View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18587_low_7 (Length: 448)

Name: NF18587_low_7
Description: NF18587
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18587_low_7
NF18587_low_7
[»] chr4 (25 HSPs)
chr4 (19-440)||(27514184-27514606)
chr4 (19-440)||(27468755-27469186)
chr4 (42-438)||(27523837-27524243)
chr4 (19-440)||(27475988-27476416)
chr4 (19-337)||(27489402-27489718)
chr4 (19-306)||(27508210-27508486)
chr4 (198-438)||(27503395-27503642)
chr4 (340-440)||(27508487-27508587)
chr4 (184-304)||(27556962-27557082)
chr4 (181-297)||(27497858-27497975)
chr4 (238-307)||(27506256-27506325)
chr4 (21-83)||(27466484-27466546)
chr4 (19-82)||(27557154-27557219)
chr4 (238-307)||(27479399-27479468)
chr4 (19-83)||(27526523-27526587)
chr4 (42-83)||(27503231-27503272)
chr4 (21-88)||(27473552-27473619)
chr4 (344-422)||(27517369-27517448)
chr4 (242-305)||(27431875-27431937)
chr4 (245-307)||(27486459-27486521)
chr4 (252-309)||(27526689-27526747)
chr4 (235-309)||(27554101-27554174)
chr4 (165-206)||(27473413-27473454)
chr4 (19-83)||(27498076-27498140)
chr4 (151-203)||(27517168-27517220)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 395; Significance: 0; HSPs: 25)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 440
Target Start/End: Original strand, 27514184 - 27514606
Alignment:
Q  19 aggagggccatgagatttgagctatggccagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtctctagatgaatgtataaacttcaagtgttgtagtag 118  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27514184 aggagggccatgaggtttgagctatggccagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtctctagatgaatggataaacttcaagtgttgtagtag 27514283  T
Q  119 atagataatgcataattcttgagcataagcttcatataattgatagacttgaaagtaaagccacaaacatgtagaatggtttatgttgttatattgttat 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27514284 atagataatgcataattcttgagcataagcatcatataattgatagacttgaaagtaaagccacaaacatatagaatggtttatgttgttatattgttat 27514383  T
Q  219 ctatggcattaaagtcacttactagctggacatcagcattatcataatgcagaaaacatgtctaaagcatgtttacaaaattatgaagtacaccaattaa 318  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27514384 ctatggcattatagtcacttactagctggacatcagcattatcataatgcagaaaacatgtctaaagcatgtttacaaaattatgaagtacaccaattaa 27514483  T
Q  319 atcatgaagaaatatgaggctgacatctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggaca-ttgtttaagaaggtagggtacactcttagacaacacc 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27514484 atcatgaagaaatatgaggctgacatctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggacatttgtttaagaaggtagggtacactcttagacaacacc 27514583  T
Q  418 acatgagaccttatccctatgct 440  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  27514584 acatgagaccttatccctatgct 27514606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 19 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 27469186 - 27468755
Alignment:
Q  19 aggagggccatgagatttgagctatggccagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtctctagatgaatgtataaacttcaagtgttgtagtag 118  Q
    |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| || ||||||||    
T  27469186 aggagggccatgagatatgagtcatggccagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtctctaaatgaatggatatacttcaaatggtgtagtag 27469087  T
Q  119 atagataatgcataattcttgagcataagcttcatataattgatagacttgaaagtaaagccacaaacatgtagaatggtttatgttgttatattgttat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| |||||| || |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||  |||| | |||||||||    
T  27469086 atagataatgcataattcttgagtagaagcatcatatgatagatagacttgaaagtagaaccacagacatgtagaatggtttgagttgatctattgttat 27468987  T
Q  219 ctatggcattaaagtcacttactagctggacatcagcattatcataatgcagaaaacatgtctaaagcatgtttacaaaattatgaagtacaccaattaa 318  Q
    | ||||| ||| |||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27468986 ccatggccttatagtcacttaccagcttcacatcggcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgtttacaaaattatgaagtacaccaattaa 27468887  T
Q  319 atcatgaagaaatatgaggctg---------acatctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggaca-ttgtttaagaaggtagggtacactctta 408  Q
    ||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27468886 atcatgaagaaatatgaggctgcacttgagcacatctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggacatttgtttaagaaggtagggtacactctta 27468787  T
Q  409 gacaacaccacatgagaccttatccctatgct 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27468786 gacaacaccacatgagaccttatccctatgct 27468755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 42 - 438
Target Start/End: Original strand, 27523837 - 27524243
Alignment:
