View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF18593_high_8 (Length: 458)

Name: NF18593_high_8
Description: NF18593
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF18593_high_8
NF18593_high_8
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (5-439)||(43334706-43335140)
chr1 (5-439)||(43339141-43339575)
[»] scaffold1395 (1 HSPs)
scaffold1395 (5-439)||(510-944)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 439
Target Start/End: Original strand, 43334706 - 43335140
Alignment:
Q  5 cacctgatagttgattgtttgatagttgcaactgtgtcaatgccgccattttagttagagactgaggaattgcaccagagaagttgttatttgagaggtc 104  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||| ||||||||||||||||    
T  43334706 cacctgatagatgattgtttgaaagttgcaactgtgtcaatgcaaccattttagttagagacggaggaatctcaccggagaagctgttatttgagaggtc 43334805  T
Q  105 caaaatttctaggtcaaacaaatcagcaaaactactaggaatagatccactaaagtgattgctgctgagattcaatgcaatctgtagactcaaaggcatt 204  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  43334806 caaaatttctaggttaaccaaatcagcaaaactactaggaatagctccactaaactgattgctgctgagattcaatgcaatctgtagattcaaaggcatt 43334905  T
Q  205 tttggaatatcaccacttaacttattttctccaagttggacttccataagatttcccaagtttccaatgggcgacggtatagacccgttgagattgttcc 304  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43334906 tttggaatatccccacttaacttattttctccaagttggacttccataagttttcccaagtttccaatggacgacggtatagacccgttgagattgttcc 43335005  T
Q  305 cttgcaagtcaagaagtacaaggctgtttgacatatcagatggaatcggtccatgcagagaattctggctcaaattcaaggtagacaactttttcagttg 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  43335006 cttgcaagtcaagaagtacaaggctgtttgacatctcagatggaattggtccatgcagagaattcaggctcaaattcagggtagacaactgttgcagttg 43335105  T
Q  405 tgaaatttgaattggaatagtaccattaagtttgt 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43335106 tgaaatttgaattggaatagtaccattaagcttgt 43335140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 439
Target Start/End: Original strand, 43339141 - 43339575
Alignment:
Q  5 cacctgatagttgattgtttgatagttgcaactgtgtcaatgccgccattttagttagagactgaggaattgcaccagagaagttgttatttgagaggtc 104  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||| ||||||||||||||||    
T  43339141 cacctgatagatgattgtttgaaagttgcaactgtgtcaatgcaaccattttagttagagacggaggaatctcaccggagaagctgttatttgagaggtc 43339240  T
Q  105 caaaatttctaggtcaaacaaatcagcaaaactactaggaatagatccactaaagtgattgctgctgagattcaatgcaatctgtagactcaaaggcatt 204  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  43339241 caaaatttctaggttaaccaaatcagcaaaactactaggaatagctccactaaactgattgctgctgagattcaatgcaatctgtagattcaaaggcatt 43339340  T
Q  205 tttggaatatcaccacttaacttattttctccaagttggacttccataagatttcccaagtttccaatgggcgacggtatagacccgttgagattgttcc 304  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43339341 tttggaatatccccacttaacttattttctccaagttggacttccataagttttcccaagtttccaatggacgacggtatagacccgttgagattgttcc 43339440  T
Q  305 cttgcaagtcaagaagtacaaggctgtttgacatatcagatggaatcggtccatgcagagaattctggctcaaattcaaggtagacaactttttcagttg 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  43339441 cttgcaagtcaagaagtacaaggctgtttgacatctcagatggaattggtccatgcagagaattcaggctcaaattcagggtagacaactgttgcagttg 43339540  T
Q  405 tgaaatttgaattggaatagtaccattaagtttgt 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43339541 tgaaatttgaattggaatagtaccattaagcttgt 43339575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1395 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold1395
Description:

Target: scaffold1395; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 439
Target Start/End: Original strand, 510 - 944
Alignment:
Q  5 cacctgatagttgattgtttgatagttgcaactgtgtcaatgccgccattttagttagagactgaggaattgcaccagagaagttgttatttgagaggtc 104  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||| ||||||||||||||||    
T  510 cacctgatagatgattgtttgaaagttgcaactgtgtcaatgcaaccattttagttagagacggaggaatctcaccggagaagctgttatttgagaggtc 609  T
Q  105 caaaatttctaggtcaaacaaatcagcaaaactactaggaatagatccactaaagtgattgctgctgagattcaatgcaatctgtagactcaaaggcatt 204  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  610 caaaatttctaggttaaccaaatcagcaaaactactaggaatagctccactaaactgattgctgctgagattcaatgcaatctgtagattcaaaggcatt 709  T
Q  205 tttggaatatcaccacttaacttattttctccaagttggacttccataagatttcccaagtttccaatgggcgacggtatagacccgttgagattgttcc 304  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  710 tttggaatatccccacttaacttattttctccaagttggacttccataagttttcccaagtttccaatggacgacagtatagacccgttgagattgttcc 809  T
Q  305 cttgcaagtcaagaagtacaaggctgtttgacatatcagatggaatcggtccatgcagagaattctggctcaaattcaaggtagacaactttttcagttg 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  810 cttgcaagtcaagaagtacaaggctgtttgacatctcagatggaattggtccatgcagagaattcaggctcaaattcagggtagacaactgttgcagttg 909  T
Q  405 tgaaatttgaattggaatagtaccattaagtttgt 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  910 tgaaatttgaattggaatagtaccattaagcttgt 944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University