View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1857R-Insertion-5 (Length: 926)

Name: NF1857R-Insertion-5
Description: NF1857R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1857R-Insertion-5
NF1857R-Insertion-5
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (9-678)||(1360929-1361598)
chr2 (9-583)||(1354135-1354712)
chr2 (719-918)||(1360696-1360895)
chr2 (332-534)||(20491873-20492075)
chr2 (193-242)||(1357248-1357297)
chr2 (199-267)||(20492137-20492205)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (117-399)||(47073206-47073485)
chr4 (87-534)||(51370271-51370715)
chr4 (83-534)||(29953738-29954186)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (117-399)||(26970481-26970760)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (88-534)||(12845695-12846141)
chr6 (338-531)||(14588164-14588357)
chr6 (338-531)||(14621822-14622015)
chr6 (9-51)||(14588626-14588668)
chr6 (9-51)||(14622284-14622326)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (83-534)||(11529703-11530151)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (300-399)||(41190693-41190792)
chr8 (117-187)||(41190822-41190892)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 646; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 646; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 678
Target Start/End: Complemental strand, 1361598 - 1360929
Alignment:
Q  9 gtttgagatgaatggttgtttgaaaaggaagccattttggtgggccacacatgtcttcaagtttgaaatttgttttgacttgatcctttggtggatcaaa 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361598 gtttgagatgaatggttgtttgaaaaggaacccattttggtgggccacacatgtcttcaagtttgaaatttgttttgacttgatcctttggtggatcaaa 1361499  T
Q  109 gaaacatttgttccaagctggtgttatgttgtaatgagcagcagctatgttgaggcttttagctattggtgccaaccaaccacttgcaaaatcatagaaa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361498 gaaacatttgttccaagctggtgttatgttgtaatgagcagcagctatgttgaggcttttagctattggtgccaaccaaccacttgcaaaatcatagaaa 1361399  T
Q  209 acccaatcaggttttgatgttttgagaatctcagtaacatcatcttgaagaccttcataggcttgcttaaggaaacggttcatgtttggttgaatgtcca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361398 acccaatcaggttttgatgttttgagaatctcagtaacatcatcttgaagaccttcataggcttgcttaaggaaacggttcatgtttggttgaatgtcca 1361299  T
Q  309 tagtgttttctgcacctggtgggagttgctctatgtgtggtaaaggcaatcttaccaatttaatgaatggttcaatggttttgggtgtttttggcatttg 408  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361298 tagtgttttctgcgcctggtgggagttgctctatgtgtggtaaaggcaatcttaccaatttaatgaatggttcaatggttttgggtgtttttggcatttg 1361199  T
Q  409 gtcaatgtttttaggggagttgatgaaggtgacagtgtgaccctttgaagctagaattttggctacttcgaagtaagggtatatgtgtcccatagccagc 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361198 gtcaatgtttttaggggagttgatgaaggtgacagtgtgaccctttgaagctagaattttggctacttcaaagtaagggtatatgtgtcccatagccagc 1361099  T
Q  509 catgggagcattacaatatgaagaggtctgttgctatcttcattagcaattgaacccatggagacttggatttgtttggtatgtatgagtagaaagaata 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361098 catgggagcattacaatatgaagaggtttgttgctatcttcattagcaattgaacccatggagacttggatttgtttggtatgtatgagtagaaagaata 1360999  T
Q  609 tgtaaaagttgaagatatgattaggaagagtatgcaggagttgaagatatagtagcactcgaagtcttaa 678  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1360998 tgtaaaagttgaagatatgattaggaagagtatgcaagagttgaagatatagtagcagtcgaagtcttaa 1360929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 1354712 - 1354135
Alignment:
Q  9 gtttgagatgaatggttgtttgaaaaggaagccattttggtgggccacacatgtcttcaagtttgaaatttgttttgacttgatcctttggtggatcaaa 108  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| || || |||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||    
T  1354712 gtttgagatgaatagttgtttgaaaaggaagccatttatgtgggccacatatgtcttgaatttcgaaatttgttttgatttgatccttaggtcgatcaaa 1354613  T
Q  109 gaaacatttgttccaagctggtgttatgttgtaatgagcagcagctatgttgaggcttttagctattggtgccaaccaaccacttgcaaaatcatagaaa 208  Q
     |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| || |  || |||||||||||    
T  1354612 aaaacatatgttccaagctggtgttatgctgtaatgaacagaagctatgtttaggcttttagctattggtgctaaccaaacagtaccataatcatagaaa 1354513  T
Q  209 acccaatcaggttttgatgttttgagaatctcagtaacatcatcttgaagaccttcataggcttgcttaaggaaacggttcatgtttggttgaatgtcca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | |||| |   ||||||||||  | |||||||||    
T  1354512 acccaatcaggttttgatgttttgagaatctcagtaacatcatcttgaagaccttgataggctagttcaaggtatttgttcatgtttattggaatgtcca 1354413  T
Q  309 tagtgttttctgcacctggtgggagttgctctatgtgtggtaaaggcaatcttaccaatttaatgaatggttcaatggttttgggtgtttttggcatttg 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1354412 tagtgttttctgcacctggtgggagttgctctatgtgtggtaaaggcaatcttaccaatttgatgaatggttcaatggttttgggtgtttttggcatttg 1354313  T
Q  409 gtcaatgtttttaggggagttgatgaaggtgacagtgtgaccctttgaagctagaattttggctacttcgaagtaagggtatatgtgtcccatagccagc 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  1354312 gtcaatgtttttaggggagttgatgaaggtgacagtgtgaccctttgaagctagaattttggctacttcaaagtaagggtatatatgtcccatagctagc 1354213  T
Q  509 catgggagcattacaatatgaagaggtctgttgcta---tcttcattagcaattgaacccatggagacttggatttgt 583  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||   ||||||||| || | ||||||||  ||||||||||||||    
T  1354212 catgggagcattacaatatgaagaggtttgttactatcttcttcattaacagtagaacccatcaagacttggatttgt 1354135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 719 - 918
Target Start/End: Complemental strand, 1360895 - 1360696
Alignment:
Q  719 agttatttttgtataaacaatcactgccacgtgtgacacgcattcaaatatataattacttgtgaaaaacacatccaatccaacgttattttatttccac 818  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1360895 agttatttttgtataaacaatcactgccacgtgtgacacgcattcaaatatattattacttgtaaaaaacacatccaatccaacgttattttatttccac 1360796  T
Q  819 gaggaggctatgctcttccacgagagccatgcaatgattattttattgtaaaatagaaagaagattgtgttttggccttttgggattgatactttcactg 918  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1360795 gaggaggctatgctcttccacgagagccatgcaatgattattttagtgtaaaatagaaagaagattgtgttttggccttttgggattgattctttcactg 1360696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 332 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 20492075 - 20491873
Alignment:
Q  332 agttgctctatgtgtggtaaaggcaatcttaccaatttaatgaatggttcaatggttttgggtgtttttggcatttggtcaatgtttttaggggagttga 431  Q
    ||||| ||||||| |||||||||  || ||||||| || |||||||||| ||| | |||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |    
T  20492075 agttgttctatgtatggtaaaggtgattttaccaaattgatgaatggttgaattgctttgggtgctttgggcatttgatcaatgtttttgggggagttta 20491976  T
Q  432 tgaaggtgacagtgtgaccctttgaagctagaattttggctacttcgaagtaagggtatatgtgtcccatagccagccatgggagcattacaatatgaag 531  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||  ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||||| ||||||    
T  20491975 tgaaggtgacagtgtgacccttttgagcaagaatttttgctaactcgaaataagggtacatgtgtcccatagctagccaagggatcattacaacatgaag 20491876  T
