View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18587_low_10 (Length: 420)

Name: NF18587_low_10
Description: NF18587
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18587_low_10
NF18587_low_10
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (18-404)||(5607836-5608222)
chr8 (18-404)||(5627148-5627534)
chr8 (20-404)||(5549709-5550093)
chr8 (19-404)||(6310267-6310652)
chr8 (18-404)||(14404635-14405021)
chr8 (51-404)||(32633215-32633571)
chr8 (69-404)||(5571341-5571676)
chr8 (10-401)||(13164791-13165182)
chr8 (73-404)||(12177099-12177430)
chr8 (73-404)||(12421527-12421858)
chr8 (73-404)||(12188420-12188751)
chr8 (73-404)||(12432848-12433179)
chr8 (312-398)||(9394271-9394357)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (18-404)||(13832-14218)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (131-404)||(19492820-19493093)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 18 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 5608222 - 5607836
Alignment:
Q  18 cagagctgtaataagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttctaatttcatacctgatgaaaactattggagcattaaatctttaataaga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |    
T  5608222 cagagctgtaataagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttgtaatttcatacctgatgaaaactattggagcgttcaatctttaataaaa 5608123  T
Q  118 tttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggaacaggtaagacaaccatggccgctgctatgtttcaaaggtactctttcaagt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||  ||||||||| |    
T  5608122 tttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggcataggtaagacaacccttgccactgctatgtttcaaagggtctctttcaaat 5608023  T
Q  218 atgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacaaaagtatcaaaaaggcgtggaatcaattacacatgcaacaaacttatttcaaagttactaagggaaga 317  Q
    |||| |||||||||||||| || || |||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||  |||||    
T  5608022 atgatggcagttgcttctttgagaaggtgacagaagtatcaaaaagtcatggaatcaattacacatgcaacaaacttctttgtaagttactaaaagaaga 5607923  T
Q  318 tgttgatattgacactcacaaagcaataccatccatgattatgaaaagactcaagcacatgaaagctttcattgtactagatgatgt 404  Q
    | ||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||| |  | |||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5607922 tcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 5607836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 18 - 404
Target Start/End: Original strand, 5627148 - 5627534
Alignment:
Q  18 cagagctgtaataagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttctaatttcatacctgatgaaaactattggagcattaaatctttaataaga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |    
T  5627148 cagagctgtaataagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttgtaatttcatacctgatgaaaactattggagcgttcaatctttaataaaa 5627247  T
Q  118 tttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggaacaggtaagacaaccatggccgctgctatgtttcaaaggtactctttcaagt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||  ||||||||| |    
T  5627248 tttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggcataggtaagacaacccttgccactgctatgtttcaaagggtctctttcaaat 5627347  T
Q  218 atgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacaaaagtatcaaaaaggcgtggaatcaattacacatgcaacaaacttatttcaaagttactaagggaaga 317  Q
    |||| |||||||||||||| || || |||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||  |||||    
T  5627348 atgatggcagttgcttctttgagaaggtgacagaagtatcaaaaagtcatggaatcaattacacatgcaacaaacttctttgtaagttactaaaagaaga 5627447  T
Q  318 tgttgatattgacactcacaaagcaataccatccatgattatgaaaagactcaagcacatgaaagctttcattgtactagatgatgt 404  Q
    | ||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||| |  | |||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5627448 tcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 5627534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 20 - 404
Target Start/End: Original strand, 5549709 - 5550093
Alignment:
Q  20 gagctgtaataagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttctaatttcatacctgatgaaaactattggagcattaaatctttaataagatt 119  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||    
T  5549709 gagctgtattaagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttgtaatttcatacctgatgaaaactatcggagcattcaatctttaataaaatt 5549808  T
