View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18575_high_38 (Length: 281)

Name: NF18575_high_38
Description: NF18575
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18575_high_38
NF18575_high_38
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (7-262)||(3301012-3301267)
chr1 (7-259)||(43045279-43045531)
chr1 (7-259)||(43045732-43045984)
chr1 (7-259)||(43066423-43066675)
chr1 (7-259)||(43084160-43084412)
chr1 (10-247)||(45983463-45983700)
chr1 (7-259)||(45993240-45993492)
chr1 (6-241)||(38137607-38137842)
chr1 (7-220)||(7890792-7891005)
chr1 (7-259)||(7888527-7888779)
chr1 (6-259)||(51291901-51292153)
chr1 (7-222)||(40034448-40034661)
chr1 (23-217)||(43076553-43076746)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-259)||(4231752-4232004)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (7-208)||(4620026-4620227)
chr8 (7-241)||(1846695-1846929)
chr8 (27-247)||(4297767-4297990)
chr8 (23-175)||(4787274-4787426)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (7-226)||(34691145-34691362)
chr2 (7-226)||(34713557-34713774)
chr2 (7-226)||(16232488-16232711)
chr2 (16-240)||(33861140-33861367)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (27-250)||(16349433-16349656)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (7-259)||(7519467-7519719)
chr6 (7-259)||(7528838-7529090)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (79-141)||(39242152-39242214)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 248; Significance: 1e-138; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 7 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 3301267 - 3301012
Alignment:
Q  7 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3301267 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaatgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 3301168  T
Q  107 tgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgtt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3301167 tgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgtt 3301068  T
Q  207 ctgatcattgattccactaccggtggttttgaagccggtatttcaaaggatgggca 262  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3301067 ctgatcattgattccactaccggtggttttgaagccggtatatcaaaggatgggca 3301012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 7 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 43045531 - 43045279
Alignment:
Q  7 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  43045531 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtt 43045432  T
Q  107 tgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgtt 206  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||    
T  43045431 tgagacaaccaagtactactgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgtt 43045332  T
Q  207 ctgatcattgattccactaccggtggttttgaagccggtatttcaaaggatgg 259  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43045331 ctcatcattgattccactactggtggttttgaagccggtatttctaaggatgg 43045279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 7 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 43045984 - 43045732
Alignment:
Q  7 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  43045984 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtt 43045885  T
Q  107 tgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgtt 206  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||    
T  43045884 tgagacaaccaagtactactgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgtt 43045785  T
Q  207 ctgatcattgattccactaccggtggttttgaagccggtatttcaaaggatgg 259  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43045784 ctcatcattgattccactactggtggttttgaagccggtatttctaaggatgg 43045732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 7 - 259
Target Start/End: Original strand, 43066423 - 43066675
Alignment:
Q  7 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  43066423 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcctgggttcttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtt 43066522  T
Q  107 tgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgtt 206  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||    
T  43066523 tgagacaaccaagtactactgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgtt 43066622  T
Q  207 ctgatcattgattccactaccggtggttttgaagccggtatttcaaaggatgg 259  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43066623 ctcatcattgattccactactggtggttttgaagccggtatttctaaggatgg 43066675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 7 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 43084412 - 43084160
Alignment:
Q  7 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  43084412 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtt 43084313  T
Q  107 tgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgtt 206  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||    
T  43084312 tgagacaaccaagtactactgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgccgtt 43084213  T
Q  207 ctgatcattgattccactaccggtggttttgaagccggtatttcaaaggatgg 259  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43084212 ctcatcattgattccactactggtggttttgaagccggtatttctaaggatgg 43084160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 10 - 247
Target Start/End: Original strand, 45983463 - 45983700
Alignment:
Q  10 agatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtttga 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| | |||| |||||||||    
T  45983463 agatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtgttacaattgacattaccctgtcgaagtttga 45983562  T
Q  110 gactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgttctg 209  Q