Q  532 agg 534  Q
    |||    
T  20491875 agg 20491873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 193 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 1357297 - 1357248
Alignment:
Q  193 tgcaaaatcatagaaaacccaatcaggttttgatgttttgagaatctcag 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  1357297 tgcaaaatcatagaaaacccaatcaggatttgaagttttgagtatctcag 1357248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 199 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 20492205 - 20492137
Alignment:
Q  199 atcatagaaaacccaatcaggttttgatgttttgagaatctcagtaacatcatcttgaagaccttcata 267  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||  ||||||| ||| |||||    
T  20492205 atcatagaaaacccaatcaggctttgaagttttaagtatttcagtaacatggtcttgaaaaccatcata 20492137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 141; Significance: 2e-73; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 117 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 47073485 - 47073206
Alignment:
Q  117 tgttccaagctggtgttatgttgtaatgagcagcagctatgttgaggcttttagctattggtgccaaccaaccacttgcaaaatcatagaaaacccaatc 216  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |  || |||| ||||||||||||||    
T  47073485 tgttgcaagctggtgttatgctgtaatgaacagaagctatgttgaggcttttagctattggtgctaaccaaacagtaccataatcgtagaaaacccaatc 47073386  T
Q  217 aggttttgatgttttgagaatctcagtaacatcatcttgaagaccttcataggcttgcttaaggaaacggttcatgtttggttgaatgtccatagtgttt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||     ||| ||| | | ||||||   |||||||||| || |||||||||||||||||    
T  47073385 aggttttgatgttttgagaatctcaataatatcatctttaaga---agataagctagttcaaggaatttgttcatgtttagtggaatgtccatagtgttt 47073289  T
Q  317 tctgcacctggtgggagttgctctatgtgtggtaaaggcaatcttaccaatttaatgaatggttcaatggttttgggtgtttt 399  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  47073288 tctgcacctggtgggaattgctctacgtgtggtaaaggcaaccttactaatttgataaatgcttcaatggttttgggtgtttt 47073206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 87 - 534
Target Start/End: Original strand, 51370271 - 51370715
Alignment:
Q  87 cttgatcctttggtggatcaaagaaacatttgttccaagctggtgttatgttgtaatgagcagcagctatgttgaggcttttagctattggtgccaacca 186  Q
    |||||||| | ||||||| ||||||||||  |||| ||||||    |||  |||||||||||  ||  ||||| |||||||| || ||||  | ||||||    
T  51370271 cttgatccctaggtggattaaagaaacatacgttcaaagctgcgagtatactgtaatgagcacaaggaatgttaaggcttttggcaattgccggcaacca 51370370  T
Q  187 accacttgcaaaatcatagaaaacccaatcaggttttgatgttttgagaatctcagtaacatcatcttgaagaccttcataggcttgcttaaggaaacgg 286  Q
    | ||  |||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||  ||||| ||||| ||||| ||   ||||||  |||      
T  51370371 atcagctgcacaatcatagaaaacccaatcaggctttgaagttttgagtatatcagtaacattgtcttgtagaccgtcataagccaacttaagataacca 51370470  T
Q  287 ttcatgtttggttgaatgtccatagtgttttctgcacctggtgggagttgctctatgtgtggtaaaggcaatcttaccaatttaatgaatggttcaatgg 386  Q
     ||||||||  | |||| | |    || | ||| ||||| ||   ||||| ||||| |||||||||||  || | ||||| || |||||||||| ||| |    
T  51370471 atcatgttttttggaatattctgcatgctctcttcaccttgt---agttgttctatatgtggtaaaggtgatttaaccaaattgatgaatggttgaattg 51370567  T
Q  387 ttttgggtgtttttggcatttggtcaatgtttttaggggagttgatgaaggtgacagtgtgaccctttgaagctagaattttggctacttcgaagtaagg 486  Q
    ||||||||| ||| || ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||| |  || || |||||    
