View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18589_low_21 (Length: 377)

Name: NF18589_low_21
Description: NF18589
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18589_low_21
NF18589_low_21
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (16-362)||(10500686-10501032)
chr2 (68-359)||(10512046-10512339)
chr2 (7-359)||(10457015-10457368)
chr2 (68-362)||(10467086-10467378)
chr2 (7-269)||(10538380-10538640)
chr2 (237-347)||(7466997-7467106)
chr2 (68-273)||(10444302-10444509)
chr2 (122-361)||(10482267-10482512)
chr2 (16-139)||(7466842-7466968)
chr2 (16-184)||(10482721-10482885)
chr2 (68-196)||(10854646-10854775)
chr2 (84-174)||(28108174-28108264)
chr2 (68-111)||(10845330-10845373)
chr2 (84-174)||(27963579-27963669)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-276)||(24051022-24051296)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (287-335)||(9435893-9435940)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 343; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 10501032 - 10500686
Alignment:
Q  16 atatgctaggtgaaacaaatctttatgtgacggtctgttttttcatcttcaattaatcaggtgatacttttactgatggcttagtaagatatacaaaggc 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10501032 atatgctaggtgaaacaaatctttatgtgacggtctgttttttcgtcttcaattaatcaggtgatacttttactgatggcttagtaagatatacaaaggc 10500933  T
Q  116 ttctactgatgtatctgagttggtttctggagtttctggagtgcaagtaagtagtttctttatatgacattaacttccctagcttggctttaatggcaat 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10500932 ttctactgatgtatctgagttggtttctggagtttctggagtgcaagtaagtagtttctttatatgacattaacttccctagcttggctttaatggcaat 10500833  T
Q  216 ttatatcacctaattgtcgtgttttgtgtattgctttttaggtttgaaaagtttagcagacatgaggttttaacaatgtcactcttttggtaggccttct 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10500832 ttatatcacctaattgtcgtgttttgtgtattgctttttaggtttgaaaagtttagcagacatgaggttttaacaatgtcactcttttggtaggccttct 10500733  T
Q  316 tggtggatggctcttttgtttatttatatgttgagttggtgtatctg 362  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10500732 tggtggatggctcttttgtttatttatatgttgagttggtgtatctg 10500686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 68 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 10512339 - 10512046
Alignment:
Q  68 ttaatcaggtgatacttttactgatggcttagtaagatatacaaaggcttctactgatgtatctgagttggtttctggagtttctggagtgcaagtaagt 167  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  10512339 ttaatcaggcgatacttttactgatggattagtaagatatagaaaggcttctgttgatgtttctgagttggtttcaagagtttctggagtgcaagtaagt 10512240  T
Q  168 agtttctttatatgaca--ttaacttccctagcttggctttaatggcaatttatatcacctaattgtcgtgttttgtgtattgctttttaggtttgaaaa 265  Q
    |||||||  ||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||  |||    
T  10512239 agtttctaaatatgacaaattaacttccctaccttggctttaatggcaatttatataacctaattgtcttgttctgtgtattgctttttaggtttcgaaa 10512140  T
Q  266 gtttagcagacatgaggttttaacaatgtcactcttttggtaggccttcttggtggatggctcttttgtttatttatatgttgagttggtgtat 359  Q
    |||||||||||  || |||| |  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||   |||||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  10512139 gtttagcagactcgaagtttcagtaatgtcactcttttgataggcctccttggtggacaactcttttgattatgtatatgttgaggtggtgtat 10512046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 7 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 10457368 - 10457015
Alignment:
Q  7 tccaagaatatatgctaggtgaaacaaatctttatgtgacggtctgttttttcatcttcaat---taatcaggtgatacttttactgatggcttagtaag 103  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||| || |||||||  | ||||||||||| |||| |   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10457368 tccaacaaaatatgctaggtaaaacaaatgttaatgtgacaatatgttttttcatgttcattatttaatcaggtgatacttttactgatgggttagtaag 10457269  T
