View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1858_high_29 (Length: 337)

Name: NF1858_high_29
Description: NF1858
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1858_high_29
NF1858_high_29
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (94-261)||(22894680-22894849)
chr3 (71-261)||(34749898-34750089)
chr3 (72-263)||(36749404-36749596)
chr3 (71-262)||(43999988-44000180)
chr3 (71-264)||(51339784-51339975)
chr3 (71-264)||(36370338-36370532)
chr3 (71-264)||(21559558-21559752)
chr3 (71-258)||(48200688-48200876)
chr3 (71-264)||(46111944-46112138)
chr3 (71-264)||(30735496-30735689)
chr3 (71-261)||(38231293-38231483)
chr3 (167-261)||(29460660-29460756)
chr3 (167-261)||(29471512-29471608)
chr3 (99-253)||(20856182-20856334)
chr3 (159-263)||(50966129-50966234)
chr3 (159-263)||(51069264-51069369)
chr3 (149-262)||(39072350-39072465)
chr3 (71-262)||(39467102-39467293)
chr3 (71-171)||(29472901-29472999)
chr3 (129-239)||(53638157-53638269)
chr3 (170-254)||(29820397-29820483)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (71-261)||(3672274-3672465)
chr4 (71-264)||(28093096-28093290)
chr4 (71-262)||(6112629-6112820)
chr4 (71-263)||(7217763-7217956)
chr4 (71-263)||(21390956-21391148)
chr4 (71-261)||(49243815-49244005)
chr4 (71-263)||(44275704-44275896)
chr4 (71-263)||(46192357-46192550)
chr4 (72-263)||(35544910-35545102)
chr4 (71-261)||(45829258-45829448)
chr4 (71-256)||(51038768-51038955)
chr4 (132-256)||(54849793-54849919)
chr4 (85-263)||(52191214-52191393)
chr4 (27-69)||(3445684-3445726)
chr4 (215-257)||(43245522-43245564)
chr4 (224-264)||(25437039-25437079)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (71-262)||(13347127-13347319)
chr5 (71-261)||(39370927-39371118)
chr5 (71-261)||(2237276-2237467)
chr5 (71-264)||(40887942-40888136)
chr5 (87-262)||(9408054-9408231)
chr5 (71-250)||(14831555-14831735)
chr5 (71-263)||(1815620-1815809)
chr5 (85-263)||(27553387-27553566)
chr5 (159-261)||(33404523-33404627)
chr5 (71-224)||(31800595-31800748)
chr5 (71-192)||(42683670-42683790)
chr5 (121-262)||(17225318-17225459)
chr5 (71-261)||(19596068-19596258)
chr5 (93-264)||(4300565-4300737)
chr5 (71-252)||(41003851-41004031)
chr5 (84-258)||(12164254-12164433)
chr5 (132-262)||(19124532-19124662)
chr5 (207-256)||(3725730-3725779)
chr5 (169-206)||(37505927-37505964)
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (71-262)||(26972203-26972395)
chr7 (71-263)||(36346565-36346757)
chr7 (71-261)||(34108426-34108617)
chr7 (71-261)||(28307495-28307686)
chr7 (71-262)||(7700477-7700669)
chr7 (71-261)||(7699883-7700074)
chr7 (71-261)||(7700081-7700272)
chr7 (71-261)||(7700279-7700470)
chr7 (72-261)||(30887700-30887890)
chr7 (71-261)||(45782660-45782851)
chr7 (71-264)||(31148287-31148480)
chr7 (71-258)||(34828069-34828255)
chr7 (71-261)||(42220964-42221154)
chr7 (71-261)||(5811164-5811354)
chr7 (71-261)||(13108148-13108337)
chr7 (72-257)||(21807324-21807509)
chr7 (127-255)||(23980137-23980267)
chr7 (119-261)||(15020282-15020423)
chr7 (71-169)||(29953572-29953669)
chr7 (71-240)||(36957450-36957618)
chr7 (66-212)||(46475075-46475220)
chr7 (170-256)||(38321014-38321102)
chr7 (134-226)||(20086690-20086784)
chr7 (168-256)||(42950109-42950189)
[»] scaffold0062 (1 HSPs)
scaffold0062 (71-257)||(6722-6909)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (72-262)||(39249864-39250055)
chr1 (71-257)||(2509028-2509215)
chr1 (71-261)||(34307138-34307329)
chr1 (71-261)||(46901735-46901926)
chr1 (72-264)||(19258674-19258866)
chr1 (71-261)||(28647353-28647543)
chr1 (262-322)||(38884877-38884937)
chr1 (180-256)||(10146971-10147049)
chr1 (140-257)||(29099821-29099939)
chr1 (140-243)||(9642933-9643039)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (71-261)||(42162598-42162789)
chr8 (85-260)||(44081781-44081958)
chr8 (71-262)||(31318804-31318996)
chr8 (71-264)||(10203661-10203855)
chr8 (85-261)||(30432339-30432516)
chr8 (71-258)||(12665347-12665536)
chr8 (61-261)||(36189216-36189415)
chr8 (71-262)||(43186026-43186217)
chr8 (71-263)||(18184551-18184743)
chr8 (71-264)||(33726008-33726202)
chr8 (128-241)||(42668838-42668952)
chr8 (172-256)||(31547-31633)
chr8 (69-218)||(38845021-38845168)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (71-261)||(33732569-33732759)
chr2 (71-264)||(16089819-16090011)
chr2 (71-258)||(44958116-44958304)
chr2 (73-264)||(3830900-3831089)
chr2 (93-263)||(14572993-14573165)
chr2 (71-262)||(37498863-37499057)
chr2 (66-261)||(36315561-36315757)
chr2 (71-264)||(37914237-37914430)
chr2 (71-261)||(6376239-6376424)
chr2 (129-261)||(24137149-24137287)
chr2 (134-253)||(41188777-41188898)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (71-264)||(3986906-3987099)
chr6 (66-263)||(15345655-15345850)
chr6 (71-263)||(3118047-3118240)
chr6 (71-261)||(14022934-14023124)
chr6 (71-261)||(13697569-13697758)
chr6 (71-261)||(24208444-24208634)
chr6 (232-263)||(7674598-7674629)
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (71-257)||(87163-87350)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 155; Significance: 3e-82; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 94 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 22894849 - 22894680
Alignment:
Q  94 ttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttg 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22894849 ttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgtttttg 22894750  T
Q  194 ccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22894749 ccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 22894680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Original strand, 34749898 - 34750089
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    |||||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  34749898 gaaaaagatagc-cagacatcctttttcatacacttcttatgtacacccctatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 34749996  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34749997 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 34750089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 72 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 36749596 - 36749404
Alignment:
Q  72 aaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttc 171  Q
    |||||||||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  36749596 aaaaagataggt-agacactctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattagaggtatttgagtaattttacatcatatcatcaccctttttc 36749498  T
Q  172 atctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctctt 263  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36749497 atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaggtgtatgacatctaaggtggttcatgtataagagctctt 36749404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 71 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 44000180 - 43999988
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  44000180 gaaaaagataggt-agacactctttttcatacactttttatgtacgccctcatgtattagaggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 44000082  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctct 262  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44000081 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaggtgtatgacacctaaggtggttcatgtataagagctct 43999988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 71 - 264
Target Start/End: Original strand, 51339784 - 51339975
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  51339784 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacctcttatgtacaca-tcatgtgttagaggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 51339881  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 264  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  51339882 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgtaaaaggatgtatgccacctaaggtggtttatgtataagagctcttt 51339975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 71 - 264
Target Start/End: Original strand, 36370338 - 36370532
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  36370338 gaaaaagataggt-agatactctttttcatacactttttatatacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 36370436  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 264  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36370437 catctcttctttcaatgtttttgtcacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaggtgtatgacacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 36370532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 71 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 21559752 - 21559558
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  21559752 gaaaaagatagat-agacaccatttttcatacacctcttatgtacacccccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcattacccttttt 21559654  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 264  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  21559653 catctcttctttcaatatttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggtttatgtataagagctcttt 21559558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 71 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 48200876 - 48200688
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  48200876 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacactttttatgtacacccccatgtattatgggtatttgagtaattttacatcatatcatcatccttttt 48200778  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 258  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  || ||||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||||    