T  51370568 ttttgggtggtttaggaatttgatcaatgtttttgggagagttgataaaggtgacagtgtgaccattttgagcaagaattttggccaactcaaaataagg 51370667  T
Q  487 gtatatgtgtcccatagccagccatgggagcattacaatatgaagagg 534  Q
    |  || |||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  51370668 gagtacgtgtcccatagcaagccatgggagcattgcaacatgaagagg 51370715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 83 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 29954186 - 29953738
Alignment:
Q  83 ttgacttgatcctttggtggatcaaagaaacatttgttccaagctggtgttatgttgtaatgagcagcagctatgttgaggcttttagctattggtgcca 182  Q
    |||| |||||||||||||||||   | |||||| |||||||||||||    | |||||||||||||  ||  |||||||||||||| |||||||  |  |    
T  29954186 ttgatttgatcctttggtggatttgataaacatatgttccaagctgggacaacgttgtaatgagcacaaggaatgttgaggcttttcgctattgacggta 29954087  T
Q  183 accaaccacttgcaaaatcatagaaaacccaatcaggttttgatgttttgagaatctcagtaacatcatcttgaagaccttcataggcttgcttaaggaa 282  Q
    ||||| ||  |||| ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||    |||||  |    
T  29954086 accaatcagctgcataatcatataaaacccaatcaggctttgaagttttgagtatctcagtaacatcgtcttggagaccgtcataagccaatttaagata 29953987  T
Q  283 acggttcatgtttggttgaatgtccatagtgttttctgcacctggtgggagttgctctatgtgtggtaaaggcaatcttaccaatttaatgaatggttca 382  Q
    ||    ||||||   | |||  |    |||| | ||| ||||| ||   ||||| ||||||| |||||||||  || ||||||| || |||||||||| |    
T  29953986 accaagcatgttaaatggaacattttgagtgctctctccaccttgt---agttgttctatgtatggtaaaggtgattttaccaaattgatgaatggttga 29953890  T
Q  383 atggttttgggtgtttttggcatttggtcaatgtttttaggggagttgatgaaggtgacagtgtgaccctttgaagctagaattttggctacttcgaagt 482  Q
    || |||||||||| ||| || ||||| |||||| ||   || ||| | || || |||||||||||||  |||  ||| ||||| ||||| |  ||||| |    
T  29953889 attgttttgggtggtttcggaatttgatcaatgattccgggagagcttataaatgtgacagtgtgacgattttgagcaagaatcttggccaactcgaaat 29953790  T
Q  483 aagggtatatgtgtcccatagccagccatgggagcattacaatatgaagagg 534  Q
    |||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| | |||||||||    
T  29953789 aagggtatatgtgtcccatagcgagtcaagggagcattacgacatgaagagg 29953738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 133; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 117 - 399
Target Start/End: Original strand, 26970481 - 26970760
Alignment:
Q  117 tgttccaagctggtgttatgttgtaatgagcagcagctatgttgaggcttttagctattggtgccaaccaaccacttgcaaaatcatagaaaacccaatc 216  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |  || |||| ||||||||||||||    
T  26970481 tgttgcaagctggtgttatgctgtaatgaacagaagctatgttgaggcttttagctattggtgctaaccaaacagtaccataatcgtagaaaacccaatc 26970580  T
Q  217 aggttttgatgttttgagaatctcagtaacatcatcttgaagaccttcataggcttgcttaaggaaacggttcatgtttggttgaatgtccatagtgttt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||     ||| ||| | | ||||||   |||||||||| || |||||||||||||||||    
T  26970581 aggttttgatgttttgagaatctcaataatatcatctttaaga---agataagctagttcaaggaatttgttcatgtttagtggaatgtccatagtgttt 26970677  T
Q  317 tctgcacctggtgggagttgctctatgtgtggtaaaggcaatcttaccaatttaatgaatggttcaatggttttgggtgtttt 399  Q
    || ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| || |||| |||||||||||| ||||||||    
T  26970678 tcagcacctggtgggaattgctctacgtgtggtaaaggcaaccttactaatttgataaatgcttcaatggttttaggtgtttt 26970760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 99; Significance: 2e-48; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 88 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 12846141 - 12845695
