View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18559_low_1 (Length: 966)

Name: NF18559_low_1
Description: NF18559
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18559_low_1
NF18559_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-948)||(2608240-2609178)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 834; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 834; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 948
Target Start/End: Original strand, 2608240 - 2609178
Alignment:
Q  10 acatcatcatcacttacacacttaacaccctcccaatttctcttcccacacaacaatctcacccctaattcacttggcatctcatcaaccaaacaccatt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2608240 acatcatcatcacttacacacttaacaccctcccaatttctcttcccacacaacaatctcacccctaattcacttggcatctcatcaaccaaacaccatt 2608339  T
Q  110 tatccccttcactcatttcccaaacacaaacatttccaccacacgtgccaccaatcaatcccaaccctccattccatctcacaagtgttgcaaattcaag 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2608340 tatccccttcactcatttcccaaacacaaacatttccaccacacgtgccaccaatcaatcccaaccctccattccatctcacaagtgtagcaaattcaag 2608439  T
Q  210 cctatccgcaagaggtacactaaattctctccaacaattattcccaacatcaaatcccatcacattatatgccctagccgaggtaatccaatacaacgtt 309  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||    
T  2608440 cctatctgcaagaggcacactaaattccctccaacaattattcccaacatcaaatcccattacactatatgccctagctgaggttatccaatacaatgtt 2608539  T
Q  310 gttgttcttcttccctctatacacacattctcatttggtgtccaaaccgttagcctaaccgaaaattcaaccggcatcgatccaacgattttccacgtgt 409  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2608540 gttgttcttgttccctctatacacacattctcatttggtgtccaaaccgttagcctaaccgaaaattcaaccggcatcgatccaacgattttccacgtgt 2608639  T
Q  410 caatacaagattcatatatttcaacggtcggttcatatgtggcgccaccgtgtttatcttcggacatgcccccggccacgtggattctaaaacaaggaaa 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2608640 caatacaagattcatatatttcaacggtcggttcatatgtggcgccaccgtgtttatcttcggacatgcccccggccacgtagattctaaaacaaggaaa 2608739  T
Q  510 acaccaaacatcatttgattccaaaattgtgacaattccacaagctggattagtccttgaaacattcaacttaggaaggtacttgaattgtcttgtaaaa 609  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2608740 acaccaaacatcatttggttccaaaattgtaacaattccacaagctggatttgttcttgaaacattcaacttaggaaggtacttgaattgtcttgtaaaa 2608839  T
Q  610 gggttacaaagaaccaattgaagtgttgttgaatttgttacctttaaaaggatgaggctaccaattggaccaattggtttaagtgatgtttggaatggaa 709  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2608840 gggttacaaagaaccagttgaagtgttgttgaatttgtgaccttcaaaaggatgaggctaccaattggaccaattggtttaagtgatgtttggaatggaa 2608939  T
Q  710 agaaatctaaggaaatttcgtgccannnnnnngtgatgggattgtgagcataacaacatgatttttggtaattgcgaattggtagtgctaagaaccatgg 809  Q
    |||||||||| ||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2608940 agaaatctaatgaaatttcgtgccatttttttgtgatgggattgtgagcataacaacatgatttttggtaattgcgaattggtagtgctaagaaccatgg 2609039  T
Q  810 tgtagactcatgaggtttgtatttggttatgaaagttccacatgtgtgccaattcttgcaagttgaccttgctcttgctaaggaatctggagagagaaaa 909  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2609040 tgtagactcatgaggtttgtatttggttatggaagttccacatgtgtgccaattcttgcaagttgatcttgctcttgctaaggaatctggagagagaaaa 2609139  T
Q  910 gagaagatggatgatagaacatcaaagggtaggttgctc 948  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2609140 gagaagatggatgatagaacatcaaagggtaggttgctc 2609178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University