T  48200777 catctcttctttcaatatttttgccacgtgtcacaaatatatgtggatgtaaaaaggtgtatgccacctaagatgattcatgaataagag 48200688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 71 - 264
Target Start/End: Original strand, 46111944 - 46112138
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | |||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  46111944 gaaaaagataggt-agacaccatttttcatacaccttttatatacatccccatgtattaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 46112042  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 264  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  46112043 catctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaatggtgtatgtcacctaagatggttcatgtataagaactcttt 46112138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 71 - 264
Target Start/End: Original strand, 30735496 - 30735689
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttg-agtaattatacatcatatcatcatcctttt 169  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||| | ||||| ||||||||||||  |||||||  |||||||||||||| ||||||    
T  30735496 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacaccacttatgtacactc-catgtgttaggggtatttttagtaatttaacatcatatcatcaccctttt 30735593  T
Q  170 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 264  Q
    | || ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30735594 t-atatcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacagatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggttcatatataagagctcttt 30735689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 38231483 - 38231293
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagaca-ccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 169  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||| || ||| |||  |||| | || || | || |||    
T  38231483 gaaaaagataggt-agacatccttttttgatacacctcttatgtacaccc-catgtgtcaggggtagtttagtcatttcacattacattatta-ccattt 38231387  T
Q  170 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38231386 tcatatcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 38231293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 167 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 29460756 - 29460660
Alignment:
Q  167 ttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29460756 ttttcatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaaagtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 29460660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 167 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 29471608 - 29471512
Alignment:
Q  167 ttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29471608 ttttcatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaaagtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 29471512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 99 - 253
Target Start/End: Original strand, 20856182 - 20856334
Alignment:
Q  99 atacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacg 198  Q
    |||||| ||| |||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||| || |||| ||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||||     
T  20856182 atacacctctcatgtacaccc-catgtgtcaggggtattt-agtaattttatatcacatcatcatccttttt-atatctt-tttcaatgtttttgccaca 20856277  T
Q  199 tgtcacaaatgtgt--gggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtat 253  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20856278 tgtcacaaatgtgtatgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtat 20856334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 159 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 50966234 - 50966129
Alignment:
Q  159 atcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||  | | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  50966234 atcatcctttttcatctcttctttcaatatttttgtcacgtgtcacaaatgtgaatagatgtaaaagggtgtatgccacctaagat-gttcatgtataag 50966136  T
Q  257 agctctt 263  Q
    |||||||    
T  50966135 agctctt 50966129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 159 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 51069369 - 51069264
Alignment:
Q  159 atcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||  | | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  51069369 atcatcctttttcatctcttctttcaatatttttgtcacgtgtcacaaatgtgaatagatgtaaaagggtgtatgccacctaagat-gttcatgtataag 51069271  T
Q  257 agctctt 263  Q
    |||||||    
T  51069270 agctctt 51069264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 149 - 262
Target Start/End: Original strand, 39072350 - 39072465
Alignment:
Q  149 acatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgt--gtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggtt 246  Q
    |||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||| || |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||    
T  39072350 acatcacatcatcacccattttcatctcttcttttaatgtttatgccacatgtcacaaatgtatgtgggtgtaaaagggtgtatgtcatctaaggtgatt 39072449  T
Q  247 catgtataagagctct 262  Q
    ||||||||| ||||||    
T  39072450 catgtataatagctct 39072465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 71 - 262
Target Start/End: Original strand, 39467102 - 39467293
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| | ||||| ||||| |||||| ||  ||||||||| |||||| ||| || ||||| |||||||  | |||| ||| ||| || ||||    
T  39467102 gaaaaagataggt-acacacccttttttatacacctcccatgtacacc-tcatgtgttatggatattttagtaatttcatatcacatcctcacccctttt 39467199  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctct 262  Q
    ||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||| |||| ||||||    
T  39467200 catctcttctttcaatatttttggcacatgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgtcatctatggtggtttatggataacagctct 39467293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 71 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 29472999 - 29472901
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||  |||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  29472999 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacaccacttatgcacaccc-catgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcatccctttt 29472902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 129 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 53638269 - 53638157
Alignment:
Q  129 aggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggt 226  Q
    |||||||||| || |||| ||||||| ||||||| ||  | |||||||||||||| ||| |||| |||| |||||| |   ||||||||||| |||||||    
T  53638269 aggggtattttagcaattttacatcacatcatcaccccctctcatctcttctttccatgtttttaccacatgtcacgattgtgtgtgggtgttaaagggt 53638170  T
Q  227 gtatgccacctaa 239  Q
    |||||||||||||    
T  53638169 gtatgccacctaa 53638157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 170 - 254
Target Start/End: Original strand, 29820397 - 29820483
Alignment:
Q  170 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgt--gtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtata 254  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| || | |||||| |||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||  |||||||    
T  29820397 tcatctcttcttttaatgtttttgctacatctcacaattgtatgtgggtgtcaaagtgtgtatgccacctaaggtggtctatgtata 29820483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 154; Significance: 1e-81; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 3672465 - 3672274
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3672465 gaaaaagataggt-agataccctttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcacccttttt 3672367  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3672366 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 3672274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 71 - 264
Target Start/End: Original strand, 28093096 - 28093290
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  28093096 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacacttcttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtatttttacatcatatcatcacccttttt 28093194  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 264  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28093195 catctctcctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 28093290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 71 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 6112820 - 6112629
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6112820 gaaaaagataggt-agacactctttttcatacacttcttatgtacactc-catgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcatccttttt 6112723  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctct 262  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6112722 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaatggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataagagctct 6112629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 71 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 7217956 - 7217763
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  7217956 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacctcttatgtacaccctcatgtgttataggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 7217858  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctctt 263  Q
     ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7217857 tatctcttattttaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtaggtgttaaagggtgtatgccacctaaggtggtttatgtataagagctctt 7217763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 71 - 263
Target Start/End: Original strand, 21390956 - 21391148
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||  | ||||    