Q  104 atatacaaaggcttctactgatgtatctgagttggtttctggagtttctggagtgcaagtaagtagtt--tctttatatgac--attaacttccctagct 199  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||  ||| ||| |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||  ||||||||   ||       
T  10457268 atatacaaaggcttctattgatgtttcttagttgg--tctcgagattctggagtgcaagtaagtagtttctctatatatgacaaattaacttttata--- 10457174  T
Q  200 tggctttaatggcaatttatatcacctaattgtcgtgttttgtgtattgctttttaggtttgaaaagtttagcagacatgaggttttaacaatgtcactc 299  Q
     |||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||  || |||| | || ||||||||    
T  10457173 -ggctttaagggcagtttatatcacctaattgtcttgttttgtgtagtgctttttaggtttcaaaattttagcagactcgaagtttcagcagtgtcactc 10457075  T
Q  300 ttttggtaggccttcttggtggatggctcttttgtttatttatatgttgagttggtgtat 359  Q
    ||||| ||| ||| |||| || | | || ||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  10457074 ttttgatagacctccttgatgaacgactattttgttaatgtatatgttgagttggtgtat 10457015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 68 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 10467378 - 10467086
Alignment:
Q  68 ttaatcaggtgatacttttactgatggcttagtaagatatacaaaggcttctactgatgtatctgagttggtttctggagtttctggagtgcaagtaagt 167  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||  |||||| |||||| || | ||  ||| ||||||||||||||| |||    
T  10467378 ttaattaggtgatacttttaccgatgggttggtaagatatacaaagtcttctgttgatgtttctgagctgatctcaagagattctggagtgcaagttagt 10467279  T
Q  168 agtttctttatatgac--attaacttccctagcttggctttaatggcaatttatatcacctaattgtcgtgttttgtgtattgctttttaggtttgaaaa 265  Q
    | ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||| |||| ||||||||| |||||  ||||||||| | ||    
T  10467278 attttctttatatgacaaattaacttccctaccttggctttaatggcaatt--tatctcctaactgtcttgttttgtgcattgc--tttaggtttcagaa 10467183  T
Q  266 gtttagcagacatgaggttttaacaatgtca---ctcttttggtaggccttcttggtggatggctcttttgtttatttatatgttgagttggtgtatctg 362  Q
    ||||||||||| ||| |||||  ||  ||||   |||||||| ||||||| |||| |||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10467182 gtttagcagacttga-gttttggcagcgtcactgctcttttgataggcctccttgatggatgg--cttttgtttatgtatatgttgagttggtgtatctg 10467086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 7 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 10538640 - 10538380
Alignment:
Q  7 tccaagaatatatgctaggtgaaacaaatctttatgtgacggtctgttttt-tcatcttcaattaatcaggtgatacttttactgatggcttagtaagat 105  Q
    ||||| || ||| |||||||| ||||||| || ||||||| |||| ||||| |  || | | ||||| ||||||| |||||||||| || |||||| |||    
T  10538640 tccaacaaaataagctaggtgcaacaaatgttaatgtgacagtctatttttgtgctcattatttaattaggtgattcttttactgaggggttagtaggat 10538541  T
Q  106 atacaaaggcttctactgatgtatctgagttggtttctggagtttctggagtgcaagtaagtagtttctttatatgaca--ttaacttccctagcttggc 203  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||   ||  ||||   ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||    
T  10538540 atacaaaggcttctattgatgtttctgagttggtctcaacagactctg---tgcaagtaagtagtttctttatatgacagattaacttccctaccttggc 10538444  T
Q  204 tttaatggcaatttatatcacctaattgtcgtgttttgtgtattgctttttaggtttgaaaagttt 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||| ||||||||    
T  10538443 tttaatggcaatttatatcacctaattgtcttgttttg-ctattgc-ttttaggtttcaaaagttt 10538380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 237 - 347
Target Start/End: Original strand, 7466997 - 7467106
Alignment:
Q  237 ttttgtgtattgctttttaggtttgaaaagtttagcagacatgaggttttaacaatgtcactcttttggtaggccttcttggtggatggctcttttgttt 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||    
T  7466997 ttttgtgtattgctttttaggtttgaaaagttcagcagacatgaggttttaacaatgtcactcttttggtaggtctt-ttgctggacggctcttttgttt 7467095  T
Q  337 atttatatgtt 347  Q
    |||||||||||    
T  7467096 atttatatgtt 7467106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 68 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 10444509 - 10444302
Alignment:
Q  68 ttaatcaggtgatacttttactgatggcttagtaagatatacaaaggcttctactgatgtatctgagttggtttctggagtttctggagtgcaagtaagt 167  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||  |||| | ||||||||||||  ||| |||||| ||||||| ||| | ||||| ||||  |||||||||||||    
T  10444509 ttaatcaggtgatacttttaccaatgggatagtgacatatacaaaggcacctattgatgtttctgagtaggtctttggagattcttaagtgcaagtaagt 10444410  T
Q  168 agtttctttatatgac--attaacttccctagcttggctttaatggcaatttatatcacctaattgtcgtgttttgtgtattgctttttaggtttgaaaa 265  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||  |||||||||||||||| |||| || ||| | || || ||||||||||||| |||||||||||| || |    
T  10444409 agtttctttatatgacaaattaacttccctgccttggctttaatggcagtttacataaccaagttctcttgttttgtgtatttctttttaggtttcaaca 10444310  T
Q  266 gtttagca 273  Q
    ||||||||    
T  10444309 gtttagca 10444302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 122 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 10482512 - 10482267
Alignment:
Q  122 tgatgtatctgagttggtttctggagtttctggagtgcaagtaagtagtt--tctttatatgac--attaacttccctagcttggctttaatggcaattt 217  Q
    |||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||  ||||||||| ||  |||||| ||||||||| |||    
T  10482512 tgatgtttctgagttggtctcaagagtttctggagtgcaagtgagtagtttctctatatatgacaaattaacttctctgccttggc-ttaatggcagttt 10482414  T
Q  218 atatcacctaattgtcgtgttttgtgtattgctttttaggtttgaaaagtttagcagacatgaggttttaacaatgtc---actcttttggtaggccttc 314  Q
    ||||||| ||| |||| |||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||  || |||| | || ||||    |||||| ||||||||| |    
T  10482413 atatcacttaactgtcttgttctgtgtattgatatttaggtttcaaaagtttagtagactcgaagtttcagcagtgtcgctgctctttcggtaggcctcc 10482314  T
Q  315 ttggtggatggctcttttgtttatttatatgttgagttggtgtatct 361  Q
    ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  10482313 ttgatggatggctcttttgtctatgtatatgttgagttggtgtatct 10482267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 16 - 139
Target Start/End: Original strand, 7466842 - 7466968
Alignment:
Q  16 atatgctaggtgaaacaaatctttatgtgacggtctgttttttcatcttcaat---taatcaggtgatacttttactgatggcttagtaagatatacaaa 112  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || |||||| |   ||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||    
T  7466842 atatgctaggtgaaaccaatctttacgtgacggtctgttttatcgtcttcattatttaatcaggtgatactattaccgatgggttggtaagatatacaaa 7466941  T
Q  113 ggcttctactgatgtatctgagttggt 139  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||    
T  7466942 ggcttctactgatgtttctgagttggt 7466968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 16 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 10482885 - 10482721
Alignment:
Q  16 atatgctaggtgaaacaaatctttatgtgacggtctgttttttcatcttcaattaatcaggtgatacttttactgatggcttagtaagatatacaaaggc 115  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||| || | ||||||||| ||    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||    
T  10482885 atatgctaggtgaaacaaatgcttatgtgacagtatattttttcatgtt----taatcaggtgatacttttaccgatgggttagtaagatatacagaggc 10482790  T
Q  116 ttct---actgatgtatctgagttggtttctggagtttctggagtgcaagtaagtagtttctttatatgaca 184  Q