    ||| |  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||     
T  45983563 gacaaacaagtacaactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacgtcccaagctgactgtgctgttctc 45983662  T
Q  210 atcattgattccactaccggtggttttgaagccggtat 247  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45983663 gtcattgattccactactggtggttttgaagccggtat 45983700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 7 - 259
Target Start/End: Original strand, 45993240 - 45993492
Alignment:
Q  7 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 106  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| | || ||| ||||||    
T  45993240 ctgagatgatcaagcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaagactgagcgtgaaagaggtatcacaattgacagttctttgtcgaagtt 45993339  T
Q  107 tgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgtt 206  Q
    |||||| |  ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||    
T  45993340 tgagacaaacaagtacagctgcactgtcattgatgcctccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgattgtgctgtt 45993439  T
Q  207 ctgatcattgattccactaccggtggttttgaagccggtatttcaaaggatgg 259  Q
    || |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45993440 ctcatcattgattccactactcgtggttttgaagccggtatttcaaaggatgg 45993492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 6 - 241
Target Start/End: Original strand, 38137607 - 38137842
Alignment:
Q  6 actgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagt 105  Q
    |||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||  ||||    
T  38137607 actgagataaacaagccatcgttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagt 38137706  T
Q  106 ttgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgt 205  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||    
T  38137707 ttgagactaccaagtactactgcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattaccgggacgtcccaagctgactgtgctgt 38137806  T
Q  206 tctgatcattgattccactaccggtggttttgaagc 241  Q
    |||  ||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  38137807 tctcgtcattgattccacaactggtagttttgaagc 38137842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 7 - 220
Target Start/End: Original strand, 7890792 - 7891005
Alignment:
Q  7 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 106  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7890792 ctgagatgaacaggcattcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctgtggaagtt 7890891  T
Q  107 tgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgtt 206  Q
    |||||| || || | |  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||||| |||||||||    
T  7890892 tgagacaaccaacttccgctgcactctcattgatgcccctggacacagggatttcattaagaacatgatcactggagcgtccgaagctgactgtgctgtt 7890991  T
Q  207 ctgatcattgattc 220  Q
    || |||||||||||    
T  7890992 cttatcattgattc 7891005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 7 - 259
Target Start/End: Original strand, 7888527 - 7888779
Alignment:
Q  7 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 106  Q
    ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  7888527 ctgagataaacagacgtttattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctttggaagtt 7888626  T
Q  107 tgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgtt 206  Q
    | |||| || |  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||  | ||  |||||||||||||||||    
T  7888627 tcagacaaccagctactgctgcactctcattgatgcccccggacacagggatttcatcaagaacatgatcaccggggcgtctgaagctgattgtgctgtt 7888726  T
Q  207 ctgatcattgattccactaccggtggttttgaagccggtatttcaaaggatgg 259  Q
    || |||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||  ||||||||    
T  7888727 ctcatcattgattccacaactggtggttttgaagccggtttttgtaaggatgg 7888779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 6 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 51292153 - 51291901
Alignment:
Q  6 actgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagt 105  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |  ||||    
T  51292153 actgagatgaacatgcgttcattcacgtatgcttgggtgcttgacaagttcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctatccaagt 51292054  T
Q  106 ttgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgt 205  Q
    |||| || |  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||  | ||  | | ||||||||| |||| | |    
T  51292053 ttga-acaatcaagtactattgcactctcattgatgcccccggacatgggaatttcattaagaacatgatcgccgggccgttccaagctgactgtgttat 51291955  T
Q  206 tctgatcattgattccactaccggtggttttgaagccggtatttcaaaggatgg 259  Q
    ||| ||| |||||||||| || || || |||||||| |||  ||| ||||||||    
T  51291954 tctcatccttgattccacaactggcgggtttgaagctggttattctaaggatgg 51291901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 7 - 222
Target Start/End: Original strand, 40034448 - 40034661
Alignment:
Q  7 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 106  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||| |  |||  |||||    
T  40034448 ctgagatgaacaagcgctcattcaagtatgcttgggtacttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtgttacaattgatatttccatgtccaagtt 40034547  T
Q  107 tgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgtt 206  Q
    |||||| || || ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||| | || || || |||| |||||| |||||||||    
T  40034548 tgagacaaccaaataccactgcactctcattgacgcccccggacaca--gatttcatcaagaacatgttaaccggcacgtccctagctgactgtgctgtt 40034645  T
Q  207 ctgatcattgattcca 222  Q
    || |||||||||||||    
T  40034646 ctcatcattgattcca 40034661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 23 - 217
Target Start/End: Original strand, 43076553 - 43076746
Alignment:
Q  23 ttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtttgagactactaagtac 122  Q