T  21390956 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacaccttttatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatattcactcatttt 21391053  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctctt 263  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21391054 catctcttctttcaatatttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataagagctctt 21391148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 49244005 - 49243815
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    |||||||||| || ||||| | |||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||   |||||    
T  49244005 gaaaaagatatgt-agacatcctttttcatacacctcttatgtacactc-catgtattaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacttttttt 49243908  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
     |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49243907 tatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 49243815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 71 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 44275896 - 44275704
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  44275896 gaaaaagatagat-agacaccctttttcatacacctcttatgtacaccc-catgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 44275799  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctctt 263  Q
     |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||  |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44275798 aatctcttctttcaatatttttggcacgtgtcacaaatgtgtgtgagtgtaaaatggtatatgccacctaaggtggtttatgtataagagctctt 44275704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 71 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 46192550 - 46192357
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacacc-ttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 169  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||| | | |||  |||||| || |||| || |||    
T  46192550 gaaaaagataggt-agacacccttttttgatacacctcttatgtacaccc-catgtaccaggggtattttaatcatttcacatcacattatcaccccttt 46192453  T
Q  170 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctctt 263  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  46192452 ttatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtgattcatgtataagagctctt 46192357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 72 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 35545102 - 35544910
Alignment:
Q  72 aaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttg-agtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||| | ||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  35545102 aaaaagataggt-agacaccctttttcatacaccacttatgtacactc-catgtgttaggggtatttttagtaattttacatcatatcatcacccctttt 35545005  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctctt 263  Q
     || ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35545004 tatatcttctttcaatgtttttgccacgtatcacaaatgtatgtggatgtaaaatggtgtataccacctaagatggttcatgtataagagctctt 35544910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Original strand, 45829258 - 45829448
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacacc-ttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 169  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| | |||||||||||| ||| |   |||||||||| | | |||  |||||| || |||| || |||    
T  45829258 gaaaaagataggt-agacacccttttttgatacacct-ttatgtacaccc-catatgccaggggtattttaatcatttcacatcacattatcaccccttt 45829354  T
Q  170 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  45829355 ttatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaggtgtatgtcacctaaagtggttcatgtataagagctc 45829448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 71 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 51038955 - 51038768
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcct-ttt 169  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||  || ||| ||||||||||  ||||   || | ||||| |||||||  |||||| | ||||| ||  |||    
T  51038955 gaaaaagatagg-cagacaccttttttcatgtacatctcatgtacacccctatgtggcagagatattttagtaatttcacatcacaccatcacccccttt 51038857  T
Q  170 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 256  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||   ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  51038856 tcatctcttctttcaatgtttttgtcacatgtcacaattgtgtgtgggtgtcaaagtttgtatgccacctaaggtggtccatatataag 51038768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 132 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 54849919 - 54849793
Alignment:
Q  132 ggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaat--gtgtgggtgtaaaagggtgta 229  Q
    ||||||| | |||||  |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||| |  |||||||| | |||| |||||    
T  54849919 ggtattttaataatttcacatcacatcatcatcctctctcatctcttctttcaatatttttgtcacttgtcacaactgcgtgtgggtatcaaagtgtgta 54849820  T
Q  230 tgccacctaaggtggttcatgtataag 256  Q
     || | |||||||||||||||||||||    
T  54849819 cgctatctaaggtggttcatgtataag 54849793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 85 - 263
Target Start/End: Original strand, 52191214 - 52191393
Alignment:
Q  85 agacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttca 184  Q
    ||||||| ||||| |||||| |||  ||||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||   ||||| |||||||||   | | |||  ||||||||    
T  52191214 agacacccttttttatacacctctcgtgtacaccc-catatgttaggagtattttagtaatttcgcatcacatcatcatctcctcttatcctttctttca 52191312  T
Q  185 atgattttgccacgtgtcacaaat--gtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctctt 263  Q
    ||| ||||| ||| |||||||| |  |||||| ||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  52191313 atgtttttgtcacatgtcacaattctgtgtggctgttaaaaggtatatgccacctaaggtggtccatgtataagggctctt 52191393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 69
Target Start/End: Original strand, 3445684 - 3445726
Alignment:
Q  27 tactctttgattagaatgcttaattccttttattatttttata 69  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3445684 tactcattgattagaatgcttaattccttttattaattttata 3445726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 215 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 43245564 - 43245522
Alignment:
Q  215 gtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 257  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  43245564 gtgtaaaagggtgtatgtcatctaagatggttcatgtataaga 43245522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 224 - 264
Target Start/End: Original strand, 25437039 - 25437079
Alignment:
Q  224 ggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 264  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  25437039 ggtgtatgtcacctaaggtggtccatgtataagggctcttt 25437079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 151; Significance: 7e-80; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 71 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 13347319 - 13347127
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  13347319 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcactcttttt 13347221  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctct 262  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13347220 catctattctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaaagctct 13347127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 39371118 - 39370927
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  39371118 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacttcttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 39371020  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39371019 catctcttctttcaatgtttttggcacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataagagctc 39370927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 2237467 - 2237276
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  2237467 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacttcttatgtacacccccaagtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 2237369  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2237368 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgtcacctaaggtggttcatgtataaaagctc 2237276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 71 - 264
Target Start/End: Original strand, 40887942 - 40888136
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  40887942 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacctcttatgtacacccccatctattagaggtattttagtaattttacatcatatcaccacccttttt 40888040  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 264  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  40888041 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagagtgtatgccacctaaggtggtttatgtataagagctcttt 40888136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 87 - 262
Target Start/End: Original strand, 9408054 - 9408231
Alignment:
Q  87 acaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaat 186  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9408054 acaccatttttcatacacttcttatgtacacccccatatattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcaccctttttcatctcttctttcaat 9408153  T
Q  187 gattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctct 262  Q
    | |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9408154 gtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgagtgtaaaagggcgtatgtcacctgaggtggttcatgtataagagctct 9408231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 71 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 14831735 - 14831555
