View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18579_high_1 (Length: 931)

Name: NF18579_high_1
Description: NF18579
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18579_high_1
NF18579_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (14-917)||(27510388-27511290)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 849; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 849; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 917
Target Start/End: Original strand, 27510388 - 27511290
Alignment:
Q  14 gagatgaagcccatcctttagccttgagaaaagaaagcaaacttcccctgccctctgaaaggttaattaagttattgttaataagtcaactatcaagtga 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27510388 gagatgaagcccatcctttagccttgagaaaagaaagcaaacttcccctgccctctgaaaggttagttaagttattgttaataagtcaactatcaagtga 27510487  T
Q  114 tcaatcttatacttttagaattaatagactacccctcttagtgaagttatacttatacatgcatacacacaatagaaaggtcattatctttgaaatttag 213  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27510488 tcaatcttatacttttagagttaatag-ctacccctcttagtgaagttatacttatacatgcatacacacaatagaaaggtcattatctttgaaatttag 27510586  T
Q  214 aaccactttccactacatattgaataatttaactcttaaaacataataactaggaaagatatgaaaaagttcaatgcagtaaacaattctttagaagatt 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27510587 aaccactttccactacatattgaataatttaactcttaaa-cataataactaggaaagatatgaaaaagttcaatgcagtaaacaattctttagaagatt 27510685  T
Q  314 aacaagccttttaagtgggcagtaaattactaaaataattttttggaatgttggagtatgtgttaaagacaatcttctgcttgctataattcaccatatg 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27510686 aacaagccttttaagtgggcagtaaattgctaaaataattttttggaatgttggagtatgtgttaaagacaatcttctgcttgctataattcaccatatg 27510785  T
Q  414 tgacaatttgcacttgctttgcaagagacatgttgagcaactttaaatcacacagaaaagaagtgaaagaaattgtaaaagtaaaagaagctctcctatg 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27510786 tgacaatttgcacttgctttgcaagagacatgttgagcaactttaaatcacacagaaaagaagtgaaagaaattgtaaaagtaaaagaagctctcctatg 27510885  T
Q  514 ccaatttccatacaataagataagatgcataaaa-caaacttggtattacatttacctgatcagagatatgcaataagaataagatgcataaaaaatgca 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27510886 ccaatttccatacaataagataagatgcataaaaacaaacttggtattacatttacctgatcagagatatgcaataagaataagatgcataaaaaatgca 27510985  T
Q  613 agatgatttataatttaaaatatacactgaactatcataccgtgaccaaggagatgagccaaataatcctctggtttctttagatactcctggtgtagac 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27510986 agatgatttataatttaaaatatacactgaactatcataccgtgaccaaggagatgagccaaataatcctctggtttctttagatactcctggtgtagac 27511085  T
Q  713 taggcagggtccaagataagtcgagtgtatgaacatctttgaccgcttctagccgataaattttaccaggtttccatattggaccttccactgtgaactt 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27511086 taggcagggtccaagataagtcgagggtatgaacatctttgaccgcttccagccgataaattttaccaggtttccatattggaccttccactgtgaactt 27511185  T
Q  813 tgggtttacttgaggaccctttttgacagcaccgaatagttcctcaacccaactctcaagcacatccaaagactctgcattaattttagcatgtcatcaa 912  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27511186 tgggtttacctgaggaccctttttgacagcaccaaatagttccacaacccaactctcaagcacatccaaagactctgcattaattttagcatgtcatcaa 27511285  T
Q  913 aatca 917  Q
    |||||    
T  27511286 aatca 27511290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University