View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1858-Insertion-17 (Length: 421)
Name: NF1858-Insertion-17
Description: NF1858
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1858-Insertion-17 |
 | |
|
| [»] chr6 (3 HSPs) |
| |
|
| [»] chr7 (1 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 421
Target Start/End: Original strand, 25577412 - 25577828
Alignment:
| Q |
5 |
acatatagaatgtgttactaaatttagaagcaatcatgctttatacaccttcataccatagaagccctcgtcatcgaaagcgggaagaaatgaagggtgt |
104 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25577412 |
acatatagtatgtgttactgaatttagaagcaatcatgctttatacaccttcatatcatagaagccctcatcatcgaaagcgggaagaaatgaagggtgt |
25577511 |
T |
|
| Q |
105 |
ttgatgtagagttttaattttttataagcttggatggatcaactccattggtatgagtttgagctagaagaataaaatcattcgcataatttagtaatta |
204 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25577512 |
ttgatgtagagtttttattttttataagcttggatggatcaactccattggtatgactttgagctagaagaataaaatcattcgcataatttagtaatta |
25577611 |
T |
|
| Q |
205 |
attccataaattataaccacatagatatttagcaaatcaacattcttttatccctgtttgccaattttctatattttttattgaaaaataaaagtttagg |
304 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25577612 |
atcccataaattataaccacatacatatttagcaaatcaacattcttttatccctgtttgccaattttctatattttttattgaaaaataaaagtttagg |
25577711 |
T |
|
| Q |
305 |
tgagttgtgtcttggtctgaaagccatgtactaaatatgttatagttaaactatccgtcaaaagggaaggttacacaacgaacatccctcaaaagggagt |
404 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25577712 |
tgagttgtgtctcggtctgaaagccatttaataaatatgttatagttaaactatccgccaaaagggaaggttacacaacgaacatccctcaaaagggagt |
25577811 |
T |
|
| Q |
405 |
tagagataaaagcagga |
421 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25577812 |
tagagataaaagcagga |
25577828 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 377
Target Start/End: Original strand, 26128550 - 26128923
Alignment:
| Q |
5 |
acatatagaatgtgttactaaatttagaagcaa-tcatgctttatacaccttcataccatagaagccctcgtcatcgaaagcgggaagaaatgaagggtg |
103 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26128550 |
acatatagtatgtgttactgaatttagaagcaaatcatgctttatacaccttcataccatagaagccctcgtcatcgaaagcgggaagaaatgaagggtg |
26128649 |
T |
|
| Q |
104 |
tttgatgtagagttttaattttttataagcttggatggatcaactccattggtatgagtttgagctagaagaataaaatcattcgcataatttagtaatt |
203 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |
|
|
| T |
26128650 |
tttgatgtagagtttttattttttataagcttggatggatcaactccattggtatgagtttgagctagaagaataaaatcatttgcataatttagaaatt |
26128749 |
T |
|
| Q |
204 |
aattccataaattataaccacatagatatttagcaaatcaacattcttttatccctgtttgccaattttctatattttttattgaaaaataaaagtttag |
303 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26128750 |
aatcccataaattataaccacatacatatttagcaaatcaacattcttttatccctgtttgccaattttctatattttttattgaaaaataaaagtttag |
26128849 |
T |
|
| Q |
304 |
gtgagttgtgtcttggtctgaaagccatgtactaaatatgttatagttaaactatccgtcaaaagggaaggtta |
377 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
26128850 |
gtgagttgtgtctcggtctgaaagccatttactaaatatgttatagttaaactatccgccaaaagggaaggtta |
26128923 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 372 - 421
Target Start/End: Original strand, 26136106 - 26136155
Alignment:
| Q |
372 |
aggttacacaacgaacatccctcaaaagggagttagagataaaagcagga |
421 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26136106 |
aggttacacaacgaacatccctcaaaagggagttagagataaaagcagga |
26136155 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 5 - 421
Target Start/End: Original strand, 33851903 - 33852332
Alignment:
| Q |
5 |
acatatagaatgtgttactaaatttagaagcaatcatgctttatacaccttcataccatagaagccctcgtcatcgaaagcgggaagaaatgaagggt-- |
102 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33851903 |
acatatagtatgtgttactgaatttagaagcaatcatgctttatacaccttcataccatagaaaccctcgtcatcgaaagcgggaagaaatgaagggtta |
33852002 |
T |
|
| Q |
103 |
--gtttgatgtagagttttaattttttataagcttggatggatcaactccattggtatgagtttgag--------ctagaagaataaaatcattcgcata |
192 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33852003 |
gtgtttgatgtagagttttcattttttataagcttggatggatcaactccattggtatgagtttgaggtatccagctagaagaataaaatcattcgcata |
33852102 |
T |
|
| Q |
193 |
atttagtaattaattccataaattataaccacatagatatttagcaaatcaacattcttttatccctgtttgccaattttctata-ttttttattgaaaa |
291 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
33852103 |
atttagtaattaatcccataaattataaccacatacatatttagcaaatcaacattcttttatccctgtttgccaattttctatatttttttattgaaaa |
33852202 |
T |
|
| Q |
292 |
ataaaagtttaggtgagttgtgtcttggtctgaaagccatgtactaaatatgttatagttaaactatccgtcaaaagggaaggttacacaacgaacatcc |
391 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
33852203 |
ataaaagtttaggtgagttgggtctcggtctggaagccatttactaattgtgttatagttaaactatccgccaaaagggaaggttacacaacaaacatcc |
33852302 |
T |
|
| Q |
392 |
ctcaaaagggagttagagataaaagcagga |
421 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33852303 |
cacaaaagggagttagagataaaagcagga |
33852332 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University