Q  120 tgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggaacaggtaagacaaccatggccgctgctatgtttcaaaggtactctttcaagtat 219  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  |||||||||||| | ||| |||||||||||||||||  ||||||||| |||    
T  5549809 tgattcaacagaagttcaaatcattggagtttggggtatgggaggcattggtaagacaacccttgccactgctatgtttcaaagggtctctttcaaatat 5549908  T
Q  220 gaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacaaaagtatcaaaaaggcgtggaatcaattacacatgcaacaaacttatttcaaagttactaagggaagatg 319  Q
    || |||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||     
T  5549909 gatggcagttgcttctttgaaaaggttacagaagtatcaaaaagtcgtggaatcaattacacatgcaacaaacttctttctaagttactaaaagaagatc 5550008  T
Q  320 ttgatattgacactcacaaagcaataccatccatgattatgaaaagactcaagcacatgaaagctttcattgtactagatgatgt 404  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||| |||||||||| |  | |||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5550009 ttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 5550093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 19 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 6310652 - 6310267
Alignment:
Q  19 agagctgtaataagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttctaatttcatacctgatgaaaactattggagcattaaatctttaataagat 118  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||    |||| ||||||| | | ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  6310652 agagctgtattaggaaaattaaatcaacagtatacaaatgatcttccatgtaatttcatacttgatgaaaactattggagcattcaatctttaataaaat 6310553  T
Q  119 ttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggaacaggtaagacaaccatggccgctgctatgtttcaaaggtactctttcaagta 218  Q
     |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||  |||||| || ||    
T  6310552 ctgatctaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggcacaggtaagacaacccttgctgctgctatgtttcaaagggtctcttttaaata 6310453  T
Q  219 tgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacaaaagtatcaaaaaggcgtggaatcaattacacatgcaacaaacttatttcaaagttactaagggaagat 318  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||| || | ||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  6310452 tgaaggcagttgcttcttagaaaaggtaacagaagtatcaaagagacatgggatcaattacacatgcaacaaacttctttccaagttactcagggaagat 6310353  T
Q  319 gttgatattgacactcacaaagcaataccatccatgattatgaaaagactcaagcacatgaaagctttcattgtactagatgatgt 404  Q
     |||||||||| |||  ||||  ||||||||| ||||| |||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  6310352 cttgatattgatacttccaaattaataccatcaatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtaatagatgatgt 6310267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 404
Target Start/End: Original strand, 14404635 - 14405021
Alignment:
Q  18 cagagctgtaataagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttctaatttcatacctgatgaaaactattggagcattaaatctttaataaga 117  Q
    ||||| |||| || ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |    
T  14404635 cagagttgtattaggaaaattaaatcagcaatgcacaaatgatcttacatgtaattttatacttgatgaaaactattggagcattcaatcattaataaaa 14404734  T
Q  118 tttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggaacaggtaagacaaccatggccgctgctatgtttcaaaggtactctttcaagt 217  Q
    ||||| ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||  ||  | |||||||||||| ||||||||| |    
T  14404735 tttgattcagcacaagttcaaatcattggaatttggggtatgggaggcacaggtaagacaacccttgcttctattctgtttcaaaggttctctttcaaat 14404834  T
Q  218 atgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacaaaagtatcaaaaaggcgtggaatcaattacacatgcaacaaacttatttcaaagttactaagggaaga 317  Q
    |||||||||| ||||| || ||||| |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  14404835 atgaaggcagctgcttgtttgaaaaggtgacagaagtatcgaaaaggcatggaatcaattacgcgtgcaacaaacttctttccaagttactaagggaaga 14404934  T
Q  318 tgttgatattgacactcacaaagcaataccatccatgattatgaaaagactcaagcacatgaaagctttcattgtactagatgatgt 404  Q
    | |||||||||||| || ||||  ||||||||| ||||| |  | |||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14404935 tcttgatattgacagtcccaaactaataccatctatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 14405021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 51 - 404
Target Start/End: Original strand, 32633215 - 32633571
Alignment:
Q  51 cacaattgatcttacttctaatttcatacctgatgaaaactattggagcattaaatctttaataagat---ttgactcaacagaagttcaaatcattgga 147  Q