    |||| |||||||||| ||| | || |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||| |||||||||||||| || ||| ||    
T  43076553 ttcagtcaagtatgcctggatccttgacaagctcagggctgaacgtgaaagaggtat-accattgagatttctctctggaagtttgagacaacaaagaac 43076651  T
Q  123 tactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgttctgatcattga 217  Q
    | ||||  ||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  43076652 tgctgcgttgtcattgatgtcccgggacacaagaatttcattaagaacatgatcactgggacgtcccaagctgattgtgctcttcttatccttga 43076746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 7 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 4232004 - 4231752
Alignment:
Q  7 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 106  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4232004 ctgagatgaacaagcgttcatttaagtatgcttgggttcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 4231905  T
Q  107 tgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgtt 206  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4231904 tgagaccactaagtactactgcactgtcattgatgcccctggacacagggatttcattaagaacatgattactggtacatcccaagctgattgtgctgtt 4231805  T
Q  207 ctgatcattgattccactaccggtggttttgaagccggtatttcaaaggatgg 259  Q
    || |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  4231804 ctcatcattgattccaccactggtggttttgaagctggtatttccaaggatgg 4231752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 134; Significance: 8e-70; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 7 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 4620227 - 4620026
Alignment:
Q  7 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 106  Q
    ||||||| |||| | |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||  |||||    
T  4620227 ctgagataaacatgtgttcattcaaatatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaatcgacatttctctgtccaagtt 4620128  T
Q  107 tgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgtt 206  Q
    |||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  4620127 tgagacaaccaagtactactgcactctcattgatgcccccggacacagagatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgactgtgctgtt 4620028  T
Q  207 ct 208  Q
    ||    
T  4620027 ct 4620026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 7 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 1846929 - 1846695
Alignment:
Q  7 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 106  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  1846929 ctgagataaacaggcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctatggaagtt 1846830  T
Q  107 tgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgtt 206  Q
    |||||| || || | |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||| ||||| |||    
T  1846829 tgagacaaccaacttcctctgcactctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggagcatccgaagctgactgtgccgtt 1846730  T
Q  207 ctgatcattgattccactaccggtggttttgaagc 241  Q
    || |||||||| || ||  | ||||||||||||||    
T  1846729 cttatcattgactctacacctggtggttttgaagc 1846695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 27 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 4297990 - 4297767
Alignment:
Q  27 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtttgagactactaagtactact 126  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| | ||||||||||  ||||||||||||| ||||||  ||||||||||| |  |||||| |||    
T  4297990 ttcaagtatgcttgggtacttgacaaactcaaagctgaccatgaaagaggtgccacaattgacatttctctgtccaagtttgagacaaacaagtacaact 4297891  T
Q  127 gcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgttctgatcattgattcca---c 223  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||  |||||| | |||| |||| | |||| ||||||  ||||||||||||   |    
T  4297890 gcattgtcattgatgcccccggacatagggaatgcattaagaacatgaccactggagcgtccctagctaactgtgatgttctcgtcattgattccactac 4297791  T
Q  224 taccggtggttttgaagccggtat 247  Q
    ||| ||||||||||||||||||||    
T  4297790 tactggtggttttgaagccggtat 4297767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 23 - 175
Target Start/End: Original strand, 4787274 - 4787426
Alignment:
Q  23 ttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtttgagactactaagtac 122  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||| || |||  ||||||||||| |  ||||||    
T  4787274 ttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcaagggtgagcgtgaaagaggtgccacaattgacatttctatgtccaagtttgagacaaacaagtac 4787373  T
Q  123 tactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgat 175  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||    
T  4787374 aactgcactgtcattgatgctcccggacacagggaatacattaggaacatgat 4787426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 129; Significance: 8e-67; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 7 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 34691362 - 34691145
Alignment:
Q  7 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 106  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| || |||||    
T  34691362 ctgagatgaagaagcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaacgctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatt--tctatgcaagtt 34691265  T
Q  107 tgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgtt 206  Q
    |||||| || ||||||| || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||||    
T  34691264 tgagacaaccaagtactgcttcactctcattgatgctcccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacctcccaagctgactgtgctgtt 34691165  T
Q  207 ctgatcattgattccactac 226  Q
    ||  |||||||||| |||||    
T  34691164 ctcgtcattgattcgactac 34691145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 7 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 34713774 - 34713557
