View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18589_low_2 (Length: 821)

Name: NF18589_low_2
Description: NF18589
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18589_low_2
NF18589_low_2
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (142-786)||(36995453-36996104)
chr8 (17-779)||(37005404-37006171)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (421-786)||(13684404-13684773)
chr4 (428-786)||(22191591-22191953)
chr4 (133-396)||(13684103-13684366)
chr4 (143-315)||(22192031-22192207)
chr4 (684-786)||(26648384-26648486)
chr4 (516-602)||(26648531-26648617)
chr4 (151-224)||(2749940-2750013)
chr4 (133-185)||(13669545-13669597)
chr4 (133-185)||(13682402-13682454)
chr4 (153-216)||(26648930-26648993)
chr4 (303-365)||(26648784-26648846)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (436-761)||(8597983-8598315)
chr7 (142-398)||(8598506-8598755)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 553; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 553; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 142 - 786
Target Start/End: Complemental strand, 36996104 - 36995453
Alignment:
142 cttggagagtataaatggtatgcaactttcttaattttctattttatatattgaagagtgaataattgtaaagatataagtaaagattgatatgccaatg 241  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36996104 cttggagagtataaatggtatgcaactttcttaattttctattttatatattgaagagtgaataattgtaaagatataagtaaagattgatatgccaatg 36996005  T
242 caggactttcatggttcgtcggatgggaacctcgttgcgatttgagttatttgctgacatagacaacactccaatgttgaacttttatgcacttaacaca 341  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
36996004 caggactttcatggttcgtcggatgggaacctcgttgcgatttgagttatttgctgacatagacaacaatccaatgttgaacttttatgcacttaacaca 36995905  T
342 ttagcgataattcacccccttgaccccgggcgaactgattgttttggtaggttttttattatttnnnnnnnnnnnn---gctttactattactaaccatt 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               |||||||||||||||||||||    
36995904 ttagcgataattcacccccttgaccccgggcgaactgattgttttggtaggttttttattatttaaaaaaaaaaaaaaagctttactattactaaccatt 36995805  T
439 tcatttgagtttattcagatcgatttcacttagtttgtaaggctcacccgggggatgtatttgatcttgagcgtgcctgtgaaaaaggttttcttgacgc 538  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
36995804 tcatttgagtttattcagatcgatttcacttagtttgtaaggctcacccgggggatgtatttgatcttgagcgtgcctgtgaaaatggttttcttgacgc 36995705  T
539 tgagggtaatgttgaagtagaattgcagattcaggtgttggggtaagtcggtatgtatgcattagaaatctcaatctcattctactgttgttggtcaata 638  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36995704 tgagggtaatgttgaagtagaattgtagattcaggtgttggggtaagtcgttatgtatgcattagaaatctcaatctcattctactgttgttggtcaata 36995605  T
639 tactcataaatttttaaccttgttactaagtatattgaccaataa----cattgggtgtcactgaattccatgcaactcattgtatgattgtttttaatg 734  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36995604 tactcataaattttttaccttgttactaagtatattgaccaataacaggcattgggtgtcactgaattccatgcaactcattgtatgattgtttttaatg 36995505  T
735 cacagagaaaatgtcttaccacctctccttgcaaggaagtatcgagctgagc 786  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
36995504 cacagagaaaatgtcttcccacctctccttgtaaggaagtattgagctgagc 36995453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 37006171 - 37005404
Alignment:
17 aagaaagtgttgaatcctataacatcgttgaacctggtaattatgtgtcaaacatatattcaaaatttctgtggacaccaaagccgatttgtggatcaga 116  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
37006171 aagaaagtgttgaatcctctaacattgttgaacctggtaatgatgtgtcaaacatatattcaaaatttctgtggacaccaaagccgatttctggatcaga 37006072  T
117 cccaacatcttccttagtcattaaccttggagagtataaatggtatgcaactttcttaattttctattttatatattgaagagtgaataattgtaaagat 216  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
37006071 cccagcatcttccttagtcattaaccttggagagtataaatggtgtgcaactttcttaattttcta-tttatatattcaagagtgaataattgtaaagat 37005973  T
217 ataagtaaagattgatatgc-caatgcaggactttcatggttcgtcggatgggaacctcgttgcgatttgagttatttgctgacatagacaacactccaa 315  Q
