View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18580_high_14 (Length: 420)

Name: NF18580_high_14
Description: NF18580
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18580_high_14
NF18580_high_14
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (16-404)||(31541269-31541657)
chr7 (16-404)||(31532612-31533000)
chr7 (16-404)||(31572434-31572822)
chr7 (16-335)||(33304759-33305083)
chr7 (19-404)||(31576247-31576635)
chr7 (19-404)||(31438610-31438998)
chr7 (19-404)||(31604913-31605301)
chr7 (19-404)||(31595304-31595692)
chr7 (19-404)||(31608507-31608895)
chr7 (19-404)||(31618517-31618905)
chr7 (19-370)||(31614815-31615169)
chr7 (32-404)||(31585657-31586032)
chr7 (37-223)||(32351735-32351921)
chr7 (47-404)||(21897908-21898265)
chr7 (139-223)||(32355799-32355883)
chr7 (28-161)||(31574240-31574373)
chr7 (28-116)||(32355706-32355794)
chr7 (16-55)||(32351178-32351217)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (31-404)||(52173916-52174292)
chr1 (37-191)||(49215069-49215223)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (19-404)||(15062957-15063345)
chr4 (251-369)||(29084231-29084350)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 31541657 - 31541269
Alignment:
Q  16 atgacaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataa 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31541657 atgacaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataa 31541558  T
Q  116 atgagtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatga 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31541557 atgagtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatga 31541458  T
Q  216 gaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31541457 gaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 31541358  T
Q  316 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatat 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31541357 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatat 31541269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 16 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 31533000 - 31532612
Alignment:
Q  16 atgacaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataa 115  Q
    ||||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| | ||||    
T  31533000 atgacaaactcatttcgagacagattgggtcaaggaggatatggtatggtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtgaagtggcggtgaaagtaataa 31532901  T
Q  116 atgagtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatga 215  Q
    | ||||| ||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||    
T  31532900 acgagtcaaagggaaatagagaagaattcacaaatgaagttgcaagcattagtagaacatcacatgtgaacatcgtttcacttttgggtttttgctatga 31532801  T
Q  216 gaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 315  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||| ||||| ||||| || |||||||| || | |||||||||||||||||| ||||||    
T  31532800 gaacaaaagagcactaatatatgaattcatgtccagaggatcattagataaattcatcctcaaaagtgggttgcctgatgctatttgtagtttagattgg 31532701  T
Q  316 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatat 404  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  31532700 aacgcattgtaccaaattgcaatcggcattgctcaaggactagaatacttgcatcaaggatgtaattcaaggattttgcatcttgatat 31532612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 16 - 404
Target Start/End: Original strand, 31572434 - 31572822
Alignment:
Q  16 atgacaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataa 115  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||| ||||||| || || ||| | ||||    
T  31572434 atgacaaactcatttcgagataaattaggttaaggaggatatggtgtcgtgtacaaagcaagtttacctgatggttgtcaagtggcggttaaagtaataa 31572533  T
Q  116 atgagtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatga 215  Q
    | || ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  31572534 acgaatctaagggagatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttctgttatga 31572633  T
Q  216 gaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 315  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||| || || ||| | || ||||||||  ||||||||||||||| |  |||  |||||| ||||||||||    
T  31572634 gaacaaaagagcactaatatatgaattcatgccaaatggttcactagacaagttcatctttaaaagtggatttcctagtgcactttgtaatttggattgg 31572733  T
Q  316 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatat 404  Q
    || || ||||||| ||||||||| || || ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31572734 aacacgttgtaccgaattgcaataggcatagctagaggactcgaatacttgcaacaaggatgtatttcaaggattttgcatcttgatat 31572822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 16 - 335
Target Start/End: Original strand, 33304759 - 33305083
Alignment:
Q  16 atgacaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataa 115  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||    
T  33304759 atgacaaactcatttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacctgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataa 33304858  T