Alignment:
Q  88 ttgatcctttggtggatcaaagaaacatttgttccaagctggtgttatgttgtaatgagcagcagctatgttgaggcttttagctattggtgccaaccaa 187  Q
    ||||||||| |||||||| | |||| || |||||||||||||| |||| || |||||||||  ||  ||||| |  ||||| |||||||  |  |||||     
T  12846141 ttgatccttaggtggatccatgaaaaatgtgttccaagctggtattatattataatgagcacaagggatgttcaaacttttggctattgacggtaaccat 12846042  T
Q  188 ccacttgcaaaatcatagaaaacccaatcaggttttgatgttttgagaatctcagtaacatcatcttgaagaccttcataggcttgcttaaggaaacggt 287  Q
     |  | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||   ||||||| | |       
T  12846041 tcggtagcaaaatcatagaaaacccagtcagggtttgatgttttgagtatctcagtaacatcatcttggagaccatcataagccaacttaaggcagccaa 12845942  T
Q  288 tcatgtttggttgaatgtccatagtgttttctgcacctggtgggagttgctctatgtgtggtaaaggcaatcttaccaatttaatgaatggttcaatggt 387  Q
     ||||||  || ||| |||||||||  | || ||||||  ||||||||| ||||| || ||||| |  | | | |||||||| |||||||||| ||   |    
T  12845941 acatgttgtgtggaacgtccatagtactctccgcaccttctgggagttgttctatctgcggtaaggatagtttaaccaattttatgaatggttgaagaat 12845842  T
Q  388 tttgggtgtttttggcatttggtcaatgtttttaggggagttgatgaaggtgacagtgtgaccctttgaagctagaattttggctacttcgaagtaaggg 487  Q
    ||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||  ||| |||||||| |||  ||||||||||  ||| ||||| ||||| |  || || ||||||    
T  12845841 tttaggggtttttggcatgtggtcaatatttttagggctgtttatgaaggtaacatagtgacccttttgagcaagaatcttggccaactcaaaataaggg 12845742  T
Q  488 tatatgtgtcccatagccagccatgggagcattacaatatgaagagg 534  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| |||||||||    
T  12845741 tatatgtgtcccatagctagccatggaaccattacaacatgaagagg 12845695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 338 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 14588357 - 14588164
Alignment:
Q  338 tctatgtgtggtaaaggcaatcttaccaatttaatgaatggttcaatggttttgggtgtttttggcatttggtcaatgtttttaggggagttgatgaagg 437  Q
    ||||||| |||||||||  || ||||||| || |||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  14588357 tctatgtatggtaaaggtgattttaccaacttgatgaatggttgaagtgttttgggtgttttgggcatttgatcaatgtttttaggggagtttatgaatg 14588258  T
Q  438 tgacagtgtgaccctttgaagctagaattttggctacttcgaagtaagggtatatgtgtcccatagccagccatgggagcattacaatatgaag 531  Q
    ||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||  |||||  ||||   ||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||    
T  14588257 tgacagtgtgaccattttgagcaagaattttggctaactcgaaaaaaggtagtatgtgtcccatagctagccatggtaccattacaacatgaag 14588164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 338 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 14622015 - 14621822
Alignment:
Q  338 tctatgtgtggtaaaggcaatcttaccaatttaatgaatggttcaatggttttgggtgtttttggcatttggtcaatgtttttaggggagttgatgaagg 437  Q
    ||||||| |||||||||  || ||||||| || |||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  14622015 tctatgtatggtaaaggtgattttaccaacttgatgaatggttgaagtgttttgggtgttttgggcatttgatcaatgtttttaggggagtttatgaacg 14621916  T
Q  438 tgacagtgtgaccctttgaagctagaattttggctacttcgaagtaagggtatatgtgtcccatagccagccatgggagcattacaatatgaag 531  Q
    ||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||  |||||  ||||   ||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||    
T  14621915 tgacagtgtgaccattttgagcaagaattttggctaactcgaaaaaaggtagtatgtgtcccatagctagccatggtaccattacaacatgaag 14621822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 9 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 14588668 - 14588626