Q  42 atggccagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtctctagatgaatgtataaacttcaagtgttgtagtagatagataatgcataattcttgag 141  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27523837 atggccagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtctctaaatgaatggatatacttcaaatggtgtagtagatagataatgcataattcttgtg 27523936  T
Q  142 cataagcttcatataattgatagacttgaaagta-aagccacaaacatgtagaatggtttatgttgttatattgttatctatggcattaaagtcacttac 240  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||| || ||  |  || |||||||    
T  27523937 caaaagcatcatataattgatagacttgaaagtacaaaccacagacatgtagaatggtttatgttgatcaattgttatccatagccatgtagacacttac 27524036  T
Q  241 tagctggacatcagcattatcataatgcagaaaacatgtctaaagcatgtttacaaaattatgaagtacaccaattaaatcatgaagaaatatgaggctg 340  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  27524037 cagctggacatcagcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgtttacgaaattatgaaggaaaccaattaaatcatgaagaaatatgacgttg 27524136  T
Q  341 ---------acatctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggacattgtttaagaaggtagggtacactcttagacaacaccacatgagaccttat 431  Q
             ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  27524137 cacttgagcacatctcatttggtagcaattggaagctttgtattggatattgtttaagaaggtagggtacactctaagacaacaccacatgctaccttat 27524236  T
Q  432 ccctatg 438  Q
    |||||||    
T  27524237 ccctatg 27524243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 19 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 27476416 - 27475988
Alignment:
Q  19 aggagggccatgagatttgagctatggccagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtctctagatgaatgtataaacttcaagtgttgtagtag 118  Q
    |||||| |||| ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||||| || ||||||||    
T  27476416 aggaggaccattagaatttagccatggccagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtctcgaaatgaatggatatacttcaaatggtgtagtag 27476317  T
Q  119 atagataatgcataattcttgagcataagcttcatataattgatagacttgaaagtaaagccacaaacatgtagaatggtttatgttgttatattgttat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  27476316 atagataatgcataattcttgagcagaagcatcatataattgatagacttgaaagtacaaccacagacatgtagaatggtttatgttgatctattgttat 27476217  T
Q  219 ctatggcattaaagtcacttactagctggacatcagcattatcataatgcagaaaacatgtctaaagcatgtttacaaaattatgaagtacaccaattaa 318  Q
    | ||| | ||| |||||| ||| ||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||     || | ||||||    
T  27476216 ccatgtccttagagtcacataccagcttcacatcggcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgcttacaaaattat---tgacgctaattaa 27476120  T
Q  319 atcatgaagaaatatgaggc---------tgacatctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggacattgtttaag-aaggtagggtacactctta 408  Q
    |||||||| |||||||||||         | |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |    
T  27476119 atcatgaacaaatatgaggctatacttgatcacatcttattttttagcaagtggaagctttgtattggacattgtttaggaaaggtagggtacactctaa 27476020  T
Q  409 gacaacaccacatgagaccttatccctatgct 440  Q
    ||||||||| ||||  ||||||||||| ||||    
T  27476019 gacaacaccccatgctaccttatccctgtgct 27475988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 19 - 337
Target Start/End: Original strand, 27489402 - 27489718
Alignment:
Q  19 aggagggccatgagatttgagctatggccagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtctctagatgaatgtataaacttcaagtgttgtagtag 118  Q
    ||||||||||| |||||||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||||| || ||||||||    
T  27489402 aggagggccataagatttgagtcatgttcagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtctcgaaatgaatggatatacttcaaatggtgtagtag 27489501  T
Q  119 atagataatgcataattcttgagcataagcttcatataattgatagacttgaaagtaaagccacaaacatgtagaatggtttatgttgttatattgttat 218  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||  |||| || |  ||  ||||    
T  27489502 atagataatgcataattcttgtgcagaagcatcatataattgatagacttgaaagtacaaccacagacatgtagaatggcctatgatgatccataattat 27489601  T
Q  219 ctatggcattaaagtcacttactagctggacatcagcattatcataatgcagaaaacatgtctaaagcatgtttacaaaattatgaagtacaccaattaa 318  Q
      || || ||| | ||||| || |||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||||||    
T  27489602 acattgccttataatcactaaccagctggacatcgacattttcataatgaagaaaacatgtctaaagcatgtttacaaaattacaaagt--accaattaa 27489699  T
Q  319 atcatgaagaaatatgagg 337  Q
      |||||| ||||||||||    
T  27489700 tgcatgaataaatatgagg 27489718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 306
Target Start/End: Original strand, 27508210 - 27508486
Alignment:
Q  19 aggagggccatgagatttgagctatggccagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtctctagatgaatgtataaacttcaagtgttgtagtag 118  Q
    ||||||||||| |||| ||||  ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||           || | |||||||| ||| | ||||    