Q  116 atgagtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtaga-----acatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgt 210  Q
    | ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||     || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33304859 aagagtccaagggaaatggagaagaatttataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacgtcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttttgt 33304958  T
Q  211 tatgagaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttgg 310  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||| || |||||||||||||  |||||    
T  33304959 tatgagaacaaaagagctctgatatatgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatccatataagtggatctcctgatgctatttgtgatttgg 33305058  T
Q  311 attggaagacattgtaccaaattgc 335  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||    
T  33305059 attggaacacaatgtaccaaattgc 33305083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 19 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 31576635 - 31576247
Alignment:
Q  19 acaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatg 118  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||| || |||||| | |||||||    
T  31576635 acaaactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaagtttaattgatggtcgtcaagtggcggtgaaagtaataaatg 31576536  T
Q  119 agtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatga--- 215  Q
    | || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||| || ||||| || |||||||||||       
T  31576535 aatccaaaggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacatcacacatgaacattgtgtcccttttaggcttttgttatgaggt 31576436  T
Q  216 gaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 315  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||| ||||| | | |||||||||  ||| ||||||    
T  31576435 ggacaaaagagcactaatatatgaattcatgcccaatggatcattggataagttcatctataaaagtgaatttcctaacgctatttgtgattttgattgg 31576336  T
Q  316 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatat 404  Q
    || || |||| |||||| ||||| || |||||| |||| ||||| |||||||| |||||||| | |||||| ||| |||||||||||||    
T  31576335 aacactttgttccaaatagcaattggcattgctagaggtctagagtacttgcaccaaggatgcagttcaaggattctgcatcttgatat 31576247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 19 - 404
Target Start/End: Original strand, 31438610 - 31438998
Alignment:
Q  19 acaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatg 118  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||| || || |||||| | |||| ||    
T  31438610 acaaactcatttcgagataagttgggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttacctgatggccgtcatgttgcggtgaaagtaataagtg 31438709  T
Q  119 agtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatg---a 215  Q
    |||  |||||| | |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |    
T  31438710 agtgcaagggagacggagaagaatttataaatgaagttgcaagcataagtaaaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttttgttatgaaaa 31438809  T
Q  216 gaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 315  Q
    ||||||||| ||| | |||||||| ||| || |||| || ||||| |||||||||||   ||||||||||||||   |||||||||||  ||||||||||    
T  31438810 gaacaaaagtgcattgatatatgaattcatgtccaatgggtcattagataagttcatatataaaagtggatttccaaatgctatttgtgatttggattgg 31438909  T
Q  316 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatat 404  Q
    || ||| ||| ||| ||||||||  | |||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31438910 aacacaatgttccatattgcaattagcattgctagaggactagagtacttacatcaaggttgtatttcaagaattttgcatcttgatat 31438998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 19 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 31605301 - 31604913
Alignment:
Q  19 acaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatg 118  Q
    |||||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||| || |||||| | |||||||    
T  31605301 acaaactctttccgagttaaattaggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaagtttaattgatggtcgtcaagtggcggtgaaagtaataaatg 31605202  T
Q  119 agtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatga--- 215  Q
    | || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||| || ||||| || |||||||||||       
T  31605201 aatccaaaggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacatcacacatgaacattgtgtcccttttaggcttttgttatgaggt 31605102  T
Q  216 gaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 315  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||| ||||| | | |||||||||  ||| ||||||    
T  31605101 ggacaaaagagcactaatatatgaattcatgcccaatggatcattggataagttcatctataaaagtgaatttcctaacgctatttgtgattttgattgg 31605002  T
Q  316 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatat 404  Q
    || || |||| |||||| ||||| || |||||| |||| ||||| |||||||| |||||||| | |||||| ||| |||||||||||||    
T  31605001 aacactttgttccaaatagcaattggcattgctagaggtctagagtacttgcaccaaggatgcagttcaaggattctgcatcttgatat 31604913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 19 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 31595692 - 31595304