Alignment:
Q  9 gtttgagatgaatggttgtttgaaaaggaagccattttggtgg 51  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  14588668 gtttgagatgaatggttgtttggaaaggaacccattttggtgg 14588626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 9 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 14622326 - 14622284
Alignment:
Q  9 gtttgagatgaatggttgtttgaaaaggaagccattttggtgg 51  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  14622326 gtttgagatgaatggttgtttggaaaggaacccattttggtgg 14622284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 98; Significance: 9e-48; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 83 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 11530151 - 11529703
Alignment:
Q  83 ttgacttgatcctttggtggatcaaagaaacatttgttccaagctggtgttatgttgtaatgagcagcagctatgttgaggcttttagctattggtgcca 182  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    ||| ||||||| |||  ||  || || |||||||| ||||| |  |  |    
T  11530151 ttgatttgatcctttggtggattaaagaaacatatgttccaagctggaacaatgctgtaatgggcacaaggaatattcaggcttttggctatcgacggta 11530052  T
Q  183 accaaccacttgcaaaatcatagaaaacccaatcaggttttgatgttttgagaatctcagtaacatcatcttgaagaccttcataggcttgcttaaggaa 282  Q
    ||||| ||  | || |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||| ||||| ||   ||||||| |    
T  11530051 accaatcagctacacaatcatagaaaacccaatcagactttgatgttttgagtatctcagtaacatcgacttggagaccgtcataagccaacttaaggta 11529952  T
Q  283 acggttcatgtttggttgaatgtccatagtgttttctgcacctggtgggagttgctctatgtgtggtaaaggcaatcttaccaatttaatgaatggttca 382  Q
    ||   || |||||  | |||  |    |||| | |||||||||  |   ||||| |||||||| ||||| || ||| ||||||| || |||||||| | |    
T  11529951 accagtcttgtttaatggaacattttgagtgctctctgcaccttct---agttgttctatgtggggtaagggtaattttaccaaattgatgaatggctga 11529855  T
Q  383 atggttttgggtgtttttggcatttggtcaatgtttttaggggagttgatgaaggtgacagtgtgaccctttgaagctagaattttggctacttcgaagt 482  Q
    || | ||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||| | || |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| | ||| || |    
T  11529854 attgcttttggtgttttgggaatttgatcaatgtttttaggagaggttattaaggtgacagtgtgacccttttgagcaagaattttggccaattcaaaat 11529755  T
Q  483 aagggtatatgtgtcccatagccagccatgggagcattacaatatgaagagg 534  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||    
T  11529754 aagggtatatgtgtcccatagctagccaagggagcattgcaacatgaagagg 11529703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 64; Significance: 2e-27; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 300 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 41190792 - 41190693
Alignment:
Q  300 gaatgtccatagtgttttctgcacctggtgggagttgctctatgtgtggtaaaggcaatcttaccaatttaatgaatggttcaatggttttgggtgtttt 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||| |||| |||||||||||||    
T  41190792 gaatgtccatagtgttttctgcacctggtgggaattgctctacgtgtggtaaaggtaaccttactaatttgataaatggttgaatgcttttgggtgtttt 41190693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 117 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 41190892 - 41190822
Alignment:
Q  117 tgttccaagctggtgttatgttgtaatgagcagcagctatgttgaggcttttagctattggtgccaaccaa 187  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  41190892 tgttccaagctggtgttatgctgtaatgaacagaagctatgttgaggcttttagctattggtgctaaccaa 41190822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University