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  14831735 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacttcttatgtacacccctacgtattaggggtatttgaataattttacatcatatcatcacccttttt 14831637  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatg 250  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14831636 catctcttctttcaatgtttttgccacgtatcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatg 14831555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 71 - 263
Target Start/End: Original strand, 1815620 - 1815809
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |      ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  1815620 gaaaaagataggt-agacaccttttttcataaagaa---atgtacaccct-atgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccctttt 1815714  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctctt 263  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1815715 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgtggatgtaaaagggtgtatgtcacctaagatggttcatgtataagagctctt 1815809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 85 - 263
Target Start/End: Original strand, 27553387 - 27553566
Alignment:
Q  85 agacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttca 184  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||| ||||||| || |||| | |||||| ||||||||||||    
T  27553387 agacaccctttttcatacacctcttatgtacaccct-atgtgttaggagtattttagtaattttacatcagataatcaccatttttcttctcttctttca 27553485  T
Q  185 atgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctctt 263  Q
    ||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  27553486 atgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaatggtatatgccacctaaaatggttcatgtataagagctctt 27553566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 159 - 261
Target Start/End: Original strand, 33404523 - 33404627
Alignment:
Q  159 atcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 256  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33404523 atcattctttttcatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagtgtgtatggcacctaaggtggttcatgtataag 33404622  T
Q  257 agctc 261  Q
    |||||    
T  33404623 agctc 33404627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 71 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 31800748 - 31800595
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  31800748 gaaaaagatagg-cagacaccctttttcatacacctcttgtgtacaccc-catatgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccctttt 31800651  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagg 224  Q
    ||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||    
T  31800650 catcttttctttcaatatttttgccacgtgtcataaatgtgtgtgggtgtaaaagg 31800595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 71 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 42683790 - 42683670
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||| | ||||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  42683790 gaaaaagatagat-agacatcctttttcatacacctcttatgtacacccccatatattaggggtattttagtaattttacatcatatcaccatccttttt 42683692  T
Q  171 catctcttctttcaatgatttt 192  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  42683691 catctcttctttcaatgttttt 42683670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 121 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 17225459 - 17225318
Alignment:
Q  121 catgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgt 218  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||  |||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||  |||||||||    
T  17225459 catgtatcaggggtattttagtaatttcacatcacatcatcacctcttttcatctcttctttcaatgtttttgtcacatgtcacaaatgtgtgtgggtgt 17225360  T
Q  219 aaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctct 262  Q
    ||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17225359 aaaa--gagtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctct 17225318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Original strand, 19596068 - 19596258
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagaca-ccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 169  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| | | || |||||||||||||| ||||| | ||||||| || ||| |||  |||| | || |||| |  |||    
T  19596068 gaaaaagataggt-agacatccttttttgaaatacctcttatgtacaccc-catgtgtcaggggtagtttagtcatttcacattacattatca-ctattt 19596164  T
Q  170 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19596165 tcacctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgcgtggatgtaaaaaggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataacagctc 19596258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 93 - 264
Target Start/End: Original strand, 4300565 - 4300737
Alignment:
Q  93 tttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgatttt 192  Q
    ||||| |||||  ||| ||||||||| |||||| |||||| ||||| | |||||  |||||| |||| || | ||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  4300565 ttttttatacatctctcatgtacacc-tcatgtgttagggatattttaataatttcacatcacatcaccaccattttttatctcttatttcaatgttttt 4300663  T
Q  193 gccacgtgtcacaaat--gtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 264  Q
    ||||  ||||||||||  |||||||||||||||| | |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  4300664 gccatatgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaaggatatatgtcacctaaaatggttcatgtataagagctcttt 4300737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 71 - 252
Target Start/End: Original strand, 41003851 - 41004031
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttt-tcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 169  Q
    |||||||||||  |||| |||||||| | |||||| ||| |||||||||| ||| | | |||| ||||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||    
T  41003851 gaaaaagataga-cagaaacctttttgttatacacctctcatgtacaccc-catatgtcagggatattt-agtaattttacatcacatcatcatcccttt 41003947  T
Q  170 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgt--gggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgta 252  Q
    | || |||| |||||||  ||||||||| ||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41003948 ttatatctt-tttcaatatttttgccacatgtcataaatgtgtatgagtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgta 41004031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 84 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 12164433 - 12164254
Alignment:
Q  84 cagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctct---tct 180  Q
    |||||||| ||||| || ||| |||||||||||||  ||||||  ||||| |||| |||||||  |||||| | ||||| ||| |  |||||||   |||    
T  12164433 cagacacccttttttatgcacctcttatgtacacctccatgtagcaggggcattttagtaatttcacatcacaccatcaccctctcccatctcttcttct 12164334  T
Q  181 ttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgta--aaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 258  Q
    ||||||| ||||||||| || ||||| |||||| | |||  ||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12164333 ttcaatgtttttgccacatgccacaactgtgtgtgagtattaaagaatgtgtgccacctaagatggttcatgtataagag 12164254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 132 - 262
Target Start/End: Original strand, 19124532 - 19124662
Alignment:
Q  132 ggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgta 229  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||   | ||||||||||||||| |||| |||||||||  |||||||   ||||||||||| |||  |||||    
T  19124532 ggtattttagtaattttacatcatatcatcacattctttcatctcttcttt-aatgtttttgccacacgtcacaattgtgtgtgggtgtcaaa-tgtgta 19124629  T
Q  230 tgccacctaaggtggttcatgtataagagctct 262  Q
    ||||| ||||| | || ||||||||||| ||||    
T  19124630 tgccatctaagatagtccatgtataagaactct 19124662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 207 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 3725779 - 3725730
Alignment:
Q  207 atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 256  Q
    |||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3725779 atgtgtggttgttaaagagtatatgccacctaaggtggtccatgtataag 3725730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 169 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 37505964 - 37505927
Alignment:
Q  169 ttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa 206  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37505964 ttcatatcttctttcaatgattttgccacatgtcacaa 37505927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 147; Significance: 2e-77; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 71 - 262
Target Start/End: Original strand, 26972203 - 26972395
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  26972203 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacttcttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 26972301  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctct 262  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26972302 catctctcctttcaatgtttttgccacgtgtcataaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctct 26972395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 71 - 263
Target Start/End: Original strand, 36346565 - 36346757
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  36346565 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacctcttatgtacaccctcatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatca-ccttttt 36346662  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctctt 263  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  36346663 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtctgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggtttatgtataagagctctt 36346757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 34108617 - 34108426