Alignment:
Q  19 acaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatg 118  Q
    |||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||  ||| | |||||||||||||| ||||||||| | ||||| |    
T  31595692 acaaactcattccgtgataaattaggccacggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaacggatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacg 31595593  T
Q  119 agtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatgag-- 216  Q
    |||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||| || | |||||| |||      
T  31595592 agtcaaaaggaaatggggaagagttcataaatgaagttgctagcatcagtagaacatcacacatgaacattgtgtcacttttaggttattgttacgaggc 31595493  T
Q  217 -aacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 315  Q
     || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | || || |||||   |||||||||||||| ||| ||| |||||  ||| |||| |    
T  31595492 aaataaaagagcactaatatatgagttcatgcccaaaggatcactagacaaattcatctataaaagtggatttcctgacgctgtttgtgattttgattcg 31595393  T
Q  316 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatat 404  Q
    || || |||| ||||||||| ||||| |||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||| |||||| ||  |||||||||||||    
T  31595392 aacactttgttccaaattgctatcggcattgctagaggtttagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggatactgcatcttgatat 31595304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 19 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 31608895 - 31608507
Alignment:
Q  19 acaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatg 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||  ||| | |||||||||||||| ||||||||| | ||||| |    
T  31608895 acaaactcatttcgagataaattaggccatggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaacggatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacg 31608796  T
Q  119 agtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatga--- 215  Q
    |||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||| || || |||||||||||       
T  31608795 agtcaaaaggaaatggggaagagttcataaatgaagttgctagcatcagtagaacatcacacctgaacattgtgtcactcttaggtttttgttatgaggt 31608696  T
Q  216 gaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 315  Q
    ||| |||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||  |||||||||||||   ||| |||||||||| ||| ||| |||||  ||| ||||||    
T  31608695 gaataaaagagcgctaatatatgaatacatgcccaaaggatccctggataagttcatctataagagtggatttcctgacgctgtttgtgattttgattgg 31608596  T
Q  316 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatat 404  Q
    || || |||| |||| |||| ||||| |||||| |||| || || ||||||||||||||||||| |||||| ||  | |||||||||||    
T  31608595 aacactttgttccaagttgctatcggcattgctagaggtctcgagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggatactacatcttgatat 31608507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 31618905 - 31618517
Alignment:
Q  19 acaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatg 118  Q
    |||||||  |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||  | || |||||||||| ||||||||| | ||||  |    
T  31618905 acaaactattttcgagaaaagttaggccaaggagggtatggtgttgtctacaaagcaagtttatataatagtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcg 31618806  T
Q  119 agtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgtt---atga 215  Q
    || | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||| |||| |||||   | ||    
T  31618805 agacaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtaggacatcacatatgaacattgtgtcgcttttaggatattgttacgaaga 31618706  T
Q  216 gaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 315  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||| ||||| | |||| ||||||  ||| ||||||    
T  31618705 gaacaaaagagcgctaatatatgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatctacaaaagtgaatttcctaatgccatttgtgattttgattgg 31618606  T
Q  316 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatat 404  Q
    || || ||||  | ||||||||| || ||||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| | |||||||||||    
T  31618605 aacactttgtttcgaattgcaattggcattgctaaaggtctagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctacatcttgatat 31618517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 31615169 - 31614815
Alignment:
Q  19 acaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatg 118  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||  |||||||||||| || || |||||| |  ||||||    
T  31615169 acaaactctttccgagataaattaggccaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaattgatggtcgtcatgtggcggtgaaagtactaaatg 31615070  T
Q  119 agtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatga--- 215  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  |||||||||| || ||||| || |||||||||||       
T  31615069 agtcaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacattacacatgaacattgtatcccttttaggcttttgttatgaggt 31614970  T
