View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1858_high_1 (Length: 753)

Name: NF1858_high_1
Description: NF1858
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1858_high_1
NF1858_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (21-746)||(2224010-2224711)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 443; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 2224711 - 2224010
Alignment:
Q  21 ggatagcgaaaatcagggagaaagagttgaaattgggccaat-aatattagtttgttgtgtttcacaaagctattgatcgagataacaagaatttcccaa 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2224711 ggatagctaaaatcagggagaaagtgttgaaattgggccaattaatattagtttgttgtgtttcacaaagctattgatcgagataacaagcatttcccaa 2224612  T
Q  120 cacataaatatcacaattgaaataagttaatttctaataatcacgaatcatgaaagcaatgatattattacgaatgaaaatcatatggtgtcagcgatga 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  2224611 cacataaatatcacaattgaaataagttaatttctaataatcacgaatcatgcaagcaatgatattattacgaatgaaaatcatatggtgtcagagatgg 2224512  T
Q  220 aaatcgattgcatgttgtcacttttgagtgcaattgcaatggagacggttgatgttttgaagtgccaagcccaagatcaatttgttgaatatatgatgtg 319  Q
    |||||||||| ||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||    
T  2224511 aaatcgattgtatgttg-------------------caatggagacggttgatgttttgaagtgccaag------atcaatttgttgaatatatgatgtg 2224437  T
Q  320 aatattaattgtaaacaatattactctatttaataacccactataaatattgaaaggnnnnnnngcaccttgacttttttga---------aaaaggtat 410  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||       ||||| ||||||||||||         |||| ||||    
T  2224436 aatattaattgtaaacaatattagtctacttaataacccactataaatattgaaaggaaaaaaagcaccatgacttttttgagaaatttcaaaaacgtat 2224337  T
Q  411 atatatatcccaataactatctatcgaaatacaaaaacttttaaagnnnnnnnctaaacaattatattggattggattggatcaaatgttagtgttgagc 510  Q
    ||||  |||||||   ||||||||| || ||||||||||||   ||       | ||||||||||||||||||||||     || |||||||||||||||    
T  2224336 atatcgatcccaa---ctatctatccaa-tacaaaaactttagcagaaaaaaaccaaacaattatattggattggat-----cacatgttagtgttgagc 2224246  T
Q  511 tggatgactataacacttatgttgtctttgcttcccttagccatagccaattcagctaagattgcagcagcctctgctgcataacttttaatagtgtgat 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2224245 tggatgactataacacttatgttgtctttgcttcccttagccatagccaattcagctaagattgcagcagcctctgctgcataacttttaatagtgtgat 2224146  T
Q  611 tgtgaacttctttcatattatgcctcctcatatgaccttgaaggcaacttctaacaacttcacaaacaaaattatttgatactacatcccaaagaccatc 710  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2224145 tgtgatcttctttcatattatgcctcctcatatgaccttgaaggcaacttctaacaacttcacaaacaaaattatttgatactacatcccaaagaccatc 2224046  T
Q  711 acttgccaccactacaaactcatctgattttcttcg 746  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2224045 acttgccaccactacaaactcatctgattttgttcg 2224010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University