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  34108617 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacttcttatgtacactcccatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 34108519  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34108518 catctcttcattcaatgtttttgtcatatgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgtcacctaaggtggttcatgtataagagctc 34108426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Original strand, 28307495 - 28307686
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  28307495 gaaaaagataggt-agacatcttttttcatacacctcttatgtacacccccatatgttaagggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 28307593  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  28307594 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcgcaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtagtttatgtataagagctc 28307686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 71 - 262
Target Start/End: Original strand, 7700477 - 7700669
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  7700477 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacctcttatatacaccttcatgtgttatgggtattttagtaattttatatcatatcatcatccttttt 7700575  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctct 262  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  7700576 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggtttatgtataagagctct 7700669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Original strand, 7699883 - 7700074
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  7699883 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacctcttatatacaccttcatgtgttatgggtattttagtaattttatatcatatcatcatccttttt 7699981  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  7699982 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggtttatgtataagagctc 7700074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Original strand, 7700081 - 7700272
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  7700081 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacctcttatatacaccttcatgtgttatgggtattttagtaattttatatcatatcatcatccttttt 7700179  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  7700180 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggtttatgtataagagctc 7700272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Original strand, 7700279 - 7700470
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  7700279 gaaaaagataggtaa-acaccctttttcatacacctcttatatacaccttcatgtgttatgggtattttagtaattttatatcatatcatcatccttttt 7700377  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  7700378 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggtttatgtataagagctc 7700470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 72 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 30887890 - 30887700
Alignment:
Q  72 aaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttc 171  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  30887890 aaaaagatacgtaagacaccctttttcatacacttcttatatacaccc-catgtattagaggtatttaagtaattttacatcatatcatcaccctttttc 30887792  T
Q  172 atctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  30887791 atctcttcattcaatgtttttgctacgtgtcacaaatgtatgtgggtgtaaaagtgtgtatgccacctaagattgttcatgtataagagctc 30887700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Original strand, 45782660 - 45782851
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  45782660 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacactttttatgtacactcccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 45782758  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  45782759 catctcttctttcaatgtttttgtcacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaatgatgtatgccacctaaagtggttgatgtataagagctc 45782851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 71 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 31148480 - 31148287
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||||  |||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  31148480 gaaaaagataggt-agacactctttttcatacacctcttatacacaccc-catatgttaggcttattttagtaattttacatcatatcatcacccatttt 31148383  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 264  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  31148382 catctcttctttcaatgtttttgccatgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggttcatgtataaaagcccttt 31148287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 71 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 34828255 - 34828069
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||  |||||| |||||| ||| | |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||    
T  34828255 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacaccacttatgcacaccc-catatgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcatcactttt 34828158  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 258  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  34828157 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaaggatgtatg-cacccaaggtggttcatgtataagag 34828069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Original strand, 42220964 - 42221154
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttg-agtaattatacatcatatcatcatcctttt 169  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||| | ||||| ||||||||||||  |||||||  |||||||||||||| || |||    
T  42220964 gaaaaagataggt-agacaccttttt-catacaccacttatgtacactc-catgtgttaggggtatttttagtaatttaacatcatatcatcaccccttt 42221060  T
Q  170 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    | || ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42221061 ttatatcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaagtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 42221154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Original strand, 5811164 - 5811354
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||  ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || ||||    
T  5811164 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacacctcccatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcctcacccctttt 5811261  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||    
T  5811262 catctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgaaaaaggatgtatgccacctatggtggtttatgtataatagctc 5811354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 13108337 - 13108148
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| | | ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || |||     
T  13108337 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacacctttcatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcctcaccccttt- 13108241  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||    
T  13108240 catctcttctttcaacgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccgcctaaggtggtttatgtataacagctc 13108148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 72 - 257
Target Start/End: Original strand, 21807324 - 21807509
Alignment:
Q  72 aaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttc 171  Q
    ||||||||||||  |||| | ||||| |||||||||| || ||||||| || || |||||||||||| |||||||  |||| | |||||||||| |||||    
T  21807324 aaaaagataggtt-gacaaccttttttatacacttctcatatacaccc-cacgtgttaggggtattttagtaatttcacataacatcatcatccattttc 21807421  T
Q  172 atctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 257  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| | |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21807422 atctcttctttcaatatttttgccacatatcacaaatttgtgtgggtgtaaaatggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataaga 21807509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 127 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 23980267 - 23980137
Alignment:
Q  127 ttaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagg 224  Q
    |||| ||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||    
T  23980267 ttagaggtattttagtaatttcacatcacatcctcaccccttttcatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagg 23980168  T
Q  225 gtgtatgccacctaaggtggttcatgtataa 255  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  23980167 gtgtatgccacctatggtggtttatgtataa 23980137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 119 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 15020423 - 15020282
Alignment:
Q  119 ctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgt 218  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||||  |||||||||| ||| || ||| | ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  15020423 ctcatgtgttagggatattttagtaatttcacatcatatcttcaccccttt-cgtctcttctttcaatgtttttgccatatgtcacaaatgtgtgggtgt 15020325  T
Q  219 aaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||    
T  15020324 aaaaggttgtatgccacctatggtggtttatgtataacagctc 15020282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 71 - 169
Target Start/End: Original strand, 29953572 - 29953669
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 169  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  29953572 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacttcttatgtagacttccatgtattagggatatttgagtaattttacatcatatcatcaccctttt 29953669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 71 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 36957618 - 36957450
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||||| |||||| | | || |||||||  |||| || ||||||||| ||||||| ||||| | || ||||||| ||||    