Q  216 gaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 315  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||  |||||    ||||||| ||||| | |||||||||||  |||  |||||    
T  31614969 gaacaaaagagcactaatatatgaattcatgtccaaaggatcattggatagtttcatctacaaaagtgaatttcctaatgctatttgtgattttaattgg 31614870  T
Q  316 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatc 370  Q
    || || |||| |||||||||||| || || ||| |||| ||||| ||||||||||    
T  31614869 aacactttgttccaaattgcaattggcatcgctagaggtctagagtacttgcatc 31614815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 32 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 31586032 - 31585657
Alignment:
Q  32 gagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagggaaa 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||  |||||||||||| || || |||||| | ||||||||  ||||||||||    
T  31586032 gagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcatgtttaagtgatggtcgtcatgtggcggtgaaagtaataaatgaaactaagggaaa 31585933  T
Q  132 tggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatga---gaacaaaagagca 228  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||||||| || ||||| |||||   |||||||||||||    
T  31585932 tggagaagaattcataaatgaagtttctagcattagtagaacatcacacatcaacattgtatcacttttaggcttttgctatgaggtgaacaaaagagca 31585833  T
Q  229 ctaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattggaagacattgtacc 328  Q
     | |||||||| ||| || ||||||||||||||| |||||| ||   || |||   ||||| | ||||||| | |  ||| |||||||| || |||| ||    
T  31585832 ttgatatatgaattcatgtccaaaggatcattgggtaagtttatctatagaagccaatttcctaatgctatatatgattttgattggaacactttgttcc 31585733  T
Q  329 aaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatat 404  Q
    |||||||| | || |||||| ||||  |||| || |||||||||||||||| ||| || ||| |||||||||||||    
T  31585732 aaattgcagttggcattgctagaggtttagagtatttgcatcaaggatgtagttcgaggattctgcatcttgatat 31585657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 37 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 32351921 - 32351735
Alignment:
Q  37 aaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagggaaatggag 136  Q
    ||||||||| ||||||||| | | ||||| |||||   || ||||| |||| ||| ||||||||  |||||||| |||||||| || |||||| |||||     
T  32351921 aaattaggtaaaggaggatttagggttgtgtacaatataagcttacgtgatagtcatcaagtagaggtgaaaataataaatgattcaaagggagatggaa 32351822  T
Q  137 aagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatgagaacaaaa 223  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32351821 aagatttcataaatgaagtagatagaattactagaacctcacatgtgaacattgtttcacttttgggtttttgttatgagaacaaaa 32351735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 47 - 404
Target Start/End: Original strand, 21897908 - 21898265
Alignment:
Q  47 aaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagggaaatggagaagatttcat 146  Q
    ||||||||| || |||||| |||||||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||| || ||||||||    |||| | ||||| ||||||| ||    
T  21897908 aaggaggatttgctgttgtctacaaagcaagcttaccagatggtcgtccagtagctgtgaagataataaatgatggaaaggcagatggacaagattttat 21898007  T
Q  147 aaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatgagaacaaaagagcactaatatatgagttcttg 246  Q
     |||||| | |  || |||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||| |||||| |||||| || ||||| ||| ||    
T  21898008 gaatgaactagacagtattagtagaaccgcccatgtgaacattgtgtcacttttggggttttgctgcgagcacaaaatagcactcatttatgaattcatg 21898107  T
Q  247 cccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattggaagacattgtaccaaattgcaatcggaattg 346  Q
     |||||||||| |||||||| |||||  | || | |||| ||| ||||| ||| || ||||||||| |||| ||  |||   |||||||||| || || |    
T  21898108 accaaaggatctttggataaattcataatgaacactggacttcctgatggtatatgcagtttggataggaacaccatgtgtaaaattgcaataggcatcg 21898207  T
Q  347 ctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatat 404  Q
    ||   ||||| || ||||||||||||||||||  ||| || ||| ||||||| |||||    
T  21898208 ctaagggactggactacttgcatcaaggatgtgcttcgaggattgtgcatctggatat 21898265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 139 - 223
Target Start/End: Original strand, 32355799 - 32355883
Alignment:
Q  139 gatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatgagaacaaaa 223  Q
    ||||||||||||||||| | ||| ||| ||| ||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32355799 gatttcataaatgaagtagatagaattggtaaaacctcacatatgaacattgtttcacttttgggtttttgttatgagaacaaaa 32355883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 31574373 - 31574240
Alignment:
Q  28 tttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagg 127  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||||| || |||| | ||||||  || |||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||| |  ||||    
T  31574373 tttcaagagaaattaggtaaaggaggatttgatgttatgtacaaataaagcttacctgattgtcgtcaagtagttgtgaaaataataaatgattgaaagg 31574274  T
Q  128 gaaatggagaagatttcataaatgaagttgctag 161  Q
     | | ||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  31574273 aagaaggacaagatttcataaatggagtagctag 31574240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 116