    ||||||||||||| |||| |  |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||   |||||||| |||||    
37005972 ataagtaaagatttatattcttaatgtaggactttcatagttcgtcggacgggaacctcgttgcaatttcagttatttgctgatggagacaacaatccaa 37005873  T
316 tgttgaacttttatgcacttaacacattagcgataattcacccccttgaccccgggcgaactgattgttttggtaggtttttt-------attatttnnn 408  Q
     ||||||||||||||| ||   || |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||        |||||        
37005872 ggttgaacttttatgctctgtgcaaattagcgataattcacccacttgaccccgggcaaactgattgttttggtagtttttttttataaagttattgttt 37005773  T
409 nnnnnnnnngctttactattactaaccatttcatttgagtttattcagatcgatttcacttagtttgtaaggctcacccgggggatgtatttgatcttga 508  Q
             |  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||  ||| |||| ||| | | ||  ||| ||||||||||  ||||     
37005772 tttaaaaaagaattactaatactaactatttcatttgagtttattcagatgcatttagcttcgtttctaaagattacatgggcgatgtatttgggcttgc 37005673  T
509 gcgtgcctgtgaaaaaggttttcttgacgctgagggtaatgttgaagtagaattgcagattcaggtgttggggtaagtcggtatgtatgcattagaaatc 608  Q
    |  ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||  ||||| |||||||||        
37005672 ggctgcctgtgaaatagattttcttgaccctgagggtaatgttaaagtagaattgcagattcaggtgattgggtaagtcattatgtgtgcattaga---- 37005577  T
609 tcaatctcattctactgttgttggtcaatatactcataaatttttaaccttgttactaagtatattgaccaataa----cattgggtgtcactgaattcc 704  Q
      ||| |||||||| | || |||||||| ||||||||| | |||||||| | |||||||||||||| | ||||||    |||  |||||||||| ||| |    
37005576 --aatatcattctatttttattggtcaacatactcatagaattttaaccatattactaagtatatttatcaataataggcatcaggtgtcactgcattac 37005479  T
705 atgcaactcattgtatgattgtttttaatgcacagagaaaatgtcttaccacctctccttgcaaggaagtatcga 779  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || || ||| |||||| |||||||| ||||    
37005478 atgcaactcattgtgtgattgtttttaatgcacagtgaaaaagttttcccgcctttccttgaaaggaagtttcga 37005404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 421 - 786
Target Start/End: Original strand, 13684404 - 13684773
Alignment:
421 ttactattactaaccatttcatttgagtttattcagatcgatttcacttagtttgtaaggctcacccgggggatgtatttgatcttgagcgtgcctgtga 520  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||| |||| |  |||||||| ||||||||||||||| |||    
13684404 ttactaatactaactatttcatttgagtttattcagatcgattccactcagtttgtaagactcgcccgcgatatgtatttcatcttgagcgtgcctatga 13684503  T
521 aaaaggttttcttgacgctgagggtaatgttgaagtagaattgcagattcaggtgttggggtaagtcggtatgtatgcattagaaatctcaatctcattc 620  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
13684504 aaaaggttttcttcacgctgagggtaatgttcaagtagaattgcagattcagatgtttgggtaagtcgttatgtatgcattagaaatctcaatctcattc 13684603  T
621 tactgttgttggtcaatatactcataaatttttaaccttgttactaagtatattgaccaataa----cattgggtgtcactgaattccatgcaactcatt 716  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||| | ||||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
13684604 tactattgttggtcaatatactcatagaatttttaccgtattactgagtatattgaccaataacaagcattgggtgtcactgaattccatgcaactcatt 13684703  T
717 gtatgattgtttttaatgcacagagaaaatgtcttaccacctctccttgcaaggaagtatcgagctgagc 786  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||| || |||||||||| ||||||    
13684704 gtatgattgtttttaatgcgcagagaaaatttcttcccgcctctccttgtaaagaagtatcgaactgagc 13684773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 428 - 786
Target Start/End: Complemental strand, 22191953 - 22191591
Alignment:
428 tactaaccatttcatttgagtttattcagatcgatttcacttagtttgtaaggctcacccgggggatgtatttgatcttgagcgtgcctgtgaaaaaggt 527  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  |||||  ||| |||  ||| ||||||||| ||| ||||||||||||    
22191953 tactaactatttcatctgagtttattcagatcgattccactcagtttgtaagattcacctagggtatgattttcatcttgagcatgcttgtgaaaaaggt 22191854  T