    ||||| ||| ||||| | |||||||||||  |||||||||||| | | |||| | |||||||||| |    |||| |||| |||||||||||||||||||    
T  32633215 cacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatgaaaactatcgcaccattcagtctttaataaaaaaaattgattcaatagaagttcaaatcattgga 32633314  T
Q  148 ctttggggtatgggaggaacaggtaagacaaccatggccgctgctatgtttcaaaggtactctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtga 247  Q
    |||||||| ||||| || | ||||||||||||| | || |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633315 ctttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtga 32633414  T
Q  248 caaaagtatcaaaaaggcgtggaatcaattacacatgcaacaaacttatttcaaagttactaagggaagatgttgatattgacactcacaaagcaatacc 347  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||  ||  ||||| ||||||    
T  32633415 cagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaatacc 32633514  T
Q  348 atccatgattatgaaaagactcaagcacatgaaagctttcattgtactagatgatgt 404  Q
    ||||||||| |||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32633515 atccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 32633571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 69 - 404
Target Start/End: Original strand, 5571341 - 5571676
Alignment:
Q  69 taatttcatacctgatgaaaactattggagcattaaatctttaataagatttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggaaca 168  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||  | ||  ||||||||||| |||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||     
T  5571341 taatttgatacttgatgaaaactattgggccgttcgatctttaataaaatttgattcaacaacagttcaaatcattggactttggggaatgggaggcact 5571440  T
Q  169 ggtaagacaaccatggccgctgctatgtttcaaaggtactctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacaaaagtatcaaaaaggcgtg 268  Q
    |||||||||||  | || ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  |||||| |||| ||||||| || ||    
T  5571441 ggtaagacaactcttgctgctgctatgtttcaaaggttctctttcaaatatgaaggcaattgcttcttagaaagggtgacagaagtttcaaaaaagcatg 5571540  T
Q  269 gaatcaattacacatgcaacaaacttatttcaaagttactaagggaagatgttgatattgacactcacaaagcaataccatccatgattatgaaaagact 368  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||  ||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||| | || ||||||    
T  5571541 gaatcaattacacgtgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagatcttcgtattgacactcccaaagtaatcccagccatgatcaagagaagact 5571640  T
Q  369 caagcacatgaaagctttcattgtactagatgatgt 404  Q
    ||  || |||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  5571641 cagacatatgaaatctttcattgtattagatgatgt 5571676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 10 - 401
Target Start/End: Original strand, 13164791 - 13165182
Alignment:
Q  10 gacatcatcagagctgtaataagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttctaatttcatacctgatgaaaactattggagcattaaatctt 109  Q
    ||||| ||||||| |||| || ||||||||||||| |    | ||||||| ||||| | || ||||||||  |||||||| || ||||||||||||||||    
T  13164791 gacattatcagagttgtattaggaaaattaaatcaccggtacgcaattgaacttacatatagtttcatactcgatgaaaattactggagcattaaatctt 13164890  T
Q  110 taataagatttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggaacaggtaagacaaccatggccgctgctatgtttcaaaggtactc 209  Q
    |||||| | |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || ||||| ||||||||| | || ||||| |||||||||||   |||    
T  13164891 taataaaaattgattcatcagaagttcaaatcattggagtttggggaatggggggcacaggcaagacaacccttgctgctgccatgtttcaaagagtctc 13164990  T
Q  210 tttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacaaaagtatcaaaaaggcgtggaatcaattacacatgcaacaaacttatttcaaagttacta 309  Q
    ||   | |||||||||  |||||||||||||||||||||| ||  |||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  13164991 ttctcactatgaaggccattgcttcttagaaaatgtgacagaacaatcagaaaagcatggaatcaatgacacatgcaacaaacttctttccaagttacta 13165090  T
Q  310 agggaagatgttgatattgacactcacaaagcaataccatccatgattatgaaaagactcaagcacatgaaagctttcattgtactagatga 401  Q
     |||||||  ||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||| | || ||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||    
T  13165091 ggggaagaccttgatattaccactctcaaagtaataccatccatgatcaggagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatga 13165182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 73 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 12177430 - 12177099
Alignment:
Q  73 ttcatacctgatgaaaactattggagcattaaatctttaataagatttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggaacaggta 172  Q
    |||||||| |||||||||||||  |||||| |||| ||| ||| | | || |||| |||||||  ||  |||||| ||||||| |||||||| | ||| |    
T  12177430 ttcataccagatgaaaactattcaagcattgaatcattattaaaagtagattcaagagaagttagaactattggaatttggggcatgggaggcataggaa 12177331  T
Q  173 agacaaccatggccgctgctatgtttca-aaggtactctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacaaaagtatcaaaaaggcgtggaa 271  Q
    |||||||| | || ||||| || ||||| |||||| |||| || ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||| |||||| || | |||      
T  12177330 agacaacccttgctgctgccatatttcagaaggta-tcttccatgtatgaaggtagttgcttcctagaaaatgtcacagaagaatcaaagagacatgggc 12177232  T
Q  272 tcaattacacatgcaacaaacttatttcaaagttactaagggaagatgttgatattgacactcacaaagcaataccatccatgattatgaaaagactcaa 371  Q
    ||| |||||||| ||||| |||| |||| ||||||||| |||||||| || ||||||| ||||  |||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  12177231 tcagttacacatacaacagacttctttctaagttactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaa 12177132  T
Q  372 gcacatgaaagctttcattgtactagatgatgt 404  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12177131 acgcatgaaagctttcattgtactagatgatgt 12177099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 73 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 12421858 - 12421527
Alignment:
Q  73 ttcatacctgatgaaaactattggagcattaaatctttaataagatttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggaacaggta 172  Q
    |||||||| |||||||||||||  |||||| |||| ||| ||| | | || |||| |||||||  ||  |||||| ||||||| |||||||| | ||| |    
T  12421858 ttcataccagatgaaaactattcaagcattgaatcattattaaaagtagattcaagagaagttagaactattggaatttggggcatgggaggcataggaa 12421759  T
Q  173 agacaaccatggccgctgctatgtttca-aaggtactctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacaaaagtatcaaaaaggcgtggaa 271  Q
    |||||||| | || ||||| || ||||| |||||| |||| || ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||| |||||| || | |||      
T  12421758 agacaacccttgctgctgccatatttcagaaggta-tcttccatgtatgaaggtagttgcttcctagaaaatgtcacagaagaatcaaagagacatgggc 12421660  T
Q  272 tcaattacacatgcaacaaacttatttcaaagttactaagggaagatgttgatattgacactcacaaagcaataccatccatgattatgaaaagactcaa 371  Q
    ||| |||||||| ||||| |||| |||| ||||||||| |||||||| || ||||||| ||||  |||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  12421659 tcagttacacatacaacagacttctttctaagttactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaa 12421560  T
Q  372 gcacatgaaagctttcattgtactagatgatgt 404  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12421559 acgcatgaaagctttcattgtactagatgatgt 12421527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 73 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 12188751 - 12188420
Alignment:
Q  73 ttcatacctgatgaaaactattggagcattaaatctttaataagatttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggaacaggta 172  Q
    |||||||| |||||| ||||||  |||||| |||| ||  ||| |  |||||||| |||||||  ||  |||||| ||||||| |||||||| | ||| |    
T  12188751 ttcataccagatgaagactattcaagcattgaatcatttttaaaagatgactcaagagaagttagaactattggaatttggggcatgggaggcataggaa 12188652  T
Q  173 agacaaccatggccgctgctatgtttca-aaggtactctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacaaaagtatcaaaaaggcgtggaa 271  Q
    |||||||| | || ||||| || ||||| |||||| |||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| || | |||      
T  12188651 agacaacccttgctgctgccatatttcagaaggta-tcttccagatatgaaggtagttgcttcttagaaaatgtcacagaagaatcaaagagacatgggc 12188553  T
Q  272 tcaattacacatgcaacaaacttatttcaaagttactaagggaagatgttgatattgacactcacaaagcaataccatccatgattatgaaaagactcaa 371  Q
    ||| |||||||| ||||| |||| |||| ||| ||||| |||||||| || ||||||| ||||  |||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  12188552 tcagttacacatacaacagacttctttctaagctactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaa 12188453  T
Q  372 gcacatgaaagctttcattgtactagatgatgt 404  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12188452 acgcatgaaagctttcattgtactagatgatgt 12188420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 73 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 12433179 - 12432848
Alignment:
Q  73 ttcatacctgatgaaaactattggagcattaaatctttaataagatttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggaacaggta 172  Q