T  36957618 gaaaaagataggt-agacacaattttttatacacctttcatatacaccc--atgtgttgggggtattttagtaattttacattacattatcatccatttt 36957522  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaag 240  Q
    ||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36957521 catctcttcttacaatatttttgtcacgtgtcacaaatatgtatggatgtaaaagggtgtatgccacctaag 36957450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 66 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 46475220 - 46475075
Alignment:
Q  66 tatacgaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtatta-ggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatc 164  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||| ||||||| | |||||| ||| ||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| |    
T  46475220 tataggaaaaagataggt-agacacccttttttatacacctctcatgtacatc-tcatgtgttatggggtattttagtaatttcacatcacatcgtcacc 46475123  T
Q  165 ctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgt 212  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||    
T  46475122 ccttttcatctcttctttcaatgtttttgttacatgtcacaaatgtgt 46475075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 170 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 38321102 - 38321014
Alignment:
Q  170 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgt--gtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 256  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||  |||||||| |||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  38321102 tcatatcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaattgtatgtgggtgttaaaatgtgtatgccacctaagatggttaatgtataag 38321014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 134 - 226
Target Start/End: Original strand, 20086690 - 20086784
Alignment:
Q  134 tatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggt 226  Q
    ||||| |||||||  |||||| ||||||| || |||| ||||||||||| |||| ||||||||  |||| ||||||  |||||||||||||||||    
T  20086690 tattttagtaatttcacatcacatcatcacccctttttatctcttcttttaatgtttttgccagatgtctcaaatgtatgtgggtgtaaaagggt 20086784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 168 - 256
Target Start/End: Original strand, 42950109 - 42950189
Alignment:
Q  168 tttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 256  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||||||| | ||||||||||||| |        |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42950109 tttcatctcttttttcaatgtatttgccacatatcacaaatgtgtgtg--------ggtgtatgccacctaaggtggttcatgtctaag 42950189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0062 (Bit Score: 146; Significance: 7e-77; HSPs: 1)
Name: scaffold0062
Description:

Target: scaffold0062; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 71 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 6909 - 6722
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  6909 gaaaaagataggt-agataccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattagggatatttaagtaattttacatcatatcatcacccttttt 6811  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 257  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6810 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 6722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 72 - 262
Target Start/End: Original strand, 39249864 - 39250055
Alignment:
Q  72 aaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttc 171  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||||    
T  39249864 aaaaagataggt-agacaccttttttcatacacctcttatgtacacccccatgtattaggggtattttagtaattttacattatatcaccatcctttttc 39249962  T
Q  172 atctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctct 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39249963 atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtatgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggttcatgtataagagctct 39250055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 71 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 2509215 - 2509028
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  2509215 gaaaaagataggt-agacactttttttcatacacctcttatgtacaccctcatgtattagggatattttagtaattttacatcatatcaccacccttttt 2509117  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 257  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2509116 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaggatgtatgtcacctaaggtggttcatgtataaga 2509028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Original strand, 34307138 - 34307329
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  34307138 gaaaaagataggt-agacaccttttttcatacacctcttatgtacactcccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 34307236  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34307237 catatcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggtttatgtataagagctc 34307329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Original strand, 46901735 - 46901926
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  46901735 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacatttcttatgtacaccgccatgtatcaggagtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 46901833  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46901834 catctcttcttttaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgttggtgtaaaatggtgtatgtcacctaaggtggttcatgtataagagctc 46901926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 72 - 264
Target Start/End: Original strand, 19258674 - 19258866
Alignment:
Q  72 aaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttc 171  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| |||||  ||| |||||||||| ||||| |||||  ||||| | |||||  |||||| |||| || || |||||    
T  19258674 aaaaagataggt-agacacccttttttatacatctctcatgtacaccc-catgtgttaggaatattttaataatttcacatcacatcaccaccccttttc 19258771  T
Q  172 atctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgt--gtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 264  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |  |||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||    
T  19258772 atctcttttttcaatgtttttgccacatgtcacaaatatatgtgggtgtaaaaaggtgtatgccaccttagatggtttatgtataatagctcttt 19258866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 28647543 - 28647353
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||  ||| ||||||| || ||||| |||||  ||||| | |||||  |||||| |||| || || ||||    
T  28647543 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacatctctcatgtacatcc-catgtgttaggaatattttaataatttcacatcacatcaccacccctttt 28647446  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaat--gtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||  | ||||||||  |||||||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  28647445 catctattctttcaatgtttttgccaaatatcacaaatatgtgtgggtgtaaaaagatgtatgcaaccttaggtggttcatgtataatagctc 28647353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 262 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 38884937 - 38884877
Alignment:
Q  262 tttgataaaaatgttttcaatgaattcattcggggaatacattcataatatacaacgaagt 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38884937 tttgataaaaatgttttcaatgaattcattcggggaatacattcataatatacaatgaagt 38884877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 180 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 10147049 - 10146971
Alignment:
Q  180 tttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 256  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||| ||||||  || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10147049 tttcactgtttttgccacatgtcacaattgtgtgtgggggtcaaagggtgtatgccacctaaggtggtccatgtataag 10146971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 140 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 29099939 - 29099821
Alignment:
Q  140 agtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg-ggtgtaaaagggtgtatgccaccta 238  Q
    |||||||  |||||| ||||||| || |||| || |||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||    |||| |||||||||| |||    
T  29099939 agtaatttcacatcacatcatcaccccttttaatttcttttttcaatgtttttgtcacatgtcacaaatgtgtgtggacgtaaagagtgtatgccatcta 29099840  T
Q  239 aggtggttcatgtataaga 257  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  29099839 aggtggtttatgtataaga 29099821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 140 - 243
Target Start/End: Original strand, 9642933 - 9643039
Alignment:
Q  140 agtaattatacatcatatcatcatcctttt-tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacc 236  Q
    |||||||  |||||||||||||| ||  || ||||||||||||||| || ||||| || |||||||||  |||||||||||| ||| ||| ||||||| |    
T  9642933 agtaatttcacatcatatcatcacccccttctcatctcttctttcattgtttttgtcatgtgtcacaattatgtgtgggtgttaaaaggtatatgccatc 9643032  T
Q  237 taaggtg 243  Q
    |||||||    
T  9643033 taaggtg 9643039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 138; Significance: 4e-72; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 42162789 - 42162598
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  42162789 gaaaaagataggt-agacactctttttcatacactttttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 42162691  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42162690 catctcttctttcaatgtttttgtcacgtgtcacaaatgtgtttgggtgtaaaagggtgtatgacacctaaggtggttcatgtataagagctc 42162598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 85 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 44081958 - 44081781
Alignment:
Q  85 agacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttca 184  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44081958 agacaccctttttcatacacttcttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtaattttacattatatcatcaccctttttcatctcttctttca 44081859  T