T  27508210 aggagggccataagatatgagtcatgcccagacaagggcatatgaaagatcacatggagttgtct-----------tagagacttcaagcgttatggtag 27508298  T
Q  119 atagataatgcataattcttgagcataagcttcatataattgatagacttgaaagtaaagccacaaacatgtagaatggtttatgttgttatattgttat 218  Q
     |||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||    
T  27508299 ctagataatgcataattcttgagaagaagcatcatataattgatagacttgtaagtagaaccacaaacatgtagaatggtttctgttgatctattgttat 27508398  T
Q  219 ctatggcattaaagtcacttactagctggacatcagcattatcataatgcagaaaacatgtctaaagcatgtttacaaaattatgaag 306  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  27508399 ctatggccttatagtcacttactagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttataaaattatgaag 27508486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 198 - 438
Target Start/End: Original strand, 27503395 - 27503642
Alignment:
Q  198 tttatgttgttatattgttatctatggcattaaagtcacttactagctggacatcagcattatcataatgcagaaaacatgtctaaagcatgtttacaaa 297  Q
    ||||||||| | |||||||||| || || ||| |||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27503395 tttatgttgatctattgttatccattgccttatagtcacttatcagctggacatcaacattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgtttacaaa 27503494  T
Q  298 attatgaagtacaccaattaaatcatgaagaaatatgaggc---------tgacatctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggacattgtttaa 388  Q
    |||||     || | |||||||||||||| |||||||||||         | |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27503495 attat---tgacgctaattaaatcatgaacaaatatgaggctatacttgatcacatcttattttttagcaagtggaagctttgtattggacattgtttag 27503591  T
Q  389 g-aaggtagggtacactcttagacaacaccacatgagaccttatccctatg 438  Q
    | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||  || |||||||||||    
T  27503592 gaaaggtaggggacactctaagacaacaccacatgctacattatccctatg 27503642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 340 - 440
Target Start/End: Original strand, 27508487 - 27508587
Alignment:
Q  340 gacatctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggacattgtttaagaaggtagggtacactcttagacaacaccacatgagaccttatccctatgc 439  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||| ||||||    
T  27508487 gacatctcatttggtaggaagtggaagctttgtattggacattgtttaagaaggtagggtacactctaagacagcaccacatgctaccttatcactatgc 27508586  T
Q  440 t 440  Q
    |    
T  27508587 t 27508587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 184 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 27557082 - 27556962
Alignment:
Q  184 aacatgtagaatggtttatgttgttatattgttatctatggcattaaagtcacttactagctggacatcagcattatcataatgcagaaaacatgtctaa 283  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||| || || ||| | |||||||| ||||||| |||| || |||||||||| |||||||||||||||    
T  27557082 aacatgtagaatggtttatgttgatctattgttatccattgcgttataatcacttaccagctggaaatcaacactatcataatgaagaaaacatgtctaa 27556983  T
Q  284 agcatgtttacaaaattatga 304  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  27556982 agcatgtttacaaaattatga 27556962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 181 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 27497975 - 27497858
Alignment:
Q  181 acaaacatgtagaatggtttatgttgttatattgttatctatggcattaaag-tcacttactagctggacatcagcattatcataatgcagaaaacatgt 279  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |  || ||| |  |||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  27497975 acaaacatgtagaatggtttatgttgatctattgttatccactgccttatatctcacttaccagctagacatcaacattatcataatgaagaaaacatgt 27497876  T
Q  280 ctaaagcatgtttacaaa 297  Q
    |  |||| ||||||||||    
T  27497875 cctaagcctgtttacaaa 27497858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 238 - 307
Target Start/End: Original strand, 27506256 - 27506325
Alignment:
Q  238 tactagctggacatcagcattatcataatgcagaaaacatgtctaaagcatgtttacaaaattatgaagt 307  Q
    ||||||||||||||||||| | | |||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  27506256 tactagctggacatcagcactttgataatgaagaaaacatgtctgaaacatgtttacaaaattatgaagt 27506325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 27466546 - 27466484
Alignment:
Q  21 gagggccatgagatttgagctatggccagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtct 83  Q
    ||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27466546 gagggccataagatttgagtcatggtcagacaagagcatatgaaacatcacatggtgttgtct 27466484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 27557219 - 27557154
Alignment:
Q  19 aggagggccatgagatttgagctatggccagacaagagcatatgaa--agatcacatggtgttgtc 82  Q
    |||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  27557219 aggaaggccatgaaatttgagttatggccagacaagagcatatgaatcagatcacatggtgttgtc 27557154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 238 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 27479468 - 27479399