    |||||||| |||||| ||||||  |||||| |||| ||  ||| |  |||||||| |||||||  ||  |||||| ||||||| |||||||| | ||| |    
T  12433179 ttcataccagatgaagactattcaagcattgaatcatttttaaaagatgactcaagagaagttagaactattggaatttggggcatgggaggcataggaa 12433080  T
Q  173 agacaaccatggccgctgctatgtttca-aaggtactctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacaaaagtatcaaaaaggcgtggaa 271  Q
    |||||||| | || ||||| || ||||| |||||| |||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| || | |||      
T  12433079 agacaacccttgctgctgccatatttcagaaggta-tcttccagatatgaaggtagttgcttcttagaaaatgtcacagaagaatcaaagagacatgggc 12432981  T
Q  272 tcaattacacatgcaacaaacttatttcaaagttactaagggaagatgttgatattgacactcacaaagcaataccatccatgattatgaaaagactcaa 371  Q
    ||| |||||||| ||||| |||| |||| ||| ||||| |||||||| || ||||||| ||||  |||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  12432980 tcagttacacatacaacagacttctttctaagctactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaa 12432881  T
Q  372 gcacatgaaagctttcattgtactagatgatgt 404  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12432880 acgcatgaaagctttcattgtactagatgatgt 12432848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 312 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 9394357 - 9394271
Alignment:
Q  312 ggaagatgttgatattgacactcacaaagcaataccatccatgattatgaaaagactcaagcacatgaaagctttcattgtactaga 398  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||| |||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9394357 ggaagatcttggtattgacactcccaaagtaatatcatctatggttatgtaaagactcaaacacatgaaagctttcattgtactaga 9394271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 14218 - 13832
Alignment:
Q  18 cagagctgtaataagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttctaatttcatacctgatgaaaactattggagcattaaatctttaataaga 117  Q
    ||||| |||| || ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |    
T  14218 cagagttgtattaggaaaattaaatcagcaatgcacaaatgatcttacatgtaattttatacttgatgaaaactattggagcattcaatcattaataaaa 14119  T
Q  118 tttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggaacaggtaagacaaccatggccgctgctatgtttcaaaggtactctttcaagt 217  Q
    ||||| ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||  ||  | |||||||||||| ||||||||| |    
T  14118 tttgattcagcacaagttcaaatcattggaatttggggtatgggaggcacaggtaagacaacccttgcttctattctgtttcaaaggttctctttcaaat 14019  T
Q  218 atgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacaaaagtatcaaaaaggcgtggaatcaattacacatgcaacaaacttatttcaaagttactaagggaaga 317  Q
    |||||||||| ||||| || ||||| |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  14018 atgaaggcagctgcttgtttgaaaaggtgacagaagtatcgaaaaggcatggaatcaattacgcgtgcaacaaacttctttccaagttactaagggaaga 13919  T
Q  318 tgttgatattgacactcacaaagcaataccatccatgattatgaaaagactcaagcacatgaaagctttcattgtactagatgatgt 404  Q
    | |||||||||||| || ||||  ||||||||| ||||| |  | |||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13918 tcttgatattgacagtcccaaactaataccatctatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 13832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 54; Significance: 7e-22; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 131 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 19493093 - 19492820
Alignment:
Q  131 aagttcaaatcattggactttggggtatgggaggaacaggtaagacaaccatggccgctgctatgtttcaaaggtactctttcaagtatgaaggcagttg 230  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||     ||| | |||||||||| |||| |  ||||||||||||||||  | ||||| ||| ||| |||| |  ||    
T  19493093 aagttcaaatcattggaatttggggtgcaaaaggcataggtaagacagccattgttgctgctatgtttcaaaatttctcttgcaaatatcaaggtacctg 19492994  T
Q  231 cttcttagaaaatgtgacaaaagtatcaaaaaggcgtggaatcaattacacatgcaacaaacttatttcaaagttactaagggaagatgttgatattgac 330  Q
    |||||||||||| ||| || ||| ||||||||||  ||||||||||| ||| |  || |||||| |||| |  |||||  ||||||||||| |||| |||    
T  19492993 cttcttagaaaaggtggcagaagaatcaaaaaggaatggaatcaatttcacttataaaaaacttgtttccacattactcggggaagatgttaatatcgac 19492894  T
Q  331 actcacaaagcaataccatccatgattatgaaaagactcaagcacatgaaagctttcattgtactagatgatgt 404  Q
    || |  | || |||  |||||||| | || | |||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19492893 acgcctatagtaatgtcatccatggtcattagaagactcaaaggaatgaaagctttcattgtactagatgatgt 19492820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University