Q |
274 |
gcaacagtgtcaattgacgttgatgataattcaaactgagtacaagtttcgccattataaagattaagacattggtatcatacctgaaataactttaaaa |
373 |
Q |
| |
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| T |
22918308 |
gcaacaatgtcaattgacattgatgataattcaaactgagtacaagtttcaccattataaagattaagacattgatatcatacctggaataactttcaga |
22918209 |
T |
|
| Q |
374 |
tggataccttgttgnnnnnnnntccatttcctcaccaccactctgaaacatctacagaatatc---aaacaagcacagtaagacattcacactcttttgt |
470 |
Q |
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| T |
22918208 |
tggataccttgttg-aaaaaaatctatttcctcaccacccctccgaaacatctacaaaatatcaaaaaacaagcacaataagatattcacactcttttgt |
22918110 |
T |
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| Q |
471 |
gatggaatggacagataagatgacga |
496 |
Q |
| |
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|| ||||||| ||||||||||||||| |
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| T |
22918109 |
gacggaatgggcagataagatgacga |
22918084 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 7710728 - 7710398
Alignment:
| Q |
1 |
acaattatgaatccataattagatatcaaatagaaccaatgtaaacaagcaagaaggagaacaaactcacaaacacatatagattaaaccttcaacattt |
100 |
Q |
| |
|
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| T |
7710728 |
acaattatgaatccataattagatatcagatagaatcaacgtaatcaaggacaaaggagaacaaactcacgaaca--tatagattaaaccttcaacattt |
7710631 |
T |
|
| Q |
101 |
caatactttacatacaaggtatcctatacaattcctaaagaagtttaaaatgaaaagtccacgcaataaaaatcaaacaagttgatgacaccatgaaagg |
200 |
Q |
| |
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|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
7710630 |
caatacttg-catacaaggtatcctatacaattcctaaaaaagtttaaaatgaaaaggccacgcaataaaaatctgacaagttgatgacaccatgaaagg |
7710532 |
T |
|
| Q |
201 |
taaacataacacttttaaatccaaataatctttgacataacataacattttgcagacatacaaacataa---catagcaacagtgtcaattgacgttgat |
297 |
Q |
| |
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|
| T |
7710531 |
taatcataacacttttaactccaaataatc-ttggcataacataacattttgcagacacacaaacataacagcatagaaacagtgtcaattgacattgat |
7710433 |
T |
|
| Q |
298 |
gataattcaaactgagtacaagtttcgccattata |
332 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |||||| || | |||||||| |
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| T |
7710432 |
gataattcaaactgggtacaatttacaccattata |
7710398 |
T |
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