View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18575_high_4 (Length: 767)

Name: NF18575_high_4
Description: NF18575
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18575_high_4
NF18575_high_4
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (6-749)||(2206995-2207739)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 690; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 690; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 2207739 - 2206995
Alignment:
Q  6 aggagcagagagagtataagaataacgtttgagaagacgtgaatttattatatgnnnnnnnnnaaaaa-tgtgttaagatatgtgagctaacaatgtttt 104  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||         ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2207739 aggatcagagagagtataagaataacgtttgagaagacgtgaatctattatatgttttttttaaaaaaatgtgttaagatatgtgagctaacaatgtttt 2207640  T
Q  105 cttatggcactgggattttaaatcatcatcaaatcacatttagataaactaatgaggttgtgagttcaactatccttgtcgatgtgatgatatttttggt 204  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2207639 cttctggcactgggattttaaatcatcatcaaatcacatttagataaactaatgaggttgtgagttcaactatccttgtcgatgtgatgatatttttggt 2207540  T
Q  205 gtgtttacagtaactagttgtgtaagcactttaaattttgaggtctaccttgttaactgatacaatgacaacaacaacatcaacatcatatgttcgtgac 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2207539 gtgtttacagtaactagttgtgtaagcactttaaattttgaggtctaccttgttaactgatacaatgacaacaacaacatcaacatcatatgttcgtgac 2207440  T
Q  305 gcatatgatgatcccgtaaatgacatatatgatgatctccttcaagatgaaaaacgataacccatcagtggagacatgaagtactgaggtcgtatttcat 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2207439 gcatatgatgatcccgtaaatgacatatatgatgatctccttcaagatgaaaaacgataacccatcagtggagacatgaagtactgaggtcgtatttcat 2207340  T
Q  405 gacaaaaacaatttaaccctattttatattttgtctaatatcaacaagttaccagttaggactagaaacccactccacacatgaatgaccatacaactaa 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2207339 gacaaaaacaatttaaccctattttatattttgtctaatatcaacaagttaccagttaggactagaaacccactccacacatgaatgaccatacaactaa 2207240  T
Q  505 aactcattttattctagccaggtcatggcctaccggtacatgtagatgcacaataaaaaagagcttttatatttggctcaattgtaaattgtaccttgta 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  2207239 aactcattttattctagccaggtcatggcctaccggtacatgtagatgcacaataaaaaagagcttttatatttggctccattgtaaattttaccttgta 2207140  T
Q  605 tccgaatttaacatgacttccatgatacgagacactgcttgagtatgactcaatatctactggaacaagagttgaataattatcttctggtgtatcatag 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2207139 tccgaatttaacatgacttccatgatacgagacactgcttgagtatgactcaatatctactggaacaagagttgaataattatcttctggtgtatcatag 2207040  T
Q  705 gaattttcaatattttatgcgattcatcgcaatacaagctagaag 749  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2207039 gaattttcaatattttatgcgattcatcgcaatacaagctagaag 2206995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University