Target Start/End: Original strand, 32355706 - 32355794
Alignment:
Q  28 tttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaa 116  Q
    |||| ||| ||||||||| |||||||||   ||| ||| |||||  ||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  32355706 tttcaagagaaattaggtaaaggaggattcagtgatgtgtacaattcaagcttacgtgatggtcgtcaagtagcggtgaaaataataaa 32355794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 16 - 55
Target Start/End: Complemental strand, 32351217 - 32351178
Alignment:
Q  16 atgacaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggat 55  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32351217 atgacaaacttgtttcgagataaattaggtgaaggaggat 32351178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 31 - 404
Target Start/End: Original strand, 52173916 - 52174292
Alignment:
Q  31 cgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagggaa 130  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| || || ||| | ||||| ||||  |||||      
T  52173916 cgagataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaagtttacctgatggtcgtcaagtggctgttaaagtaataaacgagttaaaggggg 52174015  T
Q  131 atggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatga---gaacaaaagagc 227  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || | |||||||||   ||||||||||||    
T  52174016 atggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacgtgaacattgtgtcacttttaggctattgttatgaggtgaacaaaagagc 52174115  T
Q  228 actaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattggaagacattgtac 327  Q
    |||||||||||| ||| ||| | |||||||||||||| |||||||   |||||||||||||  ||| ||| |||||  |||  ||||||| || |||| |    
T  52174116 actaatatatgaattcatgcgccaaggatcattggatcagttcatctataaaagtggattttctgaagctgtttgtgattttaattggaacactttgttc 52174215  T
Q  328 caaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatat 404  Q
    ||||||||||| || ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  52174216 caaattgcaattggcattgctaaaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattttgcatcttgatat 52174292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 37 - 191
Target Start/End: Original strand, 49215069 - 49215223
Alignment:
Q  37 aaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagggaaatggag 136  Q
    ||||||||||| ||||| || || | ||| |||||||  || |||| |||||  |||  ||| ||||||||| || ||| ||| || || ||  |||| |    
T  49215069 aaattaggtcagggagggtacggaggtgtatacaaagggaagttacatgatgagcgtatagttgcagtgaaagttttaagtgaatcaaaaggcgatggcg 49215168  T
Q  137 aagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgt 191  Q
    ||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||| ||||    
T  49215169 aagattttattaatgaagttgcgagtattagtagaacttcacatgtcaacgttgt 49215223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 155; Significance: 4e-82; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 19 - 404
Target Start/End: Original strand, 15062957 - 15063345
Alignment:
Q  19 acaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatg 118  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||| ||||| |||||| | ||||  |    
T  15062957 acaaactcgtttcgagataagttgggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagccagtttacctgatggccgtcatgtagcggtgaaagtgataagcg 15063056  T
Q  119 agtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatg---a 215  Q
    |||  |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| |  | |||||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||   |    
T  15063057 agtgcaagggaaacggagaagaatttataaatgaagttgcaagcataacaaaaacatcacatatgaacgttgtttcacttttgggtttttgttatgagaa 15063156  T
Q  216 gaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 315  Q
    ||||||||||||| | |||||||| ||| || |||| |||||||| |||||||||||    |||||||||||||   |||||||||||  ||||||||||    
T  15063157 gaacaaaagagcattgatatatgaattcatgtccaatggatcattagataagttcatatacaaaagtggatttccaaatgctatttgtgatttggattgg 15063256  T
Q  316 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatat 404  Q
    || ||||| | |||||| | ||| || ||||||||||| ||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15063257 aacacattattccaaatcgtaattggcattgctcgaggtctagagtatttacatcaaggttgtatttcaagaattttgcatcttgatat 15063345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 251 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 29084350 - 29084231
Alignment:
Q  251 aaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggatt-ggaagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctc 349  Q
    |||| ||||||| ||||||||| || ||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||| |||| | ||||||||||||||||| |   |||| ||    
T  29084350 aagggtcattgggtaagttcatcctcaaaagtggacttcctgatggtatttgcagtttggatttggaacatattgtaccaaattgcaaacaccattgatc 29084251  T
Q  350 gaggactagaatacttgcat 369  Q
    ||||||| |||| |||||||    
T  29084250 gaggactggaattcttgcat 29084231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University