528 tttcttgacgctgagggtaatgttgaagtagaattgcagattcaggtgttggggtaagtcggtatgtatgcattagaaatctcaatctcattctactgtt 627  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  |||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
22191853 tttcttgacgctgaggataatgttaaagtagaattgcagattcaaatgtttgggtaagtcgttatgtatgcataagaaatctcaatctcattttactgtt 22191754  T
628 gttggtcaatatactcataaatttttaaccttgttactaagtatattgaccaataa----cattgggtgtcactgaattccatgcaactcattgtatgat 723  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| ||  | |||||||||||||||||||||||    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22191753 gttggtcaatatactcatagaatttttacaatattactaagtatattgaccaataacatgcattcggtgtcactgaattccatgcaactcattgtatgat 22191654  T
724 tgtttttaatgcacagagaaaatgtcttaccacctctccttgcaaggaagtatcgagctgagc 786  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||| || |||||| ||| || || ||||| | ||||||    
22191653 tgttgttaatgcacagagaaaatatcttcccgcctctctttgtaaagaggtatcaaactgagc 22191591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 133 - 396
Target Start/End: Original strand, 13684103 - 13684366
Alignment:
133 gtcattaaccttggagagtataaatggtatgcaactttcttaattttctattttatatattgaagagtgaataattgtaaagatataagtaaagattgat 232  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
13684103 gtcattaaacttggagagtataaatggtatgcaactttcttaattttctattttatatattgaagagtgaataattgtaaagatataagtaaagattgat 13684202  T
233 atgccaatgcaggactttcatggttcgtcggatgggaacctcgttgcgatttgagttatttgctgacatagacaacactccaatgttgaacttttatgca 332  Q
    ||||||||||||||||||||| | || | || |  |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||||    
13684203 atgccaatgcaggactttcatagctcattggttcagaacctcgttccgatttgagttatttgctgacagagacaacattccaaggttgaaattttatgca 13684302  T
333 cttaacacattagcgataattcacccccttgaccccgggcgaactgattgttttggtaggtttt 396  Q
    || | |||| |||||||||||||||||| | ||  | ||| |||||||||||  ||||||||||    
13684303 ctgagcacagtagcgataattcacccccgtaactaccggctaactgattgttcaggtaggtttt 13684366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 143 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 22192207 - 22192031
Alignment:
143 ttggagagtataaatggtatgcaactttcttaattttctattttatatattgaagagtgaataattgtaaagatataagtaaagattgatatgcc----a 238  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |    
22192207 ttggagagtgtaaatggtatgcaaatttcttaattttctattttatatattcaagagtgaataattgtaaagatataagtaaagattgatatgccaatta 22192108  T
239 atgcaggactttcatggttcgtcggatgggaacctcgttgcgatttgagttatttgctgacatagacaacactccaa 315  Q
    |||||||| |||||| |||||||||| |||||||  ||| | |||| ||||||||| ||||| ||||| || |||||    
22192107 atgcaggaatttcatagttcgtcggaggggaaccaggttccaatttcagttatttgttgacagagacagcattccaa 22192031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 684 - 786
Target Start/End: Complemental strand, 26648486 - 26648384
Alignment:
684 cattgggtgtcactgaattccatgcaactcattgtatgattgtttttaatgcacagagaaaatgtcttaccacctctccttgcaaggaagtatcgagctg 783  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||| |  |||||||||| || ||||||||||||||    
26648486 cattgggtgtcactgaattccatgcaactcattgtatgatcgttattaatgcacagagaaaatttcttccagcctctccttgtaaagaagtatcgagctg 26648387  T
784 agc 786  Q
    |||    
26648386 agc 26648384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 516 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 26648617 - 26648531
Alignment:
516 tgtgaaaaaggttttcttgacgctgagggtaatgttgaagtagaattgcagattcaggtgttggggtaagtcggtatgtatgcatta 602  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || |||||||||  |||||||||||||    
26648617 tgtgaagaaggttttcttgacgatgagggtaatgttaaagtagaattgcagattcagatttttgggtaagtccttatgtatgcatta 26648531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 151 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 2750013 - 2749940
Alignment:
151 tataaatggtatgcaactttcttaattttctattttatatattgaagagtgaataattgtaaagatataagtaa 224  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