Alignment:
Q  238 tactagctggacatcagcattatcataatgcagaaaacatgtctaaagcatgtttacaaaattatgaagt 307  Q
    |||||||||||||||||||  || |||||| ||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||    
T  27479468 tactagctggacatcagcaccatgataatgaagaaaacatgtctgaaacatgtttacacaattatgaagt 27479399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 83
Target Start/End: Original strand, 27526523 - 27526587
Alignment:
Q  19 aggagggccatgagatttgagctatggccagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtct 83  Q
    ||||||||||| |||||||||  ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27526523 aggagggccataagatttgagtcatggttagacaagagcatatgaatgatcacatggtgttgtct 27526587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 42 - 83
Target Start/End: Original strand, 27503231 - 27503272
Alignment:
Q  42 atggccagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtct 83  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27503231 atggccagacaagggcatatgaaagatcacatggtgttgtct 27503272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 21 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 27473619 - 27473552
Alignment:
Q  21 gagggccatgagatttgagctatggccagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtctctaga 88  Q
    ||||||||| | |||||||  |||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  27473619 gagggccataatatttgagtcatgttcagacaagagcatatgaaacatcacatggtgttgtctttaga 27473552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 344 - 422
Target Start/End: Original strand, 27517369 - 27517448
Alignment:
Q  344 tctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggacattgtttaagaaggtagggtacactctt-agacaacaccacatg 422  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||| |||||||    
T  27517369 tctcaattggttccaagtggaagctttgtgttggccattgtttgagaaggtggggtacaatcttaagacaacgccacatg 27517448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 242 - 305
Target Start/End: Original strand, 27431875 - 27431937
Alignment:
Q  242 agctggacatcagcattatcataatgcagaaaacatgtctaaagcatgtttacaaaattatgaa 305  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  27431875 agctggacatcaacattatcaagatgaagaaa-catgtataatgcatgtttacaaaattatgaa 27431937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 245 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 27486521 - 27486459
Alignment:
Q  245 tggacatcagcattatcataatgcagaaaacatgtctaaagcatgtttacaaaattatgaagt 307  Q
    ||||||||| || | | |||||| ||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||    
T  27486521 tggacatcaacactttaataatgaagaaaacatgtctgaaacatgtttacacaattatgaagt 27486459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 252 - 309
Target Start/End: Original strand, 27526689 - 27526747
Alignment:
Q  252 cagcattatcataatgcagaaaa-catgtctaaagcatgtttacaaaattatgaagtac 309  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||  |||||| ||||||||||||||||    
T  27526689 cagcattatcataatgaagaaaaacatgtctgaacaatgttttcaaaattatgaagtac 27526747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 235 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 27554174 - 27554101
Alignment:
Q  235 acttactagctggacatcagcattatcataatgcagaaaacatgtctaaagcatgtttacaaaattatgaagtac 309  Q
    |||||| ||||||| |||| |||||||| |||| ||||| ||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||    
T  27554174 acttaccagctggagatcaacattatcaaaatgaagaaa-catgtcttagacatgtttgcaaaattatgaagtac 27554101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 165 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 27473454 - 27473413
Alignment:
Q  165 acttgaaagtaaagccacaaacatgtagaatggtttatgttg 206  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27473454 acttgaaagtataaccacaaacatgtagagtggtttatgttg 27473413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 19 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 27498140 - 27498076
Alignment:
Q  19 aggagggccatgagatttgagctatggccagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtct 83  Q
    ||||||||||| |||||||||   |||  |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  27498140 aggagggccataagatttgagtcgtggttagacaaaagcatatgaataatcacatggtgttgtct 27498076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 151 - 203
Target Start/End: Original strand, 27517168 - 27517220
Alignment:
Q  151 catataattgatagacttgaaagtaaagccacaaacatgtagaatggtttatg 203  Q
    ||||||||| ||  ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||    
T  27517168 catataattaatcaacttgaaagtataaccacaaacatgtagagtggtttatg 27517220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University