View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18556_low_5 (Length: 451)

Name: NF18556_low_5
Description: NF18556
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18556_low_5
NF18556_low_5
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (9-451)||(9305558-9306000)
chr5 (16-451)||(9352087-9352518)
chr5 (59-451)||(9301940-9302326)
chr5 (59-451)||(9367149-9367533)
chr5 (59-451)||(9288589-9288961)
chr5 (54-254)||(9293287-9293487)
chr5 (16-451)||(9332359-9332805)
chr5 (59-252)||(9297896-9298089)
chr5 (59-252)||(9373067-9373260)
chr5 (321-451)||(9293118-9293247)
chr5 (94-376)||(9309552-9309832)
chr5 (311-451)||(9297725-9297867)
chr5 (94-376)||(9348588-9348870)
chr5 (94-376)||(9355958-9356240)
chr5 (386-451)||(9373374-9373439)
chr5 (16-52)||(9367095-9367131)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 9306000 - 9305558
Alignment:
Q  9 agcatagggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctaactgaaaacatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatatcataa 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9306000 agcatagggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctaactgaaaacatgccagctatattcatcatgaacctcaaactcatttcaatatcataa 9305901  T
Q  109 gcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggcc 208  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9305900 gcatcttgcaaaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggcc 9305801  T
Q  209 ccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaataca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9305800 ccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaataca 9305701  T
Q  309 tcttatataaatagagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaattaaagagaa 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       | ||||||||||||||||||||||    
T  9305700 tcttatataaatagagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagaaaaaaagtacaaacaacaaattaaagagaa 9305601  T
Q  409 atatggcaagcaacaattaccacgttcgctcaaacagttttcc 451  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9305600 atatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttcc 9305558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 16 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 9352518 - 9352087
Alignment:
Q  16 ggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctaactgaaaacatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatatcataagcatctt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9352518 ggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctaactgaaaacatgccagctatattcatcatgaacctcaaactcatttcaatatcataagcatctt 9352419  T
Q  116 gcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||  || ||||| |||| |||||||    
T  9352418 gcagaatatcacatgcagtatcattcacatattcacaatgttgggaaaacatgtaacaagcttaccatatttaaagg--aaatcatgcaggcaccacatg 9352321  T
Q  216 ctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaatacatcttata 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  9352320 ctctacaccatcactaacaagtgctgtttattttatt-aatttcattatcatatgaatttaataattatcaaccaatcaatatgacgaatacctcttata 9352222  T
Q  316 taaatagag--tcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaattaaagagaaatatg 413  Q
    |||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||   |||||||||         |||| ||||||||||||||| |||||||    
T  9352221 taaatagagattcaagaacttggtaacatcacacaaacattgagctttaca---atcttagaaaagaaaaataacacacaacaaattaaagacaaatatg 9352125  T
Q  414 gcaagcaacaattaccacgttcgctcaaacagttttcc 451  Q
    |||| || ||| || || ||||||||||||||||||||    
T  9352124 gcaaacaccaagtatcatgttcgctcaaacagttttcc 9352087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 59 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 9302326 - 9301940
Alignment:
Q  59 acatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttg 158  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | |||||||||||||    
T  9302326 acatgccagctatattcatcatgcacctcaaactcatttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcaatatcattcacatattcacaatgttg 9302227  T
Q  159 gactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaat 258  Q
         ||||  ||||||||||||||||| |||||||||| | || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |    
T  9302226 -----acatcaaacaagcttaccatatttaaagggaaatcc-tgcaggcaccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgcatattttattaatt-t 9302134  T
Q  259 cattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaatacatcttatataaata--gagtcaagaccttggtaacataacacaaacattta 356  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||    
T  9302133 cattattatatcaatttaacaattatcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaatagggagtcaagaacttggtaacatcacacaaacttcta 9302034  T
Q  357 gctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaatt-aaagag----aaatatggcaagcaacaattaccacgttcgctcaaacagttttcc 451  Q
    ||||| ||| |||||||||||        || ||| |||||||| ||||||     || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9302033 gcttttcaactatcttagaagaa------aaaaaagaacaaattaaaagagcagttaagatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttcc 9301940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 59 - 451
Target Start/End: Original strand, 9367149 - 9367533
Alignment:
Q  59 acatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttg 158  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| ||||||||        |||||| || |||||||  ||||||| | | |||||||||||||    
T  9367149 acatgccagctatattcatcgtgcacctcaaactcattttaatatcat--------tgcagattaacacatgctatatcattcaaatattcacaatgttg 9367240  T
Q  159 gactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaat 258  Q
    |   ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||   |    