Alignment:
Q  7 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 106  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| || |||||    
T  34713774 ctgagatgaagaagcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaacgctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatt--tctatgcaagtt 34713677  T
Q  107 tgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgtt 206  Q
    |||||| || ||||||| || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||||    
T  34713676 tgagacaaccaagtactgcttcactctcattgatgctcccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacctcccaagctgactgtgctgtt 34713577  T
Q  207 ctgatcattgattccactac 226  Q
    ||  |||||||||| |||||    
T  34713576 ctcgtcattgattcgactac 34713557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 7 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 16232711 - 16232488
Alignment:
Q  7 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 106  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||||    
T  16232711 ctgagatgaagatgcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtt 16232612  T
Q  107 tgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttca----ttaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgc 202  Q
    |||||| || |||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||| |  || || ||| ||||||| |||||    
T  16232611 tgagacaaccaagtactgttgcaccctcattgatgcccccggacacagggatttcattaattaagaacatgatcatcgggacctccgaagctgactgtgc 16232512  T
Q  203 tgttctgatcattgattccactac 226  Q
    ||||||  ||||  ||||||||||    
T  16232511 tgttctagtcatcaattccactac 16232488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 33861367 - 33861140
Alignment:
Q  16 acaagcgttcattcaagtatgct---tgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtttgagac 112  Q
    ||||| |||||||||||||||||   ||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||| || || || | || ||||||||    
T  33861367 acaagtgttcattcaagtatgctaattgggttcttgacaagctcgaggctgagcgtgaaagaggtatctccattgacgtttctatgcgtaattttgagac 33861268  T
Q  113 tactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgttctgatc 212  Q
     |   |||||   | |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||||| | |||||||| ||| |||| |||    
T  33861267 aaaccagtaccggtacactgtcattgatgcccctggacacagggattatattaagaacatgattaatgggacatcctatgctgattgcgctcttcttatc 33861168  T
Q  213 attgattccactaccggtggttttgaag 240  Q
     |||||||| || | |||||||||||||    
T  33861167 gttgattcctctcctggtggttttgaag 33861140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 27 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 16349656 - 16349433
Alignment:
Q  27 ttcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtttgagactactaagtactact 126  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| | || ||| ||| |||||||| || ||||||  ||    
T  16349656 ttcaagtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgct 16349557  T
Q  127 gcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgttctgatcattgattccactac 226  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |    
T  16349556 gcactatcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgctcttcttatcgttgattccactcc 16349457  T
Q  227 cggtggttttgaagccggtatttc 250  Q
     | |||||||| ||||||||||||    
T  16349456 tgctggttttggagccggtatttc 16349433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 121; Significance: 5e-62; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 7 - 259
Target Start/End: Original strand, 7519467 - 7519719
Alignment:
Q  7 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 106  Q
    |||||||||||||| | || |||||||| || ||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||| ||||||| ||    
T  7519467 ctgagatgaacaagaggtctttcaagtacgcatgggttcttgacaagcttaaggctgagcgtgaaagaggaattaccattgatattgctttgtggaaatt 7519566  T
Q  107 tgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgtt 206  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||     
T  7519567 tgagaccaccaagtactactgcacagtcattgatgctcccggacatcgtgatttcatcaagaacatgattactggaacctcccaggctgattgtgctgtc 7519666  T
Q  207 ctgatcattgattccactaccggtggttttgaagccggtatttcaaaggatgg 259  Q
    || |||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  7519667 cttatcattgactccaccactggtggttttgaagctggtatctctaaggatgg 7519719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 7 - 259
Target Start/End: Original strand, 7528838 - 7529090
Alignment:
Q  7 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || |||||||| ||||||||||| || || || || |||||  ||||||| ||    
T  7528838 ctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcatgggttcttgacaaacttaaggctgagcgtgaaagaggaattaccatcgatattgccttgtggaaatt 7528937  T
Q  107 tgagactactaagtactactgcactgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgctgtt 206  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||     
T  7528938 tgagaccaccaagtactactgcacagtcattgatgctcccggacatcgtgatttcatcaagaacatgattactggaacctcccaggctgattgtgccgtg 7529037  T
Q  207 ctgatcattgattccactaccggtggttttgaagccggtatttcaaaggatgg 259  Q
    || |||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  7529038 cttatcattgactccaccactggtggttttgaagctggtatctctaaggatgg 7529090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 47; Significance: 7e-18; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 79 - 141
Target Start/End: Original strand, 39242152 - 39242214
Alignment:
Q  79 tcacaattgacattgctctgtggaagtttgagactactaagtactactgcactgtcattgatg 141  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  39242152 tcacaattgacattgctctgtccaagtttgagacaacaaagtactactgcactgtcattgatg 39242214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University