2750013 tatatatggtatgcaactttcttaattctctgttttatcaattgaagagtgaatactggtaaagatataagtaa 2749940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 133 - 185
Target Start/End: Original strand, 13669545 - 13669597
Alignment:
133 gtcattaaccttggagagtataaatggtatgcaactttcttaattttctattt 185  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
13669545 gtcattcaacttggagagtataaatggtatgcaaatttcttaattttctattt 13669597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 133 - 185
Target Start/End: Original strand, 13682402 - 13682454
Alignment:
133 gtcattaaccttggagagtataaatggtatgcaactttcttaattttctattt 185  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
13682402 gtcattcaacttggagagtataaatggtatgcaaatttcttaattttctattt 13682454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 153 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 26648993 - 26648930
Alignment:
153 taaatggtatgcaactttcttaattttctattttatatattgaagagtgaataattgtaaagat 216  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||||||||||    
26648993 taaagggtattcaactttcttaattttttattttatgtagtcaagagtgaataattgtaaagat 26648930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 303 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 26648846 - 26648784
Alignment:
303 gacaacactccaatgttgaacttttatgcacttaacacattagcgataattcacccccttgac 365  Q
    ||||||| |||| ||||||| ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||| ||||    
26648846 gacaacaatccagtgttgaaattttatgtactgaacacagtagcgataattcacccccatgac 26648784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 436 - 761
Target Start/End: Complemental strand, 8598315 - 8597983
Alignment:
436 atttcatttgagtttattcagatcgatttcacttagtttgtaaggctcacccgggggatgtatttgatcttgagcgtgcctgtgaaaaaggttttcttga 535  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
8598315 atttcatttgagtttaatcagatcgattccactcagtttgtaagactcacccggggtatgtatatgattttgagcgtgcctgtgaaaatggttttcttga 8598216  T
536 cgctgagggtaatgttgaagtagaattgcagattcaggtgttggggtaagtcggtatgtatgcattagaaatctcaatctcattctactgttgttggtc- 634  Q
     ||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
8598215 tgctaagggcaatcttgaagtagaattgcagtttcagatgtttgggtaagtcgttatttatgcattagaaatctcaatctcattctactgttgttggtca 8598116  T
635 --aatatactcataaatttttaaccttgttactaagtatattgaccaataa----cattgggtgtcactgaattccatgcaactcattgtatgattgttt 728  Q
      |||||||||||| | |||| ||| | |||||||||||||||||||||||    || |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||     
8598115 ataatatactcatataatttttaccatattactaagtatattgaccaataacagtcaatgggtgccattgaattccatgcaactcattgtatgattgttc 8598016  T
729 ttaatgcacagagaaaatgtcttaccacctctc 761  Q
    | ||||||||||  ||||||||| || ||||||    
8598015 taaatgcacagactaaatgtcttcccgcctctc 8597983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 142 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 8598755 - 8598506
Alignment:
142 cttggagagtataaatggtatgcaactttcttaattttctattttatatattgaagagtgaataattgtaaagatataagtaaagattgatatgccaatg 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||        |||||||||||||||||||||||||||| |||    
8598755 cttggagagtataaatggtatgcaactttctttattttctattttatatattcaagagtgt-------taaagatataagtaaagattgatatgcctatg 8598663  T
242 caggactttcatggttcgtcggatgggaacctcgttgcgatttgagttatttgctgacatagacaacactccaatgttgaacttttatgcacttaacaca 341  Q
    |||||||||||  ||| ||||  |  ||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| | ||||||| ||| ||||||    
8598662 caggactttcaaagttggtcgcttcagaacctcgttgcattttgagttatttgctgacaaagacaacattccaaggttggaattttatggactgaacaca 8598563  T
342 ttagcgataattcacccccttgaccccgggcgaactgattgttttggtaggtttttt 398  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||| || |||||  ||||||||||||||||||    
8598562 ttagcgataattcactcccttcactccgagctaactgtatgttttggtaggtttttt 8598506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University