T  9367241 ggaaaacatctaacaagcttaccatattcaaaggggaat-catgcaggcaccacatgctctacaccatcaccgacaagtgcttcatattttattaatt-t 9367338  T
Q  259 cattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaatacatcttatataaat--agagtcaagaccttggtaacataacacaaacattta 356  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||| |  |    
T  9367339 cattatcatatgaatttaataattctcaaccaatcaatatgatgaatacctcttatataaatagagagtcaagaacttggtaacatcacacaaacttaga 9367438  T
Q  357 gctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaattaaagagaaatatggcaagcaacaattaccacgttcgctcaaacagttttcc 451  Q
    |||||| ||||||||||||||       |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9367439 gctttataattatcttagaagaaaaaaagaacaaactataatttaaagagaaatatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttcc 9367533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 59 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 9288961 - 9288589
Alignment:
Q  59 acatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatat-cataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgtt 157  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9288961 acatgccagctatattcatcatgcatctcaaactcatttcaatattcata-gcatcttgcagaataacacatgcagtatcattaataaattctcaatgtt 9288863  T
Q  158 ggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaa 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||||| ||      
T  9288862 ggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaatggcaatttatgtaggcaccacatgctctacaccatccttaacaactgctgtctattttatt-aatt 9288764  T
Q  258 tcattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatgaatacatcttatataa--atagagtcaagaccttggtaacataacacaaacattt 355  Q
    |  |||| |||||||  ||||||||||    ||| |||||| |||| ||  ||||||||||  | |||||||||  |||||||| || |  |||||||      
T  9288763 ttgttattatatgaacataataattat----caaccaatatcatgattagctcttatataaagagagagtcaagcacttggtaatatcaagcaaacatcg 9288668  T
Q  356 agctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaattaaagagaaatatggcaagcaacaattaccacgttcgctcaaacagttttcc 451  Q
    ||||||||||         ||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9288667 agctttacaa---------aa--------gaacaaacaacaaattaaagagaaatatggcaagcaacaattaccatgttcgctcaaacagttttcc 9288589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 54 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 9293487 - 9293287
Alignment:
Q  54 tgaaaacatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatat-cataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcaca 152  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  9293487 tgaagacatgccagctatattcatcatgcacctcaaactcatttcaatattcata-gcatctagcagaataacacatgcagtctcattaataaattcaca 9293389  T
Q  153 atgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttatt 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||    
T  9293388 atgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaatggcaattcatgtaggcaccacatgctctacaccatcattaacaactgctgtctattttatt 9293289  T
Q  253 aa 254  Q
    ||    
T  9293288 aa 9293287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 16 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 9332805 - 9332359
Alignment:
Q  16 ggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctaactg-----------aaaacatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatatc 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||           || ||||||||||||||||||||||| | |||| | |||||| ||||||    
T  9332805 ggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctgattgccaacactaggaagacatgccagctatattcatcatgcatctcaaattcattttaatatc 9332706  T
Q  105 ataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgta 204  Q
    ||| |||||||||| |||| |||||||  || |||| | | |||||||||| |||   ||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||| |||  |    
T  9332705 ata-gcatcttgcataataccacatgcgataccattcacatattcacaatgctgggaaaacatctaacaaggttactatattcaaaaggaaat-cataca 9332608  T
Q  205 ggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaa-atcattatcatatgaatttaataattatccaccaatcaatatgatga 303  Q
    ||| |||||||||||| |||||||  ||||||| ||| ||||||||| ||   || || || ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||    
T  9332607 ggcaccacatgctctaaaccatcatcaacaagtactgcatattttatcaacttattat-attatatgaattaaataattatcaaccaatcaatatgacga 9332509  T
Q  304 atacatcttatataaatagag--tcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaatta 401  Q
    |||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||         |||| ||| |||||||    
T  9332508 atacctcttatataaatagagcatcaagaacttggtaacatcacacaaacattgagctttacaattatcttagaaaagaaaaataacacacagcaaatta 9332409  T
Q  402 aagagaaatatggcaagcaacaattaccacgttcgctcaaacagttttcc 451  Q
    |||| ||||||||||| || ||| || || ||||||||||||||||||||    
T  9332408 aagaaaaatatggcaaacaccaagtatcatgttcgctcaaacagttttcc 9332359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 59 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 9298089 - 9297896
Alignment:
Q  59 acatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttg 158  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9298089 acatggcagctatattcatcatgcatctcaaactcattttaatatcataagcatcttgcagaataacacatgcagtatcattaatatattcacaatgttg 9297990  T
Q  159 gactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttatt 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | | |||||||||| ||||||||  |||||| ||||| ||||||||||    
T  9297989 gactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaatccatattgacaccacatgctcaacaccatccttaacaactgctgcatattttatt 9297896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 59 - 252
Target Start/End: Original strand, 9373067 - 9373260
Alignment:
Q  59 acatgccagctatattcatcatgaacctcatactcatttcaatat-cataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgtt 157  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||||| |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9373067 acatgccagctatattcatcatgcatctcaaactcattttaatattcatg-gcatcttgcagaataacacatgcagtatcattaataaattcacaatgtt 9373165  T
Q  158 ggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaagggaaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttatt 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||| |||  | |||||||||    
T  9373166 ggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaaggaaaattcatgtaggcaccacatgctctactccatcattaacaactgccctctattttatt 9373260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 321 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 9293247 - 9293118
Alignment:
Q  321 agagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagnnnnnnngaacaaacaacaaattaaagagaaatatggcaagca 420  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9293247 agagtcaagaacttggtaacatcacacaaacattaagctttacaattatcttagaagaaaaaat-aacaaacaacaaattaaagagaaatatggcaagca 9293149  T
Q  421 acaattaccacgttcgctcaaacagttttcc 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9293148 acaattaccacgttcgctcaaacagttttcc 9293118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 94 - 376
Target Start/End: Original strand, 9309552 - 9309832
Alignment:
Q  94 atttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaaggg 193  Q
    |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||    |  | | |||||||||||||||||||||||    
T  9309552 atttcaatatcaga-gcatcttgcagagtatcacatgcaatatcattaacatattcacaatgttgggtagaggtatgacaagcttaccatattcaaaggg 9309650  T
Q  194 aaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatc 293  Q
    |||| |||| |||| |||||||||||| ||||| | ||||||||| |   ||||||||| ||  |  |||| ||||||| |||||||| | | ||||||     
T  9309651 aaatccatgcaggcaccacatgctctaaaccatgattaacaagtgataactattttatt-aatttacttattatatgaaattaataatcagcaaccaata 9309749  T
Q  294 aatatgatgaatacatcttatataaatagagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaa 376  Q
       || ||||||   ||||||||||| ||||||| || ||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  9309750 tcgatcatgaatggctcttatataaagagagtcaggaacttgggaacaccacacaaacattgagctttacaattttcttagaa 9309832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 311 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 9297867 - 9297725
Alignment:
Q  311 ttatataaatagagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaagnnnnnnnga--acaaacaacaaattaaagagaa 408  Q
    ||||||||| |||||||||  |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||        |  |||||| |||| ||||||||||    
T  9297867 ttatataaagagagtcaagcacttgttaacatcacacaaacattgagctttacaattatcttagaagaaaaaaaaataacaaactacaatttaaagagaa 9297768  T
Q  409 atatggcaagcaacaattaccacgttcgctcaaacagttttcc 451  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  9297767 atatggcaagcaacaagtaccatgttcgctcaaacagttttcc 9297725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 94 - 376
Target Start/End: Original strand, 9348588 - 9348870
Alignment:
Q  94 atttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaaggg 193  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||    | || | |||| ||||||||||||||| ||    
T  9348588 atttcaatatcata-gcatcttgcagagtatcacatgcaatatcattaacatattcacaatgttgggtagagatatgacaaccttaccatattcaaatgg 9348686  T
Q  194 aaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatc 293  Q
    ||||||||| || |  ||||||||||| ||||| | ||||||||| |   ||||||| | ||  || |||| ||||||  |||||||| | | ||||||     
T  9348687 aaattcatgcagccagcacatgctctaaaccatgattaacaagtgatacctatttta-tcaatttccttattatatgagattaataatcagctaccaata 9348785  T
Q  294 aatatgatgaatacatcttatataa--atagagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaa 376  Q
       || ||||||  |||||||||||  | ||||| | || |||||||||| |||||||||||| |||||||| | | ||||||||    
T  9348786 tcaatcatgaatggatcttatataaagagagagtaaggaacttggtaacacaacacaaacattgagctttaccaatttcttagaa 9348870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 94 - 376
Target Start/End: Original strand, 9355958 - 9356240
Alignment:
Q  94 atttcaatatcataagcatcttgcagaatatcacatgcagtatcattaataaattcacaatgttggactaacatgtaacaagcttaccatattcaaaggg 193  Q
    |||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||    | || | |||| ||||||||||||||| ||    
T  9355958 atttcaatatcaga-gcatcttgcagagtatcacatgcaatatcattaacatattcacaatgttgggtagagatatgacaaccttaccatattcaaatgg 9356056  T
Q  194 aaattcatgtaggccccacatgctctacaccatcactaacaagtgctgtatattttattaaaaatcattatcatatgaatttaataattatccaccaatc 293  Q
    ||||||||| || |  ||||||||||| ||||| | ||||||||| |   ||||||| | ||  || |||| ||||||| |||||||| | | ||||||     
T  9356057 aaattcatgcagccagcacatgctctaaaccatgattaacaagtgatacctatttta-tcaatttccttattatatgaaattaataatcagcaaccaata 9356155  T
Q  294 aatatgatgaatacatcttatataa--atagagtcaagaccttggtaacataacacaaacatttagctttacaattatcttagaa 376  Q
       || ||||||   ||||||||||  | ||||||| |  ||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||    
T  9356156 tcaatcatgaatggctcttatataaagagagagtcaggcacttggtaacaccacacaaacattgagctttaccattttcttagaa 9356240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 386 - 451
Target Start/End: Original strand, 9373374 - 9373439
Alignment:
Q  386 aacaaacaacaaattaaagagaaatatggcaagcaacaattaccacgttcgctcaaacagttttcc 451  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  9373374 aacaaacaacagattaaagagaaatatggcaagcaacaagtaccatgttcgctcaaacagttttcc 9373439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 16 - 52
Target Start/End: Original strand, 9367095 - 9367131
Alignment:
Q  16 ggaggcaagctaattgatgactaatgaggttttctaa 52  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9367095 ggaggcaagctaattggtgactaatgaggttttctaa 9367131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University