Q  185 atgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagct 260  Q
    ||| |||| |||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  44081858 atgttttttccacgtgttacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggttcatgtataagagct 44081781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 71 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 31318996 - 31318804
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  31318996 gaaaaagataggt-agacatcatttttcatacacttcttatatacacccccatgtattaggagtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 31318898  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctct 262  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31318897 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaaagttatatgccacctaaggtggttcatgtataagagctct 31318804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 71 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 10203855 - 10203661
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||| || |||||||    
T  10203855 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacatctcttatgtacaccctcatgtattagggatattttagtaattttatatcatatcaccacccttttt 10203757  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 264  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10203756 catctcttctttcaatatttttgtcacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaaggatgtatgtcacctaaggtggttcatgtataagaactcttt 10203661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 85 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 30432516 - 30432339
Alignment:
Q  85 agacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttca 184  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  30432516 agacaccctttttcatacacctcttatgtacatcc-catatattatgggtattttagtaattttacatcatatcatcaccccttttcatctcttctttca 30432418  T
Q  185 atgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||| |||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30432417 atgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtataaaagggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataagagctc 30432339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 71 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 12665536 - 12665347
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcc-tttt 169  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  12665536 gaaaaagataggt-agacatcctttttcgtacacctcttatgtataccctcatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 12665438  T
Q  170 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 258  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12665437 ttatctcttctttcaatgtttttgccacatgttacaaatgtgtgtgagtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 12665347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 61 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 36189415 - 36189216
Alignment:
Q  61 atttttatacgaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcat 160  Q
    |||||| || ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||  ||||  ||||||||||| | ||||| || ||||||||||    
T  36189415 atttttttaggaaaaagataggt-agacaccctttttcatacaccacttatgtacacccatatgt--taggggtattttaataattttatatcatatcat 36189319  T
Q  161 catcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgt--gtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 258  Q
    ||  | ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36189318 cactccttttcatctcttctttcaatatttttgccacgtgtcacaaatgtatgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggttcatgtataagag 36189219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 71 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 43186217 - 43186026
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| | |||||    
T  43186217 gaaaaagataggt-agacatcatttttcatacacttcttatgtacaccct-atgtattaggggcatttgagtaattttatatcatatcatcacctttttt 43186120  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctct 262  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||  |||||||||| || |||||||||||| |||||| |||||||||| ||||    
T  43186119 catcttttctttcaatgtttttgccacatatcacaaatgtgtgcaggtgtaaaagagtatatgccacctaaagtggttgatgtataagaactct 43186026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 71 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 18184743 - 18184551
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||||| || ||||    
T  18184743 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacaccttttatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaattttatatcatatcatcacccctttt 18184646  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctctt 263  Q
    ||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||    
T  18184645 catctcttcattcaatgttttcaccacgtgtcacaaatatgtgtggatgtaaaagggtgtatgtcacttaaggtggttcatatataagagttctt 18184551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 71 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 33726202 - 33726008
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcct-ttt 169  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||  ||||||||  |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||||||  |||    
T  33726202 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacacctcccatgtacact-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcgtcatccacttt 33726105  T
Q  170 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 264  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||| | ||||||    
T  33726104 tcatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtttgtgggtgtaaaaaggtgtatgccacctaaagtggtttatgtataacaactcttt 33726008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 128 - 241
Target Start/End: Original strand, 42668838 - 42668952
Alignment:
Q  128 taggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaa--atgtgtgggtgtaaaaggg 225  Q
    ||||||||||  |||||||  |||||||| ||||| ||| | |||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||   ||||||||||| |||| |    
T  42668838 taggggtattgtagtaatttcacatcataccatca-cctctctcatatcttcttttaatgtttttgccacgtgtcacaattgtgtgtgggtgtcaaagtg 42668936  T
Q  226 tgtatgccacctaagg 241  Q
    ||||||||||||||||    
T  42668937 tgtatgccacctaagg 42668952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 172 - 256
Target Start/End: Original strand, 31547 - 31633
Alignment:
Q  172 atctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataag 256  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||  ||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||| ||| ||||||    
T  31547 atctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaattgtatgtgggtgtcaaagtgtgtatgctacctaagatggtacatatataag 31633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 69 - 218
Target Start/End: Original strand, 38845021 - 38845168
Alignment:
Q  69 acgaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttt 168  Q
    ||||||||||||| | | ||||| ||||| ||||||   | ||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||   ||||| ||||||| || |     
T  38845021 acgaaaaagatagataa-acaccattttttatacacccttcatgtacacccttatgtgttagggttattttagtaatttctcatcacatcatcacccctc 38845119  T
Q  169 ttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgt 218  Q
    || |||| ||||||||||  |||| |||| |||||||| |||||| ||||    
T  38845120 tt-atcttttctttcaatattttttccacatgtcacaattgtgtgtgtgt 38845168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 33732759 - 33732569
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  33732759 gaaaaagataggt-agacaccctttttcatacacctcttatgtacaccc-catatattaggggtattttagtaattttacatcatatcaccacccttttt 33732662  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33732661 catctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 33732569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 71 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 16090011 - 16089819
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  16090011 gaaaaagataggt-agacaccttttttcatacacctcttatgtacaccc-catgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcacca-ccttttt 16089915  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 264  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16089914 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacttaaggtggttcatgtataagagctcttt 16089819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 71 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 44958304 - 44958116
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  44958304 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacacctcttatgtataccctcatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 44958206  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 258  Q
     |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44958205 tatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 44958116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 73 - 264
Target Start/End: Original strand, 3830900 - 3831089
Alignment:
Q  73 aaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttca 172  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||| | ||||||| ||||||| || |||| |  ||||||    
T  3830900 aaaagataggt-agacaccctttttcatacacctcttatgtacaccc-catgtgttaggggtatattagtaattttacatcagataatcaccacttttca 3830997  T
Q  173 tctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 264  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3830998 tctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgtcacctaaggtggttcatgtataagtgctcttt 3831089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 93 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 14573165 - 14572993