    ||||   | |||| | ||||||||| | ||  ||| ||||   | |||||||||||||||||||||||||||    
T  10482789 ttcttcaattgatatttctgagttgctctcaagagattct---gagcaagtaagtagtttctttatatgaca 10482721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 68 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 10854775 - 10854646
Alignment:
Q  68 ttaatcaggtgatacttttactgatggcttagtaagatatacaaaggcttctactgatgtatctgagttggtttctggagtttctggagtgcaagtaagt 167  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||| |||||| |||| || ||  | |  || ||||||| ||||||||||     
T  10854775 ttaaccaggagatacttttactgatggtttagtaagatatacaaggacttctattgatgtttctgtgtaggcct-taaagattctggaatgcaagtaagc 10854677  T
Q  168 agtttc-tttatatgac-attaacttcccta 196  Q
    |||||| ||| |||||| |||||||||||||    
T  10854676 agtttcttttttatgacaattaacttcccta 10854646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 84 - 174
Target Start/End: Original strand, 28108174 - 28108264
Alignment:
Q  84 tttactgatggcttagtaagatatacaaaggcttctactgatgtatctgagttggtttctggagtttctggagtgcaagtaagtagtttct 174  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||| | |||||| |||||| ||| ||||||| ||  ||| |||||  |||||||||||||||||||    
T  28108174 tttactgatgggttagtaagttatacaatgacttctattgatgtttctaagttggtctcaagagattctgatgtgcaagtaagtagtttct 28108264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 68 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 10845373 - 10845330
Alignment:
Q  68 ttaatcaggtgatacttttactgatggcttagtaagatatacaa 111  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10845373 ttaatcaggagatacttttactgatgggttagtaagatatacaa 10845330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 84 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 27963669 - 27963579
Alignment:
Q  84 tttactgatggcttagtaagatatacaaaggcttctactgatgtatctgagttggtttctggagtttctggagtgcaagtaagtagtttct 174  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||| | |||| | |||||| ||||||| ||| ||  ||| |||||  |||||||||||||||||||    
T  27963669 tttactgatgggttagtaagttatacaatgacttccattgatgtttctgagtcggtctcaagagattctgacgtgcaagtaagtagtttct 27963579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 118; Significance: 4e-60; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 7 - 276
Target Start/End: Original strand, 24051022 - 24051296
Alignment:
Q  7 tccaagaatatatgctaggtgaaacaaatctttatgtgacggtctgttttttcatcttcaat---taatcaggtgatacttttactgatggcttagtaag 103  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||  | |||| |   |||||||| ||||||||||||||||| |  || |     
T  24051022 tccaacaaaatatgctaggtgaaacaattcttaatgtgacagtctatttttttttgttcattatttaatcaggcgatacttttactgatgggtcggtgat 24051121  T
Q  104 atatacaaaggcttctactgatgtatctgagttggtttctggagtttctggagtgcaagtaagtagtttctttatatgaca--ttaacttccctagcttg 201  Q
    |  |||  ||||||||| |||||| ||||||||||| ||  ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||    
T  24051122 aagtaccgaggcttctattgatgtttctgagttggtctcaagagattctggagtgcaagtaggtagtttctttatatgacaaattaacttcccttccttg 24051221  T
Q  202 gctttaatggcaatttatatcacctaattgtcgtgttttgtgtattgctttttaggtttgaaaagtttagcagac 276  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24051222 gctttaatggcaatttatatcgcctaattgtcttgttttgtctattgctttttaggtttcaaaagtttagcagac 24051296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 287 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 9435940 - 9435893
Alignment:
Q  287 aacaatgtcactcttttggtaggccttcttggtggatggctcttttgtt 335  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  9435940 aacattgtcact-ttttggtaggcctccttgatggatggctcttttgtt 9435893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University