Alignment:
Q  93 tttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgatttt 192  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  14573165 ttttacatacacctcttatgtacacccccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttccatctcttctttcaatgttttt 14573066  T
Q  193 gccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctctt 263  Q
    || ||||||||||||||  ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14573065 gctacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtggatgccacctaaggtggtttatgtataagagctctt 14572993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 71 - 262
Target Start/End: Original strand, 37498863 - 37499057
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatc--cttt 168  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |  ||||    
T  37498863 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacacctcttatgtacatccccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcaccctcttt 37498961  T
Q  169 ttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctct 262  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||  |||| ||||| || ||||||||||||    
T  37498962 ttcatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgagtgtaaaaggatgtatgccagttaagatggttgatatataagagctct 37499057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 66 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 36315757 - 36315561
Alignment:
Q  66 tatacgaaaaagataggtcagaca-ccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatc 164  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||| | | |||  |||||| || |||| |    
T  36315757 tataggaaaaagataggt-agacatccttttttgatacacctcttatgtacacc-tcatgtgtcaggggtattttaatcatttcacatcacattatcacc 36315660  T
Q  165 ctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
      |||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36315659 tctttttatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 36315561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 71 - 264
Target Start/End: Original strand, 37914237 - 37914430
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacacc-ttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 169  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||  |||| ||||| | | |||  |||||| || |||| || |||    
T  37914237 gaaaaagataggt-agacacccttttttgatacacctcttatgtacaccc-catgtaccaggg-tattttaatcatttcacatcacattatcaccccttt 37914333  T
Q  170 tcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtggg--tgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 264  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  37914334 ttatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggtttatgtataaaagctcttt 37914430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Original strand, 6376239 - 6376424
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||  ||||||| | |||||| |||| ||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || ||||    
T  6376239 gaaaaagataggt-agacatccttttttatacacctcccatgtacatc-tcatgtgttagaggtattttagtaatttcacatcacatcctcacccatttt 6376336  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtg--tgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    |||||||||||||||||     ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||    
T  6376337 catctcttctttcaatg-----gccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctatggtggtttatgtataacagctc 6376424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 129 - 261
Target Start/End: Original strand, 24137149 - 24137287
Alignment:
Q  129 aggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg------ggtgtaaaa 222  Q
    |||||||||| |||||||  |||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||      ||||| |||    
T  24137149 aggggtattttagtaatttcacatcacatcctcatcccttttcatctcttctttcaatgtttttgtcacatgtcacaaatgtgtgtgggtaggtgtcaaa 24137248  T
Q  223 gggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  24137249 gggtgtataccacctaaggtggtttatgtataacagctc 24137287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 134 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 41188898 - 41188777
Alignment:
Q  134 tatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg--ggtgtaaaagggtgtatg 231  Q
    ||||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| || | |||||||| ||||||||| ||||| |||| |||   | | ||||||||||||||    
T  41188898 tattttagtaattttacatcacatcatcatcccttttcatatcatttttcaatgtttttgccacatgtcataaatatgtatagatataaaagggtgtatg 41188799  T
Q  232 ccacctaaggtggttcatgtat 253  Q
     ||| ||| |||||||||||||    
T  41188798 tcacataaagtggttcatgtat 41188777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 71 - 264
Target Start/End: Original strand, 3986906 - 3987099
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||||||||| || ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||    
T  3986906 gaaaaagataggt-agacatcatttttcatacatttattatgtataccc-catgtattaagggtatttgagtaattttacatcatattatcatccctttt 3987003  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 264  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3987004 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcttt 3987099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 66 - 263
Target Start/End: Original strand, 15345655 - 15345850
Alignment:
Q  66 tatacgaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcc 165  Q
    |||| |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  | |||||||||||| |     
T  15345655 tataggaaaaaaataggt-agacatcttttttcatacacttcttatgtacaccct-atgtattaggggcatttgagtaatttgatatcatatcatcacct 15345752  T
Q  166 tttttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctctt 263  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15345753 tttttcatcttttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtatgggtgtaaaagagtatatgccacctaaggtggttgatgtataagagctctt 15345850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 71 - 263
Target Start/End: Original strand, 3118047 - 3118240
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| || |||||||    
T  3118047 gaaaaagataggt-agacatcctttttcatacatctcttatgtacactcccatgtattaggggtattttagtaattttacatcatgtcaccacccttttt 3118145  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctctt 263  Q
     |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3118146 tatctattctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgagtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatatataagagctctt 3118240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 14023124 - 14022934
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||  ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || || |    
T  14023124 gaaaaagataggt-agacacccttttttatacacctcccatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcgtcaccccttgt 14023027  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  14023026 catctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggtttatgtataatagctc 14022934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 13697758 - 13697569
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||| | | ||||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||| | ||||| ||||||| || |||||||||||| || ||||    
T  13697758 gaaaaagataggt-agagatcatttttcatacattacttatgtacaccc-catgtgttagagatattttagtaattttatatcatatcatcacccgtttt 13697661  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgt-gggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||| || ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  13697660 catctcttctttcaatgtttttaccacgtatcacaaatgtgtatggtgtaaaagggtgcatgtcatctaagatggtttatgtataagagctc 13697569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 71 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 24208634 - 24208444
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 170  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||| || |||||| |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| |||||||    
T  24208634 gaaaaagataggt-agacatccttttttatacacctctcatttacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcctcacccttttt 24208537  T
Q  171 catctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatg--tgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 261  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||| | ||||| |||||||| |||||    
T  24208536 catctcttctttcaatgtttttgccacatatcacaaatgtgtgtgggtgtaaaatagtgtataccacctatgatggtttatgtataacagctc 24208444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 232 - 263
Target Start/End: Original strand, 7674598 - 7674629
Alignment:
Q  232 ccacctaaggtggttcatgtataagagctctt 263  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7674598 ccacctaaggtggttcatgtataagagctctt 7674629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 71 - 257
Target Start/End: Original strand, 87163 - 87350
Alignment:
Q  71 gaaaaagataggtcagacaccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatat--catcatccttt 168  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| || || ||||  |||||   |||    
T  87163 gaaaaagataggt-agacaccttttttcatacaccttttatgtacaccc-catgtgttaggggtattttagtaattttatattatatatcatcactattt 87260  T
Q  169 ttcatctcttctttcaatgattttgccacgtgtcacaaatgtgtg-ggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 257  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  87261 ttcatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtggtgtacaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 87350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University